# TARGET T0341 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0341.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4797 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.054 0.023 0.037 0.019 0.038 0.087 0.007 0.735 2 A 0.062 0.034 0.030 0.022 0.051 0.137 0.008 0.657 3 A 0.073 0.051 0.017 0.017 0.043 0.175 0.010 0.615 4 R 0.117 0.116 0.016 0.016 0.033 0.160 0.015 0.526 5 R 0.198 0.186 0.018 0.028 0.029 0.160 0.025 0.357 6 A 0.303 0.104 0.026 0.031 0.035 0.116 0.043 0.341 7 L 0.303 0.060 0.106 0.086 0.101 0.095 0.040 0.208 8 K 0.057 0.030 0.335 0.205 0.180 0.057 0.016 0.118 9 A 0.011 0.009 0.379 0.142 0.212 0.039 0.006 0.203 10 V 0.004 0.002 0.657 0.156 0.155 0.008 0.002 0.016 11 L 0.001 0.001 0.759 0.100 0.090 0.006 0.001 0.042 12 V 0.001 0.001 0.768 0.090 0.094 0.007 0.001 0.040 13 D 0.001 0.002 0.460 0.167 0.222 0.026 0.001 0.120 14 L 0.003 0.003 0.352 0.062 0.214 0.092 0.004 0.271 15 N 0.006 0.001 0.033 0.012 0.034 0.590 0.008 0.316 16 G 0.236 0.007 0.048 0.043 0.021 0.126 0.089 0.430 17 T 0.445 0.003 0.026 0.010 0.022 0.403 0.008 0.083 18 L 0.049 0.013 0.111 0.161 0.191 0.123 0.007 0.344 19 H 0.029 0.024 0.048 0.194 0.461 0.088 0.004 0.151 20 I 0.031 0.021 0.062 0.177 0.338 0.076 0.007 0.289 21 E 0.040 0.031 0.033 0.068 0.173 0.100 0.006 0.549 22 D 0.060 0.025 0.011 0.021 0.069 0.149 0.012 0.652 23 A 0.088 0.028 0.010 0.012 0.018 0.140 0.018 0.686 24 A 0.133 0.057 0.014 0.006 0.010 0.308 0.033 0.439 25 V 0.361 0.072 0.019 0.010 0.019 0.121 0.010 0.389 26 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 27 G 0.004 0.030 0.003 0.003 0.010 0.234 0.001 0.715 28 A 0.164 0.315 0.006 0.002 0.005 0.093 0.008 0.408 29 Q 0.017 0.851 0.002 0.001 0.002 0.007 0.001 0.118 30 E 0.009 0.851 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.114 31 A 0.009 0.947 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.038 32 L 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 33 K 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 34 R 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 35 L 0.010 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 36 R 0.019 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 37 A 0.029 0.930 0.005 0.001 0.001 0.002 0.015 0.017 38 T 0.227 0.580 0.017 0.004 0.001 0.003 0.134 0.033 39 S 0.595 0.053 0.048 0.004 0.002 0.006 0.202 0.091 40 V 0.023 0.011 0.827 0.013 0.008 0.021 0.008 0.088 41 M 0.007 0.008 0.388 0.054 0.060 0.065 0.004 0.414 42 V 0.008 0.007 0.344 0.051 0.087 0.042 0.002 0.459 43 R 0.004 0.003 0.775 0.061 0.048 0.021 0.002 0.086 44 F 0.005 0.005 0.499 0.069 0.066 0.037 0.002 0.316 45 V 0.009 0.009 0.485 0.112 0.173 0.047 0.003 0.162 46 T 0.011 0.016 0.178 0.074 0.130 0.114 0.005 0.471 47 N 0.051 0.015 0.114 0.028 0.057 0.113 0.017 0.606 48 T 0.067 0.005 0.020 0.005 0.009 0.643 0.007 0.244 49 T 0.136 0.016 0.014 0.006 0.010 0.249 0.013 0.555 50 K 0.062 0.045 0.020 0.008 0.018 