# TARGET T0341 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0341.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 857 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.014 0.007 0.024 0.065 0.235 0.656 2 A 0.035 0.019 0.100 0.157 0.337 0.353 3 A 0.034 0.011 0.151 0.214 0.342 0.248 4 R 0.043 0.008 0.283 0.167 0.376 0.123 5 R 0.028 0.004 0.138 0.087 0.503 0.239 6 A 0.046 0.010 0.093 0.040 0.412 0.400 7 L 0.159 0.007 0.020 0.008 0.384 0.422 8 K 0.426 0.002 0.013 0.003 0.167 0.388 9 A 0.979 0.002 0.001 0.001 0.005 0.013 10 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 11 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 12 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 13 D 0.800 0.010 0.001 0.001 0.146 0.042 14 L 0.141 0.004 0.007 0.007 0.783 0.059 15 N 0.028 0.003 0.008 0.004 0.920 0.037 16 G 0.057 0.007 0.011 0.008 0.860 0.057 17 T 0.411 0.034 0.009 0.023 0.269 0.255 18 L 0.676 0.070 0.007 0.028 0.081 0.138 19 H 0.569 0.025 0.022 0.051 0.156 0.178 20 I 0.223 0.015 0.053 0.065 0.366 0.279 21 E 0.042 0.008 0.066 0.133 0.380 0.371 22 D 0.025 0.007 0.095 0.193 0.368 0.311 23 A 0.017 0.007 0.111 0.324 0.317 0.224 24 A 0.015 0.014 0.101 0.382 0.254 0.234 25 V 0.009 0.004 0.060 0.598 0.186 0.144 26 P 0.003 0.001 0.039 0.814 0.087 0.055 27 G 0.005 0.003 0.035 0.831 0.073 0.053 28 A 0.005 0.003 0.019 0.926 0.025 0.022 29 Q 0.005 0.001 0.008 0.950 0.015 0.019 30 E 0.002 0.001 0.005 0.974 0.009 0.009 31 A 0.001 0.001 0.004 0.983 0.006 0.006 32 L 0.001 0.001 0.003 0.978 0.010 0.009 33 K 0.001 0.001 0.003 0.973 0.014 0.008 34 R 0.001 0.001 0.003 0.955 0.025 0.015 35 L 0.001 0.001 0.005 0.921 0.042 0.030 36 R 0.001 0.001 0.011 0.903 0.042 0.042 37 A 0.002 0.002 0.035 0.654 0.184 0.123 38 T 0.003 0.001 0.033 0.494 0.222 0.248 39 S 0.004 0.002 0.007 0.027 0.220 0.740 40 V 0.018 0.005 0.005 0.018 0.271 0.683 41 M 0.059 0.005 0.008 0.018 0.176 0.734 42 V 0.315 0.015 0.047 0.095 0.202 0.325 43 R 0.593 0.008 0.047 0.099 0.100 0.154 44 F 0.675 0.007 0.038 0.092 0.080 0.107 45 V 0.610 0.009 0.026 0.111 0.107 0.137 46 T 0.471 0.014 0.020 0.148 0.169 0.177 47 N 0.211 0.014 0.026 0.197 0.291 0.260 48 T 0.124 0.017 0.031 0.163 0.377 0.289 49 T 0.107 0.019 0.033 0.149 0.368 0.324 50 K 0.082 0.021 0.020 0.147 0.304 0.426 51 E 0.056 0.025 0.016 0.206 0.249 0.448 52 T 0.038 0.009 0.008 0.162 0.153 0.629 53 K 0.009 0.001 0.020 0.808 0.076 0.086 54 K 0.005 0.001 0.017 0.863 0.068 0.045 55 D 0.003 0.001 0.020 0.905 0.049 0.022 56 L 0.003 0.001 0.008 0.934 0.032 0.022 57 L 0.002 0.001 0.009 0.921 0.042 0.025 58 E 0.002 0.001 0.007 0.928 0.041 0.022 59 R 0.001 0.001 0.009 0.920 0.041 0.028 60 L 0.002 0.002 0.022 0.875 0.066 0.033 61 K 0.001 0.001 0.046 0.833 0.079 0.040 62 K 0.002 0.001 0.035 0.811 0.091 0.061 63 L 0.002 0.001 0.022 0.725 0.098 