# TARGET T0341 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0341.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2264 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.116 0.276 0.011 0.011 0.014 0.058 0.132 0.381 2 A 0.105 0.142 0.015 0.012 0.010 0.066 0.197 0.452 3 A 0.164 0.138 0.008 0.012 0.014 0.060 0.128 0.477 4 R 0.137 0.048 0.012 0.005 0.011 0.084 0.101 0.601 5 R 0.026 0.026 0.030 0.016 0.022 0.176 0.074 0.631 6 A 0.026 0.015 0.053 0.010 0.021 0.161 0.089 0.626 7 L 0.011 0.010 0.078 0.024 0.029 0.222 0.120 0.506 8 K 0.002 0.004 0.483 0.039 0.082 0.091 0.124 0.174 9 A 0.002 0.002 0.608 0.041 0.078 0.031 0.112 0.126 10 V 0.002 0.001 0.802 0.063 0.051 0.014 0.026 0.041 11 L 0.002 0.001 0.744 0.052 0.076 0.021 0.041 0.064 12 V 0.003 0.001 0.699 0.050 0.068 0.061 0.045 0.072 13 D 0.094 0.004 0.330 0.023 0.034 0.188 0.125 0.203 14 L 0.072 0.008 0.074 0.012 0.016 0.261 0.112 0.446 15 N 0.014 0.005 0.064 0.005 0.019 0.213 0.048 0.631 16 G 0.026 0.010 0.217 0.029 0.090 0.143 0.164 0.319 17 T 0.022 0.020 0.268 0.090 0.103 0.095 0.120 0.281 18 L 0.015 0.025 0.284 0.068 0.101 0.081 0.062 0.364 19 H 0.037 0.027 0.225 0.089 0.110 0.106 0.063 0.343 20 I 0.165 0.060 0.094 0.043 0.047 0.115 0.135 0.340 21 E 0.180 0.164 0.023 0.012 0.021 0.078 0.110 0.412 22 D 0.164 0.153 0.016 0.007 0.010 0.083 0.070 0.497 23 A 0.023 0.158 0.022 0.020 0.017 0.104 0.118 0.537 24 A 0.028 0.652 0.003 0.003 0.004 0.033 0.022 0.257 25 V 0.065 0.831 0.002 0.001 0.001 0.009 0.057 0.033 26 P 0.014 0.881 0.002 0.001 0.001 0.008 0.053 0.039 27 G 0.012 0.946 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.014 28 A 0.006 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.005 29 Q 0.007 0.955 0.003 0.001 0.001 0.001 0.027 0.006 30 E 0.005 0.947 0.003 0.001 0.001 0.002 0.026 0.016 31 A 0.011 0.959 0.004 0.001 0.001 0.002 0.018 0.007 32 L 0.023 0.923 0.007 0.001 0.001 0.002 0.035 0.010 33 K 0.027 0.879 0.006 0.001 0.001 0.005 0.021 0.062 34 R 0.041 0.070 0.020 0.001 0.001 0.017 0.775 0.077 35 L 0.011 0.016 0.012 0.001 0.001 0.010 0.927 0.023 36 R 0.313 0.091 0.010 0.001 0.002 0.038 0.085 0.459 37 A 0.056 0.012 0.006 0.001 0.001 0.055 0.019 0.850 38 T 0.020 0.011 0.032 0.004 0.009 0.159 0.032 0.732 39 S 0.059 0.009 0.038 0.004 0.011 0.149 0.049 0.682 40 V 0.030 0.005 0.095 0.017 0.013 0.170 0.049 0.621 41 M 0.024 0.006 0.248 0.018 0.033 0.141 0.064 0.466 42 V 0.012 0.003 0.218 0.029 0.050 0.090 0.114 0.484 43 R 0.002 0.001 0.683 0.050 0.070 0.036 0.053 0.105 44 F 0.008 0.002 0.384 0.056 0.091 0.056 0.061 0.342 45 V 0.019 0.004 0.329 0.118 0.085 0.078 0.060 0.307 46 T 0.034 0.011 0.186 0.037 0.074 0.105 0.097 0.457 47 N 0.126 0.022 0.053 0.030 0.057 0.136 0.068 0.507 48 T 0.053 0.016 0.030 0.023 0.031 0.121 0.087 0.640 49 T 0.048 0.077 0.021 0.016 0.025 0.140 0.089 0.585 50 K 0.042 0.152 0.015 0.014 0.025 0.135 0.047 0.571 