0.202 0.007 0.638 51 E 0.030 0.026 0.009 0.005 0.009 0.492 0.006 0.424 52 T 0.082 0.078 0.004 0.003 0.007 0.488 0.006 0.332 53 K 0.075 0.343 0.007 0.004 0.016 0.060 0.005 0.490 54 K 0.017 0.250 0.006 0.002 0.006 0.147 0.004 0.568 55 D 0.030 0.348 0.001 0.001 0.002 0.230 0.004 0.383 56 L 0.013 0.933 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.047 57 L 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 58 E 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 59 R 0.017 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 60 L 0.028 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 61 K 0.075 0.820 0.011 0.004 0.004 0.006 0.032 0.049 62 K 0.104 0.647 0.041 0.007 0.006 0.013 0.048 0.134 63 L 0.200 0.375 0.066 0.011 0.012 0.032 0.075 0.228 64 E 0.130 0.144 0.070 0.020 0.015 0.059 0.048 0.515 65 F 0.058 0.050 0.186 0.032 0.030 0.076 0.017 0.551 66 E 0.059 0.036 0.168 0.095 0.083 0.120 0.010 0.430 67 I 0.040 0.034 0.112 0.064 0.096 0.065 0.005 0.584 68 S 0.025 0.059 0.143 0.146 0.229 0.085 0.007 0.306 69 E 0.030 0.033 0.072 0.041 0.080 0.095 0.011 0.637 70 D 0.065 0.042 0.035 0.025 0.039 0.317 0.025 0.452 71 E 0.474 0.033 0.035 0.020 0.016 0.109 0.053 0.261 72 I 0.254 0.048 0.116 0.025 0.034 0.213 0.017 0.293 73 F 0.052 0.041 0.177 0.076 0.117 0.166 0.013 0.358 74 T 0.046 0.079 0.066 0.071 0.120 0.105 0.005 0.508 75 S 0.022 0.101 0.056 0.042 0.106 0.108 0.005 0.560 76 L 0.036 0.109 0.029 0.018 0.053 0.258 0.007 0.491 77 T 0.043 0.176 0.007 0.008 0.016 0.314 0.008 0.428 78 A 0.052 0.559 0.004 0.005 0.008 0.111 0.005 0.256 79 A 0.023 0.867 0.003 0.003 0.005 0.025 0.004 0.070 80 R 0.017 0.913 0.003 0.002 0.003 0.011 0.004 0.046 81 N 0.012 0.958 0.002 0.002 0.002 0.004 0.003 0.019 82 L 0.026 0.938 0.003 0.002 0.004 0.003 0.004 0.020 83 I 0.016 0.948 0.003 0.003 0.005 0.002 0.003 0.019 84 E 0.025 0.889 0.005 0.003 0.005 0.007 0.012 0.053 85 Q 0.093 0.789 0.008 0.003 0.003 0.008 0.026 0.070 86 K 0.177 0.625 0.012 0.007 0.005 0.012 0.046 0.117 87 Q 0.211 0.209 0.037 0.011 0.011 0.049 0.081 0.392 88 V 0.137 0.163 0.108 0.016 0.021 0.052 0.043 0.460 89 R 0.046 0.068 0.052 0.020 0.022 0.072 0.008 0.713 90 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 91 M 0.050 0.060 0.076 0.042 0.089 0.174 0.008 0.501 92 L 0.248 0.131 0.093 0.030 0.031 0.097 0.015 0.355 93 L 0.153 0.240 0.066 0.043 0.053 0.068 0.012 0.366 94 L 0.220 0.240 0.099 0.031 0.059 0.084 0.010 0.257 95 D 0.107 0.236 0.044 0.020 0.048 0.085 0.014 0.445 96 D 0.054 0.151 0.017 0.006 0.020 0.059 0.013 0.680 97 R 0.140 0.156 0.008 0.005 0.007 0.192 0.030 0.461 98 A 0.326 0.237 0.009 0.003 0.005 0.172 0.055 0.193 99 L 0.146 0.554 0.023 0.011 0.017 0.024 0.009 0.217 100 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 101 E 0.025 0.162 0.007 0.009 0.020 0.098 0.008 0.669 102 F 0.323 0.449 0.009 0.005 0.007 0.021 0.021 0.164 103 T 0.109 0.658 0.025 0.017 0.021 0.022 0.014 0.134 