# TARGET T0341 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0341.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2264 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.035 0.020 0.021 0.014 0.028 0.082 0.005 0.795 2 A 0.033 0.027 0.013 0.010 0.025 0.099 0.005 0.787 3 A 0.068 0.056 0.009 0.010 0.025 0.150 0.009 0.673 4 R 0.144 0.148 0.014 0.012 0.023 0.152 0.016 0.492 5 R 0.197 0.249 0.018 0.027 0.027 0.141 0.023 0.318 6 A 0.259 0.142 0.024 0.028 0.034 0.102 0.037 0.374 7 L 0.323 0.072 0.099 0.081 0.106 0.096 0.036 0.189 8 K 0.065 0.041 0.302 0.220 0.178 0.060 0.018 0.117 9 A 0.013 0.012 0.355 0.131 0.202 0.040 0.007 0.240 10 V 0.004 0.002 0.671 0.158 0.142 0.007 0.002 0.013 11 L 0.001 0.002 0.718 0.114 0.103 0.006 0.001 0.055 12 V 0.001 0.001 0.772 0.087 0.097 0.006 0.001 0.036 13 D 0.001 0.002 0.470 0.167 0.207 0.027 0.001 0.125 14 L 0.003 0.003 0.363 0.065 0.214 0.088 0.004 0.261 15 N 0.006 0.001 0.037 0.012 0.036 0.578 0.008 0.321 16 G 0.238 0.007 0.050 0.042 0.020 0.126 0.089 0.429 17 T 0.440 0.003 0.031 0.011 0.022 0.391 0.009 0.095 18 L 0.048 0.014 0.119 0.150 0.186 0.128 0.008 0.347 19 H 0.027 0.029 0.057 0.198 0.429 0.087 0.004 0.168 20 I 0.031 0.024 0.066 0.166 0.320 0.084 0.007 0.302 21 E 0.044 0.039 0.037 0.070 0.181 0.109 0.007 0.513 22 D 0.062 0.030 0.013 0.022 0.073 0.146 0.012 0.642 23 A 0.059 0.033 0.010 0.012 0.017 0.145 0.014 0.709 24 A 0.126 0.083 0.013 0.007 0.011 0.285 0.029 0.445 25 V 0.303 0.135 0.022 0.011 0.022 0.102 0.011 0.394 26 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 27 G 0.007 0.077 0.004 0.004 0.010 0.204 0.002 0.692 28 A 0.113 0.509 0.005 0.002 0.004 0.067 0.007 0.293 29 Q 0.011 0.908 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.072 30 E 0.006 0.912 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.068 31 A 0.008 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029 32 L 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 33 K 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 34 R 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 35 L 0.009 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 36 R 0.018 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 37 A 0.031 0.930 0.004 0.001 0.001 0.002 0.014 0.018 38 T 0.181 0.689 0.014 0.003 0.001 0.003 0.082 0.027 39 S 0.523 0.141 0.042 0.006 0.003 0.008 0.156 0.123 40 V 0.045 0.047 0.640 0.019 0.016 0.036 0.015 0.181 41 M 0.017 0.035 0.157 0.043 0.054 0.112 0.009 0.573 42 V 0.021 0.039 0.186 0.048 0.070 0.060 0.006 0.570 43 R 0.019 0.038 0.357 0.109 0.090 0.087 0.006 0.296 44 F 0.019 0.029 0.234 0.084 0.093 0.070 0.004 0.467 45 V 0.026 0.057 0.251 0.178 0.210 0.061 0.007 0.210 46 T 0.018 0.083 0.115 0.099 0.139 0.079 0.007 0.460 47 N 0.062 0.063 0.084 0.038 0.075 0.090 0.021 0.566 48 T 0.090 0.018 0.020 0.008 0.013 0.556 0.013 0.281 49 T 0.204 0.029 0.012 0.007 0.010 0.257 0.023 0.457 50 K 0.109 0.097 0.033 0.014 0.019 