# TARGET T0342 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.73689 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.034 0.001 0.018 0.028 0.016 0.016 0.048 0.001 0.001 0.006 0.832 2 K 0.022 0.001 0.011 0.086 0.033 0.028 0.133 0.001 0.001 0.005 0.681 3 I 0.007 0.001 0.015 0.241 0.036 0.036 0.037 0.001 0.001 0.003 0.626 4 I 0.001 0.001 0.001 0.737 0.082 0.114 0.043 0.001 0.001 0.001 0.023 5 C 0.001 0.001 0.001 0.794 0.036 0.075 0.016 0.001 0.001 0.001 0.077 6 M 0.001 0.001 0.001 0.929 0.017 0.034 0.007 0.001 0.001 0.001 0.012 7 G 0.002 0.001 0.001 0.463 0.037 0.051 0.081 0.001 0.001 0.002 0.364 8 A 0.002 0.001 0.001 0.410 0.028 0.081 0.041 0.001 0.001 0.002 0.435 9 K 0.001 0.002 0.001 0.212 0.091 0.196 0.140 0.001 0.001 0.002 0.356 10 E 0.157 0.017 0.001 0.022 0.025 0.062 0.119 0.001 0.001 0.020 0.577 11 N 0.359 0.122 0.001 0.006 0.006 0.014 0.070 0.008 0.001 0.004 0.409 12 G 0.680 0.041 0.006 0.005 0.004 0.003 0.031 0.018 0.001 0.010 0.201 13 L 0.217 0.026 0.338 0.007 0.004 0.006 0.117 0.001 0.001 0.006 0.277 14 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.985 15 L 0.014 0.007 0.001 0.042 0.008 0.020 0.145 0.001 0.001 0.003 0.759 16 E 0.098 0.038 0.001 0.011 0.004 0.008 0.160 0.001 0.001 0.006 0.673 17 Y 0.130 0.401 0.001 0.035 0.017 0.024 0.100 0.003 0.001 0.004 0.287 18 Q 0.096 0.599 0.001 0.032 0.009 0.025 0.029 0.002 0.001 0.004 0.203 19 E 0.048 0.649 0.001 0.009 0.008 0.012 0.023 0.003 0.001 0.002 0.245 20 K 0.084 0.705 0.003 0.008 0.014 0.021 0.018 0.019 0.001 0.002 0.127 21 L 0.082 0.778 0.007 0.014 0.013 0.024 0.006 0.017 0.001 0.001 0.058 22 K 0.063 0.665 0.007 0.019 0.026 0.045 0.015 0.040 0.001 0.001 0.119 23 A 0.241 0.378 0.011 0.012 0.015 0.032 0.013 0.091 0.001 0.001 0.205 24 I 0.341 0.241 0.038 0.047 0.034 0.035 0.013 0.100 0.001 0.002 0.148 25 E 0.110 0.046 0.072 0.052 0.090 0.075 0.108 0.017 0.001 0.003 0.427 26 P 0.001 0.001 0.008 0.004 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.975 27 N 0.005 0.001 0.001 0.051 0.028 0.080 0.357 0.001 0.001 0.002 0.475 28 D 0.395 0.004 0.001 0.016 0.006 0.010 0.114 0.001 0.001 0.039 0.415 29 Y 0.270 0.070 0.003 0.062 0.028 0.030 0.217 0.002 0.001 0.018 0.299 30 T 0.146 0.030 0.003 0.065 0.028 0.038 0.269 0.002 0.001 0.017 0.402 31 G 0.237 0.035 0.005 0.053 0.018 0.026 0.128 0.003 0.001 0.014 0.481 32 K 0.129 0.026 0.033 0.027 0.035 0.060 0.175 0.002 0.001 0.011 0.503 33 V 0.036 0.012 0.015 0.024 0.047 0.088 0.160 0.001 0.001 0.004 0.613 34 S 0.011 0.006 0.002 0.020 0.011 0.028 0.057 0.001 0.001 0.002 0.863 35 E 0.009 0.008 0.001 0.007 0.005 0.008 0.079 0.001 0.001 0.002 0.882 36 E 0.070 0.032 0.001 0.006 0.004 0.009 0.360 0.001 0.001 0.010 0.508 37 I 0.164 0.344 0.003 0.017 0.007 0.019 0.140 0.002 0.001 0.007 0.296 38 E 0.019 0.782 0.001 0.007 0.003 0.010 0.023 0.001 0.001 0.001 0.154 39 D 0.030 0.763 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.002 0.001 0.001 0.191 40 I 0.055 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.040 41 I 0.023 0.953 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 42 K 0.027 0.895 0.003 0.001 0.002 0.008 0.002 0.007 0.001 0.001 0.055 43 K 0.078 0.782 0.002 0.002 0.002 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 0.101 44 G 0.219 0.529 0.005 0.003 0.004 0.002 0.003 0.046 0.001 0.001 0.188 45 E 0.148 0.354 0.079 0.006 0.005 0.009 0.036 0.013 0.001 0.002 0.348 46 T 0.056 0.198 0.035 0.020 0.023 0.038 0.110 0.015 0.001 0.002 0.503 47 Q 0.206 0.152 0.010 0.030 0.020 0.029 0.093 0.007 0.001 0.006 0.444 48 T 0.169 0.114 0.017 0.027 0.029 0.038 0.109 0.006 0.001 0.007 0.484 49 L 0.072 0.063 0.024 0.051 0.044 0.057 0.085 0.003 0.001 0.005 0.596