51 E 0.023 0.185 0.011 0.014 0.012 0.099 0.048 0.609 52 T 0.021 0.914 0.001 0.001 0.001 0.007 0.024 0.030 53 K 0.007 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 54 K 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 55 D 0.005 0.951 0.002 0.001 0.001 0.002 0.030 0.008 56 L 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 57 L 0.018 0.946 0.003 0.001 0.001 0.002 0.023 0.008 58 E 0.025 0.755 0.021 0.005 0.003 0.009 0.100 0.081 59 R 0.130 0.576 0.017 0.003 0.003 0.025 0.078 0.167 60 L 0.351 0.129 0.067 0.007 0.004 0.047 0.158 0.239 61 K 0.150 0.074 0.012 0.004 0.004 0.064 0.027 0.664 62 K 0.036 0.014 0.006 0.001 0.002 0.041 0.015 0.886 63 L 0.057 0.029 0.015 0.008 0.008 0.144 0.023 0.716 64 E 0.070 0.017 0.033 0.015 0.020 0.101 0.083 0.660 65 F 0.043 0.019 0.017 0.010 0.011 0.116 0.039 0.747 66 E 0.041 0.030 0.068 0.022 0.025 0.130 0.047 0.637 67 I 0.052 0.018 0.017 0.007 0.007 0.097 0.016 0.786 68 S 0.337 0.123 0.019 0.009 0.010 0.058 0.081 0.363 69 E 0.169 0.104 0.012 0.006 0.013 0.094 0.058 0.543 70 D 0.035 0.037 0.022 0.015 0.032 0.096 0.157 0.606 71 E 0.016 0.069 0.034 0.050 0.063 0.112 0.173 0.484 72 I 0.031 0.121 0.030 0.025 0.052 0.139 0.058 0.544 73 F 0.027 0.092 0.043 0.036 0.037 0.103 0.192 0.471 74 T 0.028 0.562 0.010 0.009 0.009 0.038 0.165 0.180 75 S 0.012 0.939 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.021 76 L 0.008 0.935 0.002 0.001 0.001 0.005 0.025 0.022 77 T 0.007 0.353 0.004 0.002 0.002 0.008 0.605 0.019 78 A 0.004 0.932 0.001 0.001 0.001 0.003 0.053 0.006 79 A 0.009 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.006 80 R 0.009 0.928 0.005 0.002 0.001 0.004 0.028 0.023 81 N 0.011 0.887 0.012 0.001 0.002 0.008 0.043 0.036 82 L 0.061 0.807 0.026 0.002 0.001 0.010 0.057 0.036 83 I 0.238 0.329 0.095 0.006 0.004 0.030 0.191 0.107 84 E 0.212 0.136 0.024 0.002 0.002 0.043 0.085 0.496 85 Q 0.129 0.045 0.025 0.002 0.002 0.055 0.056 0.686 86 K 0.044 0.026 0.021 0.004 0.003 0.107 0.031 0.764 87 Q 0.022 0.022 0.008 0.002 0.003 0.085 0.016 0.841 88 V 0.043 0.066 0.013 0.003 0.004 0.103 0.018 0.749 89 R 0.169 0.217 0.037 0.011 0.011 0.088 0.069 0.397 90 P 0.137 0.271 0.029 0.009 0.013 0.073 0.057 0.411 91 M 0.066 0.169 0.085 0.019 0.028 0.082 0.109 0.441 92 L 0.059 0.242 0.089 0.024 0.028 0.097 0.054 0.407 93 L 0.082 0.150 0.069 0.019 0.023 0.106 0.064 0.488 94 L 0.084 0.173 0.060 0.016 0.015 0.082 0.135 0.436 95 D 0.193 0.525 0.008 0.004 0.006 0.025 0.067 0.173 96 D 0.182 0.357 0.009 0.003 0.004 0.050 0.038 0.358 97 R 0.014 0.360 0.022 0.013 0.012 0.076 0.067 0.436 98 A 0.053 0.648 0.006 0.001 0.003 0.032 0.029 0.228 99 L 0.111 0.131 0.014 0.003 0.002 0.026 0.652 0.061 100 P 0.035 0.420 0.017 0.004 0.004 0.046 0.296 0.178 101 E 0.117 0.547 0.010 0.001 0.003 0.031 0.050 0.241 102 F 0.085 0.394 0.030 0.009 0.010 0.080 0.088 0.304 103 T 0.055 0.093 0.022 0.006 0.016 