0.258 0.016 0.455 51 E 0.041 0.045 0.017 0.009 0.012 0.432 0.009 0.434 52 T 0.065 0.095 0.009 0.006 0.015 0.380 0.006 0.425 53 K 0.047 0.142 0.008 0.004 0.022 0.053 0.005 0.719 54 K 0.013 0.086 0.004 0.001 0.006 0.160 0.003 0.725 55 D 0.022 0.146 0.001 0.001 0.002 0.384 0.003 0.442 56 L 0.009 0.932 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.051 57 L 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 58 E 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 59 R 0.016 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 60 L 0.043 0.933 0.002 0.001 0.002 0.001 0.008 0.011 61 K 0.039 0.888 0.010 0.004 0.004 0.004 0.018 0.033 62 K 0.122 0.626 0.025 0.006 0.005 0.009 0.059 0.149 63 L 0.296 0.308 0.126 0.012 0.011 0.021 0.072 0.154 64 E 0.062 0.093 0.045 0.013 0.011 0.050 0.028 0.698 65 F 0.059 0.035 0.133 0.022 0.032 0.069 0.013 0.636 66 E 0.051 0.031 0.046 0.035 0.032 0.193 0.009 0.601 67 I 0.093 0.029 0.063 0.022 0.039 0.088 0.007 0.659 68 S 0.046 0.068 0.052 0.044 0.073 0.178 0.007 0.531 69 E 0.044 0.037 0.033 0.014 0.032 0.084 0.010 0.746 70 D 0.067 0.080 0.022 0.014 0.021 0.225 0.015 0.557 71 E 0.392 0.071 0.025 0.013 0.016 0.165 0.031 0.287 72 I 0.247 0.186 0.075 0.022 0.028 0.129 0.016 0.298 73 F 0.066 0.181 0.140 0.052 0.068 0.126 0.014 0.352 74 T 0.034 0.180 0.045 0.031 0.043 0.112 0.006 0.549 75 S 0.033 0.171 0.023 0.012 0.039 0.096 0.006 0.620 76 L 0.030 0.149 0.012 0.004 0.014 0.271 0.005 0.514 77 T 0.026 0.220 0.002 0.002 0.003 0.481 0.004 0.262 78 A 0.011 0.921 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.040 79 A 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 80 R 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 81 N 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 82 L 0.014 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 83 I 0.009 0.974 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.010 84 E 0.014 0.945 0.002 0.001 0.001 0.003 0.007 0.027 85 Q 0.055 0.890 0.003 0.001 0.001 0.003 0.020 0.028 86 K 0.117 0.779 0.008 0.002 0.001 0.003 0.046 0.043 87 Q 0.356 0.222 0.038 0.008 0.006 0.020 0.127 0.224 88 V 0.148 0.141 0.241 0.016 0.018 0.042 0.049 0.346 89 R 0.030 0.044 0.070 0.017 0.021 0.057 0.007 0.754 90 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 91 M 0.041 0.023 0.084 0.035 0.066 0.163 0.007 0.581 92 L 0.275 0.049 0.116 0.028 0.029 0.102 0.013 0.388 93 L 0.181 0.106 0.099 0.056 0.070 0.088 0.012 0.389 94 L 0.225 0.111 0.136 0.046 0.075 0.096 0.008 0.303 95 D 0.104 0.102 0.059 0.027 0.066 0.103 0.012 0.527 96 D 0.045 0.055 0.018 0.006 0.022 0.050 0.010 0.796 97 R 0.097 0.064 0.008 0.005 0.008 0.237 0.022 0.559 98 A 0.275 0.089 0.007 0.003 0.005 0.362 0.048 0.210 99 L 0.213 0.399 0.022 0.011 0.018 0.038 0.008 0.289 100 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 101 E 0.014 0.163 0.005 0.008 0.019 0.110 0.004 0.676 102 F 0.170 0.631 0.006 0.004 0.007 0.018 0.012 0.154 