# TARGET T0341 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0341.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4797 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.743 0.166 0.055 0.023 0.009 0.003 0.001 2 A 0.554 0.224 0.123 0.063 0.026 0.009 0.001 3 A 0.428 0.262 0.158 0.102 0.040 0.010 0.001 4 R 0.340 0.275 0.191 0.127 0.054 0.013 0.001 5 R 0.463 0.350 0.129 0.045 0.011 0.002 0.001 6 A 0.118 0.344 0.302 0.170 0.055 0.010 0.001 7 L 0.001 0.011 0.049 0.221 0.445 0.259 0.013 8 K 0.004 0.036 0.151 0.375 0.318 0.101 0.015 9 A 0.001 0.001 0.005 0.022 0.112 0.580 0.281 10 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.287 0.685 11 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.153 0.829 12 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.130 0.857 13 D 0.001 0.001 0.002 0.013 0.068 0.290 0.627 14 L 0.001 0.001 0.002 0.009 0.057 0.351 0.580 15 N 0.001 0.007 0.030 0.097 0.219 0.383 0.263 16 G 0.001 0.008 0.027 0.077 0.182 0.420 0.286 17 T 0.001 0.006 0.017 0.046 0.134 0.410 0.386 18 L 0.002 0.005 0.011 0.034 0.117 0.429 0.403 19 H 0.005 0.017 0.042 0.102 0.230 0.414 0.189 20 I 0.010 0.029 0.065 0.165 0.321 0.317 0.092 21 E 0.065 0.198 0.241 0.252 0.163 0.069 0.012 22 D 0.164 0.317 0.243 0.170 0.075 0.026 0.004 23 A 0.170 0.290 0.236 0.170 0.089 0.037 0.008 24 A 0.048 0.143 0.207 0.250 0.224 0.120 0.008 25 V 0.013 0.046 0.126 0.271 0.345 0.185 0.015 26 P 0.133 0.406 0.271 0.120 0.051 0.017 0.002 27 G 0.020 0.130 0.280 0.317 0.184 0.062 0.007 28 A 0.001 0.004 0.009 0.055 0.286 0.534 0.110 29 Q 0.008 0.070 0.276 0.406 0.194 0.044 0.002 30 E 0.030 0.309 0.385 0.201 0.058 0.016 0.001 31 A 0.002 0.010 0.037 0.138 0.372 0.399 0.041 32 L 0.001 0.003 0.014 0.088 0.346 0.492 0.055 33 K 0.035 0.369 0.393 0.157 0.038 0.008 0.001 34 R 0.016 0.138 0.358 0.359 0.111 0.017 0.001 35 L 0.003 0.011 0.029 0.165 0.460 0.317 0.014 36 R 0.044 0.265 0.373 0.249 0.062 0.007 0.001 37 A 0.504 0.382 0.086 0.023 0.004 0.001 0.001 38 T 0.062 0.306 0.372 0.217 0.039 0.003 0.001 39 S 0.168 0.424 0.259 0.112 0.031 0.006 0.001 40 V 0.003 0.028 0.100 0.315 0.403 0.145 0.006 41 M 0.003 0.027 0.112 0.267 0.343 0.212 0.036 42 V 0.001 0.002 0.005 0.017 0.099 0.573 0.304 43 R 0.001 0.005 0.017 0.050 0.136 0.428 0.363 44 F 0.001 0.002 0.006 0.018 0.067 0.318 0.588 45 V 0.002 0.004 0.007 0.024 0.087 0.355 0.522 46 T 0.005 0.016 0.034 0.083 0.185 0.397 0.279 47 N 0.017 0.045 0.087 0.181 0.275 0.285 0.109 48 T 0.074 0.147 0.188 0.228 0.196 0.132 0.036 49 T 0.138 0.161 0.182 0.213 0.176 