# TARGET T0341 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0341.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 857 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.048 0.047 0.030 0.016 0.035 0.128 0.007 0.690 2 A 0.076 0.076 0.019 0.013 0.038 0.216 0.008 0.555 3 A 0.077 0.156 0.008 0.008 0.023 0.149 0.008 0.570 4 R 0.140 0.420 0.008 0.008 0.022 0.147 0.012 0.243 5 R 0.152 0.586 0.008 0.013 0.012 0.053 0.023 0.154 6 A 0.447 0.218 0.011 0.013 0.014 0.044 0.068 0.185 7 L 0.489 0.105 0.111 0.050 0.053 0.040 0.052 0.100 8 K 0.069 0.050 0.364 0.178 0.154 0.046 0.028 0.112 9 A 0.007 0.011 0.480 0.100 0.145 0.029 0.006 0.222 10 V 0.002 0.002 0.785 0.099 0.091 0.006 0.002 0.012 11 L 0.001 0.001 0.822 0.072 0.056 0.005 0.001 0.043 12 V 0.001 0.001 0.845 0.059 0.060 0.005 0.001 0.029 13 D 0.001 0.001 0.529 0.155 0.173 0.025 0.001 0.115 14 L 0.003 0.002 0.368 0.060 0.216 0.085 0.003 0.264 15 N 0.005 0.001 0.030 0.010 0.030 0.618 0.007 0.299 16 G 0.244 0.005 0.045 0.042 0.019 0.130 0.093 0.422 17 T 0.439 0.002 0.026 0.011 0.023 0.409 0.007 0.084 18 L 0.041 0.010 0.107 0.183 0.220 0.113 0.006 0.319 19 H 0.023 0.019 0.042 0.199 0.506 0.080 0.003 0.128 20 I 0.029 0.019 0.058 0.184 0.371 0.067 0.006 0.267 21 E 0.038 0.033 0.035 0.079 0.199 0.104 0.007 0.505 22 D 0.087 0.029 0.014 0.028 0.076 0.138 0.017 0.611 23 A 0.115 0.035 0.018 0.017 0.023 0.127 0.021 0.644 24 A 0.117 0.047 0.019 0.008 0.014 0.250 0.031 0.513 25 V 0.290 0.064 0.029 0.013 0.027 0.145 0.011 0.422 26 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 27 G 0.005 0.039 0.004 0.004 0.011 0.236 0.001 0.700 28 A 0.135 0.388 0.006 0.002 0.005 0.079 0.006 0.378 29 Q 0.023 0.816 0.002 0.001 0.004 0.014 0.002 0.138 30 E 0.009 0.894 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.076 31 A 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 32 L 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 33 K 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 34 R 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 35 L 0.011 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 36 R 0.024 0.949 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 37 A 0.058 0.845 0.015 0.003 0.002 0.005 0.026 0.045 38 T 0.183 0.584 0.031 0.007 0.004 0.013 0.075 0.103 39 S 0.284 0.199 0.054 0.009 0.006 0.028 0.096 0.324 40 V 0.098 0.082 0.280 0.027 0.023 0.078 0.024 0.388 41 M 0.025 0.043 0.134 0.044 0.044 0.122 0.011 0.576 42 V 0.025 0.041 0.162 0.060 0.083 0.069 0.007 0.553 43 R 0.023 0.044 0.288 0.127 0.122 0.076 0.005 0.314 44 F 0.020 0.041 0.187 0.094 0.127 0.070 0.005 0.456 45 V 0.028 0.068 0.299 0.153 0.208 0.054 0.007 0.184 46 T 0.021 0.119 0.162 0.116 0.145 0.070 0.008 0.359 47 N 0.055 0.096 0.108 0.053 0.096 0.075 0.023 0.494 48 T 0.129 0.046 0.055 0.019 0.031 0.287 0.020 0.414 49 T 0.136 0.040 0.022 0.011 0.018 0.253 0.019 0.502 50 K 0.084 0.086 0.032 0.013 0.023 0.193 0.013 0.557 51 E 