104 G 0.150 0.438 0.029 0.015 0.018 0.027 0.020 0.302 105 V 0.212 0.376 0.069 0.021 0.024 0.044 0.023 0.231 106 Q 0.130 0.331 0.041 0.029 0.031 0.079 0.037 0.322 107 T 0.127 0.162 0.082 0.029 0.042 0.053 0.029 0.475 108 Q 0.074 0.066 0.046 0.017 0.027 0.077 0.024 0.669 109 D 0.083 0.041 0.020 0.018 0.023 0.186 0.013 0.616 110 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 111 N 0.013 0.009 0.013 0.014 0.032 0.596 0.005 0.318 112 A 0.458 0.028 0.019 0.012 0.017 0.189 0.012 0.263 113 V 0.154 0.265 0.039 0.040 0.053 0.079 0.006 0.363 114 V 0.077 0.221 0.099 0.081 0.135 0.103 0.009 0.275 115 I 0.060 0.258 0.062 0.090 0.129 0.049 0.009 0.343 116 G 0.072 0.182 0.033 0.073 0.148 0.051 0.029 0.413 117 L 0.189 0.114 0.057 0.048 0.091 0.061 0.053 0.387 118 A 0.089 0.099 0.046 0.046 0.066 0.081 0.018 0.554 119 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 120 E 0.028 0.019 0.022 0.019 0.032 0.113 0.009 0.756 121 H 0.576 0.023 0.027 0.008 0.009 0.043 0.021 0.292 122 F 0.177 0.054 0.142 0.033 0.027 0.066 0.013 0.488 123 H 0.035 0.034 0.065 0.015 0.024 0.093 0.004 0.730 124 Y 0.071 0.085 0.083 0.018 0.069 0.143 0.006 0.525 125 Q 0.029 0.072 0.019 0.006 0.014 0.173 0.004 0.684 126 L 0.060 0.123 0.007 0.003 0.005 0.342 0.006 0.454 127 L 0.146 0.497 0.009 0.002 0.005 0.058 0.008 0.274 128 N 0.013 0.799 0.005 0.001 0.003 0.022 0.003 0.155 129 Q 0.010 0.831 0.002 0.001 0.002 0.025 0.002 0.127 130 A 0.011 0.949 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.032 131 F 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 132 R 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 133 L 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 134 L 0.042 0.925 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.014 135 L 0.051 0.894 0.009 0.003 0.003 0.002 0.012 0.024 136 D 0.069 0.682 0.024 0.008 0.008 0.009 0.072 0.127 137 G 0.505 0.041 0.013 0.003 0.002 0.005 0.321 0.110 138 A 0.393 0.010 0.343 0.013 0.004 0.029 0.047 0.160 139 P 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 140 L 0.002 0.001 0.393 0.053 0.132 0.038 0.001 0.381 141 I 0.006 0.001 0.829 0.035 0.032 0.008 0.001 0.089 142 A 0.003 0.001 0.800 0.048 0.048 0.016 0.001 0.083 143 I 0.003 0.001 0.819 0.033 0.048 0.018 0.001 0.078 144 H 0.010 0.002 0.279 0.047 0.098 0.106 0.003 0.455 145 K 0.019 0.002 0.076 0.015 0.042 0.186 0.004 0.657 146 A 0.016 0.003 0.022 0.007 0.017 0.201 0.004 0.730 147 R 0.072 0.012 0.014 0.009 0.018 0.206 0.010 0.661 148 Y 0.085 0.044 0.015 0.011 0.017 0.205 0.009 0.614 149 Y 0.113 0.140 0.017 0.020 0.037 0.176 0.010 0.487 150 K 0.108 0.330 0.020 0.022 0.041 0.080 0.010 0.388 151 R 0.067 0.434 0.028 0.021 0.048 0.068 0.011 0.322 152 K 0.047 0.442 0.015 0.014 0.024 0.067 0.010 0.382 153 D 0.055 0.639 0.010 0.010 0.018 0.034 0.009 0.225 154 G 0.090 0.702 0.013 0.011 0.023 0.027 0.014 0.120 155 L 0.093 0.716 0.018 0.013 0.017 0.028 0.021 0.094 156 A 0.176 