# TARGET T0342 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.88164 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.034 0.001 0.018 0.028 0.016 0.016 0.047 0.001 0.001 0.006 0.833 2 K 0.022 0.001 0.011 0.087 0.032 0.028 0.133 0.001 0.001 0.005 0.682 3 I 0.007 0.001 0.015 0.240 0.035 0.034 0.036 0.001 0.001 0.003 0.630 4 I 0.001 0.001 0.001 0.741 0.080 0.112 0.043 0.001 0.001 0.001 0.023 5 C 0.001 0.001 0.001 0.798 0.035 0.072 0.016 0.001 0.001 0.001 0.077 6 M 0.001 0.001 0.001 0.932 0.016 0.032 0.007 0.001 0.001 0.001 0.012 7 G 0.002 0.001 0.001 0.468 0.036 0.049 0.081 0.001 0.001 0.002 0.361 8 A 0.002 0.001 0.001 0.413 0.027 0.078 0.040 0.001 0.001 0.002 0.436 9 K 0.001 0.002 0.001 0.214 0.090 0.195 0.140 0.001 0.001 0.002 0.356 10 E 0.159 0.018 0.001 0.022 0.024 0.061 0.119 0.001 0.001 0.020 0.576 11 N 0.363 0.124 0.001 0.006 0.006 0.013 0.068 0.009 0.001 0.004 0.404 12 G 0.685 0.041 0.006 0.005 0.004 0.003 0.030 0.018 0.001 0.010 0.197 13 L 0.214 0.026 0.345 0.007 0.004 0.006 0.115 0.001 0.001 0.006 0.276 14 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.985 15 L 0.015 0.007 0.001 0.042 0.008 0.020 0.145 0.001 0.001 0.003 0.760 16 E 0.098 0.038 0.001 0.011 0.004 0.008 0.161 0.001 0.001 0.006 0.672 17 Y 0.130 0.402 0.001 0.035 0.017 0.023 0.099 0.003 0.001 0.004 0.286 18 Q 0.097 0.601 0.001 0.032 0.009 0.025 0.029 0.002 0.001 0.004 0.201 19 E 0.048 0.651 0.001 0.009 0.008 0.012 0.022 0.003 0.001 0.001 0.244 20 K 0.083 0.707 0.002 0.008 0.014 0.021 0.017 0.020 0.001 0.002 0.126 21 L 0.082 0.778 0.007 0.014 0.013 0.024 0.006 0.017 0.001 0.001 0.058 22 K 0.063 0.663 0.007 0.019 0.027 0.046 0.014 0.041 0.001 0.001 0.119 23 A 0.242 0.378 0.011 0.012 0.015 0.033 0.013 0.091 0.001 0.001 0.202 24 I 0.337 0.240 0.038 0.048 0.035 0.036 0.013 0.101 0.001 0.002 0.149 25 E 0.109 0.045 0.072 0.053 0.091 0.076 0.108 0.017 0.001 0.003 0.427 26 P 0.001 0.001 0.008 0.004 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.975 27 N 0.005 0.001 0.001 0.052 0.028 0.082 0.359 0.001 0.001 0.002 0.470 28 D 0.393 0.003 0.001 0.017 0.006 0.010 0.114 0.001 0.001 0.039 0.416 29 Y 0.272 0.068 0.003 0.064 0.029 0.030 0.217 0.002 0.001 0.018 0.296 30 T 0.146 0.028 0.003 0.067 0.029 0.040 0.268 0.002 0.001 0.017 0.400 31 G 0.235 0.033 0.005 0.055 0.020 0.028 0.127 0.003 0.001 0.015 0.479 32 K 0.122 0.024 0.032 0.029 0.037 0.063 0.174 0.002 0.001 0.011 0.506 33 V 0.034 0.011 0.015 0.026 0.050 0.094 0.156 0.001 0.001 0.004 0.609 34 S 0.010 0.005 0.002 0.020 0.010 0.028 0.053 0.001 0.001 0.002 0.870 35 E 0.009 0.007 0.001 0.008 0.005 0.009 0.085 0.001 0.001 0.002 0.875 36 E 0.074 0.027 0.001 0.006 0.004 0.008 0.343 0.001 0.001 0.010 0.526 37 I 0.177 0.306 0.003 0.019 0.007 0.019 0.142 0.002 0.001 0.006 0.318 38 E 0.027 0.704 0.001 0.009 0.004 0.012 0.031 0.001 0.001 0.002 0.209 39 D 0.042 0.696 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.002 0.001 0.001 0.242 40 I 0.063 0.865 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.065 41 I 0.033 0.933 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.020 42 K 0.035 0.864 0.005 0.001 0.002 0.008 0.003 0.008 0.001 0.001 0.074 43 K 0.078 0.769 0.002 0.002 0.003 0.004 0.002 0.027 0.001 0.001 0.115 44 G 0.248 0.485 0.005 0.002 0.004 0.002 0.004 0.041 0.001 0.001 0.208 45 E 0.157 0.334 0.087 0.005 0.005 0.008 0.039 0.011 0.001 0.003 0.351 46 T 0.057 0.206 0.033 0.022 0.025 0.041 0.105 0.016 0.001 0.003 0.492 47 Q 0.194 0.144 0.010 0.033 0.022 0.033 0.092 0.008 0.001 0.007 0.456 48 T 0.166 0.111 0.016 0.029 0.033 0.042 0.106 0.006 0.001 0.008 0.482 49 L 0.074 0.065 0.024 0.055 0.046 0.061 0.084 0.004 0.001 0.006 0.582