103 T 0.059 0.812 0.008 0.008 0.013 0.011 0.008 0.081 104 G 0.106 0.683 0.014 0.009 0.009 0.012 0.013 0.154 105 V 0.142 0.624 0.037 0.012 0.012 0.022 0.020 0.130 106 Q 0.094 0.615 0.024 0.019 0.023 0.032 0.031 0.162 107 T 0.145 0.367 0.070 0.030 0.045 0.040 0.033 0.269 108 Q 0.093 0.192 0.057 0.028 0.039 0.079 0.046 0.466 109 D 0.136 0.101 0.037 0.030 0.032 0.082 0.025 0.556 110 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 111 N 0.019 0.012 0.030 0.035 0.057 0.403 0.010 0.435 112 A 0.439 0.026 0.069 0.033 0.038 0.116 0.018 0.261 113 V 0.139 0.073 0.107 0.085 0.099 0.079 0.010 0.409 114 V 0.034 0.044 0.322 0.123 0.155 0.062 0.005 0.255 115 I 0.022 0.059 0.136 0.155 0.209 0.053 0.005 0.361 116 G 0.031 0.042 0.094 0.116 0.228 0.056 0.015 0.419 117 L 0.076 0.034 0.097 0.074 0.136 0.079 0.024 0.480 118 A 0.062 0.033 0.087 0.064 0.102 0.109 0.013 0.531 119 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 120 E 0.022 0.013 0.022 0.018 0.032 0.115 0.008 0.771 121 H 0.519 0.020 0.025 0.009 0.011 0.055 0.022 0.339 122 F 0.196 0.042 0.114 0.033 0.027 0.074 0.015 0.499 123 H 0.036 0.027 0.057 0.014 0.024 0.098 0.004 0.740 124 Y 0.075 0.080 0.080 0.018 0.074 0.145 0.006 0.521 125 Q 0.027 0.063 0.017 0.005 0.014 0.170 0.004 0.701 126 L 0.053 0.110 0.006 0.003 0.005 0.330 0.006 0.487 127 L 0.144 0.470 0.008 0.002 0.005 0.059 0.008 0.303 128 N 0.012 0.801 0.005 0.001 0.003 0.021 0.003 0.155 129 Q 0.009 0.827 0.002 0.001 0.001 0.024 0.002 0.134 130 A 0.010 0.949 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.034 131 F 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 132 R 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 133 L 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 134 L 0.034 0.936 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.012 135 L 0.040 0.922 0.006 0.002 0.002 0.001 0.009 0.016 136 D 0.061 0.756 0.017 0.006 0.005 0.006 0.064 0.085 137 G 0.529 0.037 0.010 0.002 0.001 0.003 0.337 0.080 138 A 0.416 0.010 0.349 0.011 0.003 0.023 0.052 0.136 139 P 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 140 L 0.002 0.001 0.390 0.053 0.133 0.038 0.001 0.382 141 I 0.006 0.001 0.834 0.033 0.032 0.009 0.001 0.085 142 A 0.003 0.001 0.826 0.046 0.041 0.014 0.001 0.069 143 I 0.003 0.001 0.826 0.033 0.045 0.017 0.001 0.074 144 H 0.009 0.002 0.295 0.050 0.105 0.100 0.003 0.437 145 K 0.017 0.002 0.082 0.016 0.045 0.179 0.004 0.656 146 A 0.016 0.002 0.025 0.008 0.019 0.207 0.005 0.718 147 R 0.084 0.010 0.016 0.012 0.021 0.232 0.012 0.613 148 Y 0.103 0.034 0.020 0.014 0.023 0.194 0.009 0.603 149 Y 0.115 0.098 0.026 0.032 0.057 0.163 0.010 0.499 150 K 0.094 0.186 0.026 0.031 0.057 0.099 0.011 0.496 151 R 0.077 0.267 0.040 0.030 0.086 0.083 0.012 0.405 152 K 0.043 0.275 0.017 0.018 0.035 0.089 0.010 0.513 153 D 0.082 0.429 0.013 0.013 0.025 0.057 0.014 0.367 154 G 0.191 0.515 0.023 0.015 0.028 0.041 0.024 0.162 155 L 0.182 0.539 0.043 