PFRMAT RR TARGET T0342 AUTHOR 5370-1100-4902 REMARK From group SAM-TO6 under the direction of REMARK Kevin Karplus. REMARK Residue-residue contact predictions REMARK by George Shackelford and Kevin Karplus REMARK The value given is an approximation of the probability REMARK as provided by the neural network. REMARK The predictions are limited to a score >= .18 which REMARK is an approximation of the probability. REMARK METHOD The predictor is an artificial neural network. METHOD NN: logseploglen.5xt04_ent.5xnearNS_str2.miRpz_entR_pplR.n45.net METHOD Inputs may include separation and sequence length, METHOD e-value statistic based on mutual information values, METHOD a statistic based on propensity of residues in contact. METHOD Other inputs are distributions from alignments and METHOD secondary predictions from SAM-t04 and/or SAM-t06 of METHOD the University of California, Santa Cruz MODEL 1 KKIICMGAKENGLPLEYQEKLKAIEPNDYTGKVSEEIEDIIKKGETQTL 142 151 0 8 0.257619355889 142 152 0 8 0.333010666327 142 153 0 8 0.225279740103 142 154 0 8 0.148337582824 142 155 0 8 0.0964807971387 142 156 0 8 0.262715543759 142 157 0 8 0.15156718535 142 158 0 8 0.0777319915799 142 159 0 8 0.254835417692 142 160 0 8 0.347572329163 142 161 0 8 0.0836638813928 142 162 0 8 0.232373284894 142 163 0 8 0.383365430016 142 164 0 8 0.243512616008 142 165 0 8 0.239578083116 142 166 0 8 0.143918999915 142 167 0 8 0.136831635871 142 168 0 8 0.264714852494 142 169 0 8 0.151985524275 142 170 0 8 0.134014191524 142 171 0 8 0.214321602443 142 172 0 8 0.263462763441 142 173 0 8 0.258666179109 142 174 0 8 0.0813711498654 142 175 0 8 0.151522944219 142 176 0 8 0.66403688641 142 177 0 8 0.143096960675 142 178 0 8 0.0753358138797 142 181 0 8 0.0751028973398 142 182 0 8 0.173599593638 143 152 0 8 0.414317083942 143 153 0 8 0.173705967532 143 154 0 8 0.160861075778 143 155 0 8 0.0764486734931 143 156 0 8 0.282927036988 143 157 0 8 0.154860221849 143 158 0 8 0.0801837959955 143 159 0 8 0.351609237113 143 160 0 8 0.416281453771 143 161 0 8 0.0655370540802 143 162 0 8 0.244881488634 143 163 0 8 0.527894230104 143 164 0 8 0.205471749832 143 165 0 8 0.144023747298 143 166 0 8 0.175847758732 143 167 0 8 0.106824113206 143 168 0 8 0.457410377483 143 169 0 8 0.143436576412 143 170 0 8 0.180922476642 143 171 0 8 0.196922151364 143 172 0 8 0.336007490605 143 173 0 8 0.19827638538 143 174 0 8 0.0560356207019 143 175 0 8 0.214428626942 143 176 0 8 0.526326319204 143 177 0 8 0.185512168628 143 178 0 8 0.0660809597434 143 181 0 8 0.18094492251 143 182 0 8 0.0978314528285 144 153 0 8 0.182740266621 144 154 0 8 0.281014870056 144 155 0 8 0.119102978733 144 156 0 8 0.251287344087 144 157 0 8 0.164313185166 144 158 0 8 0.0721537055085 144 159 0 8 0.221228423639 144 160 0 8 0.246190505612 144 161 0 8 0.0851440074497 144 162 0 8 0.0966577616607 144 163 0 8 0.230784833128 144 164 0 8 0.238503283887 144 165 0 8 0.145110582717 144 166 0 8 0.183481305557 144 167 0 8 0.109314953913 144 168 0 8 0.225559825495 144 169 0 8 0.150362265148 144 170 0 8 0.248086693477 144 171 0 8 0.2087605574 144 172 0 8 0.248122151442 144 173 0 8 0.226180502532 144 174 0 8 0.0760290333583 144 175 0 8 0.165601708091 144 176 0 8 0.256427773088 144 177 0 8 0.111599878183 144 178 0 8 0.15254179143 144 181 0 8 0.0554025821729 144 182 0 8 0.257943682412 145 154 0 8 0.249373915193 145 155 0 8 0.162322659596 145 156 0 8 0.275076652893 145 157 0 8 0.188985747977 145 158 0 8 