# TARGET T0342 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.88164 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.100 0.219 0.039 0.038 0.280 0.034 0.045 0.068 0.046 0.075 0.056 2 K 0.227 0.093 0.012 0.001 0.632 0.001 0.002 0.004 0.003 0.006 0.018 3 I 0.163 0.085 0.002 0.001 0.744 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 4 I 0.214 0.048 0.003 0.001 0.716 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 5 C 0.507 0.022 0.006 0.002 0.355 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.100 6 M 0.038 0.053 0.028 0.089 0.060 0.076 0.179 0.151 0.050 0.217 0.058 7 G 0.035 0.288 0.348 0.114 0.094 0.019 0.006 0.019 0.012 0.038 0.027 8 A 0.059 0.181 0.038 0.010 0.220 0.006 0.013 0.239 0.165 0.051 0.019 9 K 0.017 0.038 0.066 0.014 0.016 0.024 0.075 0.431 0.258 0.036 0.026 10 E 0.017 0.031 0.016 0.014 0.028 0.035 0.228 0.453 0.129 0.041 0.008 11 N 0.004 0.598 0.277 0.038 0.055 0.006 0.004 0.003 0.002 0.009 0.004 12 G 0.044 0.010 0.027 0.032 0.008 0.012 0.005 0.008 0.011 0.343 0.499 13 L 0.022 0.475 0.280 0.016 0.100 0.005 0.007 0.041 0.020 0.024 0.010 14 P 0.029 0.429 0.195 0.016 0.118 0.005 0.004 0.145 0.032 0.019 0.009 15 L 0.003 0.010 0.004 0.002 0.008 0.006 0.014 0.784 0.162 0.006 0.002 16 E 0.004 0.004 0.003 0.001 0.005 0.001 0.006 0.913 0.048 0.011 0.004 17 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.825 0.115 0.054 0.001 18 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.885 0.103 0.004 0.001 19 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.920 0.056 0.004 0.001 20 K 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.029 0.839 0.085 0.037 0.001 21 L 0.023 0.011 0.001 0.001 0.015 0.001 0.007 0.620 0.248 0.061 0.012 22 K 0.002 0.008 0.003 0.003 0.004 0.014 0.049 0.612 0.286 0.020 0.001 23 A 0.014 0.020 0.007 0.001 0.028 0.002 0.050 0.463 0.192 0.213 0.009 24 I 0.184 0.156 0.051 0.008 0.235 0.009 0.031 0.097 0.067 0.090 0.072 25 E 0.063 0.233 0.280 0.055 0.170 0.016 0.023 0.065 0.032 0.037 0.026 26 P 0.037 0.180 0.068 0.028 0.097 0.024 0.054 0.276 0.148 0.067 0.022 27 N 0.069 0.109 0.046 0.020 0.145 0.021 0.032 0.098 0.125 0.253 0.082 28 D 0.099 0.097 0.050 0.013 0.145 0.016 0.061 0.221 0.140 0.111 0.047 29 Y 0.096 0.071 0.033 0.017 0.122 0.024 0.077 0.230 0.102 0.160 0.067 30 T 0.034 0.162 0.112 0.103 0.080 0.038 0.078 0.076 0.066 0.210 0.041 31 G 0.007 0.054 0.167 0.438 0.015 0.103 0.022 0.047 0.036 0.088 0.023 32 K 0.109 0.266 0.111 0.006 0.210 0.005 0.025 0.108 0.058 0.059 0.043 33 V 0.031 0.379 0.222 0.009 0.094 0.003 0.008 0.107 0.061 0.067 0.019 34 S 0.021 0.406 0.155 0.010 0.087 0.004 0.006 0.229 0.059 0.016 0.007 35 E 0.001 0.005 0.003 0.001 0.003 0.007 0.016 0.745 0.210 0.007 0.001 36 E 0.003 0.007 0.006 0.001 0.003 0.001 0.005 0.871 0.059 0.041 0.003 37 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.843 0.113 0.040 0.001 38 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.063 0.001 0.001 39 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.950 0.039 0.006 0.001 40 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.913 0.062 0.010 0.001 41 I 0.009 0.008 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.832 0.097 0.034 0.006 42 K 0.005 0.012 0.008 0.004 0.009 0.010 0.055 0.717 0.125 0.051 0.003 43 K 0.008 0.264 0.149 0.047 0.056 0.045 0.126 0.247 0.032 0.020 0.005 44 G 0.066 0.054 0.043 0.033 0.045 0.014 0.018 0.122 0.076 0.377 0.151 45 E 0.127 0.082 0.017 0.015 0.137 0.027 0.067 0.229 0.127 0.119 0.053 46 T 0.097 0.158 0.031 0.018 0.225 0.020 0.036 0.174 0.113 0.077 0.051 47 Q 0.147 0.117 0.040 0.017 0.235 0.024 0.064 0.136 0.079 0.084 0.056 48 T 0.159 0.173 0.063 0.017 0.239 0.012 0.032 0.138 0.060 0.063 0.045 49 L 0.084 0.219 0.090 0.028 0.176 0.021 0.034 0.185 0.074 0.055 0.034