0.022 0.024 0.036 0.031 0.123 156 A 0.224 0.372 0.056 0.018 0.025 0.034 0.049 0.223 157 L 0.225 0.237 0.084 0.020 0.028 0.033 0.061 0.313 158 G 0.151 0.104 0.097 0.023 0.031 0.075 0.032 0.487 159 P 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.007 0.001 0.978 160 G 0.051 0.028 0.034 0.015 0.024 0.109 0.010 0.729 161 P 0.045 0.015 0.015 0.003 0.004 0.043 0.004 0.870 162 F 0.070 0.091 0.041 0.021 0.044 0.185 0.008 0.541 163 V 0.121 0.183 0.045 0.020 0.041 0.113 0.008 0.470 164 T 0.046 0.307 0.016 0.018 0.026 0.110 0.009 0.468 165 A 0.088 0.401 0.017 0.012 0.022 0.090 0.014 0.356 166 L 0.082 0.684 0.016 0.018 0.027 0.039 0.015 0.119 167 E 0.051 0.657 0.031 0.039 0.039 0.040 0.019 0.125 168 Y 0.063 0.574 0.044 0.035 0.049 0.030 0.019 0.186 169 A 0.121 0.509 0.070 0.067 0.083 0.029 0.025 0.097 170 T 0.044 0.427 0.117 0.126 0.086 0.026 0.019 0.156 171 D 0.031 0.188 0.100 0.091 0.112 0.041 0.026 0.411 172 T 0.064 0.079 0.103 0.056 0.104 0.078 0.017 0.499 173 K 0.038 0.069 0.039 0.057 0.078 0.229 0.019 0.472 174 A 0.093 0.053 0.028 0.036 0.053 0.150 0.016 0.570 175 M 0.112 0.132 0.061 0.082 0.091 0.106 0.015 0.402 176 V 0.073 0.112 0.048 0.097 0.109 0.092 0.015 0.453 177 V 0.066 0.089 0.085 0.157 0.206 0.042 0.016 0.338 178 G 0.109 0.073 0.035 0.058 0.119 0.050 0.053 0.503 179 K 0.347 0.022 0.095 0.073 0.088 0.085 0.015 0.275 180 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 181 E 0.011 0.010 0.025 0.025 0.120 0.218 0.003 0.588 182 K 0.067 0.006 0.007 0.001 0.004 0.046 0.003 0.865 183 T 0.077 0.043 0.004 0.003 0.005 0.202 0.003 0.664 184 F 0.113 0.165 0.005 0.003 0.004 0.243 0.004 0.462 185 F 0.037 0.698 0.009 0.003 0.008 0.067 0.005 0.174 186 L 0.006 0.922 0.004 0.002 0.005 0.011 0.001 0.050 187 E 0.008 0.912 0.001 0.001 0.002 0.008 0.002 0.067 188 A 0.014 0.948 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.032 189 L 0.007 0.973 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 190 R 0.010 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 191 D 0.106 0.828 0.003 0.001 0.001 0.001 0.034 0.027 192 A 0.395 0.415 0.013 0.003 0.001 0.001 0.136 0.035 193 D 0.520 0.049 0.043 0.005 0.003 0.010 0.159 0.211 194 C 0.056 0.023 0.746 0.013 0.012 0.018 0.023 0.107 195 A 0.013 0.007 0.043 0.015 0.019 0.199 0.003 0.702 196 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 197 E 0.004 0.001 0.045 0.012 0.028 0.457 0.002 0.452 198 E 0.563 0.003 0.043 0.006 0.005 0.184 0.014 0.183 199 A 0.415 0.054 0.179 0.044 0.054 0.049 0.008 0.197 200 V 0.027 0.027 0.625 0.091 0.106 0.026 0.003 0.095 201 M 0.010 0.019 0.494 0.093 0.115 0.036 0.004 0.229 202 I 0.007 0.021 0.554 0.090 0.191 0.025 0.004 0.108 203 G 0.007 0.030 0.350 0.077 0.138 0.060 0.006 0.331 204 D 0.027 0.012 0.155 0.028 0.063 0.127 0.012 0.576 205 D 0.042 0.010 0.037 0.010 0.016 0.138 0.006 0.740 206 C 0.060 0.011 0.019 0.003 0.009 0.526 0.007 0.365 207 R 0.076 0.015 0.007 0.001 0.003 