0.046 0.086 0.017 0.008 0.011 0.388 0.009 0.436 52 T 0.078 0.201 0.009 0.005 0.010 0.365 0.008 0.324 53 K 0.075 0.416 0.010 0.004 0.014 0.043 0.006 0.433 54 K 0.022 0.270 0.008 0.002 0.006 0.204 0.005 0.483 55 D 0.036 0.343 0.001 0.001 0.002 0.343 0.005 0.269 56 L 0.012 0.952 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.029 57 L 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 58 E 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.022 59 R 0.012 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 60 L 0.011 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 61 K 0.022 0.937 0.003 0.001 0.002 0.003 0.011 0.022 62 K 0.066 0.853 0.009 0.002 0.001 0.003 0.023 0.041 63 L 0.193 0.657 0.027 0.004 0.004 0.007 0.057 0.053 64 E 0.296 0.247 0.040 0.009 0.007 0.023 0.077 0.300 65 F 0.133 0.110 0.323 0.024 0.028 0.054 0.025 0.302 66 E 0.065 0.063 0.062 0.032 0.033 0.163 0.015 0.568 67 I 0.085 0.054 0.115 0.023 0.039 0.066 0.009 0.609 68 S 0.038 0.069 0.048 0.027 0.048 0.218 0.007 0.544 69 E 0.038 0.034 0.030 0.009 0.022 0.064 0.007 0.797 70 D 0.048 0.073 0.016 0.009 0.016 0.197 0.010 0.633 71 E 0.300 0.087 0.017 0.008 0.012 0.281 0.024 0.270 72 I 0.222 0.407 0.044 0.015 0.017 0.068 0.015 0.212 73 F 0.067 0.396 0.123 0.035 0.054 0.068 0.016 0.240 74 T 0.049 0.316 0.064 0.030 0.045 0.080 0.010 0.407 75 S 0.046 0.318 0.031 0.014 0.037 0.069 0.010 0.475 76 L 0.063 0.311 0.026 0.009 0.023 0.183 0.013 0.373 77 T 0.056 0.325 0.008 0.004 0.006 0.304 0.012 0.285 78 A 0.043 0.762 0.004 0.002 0.003 0.057 0.004 0.125 79 A 0.013 0.917 0.002 0.001 0.002 0.013 0.002 0.049 80 R 0.012 0.933 0.003 0.001 0.002 0.008 0.003 0.039 81 N 0.008 0.967 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.017 82 L 0.017 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 83 I 0.007 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 84 E 0.009 0.965 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.013 85 Q 0.032 0.933 0.003 0.001 0.001 0.002 0.009 0.018 86 K 0.092 0.829 0.006 0.003 0.002 0.004 0.028 0.037 87 Q 0.221 0.506 0.024 0.008 0.007 0.018 0.080 0.136 88 V 0.172 0.328 0.102 0.017 0.021 0.029 0.080 0.251 89 R 0.071 0.119 0.098 0.040 0.039 0.059 0.018 0.556 90 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 91 M 0.044 0.032 0.143 0.069 0.111 0.142 0.011 0.448 92 L 0.243 0.056 0.212 0.066 0.053 0.065 0.016 0.289 93 L 0.094 0.061 0.270 0.105 0.141 0.051 0.010 0.267 94 L 0.088 0.047 0.276 0.107 0.142 0.061 0.006 0.273 95 D 0.042 0.047 0.118 0.071 0.117 0.087 0.008 0.510 96 D 0.035 0.024 0.035 0.021 0.059 0.073 0.010 0.742 97 R 0.119 0.028 0.024 0.013 0.031 0.289 0.022 0.475 98 A 0.220 0.044 0.015 0.009 0.014 0.365 0.046 0.288 99 L 0.325 0.100 0.023 0.020 0.025 0.099 0.016 0.392 100 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 101 E 0.015 0.020 0.010 0.015 0.045 0.112 0.004 0.780 102 F 0.319 0.086 0.020 0.016 0.029 0.077 0.018 0.436 103 T 0.247 0.182 