# TARGET T0342 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.88164 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.002 0.001 0.001 0.073 0.118 0.074 0.191 0.002 0.001 0.038 0.500 2 K 0.001 0.001 0.001 0.358 0.094 0.207 0.055 0.001 0.001 0.078 0.205 3 I 0.001 0.001 0.001 0.533 0.104 0.141 0.023 0.001 0.001 0.056 0.142 4 I 0.001 0.001 0.001 0.570 0.215 0.126 0.008 0.001 0.001 0.022 0.058 5 C 0.004 0.002 0.001 0.384 0.177 0.186 0.023 0.001 0.001 0.042 0.181 6 M 0.005 0.002 0.001 0.247 0.162 0.257 0.035 0.002 0.001 0.044 0.245 7 G 0.026 0.018 0.005 0.138 0.081 0.260 0.085 0.002 0.007 0.123 0.257 8 A 0.091 0.008 0.046 0.053 0.109 0.124 0.094 0.004 0.039 0.074 0.357 9 K 0.398 0.008 0.003 0.009 0.063 0.068 0.045 0.026 0.003 0.056 0.323 10 E 0.403 0.006 0.001 0.005 0.005 0.007 0.050 0.003 0.001 0.028 0.494 11 N 0.008 0.004 0.001 0.008 0.008 0.020 0.079 0.002 0.001 0.009 0.863 12 G 0.006 0.016 0.001 0.004 0.012 0.013 0.083 0.001 0.001 0.009 0.856 13 L 0.005 0.056 0.001 0.012 0.132 0.033 0.109 0.009 0.001 0.018 0.625 14 P 0.022 0.884 0.001 0.005 0.003 0.003 0.010 0.004 0.001 0.003 0.064 15 L 0.039 0.837 0.001 0.009 0.003 0.004 0.008 0.005 0.001 0.024 0.071 16 E 0.007 0.813 0.006 0.014 0.004 0.004 0.014 0.002 0.002 0.060 0.073 17 Y 0.018 0.913 0.003 0.003 0.002 0.002 0.007 0.007 0.001 0.009 0.036 18 Q 0.063 0.720 0.008 0.013 0.006 0.007 0.013 0.014 0.003 0.051 0.103 19 E 0.046 0.529 0.015 0.013 0.007 0.013 0.051 0.005 0.008 0.083 0.230 20 K 0.125 0.293 0.047 0.013 0.009 0.024 0.048 0.018 0.022 0.117 0.285 21 L 0.239 0.127 0.014 0.009 0.007 0.016 0.071 0.043 0.006 0.108 0.360 22 K 0.123 0.025 0.001 0.035 0.014 0.035 0.084 0.002 0.001 0.058 0.621 23 A 0.006 0.003 0.001 0.029 0.005 0.015 0.094 0.001 0.001 0.024 0.822 24 I 0.002 0.001 0.001 0.069 0.033 0.037 0.161 0.002 0.001 0.038 0.656 25 E 0.399 0.015 0.002 0.056 0.014 0.017 0.095 0.010 0.002 0.109 0.280 26 P 0.178 0.007 0.002 0.037 0.002 0.003 0.100 0.003 0.001 0.067 0.600 27 N 0.025 0.004 0.001 0.027 0.004 0.013 0.160 0.005 0.001 0.056 0.704 28 D 0.086 0.010 0.002 0.078 0.006 0.016 0.169 0.003 0.001 0.073 0.558 29 Y 0.137 0.014 0.001 0.084 0.031 0.048 0.153 0.009 0.001 0.121 0.401 30 T 0.070 0.008 0.001 0.038 0.018 0.038 0.140 0.002 0.001 0.046 0.641 31 G 0.013 0.003 0.001 0.026 0.016 0.034 0.194 0.001 0.001 0.023 0.689 32 K 0.010 0.018 0.001 0.026 0.026 0.028 0.222 0.001 0.001 0.041 0.628 33 V 0.012 0.179 0.001 0.008 0.008 0.010 0.116 0.013 0.001 0.022 0.631 34 S 0.076 0.872 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.010 0.028 35 E 0.026 0.795 0.006 0.002 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.083 0.073 36 E 0.010 0.919 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.017 0.039 37 I 0.032 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.003 0.018 38 E 0.047 0.741 0.002 0.002 0.002 0.003 0.011 0.007 0.001 0.093 0.089 39 D 0.020 0.624 0.023 0.003 0.002 0.005 0.028 0.002 0.010 0.115 0.167 40 I 0.123 0.290 0.131 0.003 0.004 0.008 0.052 0.024 0.051 0.118 0.196 41 I 0.406 0.080 0.038 0.004 0.003 0.005 0.041 0.028 0.031 0.069 0.294 42 K 0.182 0.011 0.001 0.002 0.002 0.004 0.046 0.002 0.001 0.021 0.728 43 K 0.009 0.004 0.001 0.006 0.001 0.006 0.063 0.001 0.001 0.019 0.890 44 G 0.047 0.004 0.004 0.010 0.005 0.011 0.101 0.003 0.001 0.049 0.764 45 E 0.055 0.004 0.002 0.024 0.020 0.029 0.084 0.004 0.001 0.065 0.712 46 T 0.039 0.001 0.001 0.007 0.007 0.011 0.071 0.001 0.001 0.019 0.843 47 Q 0.026 0.001 0.001 0.021 0.034 0.034 0.125 0.005 0.001 0.030 0.723 48 T 0.022 0.003 0.001 0.016 0.009 0.013 0.127 0.002 0.001 0.014 0.794 49 L 0.035 0.003 0.001 0.021 0.028 0.037 0.135 0.016 0.001 0.030 0.694