0.069 0.414 0.324 104 G 0.065 0.112 0.022 0.010 0.013 0.111 0.242 0.426 105 V 0.076 0.061 0.060 0.031 0.042 0.139 0.118 0.472 106 Q 0.118 0.023 0.031 0.020 0.029 0.135 0.071 0.572 107 T 0.014 0.005 0.041 0.012 0.021 0.139 0.081 0.685 108 Q 0.027 0.005 0.042 0.006 0.009 0.149 0.045 0.717 109 D 0.288 0.015 0.025 0.010 0.008 0.132 0.112 0.409 110 P 0.021 0.006 0.034 0.006 0.010 0.221 0.038 0.665 111 N 0.006 0.004 0.300 0.014 0.060 0.130 0.090 0.395 112 A 0.004 0.003 0.355 0.054 0.089 0.079 0.136 0.282 113 V 0.005 0.002 0.629 0.066 0.056 0.043 0.050 0.149 114 V 0.025 0.004 0.535 0.054 0.074 0.051 0.066 0.191 115 I 0.043 0.006 0.350 0.045 0.058 0.114 0.060 0.323 116 G 0.019 0.006 0.152 0.020 0.036 0.171 0.051 0.545 117 L 0.041 0.014 0.039 0.011 0.019 0.152 0.054 0.671 118 A 0.335 0.043 0.022 0.012 0.015 0.114 0.106 0.352 119 P 0.127 0.042 0.017 0.012 0.016 0.127 0.073 0.586 120 E 0.048 0.058 0.020 0.012 0.035 0.098 0.075 0.655 121 H 0.085 0.087 0.019 0.014 0.023 0.120 0.047 0.605 122 F 0.022 0.104 0.046 0.049 0.039 0.136 0.073 0.531 123 H 0.052 0.479 0.009 0.003 0.006 0.044 0.035 0.372 124 Y 0.119 0.498 0.008 0.002 0.002 0.014 0.308 0.051 125 Q 0.012 0.731 0.009 0.003 0.002 0.019 0.127 0.096 126 L 0.008 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.017 127 L 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 128 N 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.005 129 Q 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 130 A 0.007 0.965 0.003 0.001 0.001 0.001 0.021 0.003 131 F 0.017 0.928 0.010 0.001 0.001 0.001 0.036 0.007 132 R 0.046 0.712 0.028 0.002 0.002 0.010 0.071 0.129 133 L 0.061 0.023 0.405 0.004 0.002 0.023 0.356 0.126 134 L 0.813 0.005 0.020 0.002 0.001 0.016 0.054 0.088 135 L 0.433 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 0.007 0.544 136 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.071 0.001 0.923 137 G 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.080 0.004 0.903 138 A 0.016 0.001 0.074 0.022 0.009 0.254 0.053 0.572 139 P 0.002 0.001 0.578 0.013 0.016 0.064 0.072 0.253 140 L 0.001 0.001 0.787 0.019 0.040 0.015 0.074 0.064 141 I 0.001 0.001 0.887 0.024 0.021 0.006 0.021 0.040 142 A 0.002 0.002 0.872 0.036 0.025 0.010 0.012 0.041 143 I 0.010 0.016 0.618 0.031 0.054 0.051 0.043 0.176 144 H 0.086 0.109 0.221 0.031 0.044 0.130 0.073 0.306 145 K 0.089 0.203 0.056 0.014 0.023 0.116 0.061 0.438 146 A 0.116 0.500 0.013 0.007 0.011 0.060 0.052 0.242 147 R 0.054 0.556 0.016 0.014 0.016 0.044 0.084 0.216 148 Y 0.034 0.568 0.011 0.015 0.019 0.047 0.063 0.243 149 Y 0.076 0.583 0.012 0.017 0.020 0.038 0.093 0.163 150 K 0.047 0.459 0.016 0.021 0.026 0.053 0.151 0.228 151 R 0.093 0.615 0.008 0.008 0.012 0.030 0.089 0.146 152 K 0.105 0.472 0.014 0.016 0.016 0.041 0.077 0.259 153 D 0.067 0.255 0.034 0.022 0.038 0.084 0.137 0.363 154 G 0.211 0.099 0.032 0.018 0.026 