0.584 0.020 0.010 0.012 0.022 0.036 0.140 157 L 0.221 0.470 0.039 0.015 0.017 0.017 0.061 0.160 158 G 0.266 0.112 0.038 0.020 0.020 0.037 0.055 0.452 159 P 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.987 160 G 0.016 0.013 0.018 0.014 0.029 0.093 0.004 0.814 161 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.990 162 F 0.053 0.067 0.026 0.025 0.042 0.210 0.007 0.571 163 V 0.192 0.204 0.067 0.031 0.037 0.082 0.011 0.376 164 T 0.058 0.407 0.053 0.052 0.060 0.057 0.009 0.303 165 A 0.081 0.349 0.068 0.047 0.076 0.073 0.014 0.292 166 L 0.100 0.520 0.074 0.081 0.090 0.030 0.019 0.086 167 E 0.056 0.346 0.169 0.122 0.134 0.033 0.023 0.117 168 Y 0.047 0.251 0.116 0.126 0.140 0.034 0.024 0.262 169 A 0.068 0.116 0.145 0.083 0.129 0.050 0.025 0.384 170 T 0.035 0.059 0.047 0.054 0.062 0.082 0.016 0.645 171 D 0.044 0.031 0.038 0.025 0.043 0.113 0.018 0.688 172 T 0.114 0.042 0.035 0.028 0.049 0.160 0.013 0.557 173 K 0.072 0.080 0.042 0.066 0.078 0.172 0.017 0.473 174 A 0.039 0.065 0.026 0.042 0.055 0.073 0.010 0.691 175 M 0.105 0.112 0.069 0.098 0.139 0.097 0.019 0.360 176 V 0.086 0.090 0.041 0.073 0.081 0.083 0.015 0.530 177 V 0.082 0.071 0.109 0.152 0.199 0.051 0.018 0.319 178 G 0.116 0.056 0.040 0.056 0.101 0.066 0.047 0.518 179 K 0.358 0.017 0.106 0.068 0.086 0.085 0.013 0.268 180 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 181 E 0.010 0.008 0.024 0.025 0.123 0.212 0.003 0.596 182 K 0.087 0.007 0.007 0.002 0.005 0.063 0.004 0.824 183 T 0.081 0.045 0.004 0.004 0.006 0.201 0.003 0.657 184 F 0.107 0.180 0.005 0.003 0.005 0.269 0.004 0.427 185 F 0.033 0.736 0.008 0.003 0.008 0.054 0.004 0.153 186 L 0.006 0.920 0.003 0.002 0.005 0.012 0.001 0.051 187 E 0.007 0.927 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.054 188 A 0.014 0.949 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.031 189 L 0.006 0.972 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 190 R 0.012 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 191 D 0.101 0.833 0.004 0.001 0.001 0.001 0.032 0.028 192 A 0.370 0.440 0.013 0.003 0.001 0.002 0.132 0.040 193 D 0.494 0.053 0.043 0.006 0.003 0.011 0.155 0.234 194 C 0.072 0.026 0.707 0.015 0.014 0.022 0.027 0.118 195 A 0.015 0.007 0.043 0.016 0.020 0.208 0.003 0.688 196 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 197 E 0.004 0.001 0.041 0.012 0.027 0.456 0.002 0.457 198 E 0.583 0.003 0.042 0.008 0.006 0.181 0.014 0.163 199 A 0.436 0.042 0.160 0.045 0.060 0.048 0.007 0.201 200 V 0.022 0.018 0.623 0.109 0.119 0.024 0.003 0.083 201 M 0.010 0.015 0.438 0.116 0.143 0.043 0.004 0.232 202 I 0.007 0.012 0.542 0.105 0.223 0.021 0.003 0.088 203 G 0.006 0.019 0.296 0.106 0.187 0.061 0.005 0.321 204 D 0.026 0.009 0.152 0.038 0.092 0.096 0.011 0.576 205 D 0.042 0.009 0.061 0.019 0.030 0.151 0.007 0.680 206 C 0.064 0.005 0.014 0.003 0.009 0.672 0.008 0.225 207 R 0.166 0.015 0.012 0.003 0.005 0.592 0.012 