0.747 0.006 0.146 208 D 0.089 0.135 0.007 0.002 0.004 0.424 0.006 0.334 209 D 0.060 0.506 0.010 0.004 0.006 0.123 0.008 0.284 210 V 0.034 0.718 0.020 0.005 0.011 0.061 0.007 0.144 211 D 0.033 0.609 0.008 0.004 0.015 0.190 0.007 0.136 212 G 0.028 0.889 0.001 0.002 0.005 0.023 0.002 0.050 213 A 0.010 0.963 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.019 214 Q 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 215 N 0.026 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 216 I 0.165 0.735 0.009 0.005 0.003 0.001 0.069 0.013 217 G 0.728 0.036 0.012 0.008 0.004 0.004 0.169 0.040 218 M 0.022 0.018 0.854 0.022 0.017 0.014 0.008 0.045 219 L 0.010 0.021 0.373 0.144 0.142 0.066 0.009 0.236 220 G 0.007 0.003 0.299 0.029 0.046 0.037 0.002 0.576 221 I 0.002 0.002 0.843 0.083 0.045 0.006 0.001 0.018 222 L 0.002 0.003 0.764 0.059 0.051 0.011 0.001 0.110 223 V 0.002 0.002 0.648 0.102 0.170 0.010 0.002 0.064 224 K 0.004 0.008 0.378 0.104 0.179 0.070 0.002 0.256 225 T 0.012 0.007 0.133 0.039 0.107 0.094 0.009 0.600 226 G 0.108 0.008 0.079 0.026 0.036 0.116 0.023 0.604 227 K 0.122 0.006 0.054 0.014 0.020 0.176 0.016 0.593 228 Y 0.084 0.016 0.043 0.035 0.045 0.188 0.011 0.577 229 K 0.057 0.025 0.021 0.017 0.042 0.147 0.006 0.685 230 A 0.030 0.029 0.021 0.011 0.033 0.086 0.004 0.784 231 A 0.032 0.035 0.010 0.006 0.016 0.175 0.005 0.721 232 D 0.072 0.091 0.006 0.006 0.013 0.133 0.009 0.671 233 E 0.146 0.220 0.007 0.007 0.019 0.071 0.009 0.521 234 E 0.128 0.296 0.011 0.013 0.020 0.157 0.020 0.355 235 K 0.296 0.226 0.007 0.008 0.013 0.108 0.033 0.308 236 I 0.300 0.358 0.021 0.012 0.020 0.028 0.029 0.232 237 N 0.111 0.134 0.021 0.028 0.039 0.073 0.034 0.560 238 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.992 239 P 0.015 0.003 0.013 0.017 0.024 0.052 0.002 0.873 240 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 241 Y 0.036 0.006 0.174 0.141 0.231 0.097 0.005 0.309 242 L 0.134 0.010 0.392 0.124 0.094 0.025 0.004 0.217 243 T 0.041 0.009 0.250 0.089 0.168 0.041 0.003 0.400 244 C 0.049 0.011 0.282 0.102 0.230 0.054 0.003 0.270 245 E 0.021 0.012 0.103 0.047 0.086 0.154 0.007 0.571 246 S 0.089 0.012 0.029 0.012 0.028 0.190 0.021 0.621 247 F 0.256 0.014 0.028 0.007 0.020 0.067 0.013 0.595 248 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.987 249 H 0.012 0.015 0.002 0.002 0.006 0.331 0.002 0.629 250 A 0.149 0.235 0.005 0.002 0.006 0.128 0.006 0.469 251 V 0.032 0.712 0.006 0.002 0.007 0.014 0.003 0.225 252 D 0.015 0.787 0.005 0.002 0.003 0.014 0.003 0.171 253 H 0.029 0.881 0.004 0.002 0.002 0.007 0.006 0.070 254 I 0.023 0.941 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.025 255 L 0.030 0.897 0.005 0.002 0.005 0.006 0.009 0.045 256 Q 0.153 0.701 0.008 0.003 0.002 0.006 0.038 0.089 257 H 0.351 0.433 0.045 0.005 0.003 0.007 0.084 0.073 258 L 0.184 0.351 0.098 0.015 0.012 0.026 0.064 0.250 259 L 0.039 0.148 0.336 0.031 0.039 0.045 0.019 0.342