0.0700626614878 145 159 0 8 0.225715645359 145 160 0 8 0.223756348823 145 161 0 8 0.0647856054667 145 162 0 8 0.0783809699279 145 163 0 8 0.232897347109 145 164 0 8 0.0756451764908 145 165 0 8 0.109986052827 145 166 0 8 0.22775041206 145 167 0 8 0.14649376865 145 168 0 8 0.21782445901 145 169 0 8 0.218964644028 145 170 0 8 0.264907756836 145 171 0 8 0.243173650876 145 172 0 8 0.255567673462 145 173 0 8 0.223786927251 145 174 0 8 0.100434522874 145 175 0 8 0.179108590292 145 176 0 8 0.25478955005 145 177 0 8 0.101948155081 145 178 0 8 0.0650751246295 145 181 0 8 0.05429915633 145 182 0 8 0.0644108570672 146 155 0 8 0.138371617575 146 156 0 8 0.233717759837 146 157 0 8 0.127873782853 146 158 0 8 0.0718684152773 146 159 0 8 0.153787699737 146 160 0 8 0.0911552710555 146 161 0 8 0.0658226696139 146 162 0 8 0.0842692692152 146 163 0 8 0.106830293952 146 164 0 8 0.081580319328 146 165 0 8 0.0990936262573 146 166 0 8 0.250895029357 146 167 0 8 0.204787638821 146 168 0 8 0.238749212524 146 169 0 8 0.23224966997 146 170 0 8 0.291145010063 146 171 0 8 0.24662250724 146 172 0 8 0.221020230083 146 173 0 8 0.223669167772 146 174 0 8 0.090217749452 146 175 0 8 0.115702267129 146 176 0 8 0.16316389168 146 177 0 8 0.0699091187408 146 178 0 8 0.0648265935729 146 181 0 8 0.0541016977549 146 182 0 8 0.0622612586091 147 156 0 8 0.295116643664 147 157 0 8 0.244900681477 147 158 0 8 0.0822950087669 147 159 0 8 0.251129572409 147 160 0 8 0.246832977912 147 161 0 8 0.0687324998511 147 162 0 8 0.0979833690634 147 163 0 8 0.240203964991 147 164 0 8 0.0866882180854 147 165 0 8 0.175830517703 147 166 0 8 0.258849974982 147 167 0 8 0.213750371375 147 168 0 8 0.256874413324 147 169 0 8 0.241092040625 147 170 0 8 0.263731788551 147 171 0 8 0.242352587542 147 172 0 8 0.263687872723 147 173 0 8 0.235108753029 147 174 0 8 0.132382149232 147 175 0 8 0.225566982149 147 176 0 8 0.25984962935 147 177 0 8 0.121697590915 147 178 0 8 0.0700782760045 147 181 0 8 0.0560691268522 147 182 0 8 0.0690373082281 148 157 0 8 0.218224906302 148 158 0 8 0.0902941955231 148 159 0 8 0.247628017051 148 160 0 8 0.162876974937 148 161 0 8 0.131885412421 148 162 0 8 0.161822019156 148 163 0 8 0.202376497209 148 164 0 8 0.225196787983 148 165 0 8 0.237406689395 148 166 0 8 0.249683277804 148 167 0 8 0.225772573285 148 168 0 8 0.253772329351 148 169 0 8 0.237853004329 148 170 0 8 0.257415391265 148 171 0 8 0.242429358916 148 172 0 8 0.227912087367 148 173 0 8 0.244357751721 148 174 0 8 0.177917332793 148 175 0 8 0.249782169743 148 176 0 8 0.234946427116 148 177 0 8 0.191887770956 148 178 0 8 0.126125607594 148 181 0 8 0.0673795670443 148 182 0 8 0.212332378083 149 158 0 8 0.0633080818292 149 159 0 8 0.198847291145 149 160 0 8 0.0952615636307 149 161 0 8 0.0655933314007 149 162 0 8 0.0876228119671 149 163 0 8 0.118339168627 149 164 0 8 0.0972960050286 149 165 0 8 0.192840581773 149 166 0 8 0.230093240161 149 167 0 8 0.121005672646 149 168 0 8 0.232118247789 149 169 0 8 0.196372390257 149 170 0 8 0.232527478246 149 171 0 8 0.208621002658 149 172 0 8 0.207721216136 149 173 0 8 0.235854996803 149 174 0 8 0.0693375623711 149 175 0 8 0.190709525554 149 176 0 8 0.231479679118 149 177 0 8 0.120878804699 149 178 0 8 0.0556120769379 149 181 0 8 0.0530467419741 149 182 0 8 0.0729894074514 150 159 0 8 0.208810979277 150 160 0 8 0.21373085323 150 161 0 8 0.075746670849 150 162 0 8 0.123437633614 150 163 0 8 0.217669289751 150 164 0 8 0.134294276916 150 