0.195 208 D 0.128 0.077 0.016 0.004 0.005 0.267 0.009 0.495 209 D 0.081 0.099 0.021 0.005 0.008 0.328 0.010 0.449 210 V 0.036 0.291 0.033 0.007 0.028 0.115 0.007 0.484 211 D 0.024 0.203 0.005 0.003 0.016 0.382 0.004 0.363 212 G 0.032 0.467 0.002 0.001 0.006 0.376 0.002 0.114 213 A 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 214 Q 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 215 N 0.025 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 216 I 0.178 0.750 0.006 0.004 0.003 0.001 0.049 0.009 217 G 0.708 0.065 0.014 0.011 0.007 0.004 0.147 0.043 218 M 0.029 0.039 0.791 0.022 0.019 0.017 0.013 0.071 219 L 0.013 0.038 0.384 0.106 0.106 0.071 0.011 0.271 220 G 0.010 0.007 0.258 0.027 0.037 0.044 0.004 0.614 221 I 0.005 0.006 0.806 0.083 0.046 0.013 0.002 0.040 222 L 0.004 0.006 0.744 0.052 0.046 0.015 0.002 0.131 223 V 0.004 0.007 0.560 0.107 0.171 0.021 0.003 0.127 224 K 0.005 0.018 0.356 0.090 0.157 0.079 0.003 0.291 225 T 0.012 0.015 0.117 0.033 0.082 0.099 0.010 0.632 226 G 0.138 0.019 0.106 0.033 0.038 0.103 0.033 0.531 227 K 0.153 0.017 0.100 0.023 0.027 0.148 0.022 0.511 228 Y 0.092 0.038 0.096 0.056 0.077 0.154 0.013 0.474 229 K 0.080 0.056 0.042 0.032 0.086 0.157 0.008 0.538 230 A 0.063 0.067 0.051 0.025 0.060 0.108 0.010 0.616 231 A 0.067 0.062 0.024 0.011 0.024 0.181 0.011 0.621 232 D 0.101 0.069 0.009 0.007 0.017 0.112 0.013 0.672 233 E 0.085 0.095 0.009 0.006 0.020 0.077 0.009 0.700 234 E 0.091 0.136 0.010 0.009 0.015 0.259 0.017 0.464 235 K 0.301 0.125 0.005 0.004 0.007 0.228 0.030 0.300 236 I 0.427 0.286 0.016 0.007 0.013 0.026 0.025 0.198 237 N 0.076 0.141 0.022 0.022 0.035 0.074 0.021 0.610 238 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 239 P 0.009 0.002 0.005 0.008 0.013 0.028 0.002 0.933 240 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 241 Y 0.055 0.006 0.137 0.126 0.174 0.110 0.005 0.387 242 L 0.163 0.011 0.350 0.111 0.086 0.028 0.004 0.247 243 T 0.052 0.011 0.247 0.089 0.161 0.047 0.003 0.389 244 C 0.049 0.013 0.275 0.101 0.196 0.056 0.003 0.308 245 E 0.021 0.015 0.099 0.049 0.090 0.148 0.006 0.571 246 S 0.071 0.015 0.031 0.013 0.031 0.202 0.018 0.620 247 F 0.207 0.018 0.023 0.007 0.020 0.077 0.014 0.635 248 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.980 249 H 0.014 0.018 0.002 0.002 0.005 0.361 0.002 0.596 250 A 0.125 0.305 0.005 0.002 0.006 0.111 0.006 0.440 251 V 0.018 0.753 0.005 0.002 0.006 0.013 0.002 0.201 252 D 0.009 0.822 0.004 0.002 0.003 0.014 0.002 0.144 253 H 0.016 0.927 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.045 254 I 0.013 0.964 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.016 255 L 0.018 0.939 0.003 0.001 0.003 0.003 0.006 0.026 256 Q 0.073 0.855 0.004 0.002 0.001 0.003 0.019 0.042 257 H 0.244 0.609 0.024 0.003 0.002 0.004 0.062 0.051 258 L 0.157 0.554 0.068 0.011 0.010 0.017 0.051 0.133 259 L 0.050 0.346 0.235 0.026 0.035 0.039 0.023 0.245