0.110 0.020 50 K 0.229 0.308 0.209 0.143 0.072 0.032 0.006 51 E 0.321 0.266 0.169 0.123 0.074 0.036 0.011 52 T 0.191 0.278 0.224 0.178 0.089 0.035 0.005 53 K 0.045 0.122 0.231 0.298 0.203 0.090 0.012 54 K 0.318 0.347 0.193 0.093 0.035 0.012 0.002 55 D 0.105 0.406 0.295 0.140 0.043 0.011 0.001 56 L 0.005 0.016 0.056 0.228 0.425 0.257 0.013 57 L 0.011 0.066 0.202 0.375 0.275 0.069 0.002 58 E 0.299 0.522 0.145 0.029 0.004 0.001 0.001 59 R 0.037 0.193 0.377 0.306 0.078 0.009 0.001 60 L 0.006 0.018 0.058 0.234 0.476 0.204 0.004 61 K 0.190 0.412 0.262 0.110 0.023 0.003 0.001 62 K 0.471 0.350 0.119 0.047 0.010 0.002 0.001 63 L 0.078 0.213 0.323 0.266 0.099 0.019 0.001 64 E 0.237 0.360 0.234 0.117 0.041 0.010 0.001 65 F 0.045 0.080 0.150 0.286 0.302 0.126 0.010 66 E 0.156 0.290 0.243 0.169 0.094 0.042 0.006 67 I 0.056 0.077 0.133 0.245 0.295 0.174 0.019 68 S 0.159 0.203 0.206 0.202 0.143 0.075 0.011 69 E 0.282 0.231 0.166 0.142 0.100 0.062 0.018 70 D 0.283 0.225 0.169 0.148 0.096 0.062 0.016 71 E 0.192 0.191 0.169 0.179 0.150 0.095 0.024 72 I 0.131 0.108 0.124 0.177 0.193 0.197 0.070 73 F 0.074 0.104 0.133 0.172 0.196 0.227 0.093 74 T 0.115 0.085 0.100 0.140 0.177 0.224 0.158 75 S 0.132 0.139 0.136 0.154 0.159 0.187 0.093 76 L 0.144 0.166 0.178 0.188 0.155 0.117 0.051 77 T 0.251 0.252 0.160 0.133 0.098 0.071 0.034 78 A 0.078 0.127 0.154 0.197 0.193 0.186 0.065 79 A 0.046 0.069 0.098 0.172 0.248 0.280 0.087 80 R 0.072 0.176 0.228 0.248 0.172 0.086 0.018 81 N 0.077 0.226 0.267 0.223 0.131 0.065 0.011 82 L 0.018 0.035 0.067 0.166 0.309 0.349 0.056 83 I 0.018 0.045 0.107 0.243 0.334 0.230 0.024 84 E 0.269 0.364 0.218 0.106 0.033 0.009 0.002 85 Q 0.261 0.332 0.218 0.128 0.046 0.013 0.002 86 K 0.147 0.202 0.239 0.225 0.132 0.050 0.005 87 Q 0.358 0.290 0.173 0.107 0.050 0.019 0.002 88 V 0.164 0.160 0.199 0.244 0.168 0.060 0.005 89 R 0.314 0.308 0.184 0.111 0.055 0.024 0.004 90 P 0.161 0.195 0.200 0.203 0.152 0.078 0.011 91 M 0.100 0.123 0.153 0.220 0.223 0.158 0.024 92 L 0.116 0.150 0.181 0.225 0.193 0.114 0.021 93 L 0.128 0.160 0.187 0.195 0.167 0.133 0.030 94 L 0.075 0.100 0.147 0.231 0.252 0.171 0.023 95 D 0.131 0.220 0.239 0.205 0.124 0.067 0.015 96 D 0.369 0.287 0.150 0.096 0.058 0.031 0.009 97 R 0.182 0.273 0.229 0.173 0.091 0.044 0.009 98 A 0.032 0.048 0.087 0.211 0.320 0.262 0.040 99 L 0.053 0.154 0.251 0.278 0.180 0.075 0.010 100 P 0.238 0.386 0.210 0.103 0.043 0.016 0.004 101 E 0.046 0.122 0.209 0.277 0.216 0.114 0.017 102 F 0.013 0.028 0.066 0.186 0.347 0.320 0.038 103 T 0.089 