# TARGET T0342 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.73689 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.245 0.338 0.246 0.129 0.037 0.005 0.001 2 K 0.196 0.389 0.277 0.110 0.025 0.004 0.001 3 I 0.023 0.066 0.151 0.292 0.304 0.156 0.008 4 I 0.012 0.022 0.039 0.130 0.305 0.430 0.063 5 C 0.011 0.030 0.075 0.172 0.258 0.338 0.115 6 M 0.050 0.082 0.069 0.099 0.171 0.325 0.204 7 G 0.058 0.140 0.179 0.238 0.198 0.151 0.037 8 A 0.153 0.100 0.135 0.225 0.257 0.116 0.013 9 K 0.387 0.347 0.171 0.072 0.019 0.004 0.001 10 E 0.611 0.270 0.081 0.028 0.008 0.002 0.001 11 N 0.457 0.220 0.187 0.100 0.031 0.005 0.001 12 G 0.680 0.209 0.070 0.028 0.010 0.003 0.001 13 L 0.441 0.198 0.138 0.136 0.066 0.019 0.002 14 P 0.312 0.262 0.191 0.135 0.072 0.025 0.002 15 L 0.587 0.249 0.106 0.041 0.014 0.004 0.001 16 E 0.418 0.354 0.151 0.057 0.015 0.004 0.001 17 Y 0.093 0.071 0.141 0.280 0.328 0.083 0.003 18 Q 0.353 0.234 0.220 0.146 0.041 0.006 0.001 19 E 0.642 0.292 0.053 0.012 0.002 0.001 0.001 20 K 0.366 0.221 0.217 0.150 0.041 0.005 0.001 21 L 0.189 0.102 0.135 0.247 0.246 0.079 0.002 22 K 0.392 0.373 0.165 0.056 0.011 0.002 0.001 23 A 0.323 0.295 0.188 0.131 0.050 0.012 0.001 24 I 0.089 0.092 0.139 0.242 0.296 0.131 0.011 25 E 0.256 0.348 0.212 0.131 0.042 0.011 0.001 26 P 0.374 0.331 0.171 0.087 0.031 0.006 0.001 27 N 0.141 0.193 0.264 0.239 0.137 0.025 0.001 28 D 0.538 0.356 0.088 0.016 0.002 0.001 0.001 29 Y 0.142 0.199 0.251 0.265 0.126 0.017 0.001 30 T 0.385 0.385 0.160 0.056 0.012 0.002 0.001 31 G 0.164 0.218 0.256 0.262 0.089 0.011 0.001 32 K 0.244 0.457 0.218 0.069 0.011 0.001 0.001 33 V 0.023 0.063 0.184 0.400 0.292 0.038 0.001 34 S 0.255 0.431 0.228 0.070 0.014 0.002 0.001 35 E 0.753 0.215 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 36 E 0.315 0.282 0.227 0.142 0.030 0.004 0.001 37 I 0.055 0.077 0.163 0.369 0.276 0.059 0.001 38 E 0.160 0.359 0.330 0.125 0.024 0.002 0.001 39 D 0.551 0.341 0.083 0.020 0.003 0.001 0.001 40 I 0.081 0.119 0.248 0.326 0.193 0.032 0.001 41 I 0.103 0.088 0.193 0.331 0.240 0.045 0.001 42 K 0.592 0.318 0.075 0.013 0.002 0.001 0.001 43 K 0.732 0.216 0.043 0.008 0.001 0.001 0.001 44 G 0.764 0.149 0.048 0.027 0.010 0.002 0.001 45 E 0.824 0.126 0.034 0.012 0.003 0.001 0.001 46 T 0.829 0.122 0.035 0.012 0.003 0.001 0.001 47 Q 0.833 0.131 0.028 0.007 0.001 0.001 0.001 48 T 0.784 0.154 0.047 0.013 0.002 0.001 0.001 49 L 0.837 0.109 0.036 0.014 0.003 0.001 0.001