0.024 0.036 0.055 0.076 0.016 0.363 104 G 0.193 0.111 0.032 0.029 0.048 0.054 0.012 0.521 105 V 0.118 0.112 0.039 0.033 0.052 0.077 0.010 0.560 106 Q 0.089 0.116 0.024 0.036 0.055 0.109 0.018 0.552 107 T 0.160 0.114 0.025 0.033 0.053 0.062 0.025 0.528 108 Q 0.149 0.074 0.033 0.028 0.051 0.091 0.036 0.538 109 D 0.108 0.039 0.022 0.038 0.043 0.141 0.015 0.595 110 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 111 N 0.021 0.011 0.022 0.040 0.076 0.337 0.007 0.486 112 A 0.397 0.027 0.059 0.043 0.055 0.110 0.018 0.291 113 V 0.106 0.098 0.152 0.144 0.172 0.066 0.007 0.256 114 V 0.053 0.056 0.170 0.179 0.228 0.059 0.006 0.249 115 I 0.038 0.046 0.136 0.178 0.224 0.042 0.006 0.330 116 G 0.034 0.039 0.075 0.128 0.244 0.054 0.015 0.410 117 L 0.078 0.030 0.094 0.073 0.162 0.080 0.029 0.454 118 A 0.041 0.010 0.025 0.034 0.046 0.068 0.007 0.769 119 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 120 E 0.019 0.006 0.018 0.023 0.040 0.128 0.005 0.762 121 H 0.146 0.017 0.017 0.009 0.012 0.099 0.008 0.691 122 F 0.165 0.110 0.042 0.022 0.055 0.090 0.006 0.509 123 H 0.038 0.093 0.020 0.009 0.019 0.100 0.003 0.717 124 Y 0.058 0.196 0.010 0.006 0.011 0.126 0.007 0.586 125 Q 0.130 0.511 0.009 0.005 0.009 0.094 0.010 0.232 126 L 0.033 0.825 0.006 0.004 0.006 0.024 0.005 0.097 127 L 0.015 0.874 0.004 0.003 0.004 0.016 0.004 0.080 128 N 0.016 0.921 0.003 0.002 0.002 0.007 0.004 0.045 129 Q 0.010 0.957 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.022 130 A 0.006 0.963 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.019 131 F 0.009 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 132 R 0.012 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 133 L 0.029 0.944 0.002 0.002 0.002 0.001 0.008 0.012 134 L 0.073 0.867 0.008 0.004 0.005 0.003 0.020 0.020 135 L 0.158 0.622 0.022 0.016 0.012 0.009 0.063 0.098 136 D 0.247 0.133 0.031 0.019 0.016 0.022 0.193 0.339 137 G 0.379 0.019 0.114 0.019 0.014 0.034 0.153 0.267 138 A 0.028 0.002 0.445 0.045 0.025 0.074 0.007 0.373 139 P 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.990 140 L 0.002 0.001 0.766 0.067 0.124 0.014 0.001 0.027 141 I 0.003 0.001 0.825 0.075 0.051 0.007 0.001 0.037 142 A 0.001 0.001 0.832 0.059 0.080 0.004 0.001 0.023 143 I 0.002 0.001 0.802 0.062 0.083 0.012 0.001 0.038 144 H 0.006 0.002 0.315 0.087 0.157 0.065 0.003 0.365 145 K 0.012 0.001 0.136 0.021 0.087 0.162 0.005 0.576 146 A 0.019 0.002 0.022 0.009 0.024 0.233 0.006 0.685 147 R 0.093 0.010 0.015 0.015 0.022 0.214 0.016 0.615 148 Y 0.098 0.033 0.020 0.016 0.024 0.186 0.011 0.612 149 Y 0.130 0.098 0.038 0.044 0.071 0.126 0.011 0.482 150 K 0.061 0.120 0.025 0.036 0.061 0.087 0.009 0.601 151 R 0.084 0.175 0.043 0.039 0.105 0.089 0.013 0.451 152 K 0.057 0.173 0.023 0.024 0.039 0.086 0.012 0.586 153 D 0.092 0.186 0.022 0.022 0.030 0.074 0.021 0.554 154 G 0.312 0.196 0.048 0.025 0.035 0.056 0.038 0.289 155 L 0.276 0.188 0.110 0.036 