0.201 0.252 0.242 0.147 0.060 0.008 104 G 0.226 0.315 0.209 0.140 0.070 0.033 0.006 105 V 0.074 0.113 0.174 0.250 0.233 0.137 0.018 106 Q 0.227 0.251 0.215 0.166 0.090 0.042 0.008 107 T 0.415 0.250 0.151 0.102 0.053 0.024 0.005 108 Q 0.547 0.229 0.110 0.066 0.032 0.013 0.002 109 D 0.364 0.272 0.179 0.111 0.052 0.019 0.003 110 P 0.268 0.204 0.179 0.167 0.115 0.057 0.010 111 N 0.284 0.239 0.176 0.149 0.095 0.045 0.011 112 A 0.168 0.212 0.208 0.190 0.129 0.076 0.017 113 V 0.078 0.102 0.147 0.218 0.235 0.182 0.038 114 V 0.039 0.060 0.093 0.162 0.237 0.301 0.108 115 I 0.095 0.144 0.179 0.198 0.174 0.154 0.056 116 G 0.149 0.183 0.174 0.182 0.156 0.117 0.040 117 L 0.099 0.136 0.162 0.225 0.211 0.139 0.028 118 A 0.136 0.176 0.188 0.207 0.162 0.107 0.024 119 P 0.280 0.234 0.170 0.142 0.097 0.058 0.018 120 E 0.258 0.278 0.201 0.147 0.076 0.033 0.006 121 H 0.081 0.135 0.175 0.239 0.215 0.134 0.021 122 F 0.055 0.126 0.185 0.239 0.218 0.147 0.031 123 H 0.030 0.074 0.120 0.211 0.279 0.248 0.038 124 Y 0.020 0.066 0.147 0.286 0.295 0.168 0.018 125 Q 0.133 0.380 0.259 0.129 0.063 0.029 0.007 126 L 0.012 0.065 0.168 0.306 0.277 0.151 0.022 127 L 0.001 0.004 0.011 0.058 0.267 0.550 0.108 128 N 0.009 0.081 0.291 0.386 0.183 0.046 0.003 129 Q 0.022 0.223 0.375 0.252 0.097 0.028 0.002 130 A 0.001 0.006 0.017 0.081 0.320 0.512 0.063 131 F 0.001 0.004 0.021 0.122 0.401 0.419 0.033 132 R 0.026 0.343 0.391 0.180 0.048 0.011 0.001 133 L 0.008 0.100 0.313 0.409 0.146 0.023 0.001 134 L 0.001 0.007 0.023 0.154 0.468 0.337 0.011 135 L 0.015 0.148 0.364 0.348 0.114 0.010 0.001 136 D 0.435 0.467 0.083 0.014 0.001 0.001 0.001 137 G 0.093 0.499 0.308 0.088 0.010 0.001 0.001 138 A 0.001 0.017 0.107 0.364 0.390 0.118 0.002 139 P 0.003 0.028 0.120 0.328 0.390 0.122 0.009 140 L 0.001 0.002 0.007 0.028 0.140 0.619 0.203 141 I 0.001 0.001 0.004 0.011 0.058 0.447 0.477 142 A 0.001 0.001 0.003 0.013 0.063 0.308 0.612 143 I 0.001 0.003 0.009 0.034 0.132 0.404 0.418 144 H 0.003 0.016 0.048 0.145 0.283 0.359 0.146 145 K 0.021 0.108 0.193 0.249 0.219 0.164 0.046 146 A 0.042 0.114 0.179 0.239 0.230 0.158 0.038 147 R 0.094 0.167 0.183 0.207 0.181 0.134 0.035 148 Y 0.094 0.157 0.177 0.201 0.194 0.145 0.031 149 Y 0.052 0.100 0.155 0.230 0.247 0.181 0.035 150 K 0.104 0.177 0.204 0.212 0.170 0.110 0.022 151 R 0.204 0.243 0.224 0.177 0.100 0.044 0.008 152 K 0.264 0.270 0.201 0.147 0.081 0.031 0.005 153 D 0.238 0.254 0.197 0.162 0.098 0.045 0.006 154 G 0.111 0.113 0.152 0.249 0.243 0.120 0.013 155 L 0.271 0.315 0.213 0.130 0.052 