# TARGET T0342 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.88164 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.381 0.306 0.182 0.095 0.029 0.005 0.001 2 K 0.211 0.323 0.281 0.145 0.034 0.005 0.001 3 I 0.041 0.086 0.157 0.234 0.276 0.184 0.023 4 I 0.009 0.019 0.036 0.094 0.224 0.467 0.152 5 C 0.006 0.012 0.037 0.086 0.195 0.401 0.263 6 M 0.037 0.047 0.040 0.051 0.110 0.347 0.367 7 G 0.094 0.146 0.171 0.216 0.197 0.134 0.043 8 A 0.102 0.098 0.142 0.246 0.243 0.149 0.019 9 K 0.297 0.300 0.200 0.131 0.054 0.015 0.002 10 E 0.474 0.318 0.128 0.055 0.018 0.007 0.001 11 N 0.325 0.244 0.201 0.148 0.063 0.018 0.001 12 G 0.477 0.294 0.134 0.067 0.023 0.005 0.001 13 L 0.237 0.188 0.197 0.213 0.123 0.041 0.002 14 P 0.210 0.294 0.251 0.156 0.063 0.023 0.002 15 L 0.649 0.237 0.076 0.027 0.008 0.002 0.001 16 E 0.402 0.377 0.153 0.055 0.012 0.002 0.001 17 Y 0.055 0.061 0.127 0.340 0.320 0.095 0.003 18 Q 0.205 0.305 0.293 0.151 0.039 0.006 0.001 19 E 0.554 0.356 0.073 0.014 0.002 0.001 0.001 20 K 0.172 0.227 0.273 0.225 0.085 0.017 0.001 21 L 0.080 0.092 0.177 0.310 0.268 0.072 0.002 22 K 0.418 0.359 0.161 0.049 0.010 0.002 0.001 23 A 0.370 0.352 0.167 0.078 0.025 0.007 0.001 24 I 0.090 0.090 0.164 0.285 0.246 0.117 0.008 25 E 0.344 0.345 0.185 0.091 0.029 0.006 0.001 26 P 0.430 0.310 0.156 0.076 0.022 0.005 0.001 27 N 0.288 0.208 0.199 0.188 0.090 0.025 0.002 28 D 0.520 0.349 0.103 0.024 0.004 0.001 0.001 29 Y 0.135 0.149 0.218 0.302 0.165 0.029 0.001 30 T 0.363 0.407 0.161 0.057 0.010 0.001 0.001 31 G 0.159 0.172 0.222 0.268 0.149 0.030 0.001 32 K 0.372 0.386 0.183 0.052 0.006 0.001 0.001 33 V 0.085 0.106 0.177 0.329 0.250 0.052 0.001 34 S 0.295 0.382 0.224 0.080 0.016 0.002 0.001 35 E 0.648 0.261 0.064 0.021 0.006 0.001 0.001 36 E 0.345 0.310 0.207 0.108 0.025 0.004 0.001 37 I 0.079 0.111 0.221 0.344 0.204 0.040 0.001 38 E 0.277 0.380 0.239 0.083 0.017 0.003 0.001 39 D 0.536 0.325 0.102 0.030 0.007 0.001 0.001 40 I 0.197 0.200 0.255 0.237 0.094 0.017 0.001 41 I 0.189 0.150 0.224 0.268 0.142 0.027 0.001 42 K 0.661 0.254 0.067 0.015 0.002 0.001 0.001 43 K 0.806 0.151 0.034 0.008 0.001 0.001 0.001 44 G 0.808 0.124 0.041 0.019 0.006 0.001 0.001 45 E 0.793 0.142 0.045 0.016 0.003 0.001 0.001 46 T 0.829 0.121 0.036 0.011 0.002 0.001 0.001 47 Q 0.843 0.124 0.026 0.006 0.001 0.001 0.001 48 T 0.857 0.106 0.028 0.008 0.002 0.001 0.001 49 L 0.881 0.089 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001