# TARGET T0342 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.73689 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.002 0.001 0.001 0.072 0.118 0.074 0.191 0.002 0.001 0.038 0.500 2 K 0.001 0.001 0.001 0.352 0.095 0.210 0.055 0.001 0.001 0.078 0.206 3 I 0.001 0.001 0.001 0.525 0.105 0.144 0.023 0.001 0.001 0.057 0.144 4 I 0.001 0.001 0.001 0.563 0.217 0.129 0.009 0.001 0.001 0.022 0.059 5 C 0.004 0.002 0.001 0.377 0.179 0.188 0.024 0.001 0.001 0.042 0.182 6 M 0.005 0.001 0.001 0.243 0.164 0.259 0.035 0.002 0.001 0.044 0.245 7 G 0.026 0.018 0.005 0.136 0.083 0.263 0.084 0.002 0.007 0.120 0.258 8 A 0.089 0.008 0.045 0.053 0.111 0.126 0.093 0.004 0.039 0.072 0.359 9 K 0.399 0.008 0.003 0.009 0.063 0.068 0.044 0.026 0.003 0.055 0.321 10 E 0.404 0.006 0.001 0.005 0.005 0.007 0.050 0.003 0.001 0.028 0.492 11 N 0.008 0.004 0.001 0.008 0.008 0.021 0.079 0.002 0.001 0.009 0.862 12 G 0.006 0.016 0.001 0.004 0.012 0.013 0.082 0.001 0.001 0.009 0.856 13 L 0.005 0.054 0.001 0.012 0.134 0.033 0.108 0.009 0.001 0.018 0.624 14 P 0.023 0.880 0.001 0.005 0.003 0.004 0.010 0.004 0.001 0.003 0.066 15 L 0.041 0.830 0.001 0.009 0.003 0.004 0.008 0.005 0.001 0.024 0.074 16 E 0.007 0.809 0.006 0.015 0.004 0.004 0.015 0.002 0.002 0.061 0.075 17 Y 0.018 0.911 0.003 0.004 0.002 0.002 0.007 0.007 0.001 0.009 0.036 18 Q 0.064 0.718 0.008 0.013 0.006 0.007 0.013 0.014 0.003 0.050 0.104 19 E 0.045 0.528 0.015 0.013 0.007 0.013 0.051 0.005 0.008 0.081 0.233 20 K 0.127 0.293 0.047 0.013 0.009 0.024 0.048 0.018 0.022 0.115 0.284 21 L 0.243 0.126 0.014 0.009 0.007 0.016 0.070 0.044 0.006 0.107 0.359 22 K 0.123 0.024 0.001 0.034 0.014 0.035 0.084 0.002 0.001 0.056 0.626 23 A 0.006 0.003 0.001 0.029 0.005 0.015 0.093 0.001 0.001 0.024 0.822 24 I 0.002 0.001 0.001 0.067 0.033 0.036 0.160 0.002 0.001 0.038 0.660 25 E 0.405 0.015 0.002 0.055 0.014 0.017 0.094 0.010 0.002 0.109 0.277 26 P 0.178 0.008 0.002 0.036 0.002 0.003 0.099 0.003 0.001 0.067 0.601 27 N 0.025 0.004 0.001 0.027 0.004 0.013 0.160 0.005 0.001 0.056 0.705 28 D 0.087 0.010 0.002 0.076 0.006 0.016 0.168 0.003 0.001 0.073 0.559 29 Y 0.140 0.014 0.001 0.082 0.030 0.047 0.152 0.009 0.001 0.121 0.403 30 T 0.071 0.008 0.001 0.037 0.017 0.037 0.140 0.002 0.001 0.045 0.642 31 G 0.014 0.003 0.001 0.026 0.016 0.032 0.195 0.001 0.001 0.023 0.690 32 K 0.010 0.017 0.001 0.026 0.025 0.027 0.225 0.001 0.001 0.046 0.622 33 V 0.011 0.170 0.001 0.007 0.007 0.009 0.116 0.013 0.001 0.028 0.637 34 S 0.067 0.882 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.012 0.026 35 E 0.027 0.755 0.007 0.002 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.122 0.071 36 E 0.008 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.023 0.038 37 I 0.015 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.013 38 E 0.033 0.806 0.002 0.002 0.002 0.002 0.007 0.006 0.001 0.084 0.056 39 D 0.014 0.708 0.018 0.002 0.001 0.003 0.019 0.002 0.009 0.113 0.111 40 I 0.137 0.300 0.144 0.002 0.003 0.004 0.043 0.028 0.056 0.132 0.150 41 I 0.400 0.091 0.056 0.004 0.002 0.004 0.037 0.036 0.048 0.080 0.242 42 K 0.178 0.011 0.001 0.002 0.001 0.003 0.049 0.001 0.001 0.019 0.735 43 K 0.009 0.003 0.001 0.005 0.001 0.004 0.062 0.001 0.001 0.017 0.896 44 G 0.045 0.004 0.003 0.009 0.004 0.009 0.108 0.004 0.001 0.050 0.763 45 E 0.059 0.004 0.002 0.023 0.015 0.023 0.084 0.004 0.001 0.064 0.721 46 T 0.037 0.001 0.001 0.007 0.006 0.009 0.069 0.001 0.001 0.018 0.852 47 Q 0.026 0.001 0.001 0.020 0.029 0.031 0.123 0.005 0.001 0.028 0.737 48 T 0.023 0.003 0.001 0.017 0.009 0.012 0.124 0.002 0.001 0.014 0.798 49 L 0.035 0.003 0.001 0.022 0.027 0.035 0.134 0.016 0.001 0.029 0.699