0.016 0.003 156 A 0.190 0.248 0.206 0.174 0.109 0.062 0.010 157 L 0.063 0.089 0.138 0.230 0.266 0.189 0.025 158 G 0.126 0.211 0.233 0.212 0.136 0.069 0.013 159 P 0.070 0.093 0.137 0.227 0.248 0.189 0.036 160 G 0.108 0.214 0.228 0.214 0.144 0.078 0.015 161 P 0.080 0.214 0.262 0.237 0.135 0.060 0.013 162 F 0.021 0.044 0.080 0.176 0.295 0.314 0.071 163 V 0.013 0.026 0.046 0.107 0.239 0.419 0.150 164 T 0.042 0.111 0.181 0.223 0.193 0.177 0.073 165 A 0.021 0.048 0.093 0.167 0.246 0.300 0.126 166 L 0.014 0.023 0.033 0.081 0.201 0.404 0.244 167 E 0.028 0.077 0.132 0.197 0.221 0.248 0.097 168 Y 0.028 0.047 0.086 0.166 0.244 0.302 0.126 169 A 0.048 0.076 0.109 0.180 0.234 0.267 0.086 170 T 0.075 0.103 0.145 0.212 0.233 0.190 0.042 171 D 0.176 0.249 0.204 0.185 0.119 0.056 0.011 172 T 0.217 0.249 0.206 0.180 0.099 0.040 0.009 173 K 0.507 0.260 0.115 0.066 0.031 0.016 0.005 174 A 0.317 0.240 0.192 0.142 0.071 0.031 0.006 175 M 0.139 0.174 0.207 0.206 0.158 0.099 0.017 176 V 0.193 0.211 0.172 0.160 0.137 0.100 0.027 177 V 0.099 0.124 0.157 0.220 0.218 0.152 0.030 178 G 0.182 0.231 0.193 0.178 0.126 0.074 0.016 179 K 0.060 0.102 0.150 0.215 0.223 0.195 0.054 180 P 0.075 0.132 0.188 0.249 0.212 0.122 0.023 181 E 0.108 0.251 0.267 0.211 0.106 0.047 0.010 182 K 0.123 0.202 0.194 0.215 0.164 0.086 0.016 183 T 0.084 0.285 0.310 0.205 0.089 0.024 0.003 184 F 0.004 0.013 0.035 0.135 0.351 0.404 0.058 185 F 0.002 0.010 0.022 0.061 0.234 0.521 0.150 186 L 0.010 0.081 0.261 0.354 0.208 0.079 0.006 187 E 0.004 0.068 0.298 0.395 0.189 0.045 0.002 188 A 0.001 0.001 0.004 0.040 0.307 0.605 0.043 189 L 0.001 0.013 0.077 0.303 0.453 0.150 0.003 190 R 0.162 0.535 0.229 0.065 0.009 0.001 0.001 191 D 0.093 0.342 0.361 0.172 0.029 0.003 0.001 192 A 0.008 0.047 0.182 0.388 0.293 0.080 0.002 193 D 0.278 0.479 0.173 0.053 0.014 0.003 0.001 194 C 0.025 0.062 0.164 0.369 0.306 0.072 0.002 195 A 0.224 0.478 0.203 0.072 0.019 0.004 0.001 196 P 0.032 0.156 0.282 0.335 0.164 0.029 0.002 197 E 0.066 0.285 0.265 0.226 0.119 0.036 0.004 198 E 0.001 0.020 0.114 0.360 0.371 0.123 0.010 199 A 0.001 0.001 0.007 0.032 0.156 0.620 0.185 200 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.393 0.568 201 M 0.001 0.001 0.001 0.007 0.038 0.235 0.718 202 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.215 0.765 203 G 0.001 0.002 0.009 0.044 0.149 0.402 0.394 204 D 0.001 0.007 0.027 0.102 0.256 0.438 0.169 205 D 0.003 0.033 0.106 0.221 0.305 0.268 0.063 206 C 0.021 0.078 0.143 0.245 0.267 0.204 0.042 207 R 0.049 0.190 0.261 