# TARGET T0342 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.73689 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.131 0.102 0.076 0.157 0.133 0.119 0.118 0.069 0.051 0.031 0.015 2 K 0.119 0.162 0.094 0.267 0.180 0.094 0.053 0.018 0.008 0.003 0.002 3 I 0.002 0.005 0.005 0.020 0.037 0.059 0.143 0.217 0.228 0.179 0.105 4 I 0.002 0.012 0.007 0.044 0.079 0.112 0.193 0.186 0.159 0.120 0.085 5 C 0.003 0.006 0.010 0.030 0.044 0.069 0.147 0.145 0.195 0.174 0.177 6 M 0.018 0.018 0.022 0.068 0.074 0.093 0.181 0.150 0.171 0.125 0.080 7 G 0.013 0.057 0.028 0.173 0.164 0.135 0.178 0.114 0.075 0.041 0.022 8 A 0.005 0.004 0.006 0.009 0.009 0.011 0.037 0.079 0.202 0.294 0.345 9 K 0.042 0.062 0.089 0.279 0.282 0.143 0.074 0.020 0.007 0.002 0.002 10 E 0.047 0.133 0.264 0.224 0.147 0.092 0.062 0.018 0.009 0.003 0.001 11 N 0.013 0.013 0.009 0.043 0.067 0.128 0.266 0.182 0.132 0.096 0.051 12 G 0.808 0.142 0.018 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.005 0.023 0.009 0.028 0.036 0.059 0.138 0.166 0.197 0.195 0.143 14 P 0.096 0.216 0.058 0.167 0.147 0.124 0.102 0.039 0.027 0.015 0.012 15 L 0.474 0.128 0.073 0.107 0.070 0.055 0.060 0.018 0.010 0.003 0.002 16 E 0.290 0.172 0.182 0.214 0.085 0.036 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 17 Y 0.005 0.008 0.030 0.027 0.031 0.080 0.222 0.203 0.188 0.130 0.076 18 Q 0.024 0.028 0.119 0.261 0.233 0.172 0.112 0.033 0.013 0.004 0.001 19 E 0.044 0.046 0.760 0.102 0.031 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 20 K 0.007 0.017 0.230 0.127 0.128 0.173 0.211 0.062 0.029 0.013 0.004 21 L 0.003 0.005 0.084 0.023 0.028 0.043 0.188 0.184 0.195 0.153 0.094 22 K 0.012 0.043 0.595 0.202 0.101 0.033 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 23 A 0.027 0.079 0.465 0.154 0.133 0.082 0.044 0.010 0.005 0.002 0.001 24 I 0.005 0.011 0.041 0.023 0.033 0.048 0.158 0.163 0.225 0.178 0.116 25 E 0.226 0.234 0.182 0.143 0.097 0.052 0.043 0.011 0.006 0.003 0.002 26 P 0.202 0.189 0.263 0.167 0.090 0.042 0.027 0.010 0.006 0.003 0.002 27 N 0.044 0.038 0.025 0.054 0.090 0.120 0.212 0.140 0.116 0.088 0.072 28 D 0.295 0.314 0.149 0.153 0.059 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 29 Y 0.033 0.024 0.018 0.049 0.087 0.123 0.218 0.146 0.130 0.102 0.069 30 T 0.265 0.233 0.135 0.208 0.089 0.035 0.022 0.006 0.003 0.002 0.001 31 G 0.143 0.086 0.039 0.101 0.111 0.130 0.204 0.084 0.058 0.029 0.016 32 K 0.312 0.319 0.140 0.153 0.051 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 33 V 0.004 0.014 0.006 0.016 0.024 0.050 0.119 0.127 0.193 0.228 0.218 34 S 0.072 0.320 0.146 0.232 0.141 0.056 0.025 0.005 0.002 0.001 0.001 35 E 0.815 0.107 0.042 0.028 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.112 0.113 0.159 0.251 0.160 0.117 0.066 0.014 0.005 0.002 0.002 37 I 0.001 0.002 0.007 0.008 0.016 0.058 0.231 0.213 0.226 0.154 0.084 38 E 0.007 0.016 0.182 0.285 0.223 0.162 0.089 0.023 0.009 0.003 0.001 39 D 0.015 0.051 0.787 0.106 0.028 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 40 I 0.003 0.006 0.053 0.037 0.055 0.119 0.296 0.177 0.141 0.080 0.033 41 I 0.001 0.002 0.020 0.012 0.022 0.044 0.205 0.190 0.215 0.184 0.104 42 K 0.012 0.056 0.661 0.144 0.076 0.031 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 43 K 0.041 0.095 0.411 0.190 0.128 0.077 0.041 0.011 0.004 0.002 0.001 44 G 0.500 0.150 0.074 0.055 0.044 0.041 0.057 0.033 0.024 0.015 0.007 45 E 0.164 0.170 0.141 0.184 0.118 0.085 0.078 0.031 0.017 0.009 0.004 46 T 0.163 0.131 0.160 0.130 0.106 0.083 0.100 0.056 0.040 0.023 0.009 47 Q 0.264 0.152 0.177 0.175 0.088 0.057 0.045 0.020 0.012 0.006 0.003 48 T 0.243 0.135 0.104 0.099 0.085 0.077 0.101 0.062 0.047 0.031 0.016 49 L 0.267 0.161 0.066 0.118 0.095 0.075 0.071 0.052 0.046 0.031 0.017