# TARGET T0342 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.88164 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.093 0.296 0.331 0.075 0.106 0.023 0.042 0.009 0.019 0.006 0.002 2 K 0.027 0.448 0.391 0.023 0.024 0.049 0.010 0.001 0.026 0.001 0.001 3 I 0.008 0.730 0.198 0.003 0.013 0.025 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 4 I 0.012 0.746 0.162 0.002 0.006 0.042 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 5 C 0.017 0.448 0.392 0.003 0.005 0.100 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 6 M 0.072 0.628 0.096 0.018 0.088 0.035 0.004 0.001 0.058 0.001 0.001 7 G 0.075 0.104 0.170 0.036 0.306 0.053 0.086 0.041 0.025 0.102 0.003 8 A 0.446 0.124 0.270 0.034 0.039 0.036 0.006 0.004 0.017 0.022 0.002 9 K 0.783 0.063 0.075 0.045 0.010 0.013 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 10 E 0.560 0.112 0.060 0.172 0.019 0.016 0.029 0.005 0.019 0.007 0.001 11 N 0.025 0.004 0.012 0.470 0.004 0.005 0.452 0.019 0.007 0.002 0.001 12 G 0.008 0.001 0.009 0.010 0.008 0.003 0.553 0.375 0.002 0.032 0.001 13 L 0.014 0.377 0.512 0.001 0.039 0.015 0.001 0.001 0.038 0.002 0.001 14 P 0.049 0.003 0.895 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 15 L 0.977 0.002 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 16 E 0.977 0.002 0.005 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 Y 0.969 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 Q 0.984 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 E 0.985 0.003 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 K 0.948 0.003 0.003 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.828 0.024 0.042 0.088 0.003 0.005 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 22 K 0.892 0.011 0.027 0.050 0.003 0.004 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 23 A 0.597 0.050 0.066 0.233 0.025 0.012 0.006 0.004 0.005 0.002 0.001 24 I 0.215 0.250 0.318 0.124 0.012 0.039 0.003 0.001 0.038 0.001 0.001 25 E 0.054 0.187 0.465 0.002 0.035 0.036 0.031 0.001 0.175 0.013 0.001 26 P 0.307 0.005 0.513 0.040 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 27 N 0.095 0.066 0.176 0.259 0.052 0.097 0.153 0.047 0.047 0.007 0.001 28 D 0.321 0.078 0.127 0.282 0.024 0.049 0.082 0.009 0.026 0.004 0.001 29 Y 0.275 0.203 0.182 0.174 0.062 0.049 0.025 0.007 0.019 0.004 0.001 30 T 0.161 0.262 0.179 0.297 0.041 0.020 0.010 0.003 0.023 0.002 0.001 31 G 0.091 0.069 0.163 0.027 0.228 0.006 0.031 0.144 0.009 0.231 0.001 32 K 0.145 0.190 0.485 0.057 0.023 0.062 0.011 0.002 0.019 0.002 0.003 33 V 0.133 0.297 0.362 0.053 0.029 0.062 0.011 0.002 0.046 0.004 0.001 34 S 0.175 0.065 0.651 0.014 0.034 0.027 0.004 0.002 0.007 0.021 0.002 35 E 0.951 0.004 0.010 0.021 0.002 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 36 E 0.916 0.011 0.024 0.035 0.003 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 37 I 0.966 0.003 0.005 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 E 0.979 0.004 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 D 0.987 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 I 0.975 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 I 0.938 0.013 0.014 0.027 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 42 K 0.888 0.016 0.029 0.049 0.002 0.006 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 43 K 0.563 0.030 0.131 0.249 0.006 0.005 0.006 0.002 0.007 0.002 0.001 44 G 0.147 0.005 0.036 0.035 0.028 0.005 0.163 0.489 0.004 0.086 0.001 45 E 0.482 0.091 0.188 0.154 0.021 0.036 0.011 0.002 0.012 0.003 0.001 46 T 0.324 0.201 0.223 0.146 0.042 0.031 0.009 0.003 0.018 0.003 0.001 47 Q 0.286 0.192 0.213 0.176 0.041 0.039 0.020 0.003 0.028 0.002 0.001 48 T 0.202 0.287 0.264 0.118 0.047 0.036 0.011 0.003 0.030 0.002 0.001 49 L 0.204 0.250 0.298 0.073 0.057 0.041 0.024 0.006 0.036 0.011 0.001