0.045 0.092 0.035 0.218 156 A 0.146 0.142 0.087 0.030 0.050 0.091 0.027 0.426 157 L 0.118 0.118 0.069 0.026 0.043 0.066 0.027 0.534 158 G 0.126 0.047 0.053 0.020 0.027 0.090 0.021 0.617 159 P 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.979 160 G 0.023 0.020 0.019 0.012 0.027 0.105 0.004 0.791 161 P 0.004 0.006 0.002 0.001 0.002 0.014 0.001 0.971 162 F 0.041 0.184 0.016 0.017 0.037 0.171 0.005 0.528 163 V 0.079 0.578 0.022 0.012 0.020 0.037 0.005 0.248 164 T 0.022 0.809 0.008 0.009 0.012 0.018 0.004 0.118 165 A 0.041 0.804 0.010 0.007 0.010 0.016 0.008 0.105 166 L 0.037 0.883 0.006 0.007 0.010 0.007 0.008 0.041 167 E 0.025 0.860 0.015 0.011 0.014 0.012 0.010 0.054 168 Y 0.036 0.826 0.012 0.011 0.012 0.009 0.013 0.081 169 A 0.102 0.691 0.032 0.016 0.019 0.020 0.027 0.095 170 T 0.063 0.632 0.030 0.031 0.022 0.023 0.024 0.175 171 D 0.051 0.304 0.060 0.027 0.036 0.045 0.031 0.446 172 T 0.096 0.173 0.040 0.026 0.037 0.125 0.026 0.478 173 K 0.076 0.160 0.036 0.029 0.038 0.162 0.028 0.471 174 A 0.065 0.157 0.030 0.031 0.036 0.117 0.014 0.551 175 M 0.112 0.222 0.069 0.070 0.080 0.119 0.022 0.306 176 V 0.150 0.195 0.054 0.083 0.095 0.081 0.021 0.322 177 V 0.079 0.140 0.121 0.170 0.212 0.034 0.016 0.227 178 G 0.090 0.086 0.042 0.074 0.139 0.048 0.047 0.474 179 K 0.232 0.028 0.108 0.089 0.109 0.079 0.016 0.339 180 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 181 E 0.010 0.008 0.021 0.021 0.098 0.250 0.003 0.589 182 K 0.092 0.008 0.007 0.002 0.004 0.052 0.004 0.832 183 T 0.069 0.046 0.004 0.003 0.004 0.207 0.003 0.664 184 F 0.105 0.191 0.005 0.003 0.004 0.267 0.004 0.420 185 F 0.043 0.672 0.009 0.003 0.009 0.061 0.005 0.199 186 L 0.007 0.907 0.003 0.002 0.005 0.011 0.001 0.063 187 E 0.008 0.891 0.001 0.001 0.002 0.009 0.002 0.085 188 A 0.015 0.942 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.038 189 L 0.006 0.974 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 190 R 0.012 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 191 D 0.131 0.788 0.004 0.001 0.001 0.001 0.042 0.033 192 A 0.396 0.420 0.016 0.003 0.002 0.002 0.120 0.041 193 D 0.405 0.077 0.063 0.007 0.005 0.017 0.148 0.278 194 C 0.071 0.035 0.664 0.016 0.015 0.024 0.031 0.143 195 A 0.017 0.009 0.050 0.014 0.016 0.215 0.003 0.677 196 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 197 E 0.004 0.002 0.044 0.012 0.030 0.441 0.002 0.465 198 E 0.508 0.006 0.042 0.008 0.007 0.177 0.012 0.240 199 A 0.339 0.097 0.125 0.039 0.053 0.057 0.008 0.282 200 V 0.044 0.070 0.483 0.091 0.109 0.037 0.005 0.161 201 M 0.017 0.062 0.374 0.097 0.114 0.052 0.006 0.279 202 I 0.014 0.068 0.409 0.088 0.187 0.036 0.007 0.192 203 G 0.010 0.090 0.275 0.076 0.125 0.061 0.010 0.353 204 D 0.045 0.034 0.109 0.031 0.055 0.117 0.018 0.590 205 D 0.053 0.027 0.054 0.014 0.019 0.139 0.010 0.684 206 C 0.084 0.019 0.019 0.004 0.009 0.554 0.009 0.301 207 R 0.132 0.047 0.017 0.003 0.005 0.581 0.010 0.204 208 D 