0.151 64 E 0.006 0.003 0.008 0.114 0.181 0.687 65 F 0.028 0.008 0.016 0.087 0.238 0.622 66 E 0.066 0.017 0.022 0.093 0.254 0.548 67 I 0.071 0.023 0.040 0.162 0.286 0.418 68 S 0.079 0.012 0.032 0.134 0.221 0.523 69 E 0.043 0.004 0.182 0.406 0.218 0.147 70 D 0.033 0.005 0.210 0.494 0.168 0.090 71 E 0.036 0.004 0.180 0.520 0.163 0.096 72 I 0.046 0.009 0.060 0.602 0.140 0.142 73 F 0.051 0.010 0.025 0.638 0.098 0.178 74 T 0.051 0.012 0.021 0.577 0.105 0.234 75 S 0.017 0.003 0.021 0.735 0.077 0.147 76 L 0.007 0.002 0.020 0.770 0.067 0.134 77 T 0.004 0.001 0.018 0.921 0.030 0.027 78 A 0.004 0.001 0.015 0.934 0.026 0.021 79 A 0.003 0.001 0.009 0.948 0.017 0.021 80 R 0.003 0.001 0.008 0.955 0.018 0.015 81 N 0.002 0.001 0.010 0.955 0.020 0.013 82 L 0.002 0.001 0.013 0.952 0.020 0.012 83 I 0.002 0.001 0.017 0.921 0.035 0.024 84 E 0.003 0.001 0.024 0.889 0.053 0.031 85 Q 0.003 0.001 0.017 0.840 0.077 0.063 86 K 0.004 0.001 0.015 0.716 0.110 0.154 87 Q 0.012 0.005 0.022 0.434 0.211 0.316 88 V 0.022 0.006 0.037 0.409 0.257 0.270 89 R 0.032 0.004 0.058 0.360 0.278 0.267 90 P 0.069 0.006 0.074 0.390 0.237 0.223 91 M 0.172 0.011 0.065 0.374 0.167 0.212 92 L 0.251 0.011 0.055 0.368 0.136 0.180 93 L 0.282 0.011 0.047 0.385 0.117 0.158 94 L 0.281 0.011 0.034 0.365 0.133 0.175 95 D 0.159 0.009 0.028 0.353 0.188 0.263 96 D 0.080 0.007 0.029 0.261 0.278 0.344 97 R 0.043 0.005 0.050 0.349 0.300 0.252 98 A 0.037 0.009 0.055 0.423 0.258 0.219 99 L 0.031 0.008 0.055 0.447 0.239 0.220 100 P 0.022 0.005 0.044 0.541 0.178 0.210 101 E 0.017 0.004 0.047 0.635 0.143 0.154 102 F 0.013 0.004 0.057 0.668 0.132 0.125 103 T 0.011 0.003 0.056 0.710 0.123 0.097 104 G 0.012 0.003 0.046 0.715 0.125 0.100 105 V 0.009 0.002 0.041 0.738 0.126 0.084 106 Q 0.009 0.002 0.032 0.708 0.134 0.114 107 T 0.012 0.003 0.029 0.611 0.153 0.191 108 Q 0.021 0.005 0.025 0.593 0.157 0.199 109 D 0.032 0.003 0.022 0.653 0.131 0.158 110 P 0.056 0.003 0.024 0.639 0.122 0.155 111 N 0.101 0.005 0.034 0.675 0.085 0.101 112 A 0.169 0.005 0.038 0.636 0.071 0.081 113 V 0.222 0.005 0.037 0.597 0.066 0.073 114 V 0.197 0.006 0.029 0.600 0.074 0.095 115 I 0.217 0.008 0.023 0.482 0.112 0.157 116 G 0.126 0.007 0.044 0.427 0.196 0.200 117 L 0.092 0.007 0.061 0.260 0.312 0.268 118 A 0.086 0.010 0.080 0.245 0.331 0.248 119 P 0.099 0.014 0.057 0.194 0.357 0.279 120 E 0.069 0.015 0.048 0.196 0.357 0.316 121 H 0.040 0.015 0.037 0.195 0.285 0.428 122 F 0.026 0.007 0.033 0.276 0.319 0.339 123 H 0.013 0.003 0.049 0.540 0.223 0.171 124 Y 0.017 0.006 0.049 0.611 0.167 0.149 125 Q 0.010 0.002 0.021 0.872 0.054 0.040 126 L 0.008 0.001 0.008 0.928 0.027 0.028 127 L 0.005 0.001 0.006 0.955 0.017 0.015 128 N 0.004 0.001 0.004 0.963 0.013 0.016 129 Q 0.002 0.001 0.003 0.959 0.014 0.022 130 A 0.002 0.001 0.002 0.971 0.013 0.012 131 F 