0.072 0.154 0.388 155 L 0.259 0.032 0.025 0.029 0.024 0.102 0.094 0.435 156 A 0.026 0.012 0.014 0.007 0.013 0.083 0.029 0.815 157 L 0.029 0.015 0.016 0.008 0.015 0.154 0.019 0.743 158 G 0.049 0.056 0.025 0.022 0.025 0.126 0.060 0.637 159 P 0.088 0.136 0.012 0.006 0.009 0.088 0.055 0.606 160 G 0.087 0.109 0.027 0.015 0.013 0.060 0.455 0.233 161 P 0.041 0.382 0.030 0.012 0.011 0.073 0.162 0.289 162 F 0.099 0.544 0.019 0.005 0.008 0.033 0.086 0.206 163 V 0.089 0.572 0.027 0.011 0.011 0.043 0.063 0.184 164 T 0.033 0.546 0.026 0.008 0.017 0.053 0.069 0.247 165 A 0.037 0.531 0.036 0.007 0.016 0.062 0.103 0.208 166 L 0.029 0.185 0.054 0.026 0.033 0.062 0.467 0.144 167 E 0.021 0.180 0.054 0.029 0.044 0.073 0.370 0.229 168 Y 0.032 0.206 0.169 0.032 0.065 0.064 0.216 0.215 169 A 0.020 0.115 0.193 0.088 0.123 0.097 0.115 0.249 170 T 0.032 0.081 0.213 0.066 0.098 0.093 0.082 0.337 171 D 0.096 0.220 0.054 0.049 0.070 0.091 0.097 0.323 172 T 0.100 0.163 0.052 0.032 0.046 0.105 0.079 0.423 173 K 0.102 0.158 0.024 0.031 0.047 0.106 0.068 0.464 174 A 0.038 0.035 0.081 0.044 0.067 0.097 0.144 0.495 175 M 0.156 0.023 0.038 0.081 0.114 0.102 0.069 0.418 176 V 0.229 0.005 0.022 0.044 0.056 0.066 0.037 0.541 177 V 0.011 0.002 0.015 0.034 0.074 0.109 0.014 0.741 178 G 0.011 0.002 0.010 0.013 0.039 0.089 0.016 0.819 179 K 0.012 0.005 0.009 0.041 0.026 0.164 0.017 0.725 180 P 0.030 0.049 0.007 0.007 0.006 0.078 0.032 0.792 181 E 0.140 0.769 0.001 0.001 0.001 0.009 0.029 0.051 182 K 0.028 0.890 0.001 0.001 0.001 0.008 0.024 0.049 183 T 0.007 0.941 0.002 0.001 0.001 0.004 0.026 0.020 184 F 0.005 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.006 185 F 0.009 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.003 186 L 0.007 0.867 0.004 0.001 0.001 0.002 0.109 0.009 187 E 0.009 0.923 0.012 0.001 0.001 0.003 0.031 0.020 188 A 0.175 0.602 0.069 0.002 0.002 0.016 0.085 0.050 189 L 0.275 0.059 0.193 0.006 0.002 0.029 0.304 0.130 190 R 0.426 0.016 0.009 0.001 0.001 0.027 0.019 0.501 191 D 0.112 0.002 0.006 0.001 0.001 0.039 0.008 0.831 192 A 0.010 0.001 0.009 0.002 0.002 0.115 0.009 0.852 193 D 0.007 0.001 0.005 0.001 0.003 0.080 0.005 0.898 194 C 0.007 0.001 0.012 0.002 0.001 0.127 0.008 0.842 195 A 0.256 0.018 0.046 0.005 0.003 0.131 0.069 0.472 196 P 0.338 0.030 0.015 0.002 0.003 0.104 0.066 0.443 197 E 0.016 0.014 0.066 0.005 0.012 0.167 0.048 0.672 198 E 0.008 0.009 0.383 0.032 0.106 0.086 0.122 0.255 199 A 0.006 0.006 0.264 0.064 0.130 0.085 0.130 0.315 200 V 0.004 0.003 0.595 0.100 0.133 0.037 0.034 0.093 201 M 0.014 0.005 0.410 0.098 0.181 0.061 0.050 0.182 202 I 0.058 0.014 0.236 0.091 0.109 0.134 0.081 0.276 203 G 0.038 0.018 0.078 0.025 0.051 0.158 0.045 0.586 204 D 0.076 0.033 0.028 0.012 0.021 0.146 0.071 0.612 205 D 0.126 0.106 0.047 0.020 0.016 0.127 0.160 0.399 206 C 0.189 0.220 0.011 0.008 0.011 0.076 0.078 0.406 207 