0.086 0.196 0.012 0.003 0.005 0.310 0.007 0.380 209 D 0.063 0.458 0.016 0.005 0.008 0.133 0.009 0.306 210 V 0.036 0.677 0.023 0.006 0.014 0.076 0.008 0.160 211 D 0.037 0.478 0.007 0.003 0.014 0.326 0.007 0.128 212 G 0.047 0.830 0.001 0.001 0.005 0.051 0.003 0.062 213 A 0.009 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 214 Q 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 215 N 0.047 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.009 216 I 0.171 0.744 0.009 0.005 0.003 0.001 0.049 0.016 217 G 0.576 0.115 0.024 0.018 0.012 0.010 0.163 0.083 218 M 0.038 0.064 0.688 0.036 0.033 0.029 0.016 0.094 219 L 0.021 0.063 0.301 0.136 0.145 0.088 0.013 0.232 220 G 0.018 0.017 0.287 0.053 0.070 0.063 0.005 0.486 221 I 0.009 0.016 0.639 0.153 0.103 0.021 0.003 0.056 222 L 0.007 0.016 0.619 0.112 0.105 0.019 0.003 0.119 223 V 0.005 0.016 0.382 0.198 0.270 0.020 0.004 0.105 224 K 0.008 0.035 0.274 0.154 0.249 0.059 0.004 0.218 225 T 0.015 0.023 0.105 0.058 0.126 0.075 0.014 0.584 226 G 0.120 0.022 0.084 0.050 0.057 0.091 0.036 0.541 227 K 0.127 0.009 0.047 0.018 0.027 0.155 0.016 0.601 228 Y 0.066 0.021 0.041 0.044 0.054 0.137 0.010 0.627 229 K 0.061 0.034 0.025 0.028 0.061 0.162 0.006 0.622 230 A 0.027 0.030 0.020 0.014 0.041 0.074 0.004 0.789 231 A 0.028 0.037 0.009 0.007 0.023 0.145 0.005 0.746 232 D 0.076 0.100 0.005 0.007 0.017 0.141 0.010 0.644 233 E 0.174 0.214 0.006 0.007 0.016 0.075 0.012 0.495 234 E 0.179 0.270 0.010 0.014 0.018 0.171 0.027 0.311 235 K 0.313 0.191 0.010 0.010 0.014 0.081 0.036 0.346 236 I 0.241 0.274 0.025 0.015 0.023 0.034 0.028 0.359 237 N 0.055 0.061 0.020 0.024 0.033 0.068 0.020 0.718 238 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 239 P 0.014 0.002 0.013 0.016 0.022 0.052 0.002 0.879 240 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 241 Y 0.040 0.005 0.160 0.128 0.227 0.099 0.004 0.338 242 L 0.159 0.008 0.373 0.131 0.104 0.023 0.004 0.197 243 T 0.041 0.007 0.241 0.096 0.175 0.039 0.003 0.398 244 C 0.046 0.010 0.256 0.115 0.268 0.048 0.002 0.254 245 E 0.017 0.012 0.094 0.053 0.099 0.124 0.006 0.595 246 S 0.080 0.011 0.026 0.013 0.030 0.178 0.021 0.641 247 F 0.287 0.013 0.025 0.007 0.018 0.060 0.014 0.576 248 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.991 249 H 0.009 0.015 0.002 0.002 0.005 0.342 0.002 0.624 250 A 0.136 0.234 0.004 0.002 0.004 0.137 0.005 0.479 251 V 0.024 0.769 0.005 0.001 0.005 0.011 0.002 0.183 252 D 0.006 0.875 0.004 0.001 0.002 0.007 0.001 0.103 253 H 0.008 0.948 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.036 254 I 0.009 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 255 L 0.021 0.951 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.018 256 Q 0.139 0.792 0.003 0.001 0.001 0.002 0.027 0.035 257 H 0.382 0.472 0.024 0.002 0.001 0.002 0.076 0.042 258 L 0.098 0.663 0.069 0.006 0.006 0.011 0.040 0.106 259 L 0.060 0.351 0.171 0.020 0.033 0.036 0.032 0.297