0.001 0.001 0.003 0.980 0.010 0.006 132 R 0.001 0.001 0.010 0.955 0.023 0.010 133 L 0.001 0.001 0.026 0.925 0.033 0.014 134 L 0.002 0.001 0.039 0.870 0.066 0.022 135 L 0.003 0.001 0.036 0.680 0.139 0.142 136 D 0.004 0.001 0.005 0.014 0.171 0.807 137 G 0.050 0.003 0.004 0.003 0.209 0.732 138 A 0.319 0.007 0.005 0.002 0.161 0.505 139 P 0.922 0.003 0.002 0.001 0.024 0.047 140 L 0.979 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 141 I 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 142 A 0.954 0.001 0.001 0.001 0.014 0.030 143 I 0.840 0.006 0.001 0.002 0.039 0.113 144 H 0.268 0.014 0.003 0.007 0.362 0.346 145 K 0.039 0.012 0.012 0.027 0.551 0.358 146 A 0.022 0.009 0.023 0.050 0.560 0.337 147 R 0.019 0.009 0.119 0.277 0.456 0.119 148 Y 0.033 0.007 0.079 0.407 0.256 0.218 149 Y 0.061 0.015 0.108 0.501 0.208 0.109 150 K 0.055 0.007 0.089 0.543 0.175 0.131 151 R 0.070 0.009 0.092 0.514 0.183 0.133 152 K 0.071 0.006 0.116 0.549 0.164 0.093 153 D 0.061 0.005 0.115 0.539 0.175 0.106 154 G 0.057 0.006 0.116 0.494 0.196 0.130 155 L 0.052 0.007 0.084 0.469 0.207 0.180 156 A 0.044 0.006 0.048 0.393 0.245 0.263 157 L 0.021 0.006 0.026 0.270 0.283 0.395 158 G 0.014 0.006 0.015 0.135 0.288 0.541 159 P 0.014 0.004 0.042 0.482 0.245 0.213 160 G 0.015 0.005 0.052 0.635 0.163 0.131 161 P 0.016 0.005 0.063 0.786 0.079 0.051 162 F 0.022 0.006 0.043 0.867 0.027 0.034 163 V 0.010 0.001 0.021 0.942 0.011 0.014 164 T 0.009 0.001 0.018 0.945 0.011 0.016 165 A 0.007 0.001 0.013 0.960 0.008 0.011 166 L 0.007 0.001 0.011 0.968 0.008 0.006 167 E 0.006 0.001 0.014 0.964 0.011 0.005 168 Y 0.006 0.001 0.015 0.942 0.024 0.012 169 A 0.008 0.001 0.013 0.892 0.047 0.039 170 T 0.018 0.006 0.021 0.707 0.117 0.130 171 D 0.029 0.012 0.028 0.346 0.255 0.330 172 T 0.026 0.008 0.071 0.240 0.334 0.320 173 K 0.030 0.006 0.152 0.158 0.432 0.222 174 A 0.042 0.009 0.227 0.170 0.383 0.169 175 M 0.075 0.020 0.189 0.158 0.397 0.162 176 V 0.092 0.018 0.121 0.114 0.411 0.245 177 V 0.119 0.012 0.051 0.072 0.404 0.342 178 G 0.089 0.023 0.022 0.031 0.387 0.447 179 K 0.041 0.032 0.009 0.021 0.464 0.431 180 P 0.014 0.012 0.041 0.051 0.531 0.350 181 E 0.006 0.007 0.016 0.035 0.341 0.595 182 K 0.002 0.002 0.092 0.668 0.160 0.076 183 T 0.001 0.001 0.033 0.820 0.090 0.054 184 F 0.001 0.001 0.022 0.948 0.018 0.011 185 F 0.001 0.001 0.005 0.988 0.004 0.001 186 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.005 0.001 187 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 188 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 189 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 190 R 0.001 0.001 0.006 0.985 0.007 0.002 191 D 0.001 0.001 0.007 0.964 0.016 0.013 192 A 0.002 0.001 0.008 0.798 0.042 0.149 193 D 0.002 0.001 0.001 0.006 0.045 0.945 194 C 0.013 0.009 0.001 0.002 0.061 0.915 