R 0.175 0.248 0.012 0.007 0.009 0.068 0.078 0.404 208 D 0.020 0.297 0.013 0.015 0.023 0.090 0.078 0.463 209 D 0.020 0.821 0.006 0.003 0.007 0.022 0.023 0.098 210 V 0.039 0.809 0.008 0.006 0.005 0.021 0.050 0.061 211 D 0.029 0.499 0.069 0.021 0.016 0.022 0.269 0.075 212 G 0.097 0.692 0.016 0.004 0.008 0.015 0.120 0.047 213 A 0.198 0.119 0.147 0.010 0.011 0.036 0.348 0.130 214 Q 0.379 0.100 0.018 0.023 0.017 0.046 0.071 0.346 215 N 0.034 0.012 0.007 0.001 0.003 0.047 0.026 0.870 216 I 0.009 0.010 0.073 0.013 0.021 0.266 0.042 0.567 217 G 0.105 0.018 0.082 0.019 0.042 0.165 0.123 0.446 218 M 0.033 0.008 0.036 0.014 0.012 0.138 0.059 0.700 219 L 0.006 0.008 0.466 0.033 0.109 0.095 0.078 0.205 220 G 0.009 0.006 0.318 0.050 0.124 0.052 0.136 0.305 221 I 0.002 0.001 0.709 0.097 0.065 0.018 0.045 0.062 222 L 0.002 0.002 0.671 0.051 0.095 0.024 0.051 0.102 223 V 0.037 0.004 0.375 0.135 0.122 0.073 0.056 0.197 224 K 0.089 0.007 0.151 0.051 0.076 0.110 0.056 0.461 225 T 0.048 0.012 0.035 0.016 0.042 0.129 0.027 0.692 226 G 0.032 0.020 0.050 0.030 0.063 0.139 0.043 0.624 227 K 0.036 0.032 0.032 0.044 0.041 0.113 0.041 0.661 228 Y 0.080 0.095 0.032 0.049 0.035 0.088 0.061 0.560 229 K 0.120 0.257 0.017 0.016 0.017 0.071 0.051 0.450 230 A 0.178 0.346 0.014 0.009 0.010 0.053 0.048 0.342 231 A 0.096 0.286 0.023 0.015 0.013 0.060 0.081 0.426 232 D 0.203 0.317 0.009 0.009 0.012 0.043 0.121 0.285 233 E 0.242 0.069 0.019 0.015 0.018 0.062 0.246 0.330 234 E 0.139 0.027 0.009 0.020 0.025 0.090 0.101 0.588 235 K 0.074 0.005 0.005 0.007 0.011 0.065 0.027 0.805 236 I 0.022 0.002 0.007 0.007 0.013 0.152 0.016 0.783 237 N 0.023 0.002 0.015 0.006 0.012 0.121 0.025 0.797 238 P 0.070 0.005 0.017 0.007 0.010 0.146 0.026 0.719 239 P 0.045 0.008 0.056 0.014 0.017 0.159 0.081 0.621 240 P 0.013 0.012 0.197 0.030 0.078 0.123 0.091 0.456 241 Y 0.010 0.006 0.326 0.038 0.092 0.054 0.093 0.380 242 L 0.003 0.003 0.558 0.131 0.078 0.032 0.046 0.149 243 T 0.009 0.010 0.470 0.052 0.092 0.043 0.088 0.236 244 C 0.119 0.030 0.240 0.050 0.048 0.082 0.105 0.325 245 E 0.016 0.018 0.102 0.025 0.020 0.129 0.086 0.604 246 S 0.054 0.344 0.011 0.002 0.003 0.058 0.039 0.489 247 F 0.195 0.620 0.004 0.001 0.001 0.017 0.089 0.072 248 P 0.070 0.634 0.010 0.003 0.002 0.027 0.111 0.145 249 H 0.035 0.770 0.003 0.001 0.001 0.014 0.083 0.093 250 A 0.021 0.941 0.002 0.001 0.001 0.004 0.015 0.017 251 V 0.024 0.918 0.003 0.001 0.001 0.005 0.025 0.022 252 D 0.017 0.805 0.014 0.001 0.001 0.010 0.063 0.088 253 H 0.082 0.579 0.052 0.002 0.003 0.028 0.178 0.077 254 I 0.274 0.284 0.110 0.006 0.003 0.033 0.186 0.103 255 L 0.244 0.107 0.024 0.003 0.005 0.045 0.046 0.526 256 Q 0.041 0.016 0.018 0.002 0.003 0.056 0.036 0.829 257 H 0.029 0.017 0.036 0.013 0.014 0.160 0.057 0.675 258 L 0.038 0.010 0.031 0.011 0.018 0.133 0.042 0.716 259 L 0.044 0.008 0.025 0.011 0.014 0.120 0.035 0.742