0.227 0.161 0.091 0.021 208 D 0.033 0.113 0.191 0.259 0.236 0.143 0.026 209 D 0.024 0.076 0.115 0.158 0.233 0.300 0.094 210 V 0.019 0.049 0.100 0.210 0.336 0.259 0.027 211 D 0.051 0.246 0.310 0.221 0.112 0.049 0.011 212 G 0.020 0.041 0.083 0.196 0.305 0.281 0.075 213 A 0.005 0.008 0.014 0.056 0.210 0.505 0.202 214 Q 0.019 0.100 0.219 0.300 0.236 0.105 0.022 215 N 0.026 0.099 0.186 0.237 0.224 0.183 0.044 216 I 0.009 0.034 0.058 0.128 0.249 0.347 0.174 217 G 0.009 0.057 0.146 0.239 0.227 0.209 0.113 218 M 0.001 0.008 0.021 0.069 0.209 0.464 0.227 219 L 0.001 0.004 0.024 0.104 0.235 0.382 0.250 220 G 0.002 0.003 0.007 0.017 0.062 0.354 0.555 221 I 0.001 0.002 0.004 0.009 0.033 0.223 0.727 222 L 0.001 0.004 0.009 0.027 0.086 0.284 0.588 223 V 0.002 0.004 0.009 0.036 0.148 0.404 0.397 224 K 0.010 0.044 0.102 0.227 0.301 0.256 0.060 225 T 0.032 0.127 0.207 0.256 0.218 0.135 0.026 226 G 0.089 0.142 0.191 0.243 0.209 0.108 0.018 227 K 0.145 0.221 0.218 0.202 0.135 0.068 0.010 228 Y 0.072 0.091 0.158 0.243 0.257 0.156 0.023 229 K 0.334 0.317 0.183 0.099 0.045 0.018 0.004 230 A 0.386 0.291 0.169 0.093 0.040 0.018 0.003 231 A 0.488 0.207 0.124 0.096 0.058 0.024 0.002 232 D 0.494 0.283 0.129 0.066 0.023 0.005 0.001 233 E 0.362 0.294 0.201 0.108 0.029 0.005 0.001 234 E 0.637 0.258 0.074 0.025 0.006 0.001 0.001 235 K 0.395 0.325 0.178 0.079 0.019 0.003 0.001 236 I 0.083 0.128 0.238 0.337 0.181 0.033 0.001 237 N 0.363 0.327 0.173 0.095 0.034 0.008 0.001 238 P 0.399 0.310 0.170 0.089 0.027 0.006 0.001 239 P 0.116 0.254 0.284 0.221 0.099 0.026 0.001 240 P 0.017 0.046 0.105 0.254 0.349 0.212 0.017 241 Y 0.025 0.114 0.238 0.303 0.210 0.101 0.010 242 L 0.009 0.030 0.063 0.155 0.309 0.367 0.066 243 T 0.012 0.051 0.122 0.256 0.309 0.227 0.024 244 C 0.008 0.032 0.078 0.197 0.347 0.303 0.034 245 E 0.048 0.201 0.274 0.252 0.148 0.063 0.014 246 S 0.022 0.153 0.241 0.266 0.196 0.108 0.014 247 F 0.002 0.012 0.047 0.182 0.390 0.328 0.038 248 P 0.108 0.368 0.306 0.155 0.049 0.012 0.001 249 H 0.040 0.215 0.335 0.267 0.111 0.029 0.002 250 A 0.008 0.011 0.018 0.079 0.320 0.513 0.050 251 V 0.010 0.045 0.163 0.348 0.312 0.118 0.005 252 D 0.104 0.465 0.312 0.095 0.020 0.005 0.001 253 H 0.031 0.079 0.213 0.370 0.243 0.061 0.002 254 I 0.037 0.023 0.032 0.116 0.330 0.425 0.037 255 L 0.123 0.286 0.312 0.193 0.069 0.017 0.001 256 Q 0.501 0.337 0.111 0.039 0.009 0.002 0.001 257 H 0.209 0.218 0.243 0.225 0.084 0.020 0.001 258 L 0.326 0.223 0.194 0.155 0.075 0.025 0.001 259 L 0.533 0.186 0.109 0.082 0.056 0.031 0.004