# TARGET T0342 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.88164 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.213 0.127 0.078 0.187 0.125 0.091 0.081 0.038 0.030 0.018 0.012 2 K 0.090 0.176 0.097 0.295 0.194 0.086 0.042 0.011 0.005 0.003 0.001 3 I 0.001 0.004 0.004 0.022 0.041 0.072 0.160 0.191 0.205 0.181 0.119 4 I 0.002 0.015 0.013 0.089 0.143 0.163 0.221 0.139 0.106 0.064 0.045 5 C 0.004 0.006 0.008 0.026 0.033 0.045 0.113 0.140 0.208 0.204 0.214 6 M 0.020 0.022 0.027 0.106 0.113 0.110 0.178 0.138 0.140 0.094 0.051 7 G 0.026 0.073 0.038 0.158 0.131 0.112 0.161 0.114 0.100 0.057 0.029 8 A 0.008 0.008 0.006 0.019 0.020 0.029 0.071 0.113 0.224 0.249 0.255 9 K 0.079 0.149 0.106 0.291 0.198 0.098 0.053 0.015 0.007 0.003 0.002 10 E 0.093 0.138 0.144 0.215 0.159 0.117 0.082 0.027 0.016 0.007 0.003 11 N 0.083 0.057 0.028 0.086 0.085 0.106 0.184 0.136 0.112 0.075 0.046 12 G 0.610 0.176 0.044 0.064 0.040 0.027 0.022 0.008 0.006 0.003 0.002 13 L 0.030 0.074 0.025 0.056 0.053 0.067 0.128 0.119 0.156 0.155 0.136 14 P 0.122 0.234 0.074 0.160 0.131 0.108 0.086 0.036 0.027 0.014 0.009 15 L 0.610 0.130 0.071 0.081 0.045 0.027 0.023 0.007 0.004 0.001 0.001 16 E 0.224 0.193 0.212 0.245 0.083 0.028 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 17 Y 0.004 0.004 0.009 0.016 0.031 0.093 0.286 0.213 0.169 0.110 0.065 18 Q 0.024 0.038 0.151 0.323 0.231 0.139 0.071 0.015 0.006 0.002 0.001 19 E 0.042 0.072 0.744 0.094 0.028 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 20 K 0.009 0.023 0.161 0.117 0.135 0.182 0.226 0.071 0.046 0.021 0.009 21 L 0.002 0.008 0.043 0.022 0.020 0.041 0.188 0.178 0.209 0.175 0.115 22 K 0.022 0.066 0.611 0.197 0.075 0.021 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.033 0.116 0.374 0.193 0.129 0.088 0.050 0.010 0.005 0.002 0.001 24 I 0.010 0.011 0.016 0.019 0.020 0.034 0.121 0.140 0.232 0.223 0.175 25 E 0.283 0.283 0.115 0.119 0.076 0.056 0.045 0.012 0.007 0.003 0.002 26 P 0.214 0.210 0.214 0.165 0.083 0.053 0.036 0.012 0.008 0.004 0.002 27 N 0.126 0.092 0.046 0.086 0.088 0.102 0.152 0.095 0.094 0.068 0.053 28 D 0.328 0.279 0.088 0.168 0.075 0.036 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 29 Y 0.042 0.042 0.027 0.067 0.097 0.132 0.195 0.126 0.123 0.086 0.063 30 T 0.167 0.213 0.164 0.237 0.110 0.053 0.032 0.011 0.007 0.003 0.002 31 G 0.133 0.072 0.029 0.084 0.102 0.134 0.214 0.110 0.069 0.036 0.016 32 K 0.314 0.322 0.135 0.165 0.048 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 33 V 0.010 0.022 0.013 0.028 0.034 0.056 0.146 0.135 0.191 0.195 0.171 34 S 0.091 0.281 0.138 0.234 0.139 0.071 0.034 0.007 0.003 0.001 0.001 35 E 0.718 0.141 0.080 0.044 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.171 0.109 0.179 0.200 0.137 0.107 0.068 0.018 0.007 0.003 0.001 37 I 0.003 0.006 0.028 0.020 0.029 0.078 0.261 0.192 0.186 0.126 0.071 38 E 0.012 0.030 0.333 0.310 0.158 0.089 0.050 0.010 0.005 0.002 0.001 39 D 0.019 0.060 0.734 0.119 0.042 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 40 I 0.011 0.017 0.109 0.051 0.071 0.149 0.300 0.131 0.096 0.045 0.021 41 I 0.005 0.010 0.075 0.038 0.053 0.100 0.285 0.171 0.135 0.085 0.043 42 K 0.014 0.065 0.737 0.111 0.043 0.018 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 43 K 0.037 0.093 0.465 0.224 0.103 0.049 0.021 0.004 0.002 0.001 0.001 44 G 0.448 0.186 0.081 0.057 0.046 0.053 0.064 0.027 0.020 0.011 0.006 45 E 0.175 0.184 0.172 0.194 0.124 0.070 0.050 0.017 0.009 0.004 0.002 46 T 0.198 0.177 0.191 0.114 0.085 0.073 0.073 0.037 0.029 0.016 0.007 47 Q 0.256 0.182 0.168 0.199 0.094 0.052 0.029 0.010 0.006 0.003 0.001 48 T 0.285 0.170 0.077 0.104 0.083 0.077 0.084 0.047 0.038 0.023 0.011 49 L 0.341 0.159 0.072 0.125 0.090 0.072 0.060 0.032 0.026 0.015 0.008