165 0 8 0.195370458772 150 166 0 8 0.228007400979 150 167 0 8 0.127758625793 150 168 0 8 0.227949822449 150 169 0 8 0.189226797077 150 170 0 8 0.225512331341 150 171 0 8 0.194208803794 150 172 0 8 0.235602562117 150 173 0 8 0.233659856005 150 174 0 8 0.101440032686 150 175 0 8 0.187560923333 150 176 0 8 0.226510684499 150 177 0 8 0.163062722624 150 178 0 8 0.0702555658289 150 181 0 8 0.0651128597114 150 182 0 8 0.130267683436 151 160 0 8 0.0731042392093 151 161 0 8 0.0518356410268 151 162 0 8 0.110083968858 151 163 0 8 0.108470468805 151 164 0 8 0.0649905459977 151 165 0 8 0.0864966149541 151 166 0 8 0.113190932368 151 167 0 8 0.0751175359491 151 168 0 8 0.207227407047 151 169 0 8 0.0956259023524 151 170 0 8 0.106007604107 151 171 0 8 0.111498709127 151 172 0 8 0.102497590886 151 173 0 8 0.153568120597 151 174 0 8 0.0565330081175 151 175 0 8 0.124821470152 151 176 0 8 0.1014419845 151 177 0 8 0.0746484498449 151 178 0 8 0.0487211955611 151 181 0 8 0.0533271526688 151 182 0 8 0.0598829725427 152 161 0 8 0.0671934940543 152 162 0 8 0.141844871621 152 163 0 8 0.249988736786 152 164 0 8 0.105931158036 152 165 0 8 0.158594368445 152 166 0 8 0.221896920132 152 167 0 8 0.110163017349 152 168 0 8 0.22730604894 152 169 0 8 0.154356653688 152 170 0 8 0.235148765227 152 171 0 8 0.162751408199 152 172 0 8 0.259203578724 152 173 0 8 0.206367958027 152 174 0 8 0.0971327032086 152 175 0 8 0.137670590838 152 176 0 8 0.246959520557 152 177 0 8 0.109493544948 152 178 0 8 0.0637391075491 152 181 0 8 0.0582971231959 152 182 0 8 0.105428891084 153 162 0 8 0.0699218055356 153 163 0 8 0.106639016123 153 164 0 8 0.0689065366512 153 165 0 8 0.0863368914609 153 166 0 8 0.243346061164 153 167 0 8 0.106105845441 153 168 0 8 0.230029806187 153 169 0 8 0.172581071729 153 170 0 8 0.227529857012 153 171 0 8 0.168435092258 153 172 0 8 0.203752851791 153 173 0 8 0.207523106956 153 174 0 8 0.073936037523 153 175 0 8 0.0968233405976 153 176 0 8 0.167542462389 153 177 0 8 0.0849862357711 153 178 0 8 0.0520997866001 153 181 0 8 0.049901067475 153 182 0 8 0.0618302328893 154 163 0 8 0.127569299779 154 164 0 8 0.0730235642066 154 165 0 8 0.0869702552923 154 166 0 8 0.137535265027 154 167 0 8 0.0883641762053 154 168 0 8 0.190603802264 154 169 0 8 0.120617586847 154 170 0 8 0.179713978114 154 171 0 8 0.122206038614 154 172 0 8 0.152952648399 154 173 0 8 0.140355637096 154 174 0 8 0.0671053370958 154 175 0 8 0.0883157061432 154 176 0 8 0.107093138316 154 177 0 8 0.0801408560748 154 178 0 8 0.0505529735449 154 181 0 8 0.0487277016097 154 182 0 8 0.0802872421683 155 164 0 8 0.0671583613919 155 165 0 8 0.0849299584507 155 166 0 8 0.123232042478 155 167 0 8 0.0876182577331 155 168 0 8 0.15280951533 155 169 0 8 0.122966595695 155 170 0 8 0.114847697645 155 171 0 8 0.110264186405 155 172 0 8 0.117423442286 155 173 0 8 0.104493321295 155 174 0 8 0.0670770357843 155 175 0 8 0.0852738031193 155 176 0 8 0.0988408662691 155 177 0 8 0.0825842026272 155 178 0 8 0.0502693098259 155 181 0 8 0.0493900173573 155 182 0 8 0.0626373082183 156 165 0 8 0.178536383317 156 166 0 8 0.221845522349 156 167 0 8 0.117570153682 156 168 0 8 0.221249568297 156 169 0 8 0.158400162894 156 170 0 8 0.204805205153 156 171 0 8 0.179729267328 156 172 0 8 0.263310847206 156 173 0 8 0.208644424433 156 174 0 8 0.0865376030603 156 175 0 8 0.150465060716 156 176 0 8 0.263419498218 156 177 0 8 0.182992376005 156 178 0 8 0.0777388229309 156 181 0 8 0.0651899563873 