195 A 0.025 0.005 0.003 0.007 0.162 0.798 196 P 0.017 0.005 0.652 0.080 0.190 0.057 197 E 0.043 0.001 0.729 0.045 0.144 0.039 198 E 0.156 0.002 0.679 0.038 0.101 0.025 199 A 0.796 0.007 0.030 0.030 0.031 0.107 200 V 0.951 0.009 0.004 0.010 0.009 0.018 201 M 0.951 0.004 0.002 0.008 0.010 0.025 202 I 0.787 0.003 0.014 0.022 0.081 0.094 203 G 0.190 0.017 0.025 0.045 0.371 0.353 204 D 0.040 0.017 0.014 0.048 0.478 0.403 205 D 0.013 0.018 0.023 0.068 0.624 0.255 206 C 0.002 0.003 0.056 0.644 0.235 0.060 207 R 0.002 0.001 0.042 0.796 0.135 0.024 208 D 0.002 0.002 0.018 0.888 0.074 0.015 209 D 0.001 0.001 0.005 0.953 0.025 0.015 210 V 0.002 0.001 0.005 0.961 0.023 0.008 211 D 0.001 0.001 0.004 0.977 0.014 0.003 212 G 0.001 0.001 0.005 0.981 0.011 0.002 213 A 0.001 0.001 0.008 0.975 0.013 0.002 214 Q 0.001 0.001 0.015 0.959 0.018 0.006 215 N 0.003 0.001 0.021 0.939 0.026 0.010 216 I 0.005 0.001 0.020 0.803 0.070 0.100 217 G 0.007 0.001 0.002 0.010 0.094 0.886 218 M 0.071 0.001 0.003 0.003 0.142 0.780 219 L 0.474 0.004 0.005 0.003 0.108 0.405 220 G 0.945 0.004 0.002 0.002 0.015 0.033 221 I 0.983 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 222 L 0.978 0.001 0.001 0.003 0.006 0.011 223 V 0.909 0.003 0.002 0.007 0.030 0.050 224 K 0.634 0.014 0.005 0.015 0.205 0.126 225 T 0.147 0.011 0.016 0.032 0.522 0.272 226 G 0.073 0.007 0.009 0.014 0.554 0.343 227 K 0.176 0.036 0.012 0.018 0.388 0.370 228 Y 0.193 0.073 0.009 0.029 0.223 0.473 229 K 0.111 0.026 0.023 0.105 0.292 0.444 230 A 0.013 0.003 0.282 0.368 0.255 0.079 231 A 0.008 0.003 0.322 0.366 0.245 0.055 232 D 0.008 0.002 0.305 0.352 0.266 0.066 233 E 0.017 0.008 0.124 0.422 0.249 0.179 234 E 0.021 0.009 0.088 0.391 0.269 0.222 235 K 0.021 0.007 0.047 0.201 0.299 0.425 236 I 0.021 0.005 0.054 0.092 0.350 0.477 237 N 0.028 0.012 0.056 0.076 0.374 0.455 238 P 0.044 0.017 0.048 0.070 0.340 0.481 239 P 0.047 0.014 0.046 0.037 0.366 0.490 240 P 0.086 0.007 0.043 0.038 0.287 0.540 241 Y 0.315 0.008 0.050 0.026 0.246 0.355 242 L 0.692 0.019 0.023 0.014 0.100 0.151 243 T 0.844 0.018 0.007 0.007 0.032 0.092 244 C 0.779 0.013 0.013 0.016 0.071 0.109 245 E 0.244 0.018 0.021 0.058 0.248 0.410 246 S 0.048 0.017 0.007 0.050 0.198 0.680 247 F 0.001 0.001 0.044 0.923 0.024 0.009 248 P 0.001 0.001 0.026 0.950 0.018 0.006 249 H 0.001 0.001 0.032 0.956 0.010 0.002 250 A 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.002 251 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 252 D 0.001 0.001 0.002 0.992 0.005 0.002 253 H 0.001 0.001 0.003 0.992 0.004 0.001 254 I 0.001 0.001 0.005 0.987 0.007 0.001 255 L 0.001 0.001 0.014 0.966 0.017 0.003 256 Q 0.001 0.001 0.021 0.907 0.049 0.023 257 H 0.001 0.001 0.023 0.743 0.077 0.156 258 L 0.002 0.010 0.013 0.388 0.076 0.510 259 L 0.001 0.001 0.001 0.014 0.023 0.961