156 182 0 8 0.132202582291 157 166 0 8 0.194788818027 157 167 0 8 0.0773211346106 157 168 0 8 0.190624296317 157 169 0 8 0.108314648941 157 170 0 8 0.126792802878 157 171 0 8 0.130552648365 157 172 0 8 0.188749578413 157 173 0 8 0.11999951223 157 174 0 8 0.0568677443181 157 175 0 8 0.0827982516263 157 176 0 8 0.178182779576 157 177 0 8 0.0897798923811 157 178 0 8 0.0531807665753 157 181 0 8 0.0524208600986 157 182 0 8 0.0729672868862 158 167 0 8 0.0538160822213 158 168 0 8 0.0941474028076 158 169 0 8 0.0571670225538 158 170 0 8 0.0618077870216 158 171 0 8 0.0585219071751 158 172 0 8 0.0758195385933 158 173 0 8 0.0628572126611 158 174 0 8 0.0502104300861 158 175 0 8 0.06128014648 158 176 0 8 0.083015878952 158 177 0 8 0.0807127377469 158 178 0 8 0.0516817729774 158 181 0 8 0.0524943784478 158 182 0 8 0.0543459998799 159 168 0 8 0.226508082079 159 169 0 8 0.117163525645 159 170 0 8 0.155960394668 159 171 0 8 0.111939168617 159 172 0 8 0.202546305078 159 173 0 8 0.141544617478 159 174 0 8 0.0697607808327 159 175 0 8 0.206947646957 159 176 0 8 0.227233831801 159 177 0 8 0.161113510463 159 178 0 8 0.0591930060884 159 181 0 8 0.0580115076623 159 182 0 8 0.080854244304 160 169 0 8 0.146409190018 160 170 0 8 0.193414089958 160 171 0 8 0.186578509994 160 172 0 8 0.287943150868 160 173 0 8 0.191290190392 160 174 0 8 0.077971088866 160 175 0 8 0.134513856056 160 176 0 8 0.295968163112 160 177 0 8 0.16915823956 160 178 0 8 0.0680480635382 160 181 0 8 0.0590062824935 160 182 0 8 0.093231025862 161 170 0 8 0.0750433669951 161 171 0 8 0.0772534717052 161 172 0 8 0.120137440461 161 173 0 8 0.0776906781712 161 174 0 8 0.0550990750056 161 175 0 8 0.0716426553908 161 176 0 8 0.134941628752 161 177 0 8 0.0629300804054 161 178 0 8 0.0618038833924 161 181 0 8 0.0529930670731 161 182 0 8 0.0822393820513 162 171 0 8 0.0713075938878 162 172 0 8 0.162155779449 162 173 0 8 0.0936470876701 162 174 0 8 0.0553053167463 162 175 0 8 0.0749812342309 162 176 0 8 0.150741567782 162 177 0 8 0.0704136628099 162 178 0 8 0.0529267053774 162 181 0 8 0.0524738843947 162 182 0 8 0.0591152588076 163 172 0 8 0.360783654795 163 173 0 8 0.229279984086 163 174 0 8 0.093652292509 163 175 0 8 0.176616448375 163 176 0 8 0.33901019818 163 177 0 8 0.181763383424 163 178 0 8 0.074752871925 163 181 0 8 0.0635468538129 163 182 0 8 0.135812138055 164 173 0 8 0.0911146082518 164 174 0 8 0.0542906984668 164 175 0 8 0.0733205653253 164 176 0 8 0.116007075506 164 177 0 8 0.0637316255932 164 178 0 8 0.052688909301 164 181 0 8 0.048951834984 164 182 0 8 0.0647745451841 165 174 0 8 0.0642566637154 165 175 0 8 0.118842736789 165 176 0 8 0.195235132961 165 177 0 8 0.0893550474074 165 178 0 8 0.0527838976106 165 181 0 8 0.0498864288657 165 182 0 8 0.0630351530903 166 175 0 8 0.200782189999 166 176 0 8 0.224724774157 166 177 0 8 0.168506008187 166 178 0 8 0.0720011386688 166 181 0 8 0.0608735184423 166 182 0 8 0.140295130844 167 176 0 8 0.126950249254 167 177 0 8 0.0821030803331 167 178 0 8 0.0514173021017 167 181 0 8 0.0489511843791 167 182 0 8 0.0567272136683 168 177 0 8 0.240698424685 168 178 0 8 0.122288340128 168 181 0 8 0.229657660207 168 182 0 8 0.186264918451 169 178 0 8 0.0536235031827 169 181 0 8 0.0491252211792 169 182 0 8 0.0573583003827 170 181 0 8 0.0584522924551 170 182 0 8 0.1092863273 171 181 0 8 0.0496883196857 171 182 0 8 0.0554351124159 172 181 0 8 0.0666931789168 172 182 0 8 0.144452170598 173 182 0 8 0.0754233202334 END