# TARGET T0341 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0341.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2264 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.780 0.155 0.041 0.017 0.006 0.002 0.001 2 A 0.595 0.258 0.090 0.041 0.013 0.003 0.001 3 A 0.346 0.249 0.194 0.156 0.048 0.007 0.001 4 R 0.156 0.281 0.313 0.189 0.055 0.006 0.001 5 R 0.345 0.461 0.154 0.035 0.005 0.001 0.001 6 A 0.056 0.248 0.352 0.258 0.075 0.010 0.001 7 L 0.001 0.004 0.022 0.156 0.506 0.303 0.010 8 K 0.004 0.046 0.204 0.425 0.262 0.055 0.003 9 A 0.001 0.001 0.006 0.031 0.167 0.657 0.139 10 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.297 0.686 11 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.149 0.829 12 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.151 0.824 13 D 0.001 0.001 0.001 0.011 0.069 0.377 0.542 14 L 0.001 0.001 0.001 0.009 0.055 0.361 0.573 15 N 0.001 0.010 0.031 0.083 0.173 0.361 0.341 16 G 0.001 0.004 0.019 0.072 0.217 0.434 0.253 17 T 0.001 0.003 0.008 0.024 0.102 0.461 0.401 18 L 0.001 0.003 0.006 0.025 0.134 0.530 0.301 19 H 0.002 0.009 0.030 0.097 0.234 0.441 0.187 20 I 0.002 0.011 0.041 0.139 0.329 0.392 0.086 21 E 0.012 0.077 0.179 0.263 0.260 0.175 0.034 22 D 0.106 0.281 0.263 0.189 0.105 0.047 0.009 23 A 0.118 0.306 0.281 0.167 0.087 0.034 0.006 24 A 0.014 0.043 0.095 0.225 0.366 0.237 0.020 25 V 0.013 0.045 0.097 0.264 0.350 0.208 0.023 26 P 0.067 0.382 0.346 0.150 0.043 0.012 0.001 27 G 0.010 0.072 0.260 0.387 0.219 0.049 0.003 28 A 0.003 0.003 0.005 0.028 0.191 0.629 0.142 29 Q 0.005 0.038 0.172 0.396 0.297 0.087 0.004 30 E 0.020 0.204 0.381 0.272 0.102 0.021 0.001 31 A 0.002 0.011 0.037 0.112 0.321 0.455 0.062 32 L 0.001 0.004 0.017 0.105 0.364 0.447 0.063 33 K 0.041 0.323 0.358 0.192 0.066 0.019 0.002 34 R 0.019 0.106 0.259 0.386 0.190 0.037 0.002 35 L 0.004 0.011 0.029 0.125 0.364 0.413 0.053 36 R 0.069 0.274 0.336 0.231 0.076 0.013 0.001 37 A 0.371 0.412 0.151 0.050 0.013 0.003 0.001 38 T 0.099 0.218 0.279 0.249 0.122 0.032 0.002 39 S 0.268 0.275 0.198 0.153 0.074 0.029 0.003 40 V 0.130 0.151 0.201 0.254 0.188 0.068 0.008 41 M 0.160 0.224 0.221 0.175 0.120 0.083 0.016 42 V 0.052 0.063 0.097 0.191 0.279 0.263 0.056 43 R 0.077 0.129 0.194 0.224 0.198 0.138 0.041 44 F 0.048 0.056 0.086 0.154 0.234 0.313 0.109 45 V 0.063 0.063 0.081 0.153 0.255 0.292 0.092 46 T 0.122 0.161 0.182 0.199 0.172 0.131 0.033 47 N 0.132 0.158 0.198 0.235 0.177 0.081 0.019 48 T 0.280 0.254 0.181 0.140 0.089 0.046 0.011 49 T 0.294 0.209 0.174 0.175 0.104 0.040 0.005 50 K 0.442 0.304 0.142 0.074 0.027 0.009 0.001 51 E 0.583 0.250 0.093 0.046 0.019 0.008 0.002 52 T 0.249 0.304 0.210 0.153 0.065 0.017 0.002 53 K 0.088 0.207 0.281 0.249 0.128 0.042 0.004 54 K 0.485 0.325 0.127 0.044 0.015 0.004 0.001 55 D 0.187 0.404 0.276 0.102 0.025 0.005 0.001 56 L 0.010 0.028 0.085 0.291 0.406 0.173 0.007 57 L 0.013 0.052 0.172 0.360 0.295 0.101 0.006 58 E 0.210 0.494 0.217 0.062 0.013 0.003 0.001 59 R 0.023 0.108 0.277 0.365 0.183 0.043 0.002 60 L 0.002 0.007 0.031 0.150 0.446 0.349 0.014 61 K 0.074 0.255 0.350 0.228 0.077 0.015 0.001 62 K 0.352 0.408 0.162 0.059 0.015 0.003 0.001 63 L 0.068 0.135 0.251 0.296 0.194 0.053 0.002 64 E 0.349 0.313 0.183 0.101 0.041 0.012 0.001 65 F 0.156 0.153 0.212 0.265 0.170 0.042 0.002 66 E 0.528 0.268 0.112 0.057 0.025 0.010 0.001 67 I 0.255 0.196 0.182 0.206 0.118 0.041 0.003 68 S 0.459 0.261 0.141 0.086 0.039 0.012 0.001 69 E 0.513 0.266 0.130 0.063 0.022 0.005 0.001 70 D 0.496 0.264 0.136 0.068 0.026 0.008 0.001 71 E 0.269 0.290 0.208 0.139 0.065 0.027 0.004 72 I 0.122 0.178 0.214 0.229 0.172 0.075 0.011 73 F 0.068 0.100 0.145 0.235 0.248 0.169 0.035 74 T 0.075 0.134 0.160 0.195 0.188 0.182 0.065 75 S 0.037 0.055 0.083 0.149 0.218 0.303 0.155 76 L 0.019 0.057 0.126 0.224 0.271 0.233 0.070 77 T 0.043 0.135 0.229 0.244 0.199 0.116 0.034 78 A 0.016 0.028 0.051 0.106 0.235 0.425 0.140 79 A 0.007 0.011 0.019 0.059 0.195 0.500 0.209 80 R 0.012 0.066 0.188 0.322 0.253 0.139 0.020 81 N 0.021 0.108 0.218 0.310 0.230 0.100 0.013 82 L 0.005 0.016 0.038 0.114 0.290 0.452 0.086 83 I 0.008 0.023 0.071 0.231 0.396 0.252 0.020 84 E 0.246 0.416 0.230 0.082 0.022 0.004 0.001 85 Q 0.241 0.346 0.241 0.126 0.038 0.008 0.001 86 K 0.196 0.256 0.236 0.185 0.093 0.032 0.002 87 Q 0.333 0.300 0.192 0.110 0.049 0.015 0.002 88 V 0.252 0.203 0.214 0.200 0.104 0.025 0.002 89 R 0.293 0.313 0.199 0.121 0.053 0.019 0.002 90 P 0.295 0.221 0.179 0.160 0.099 0.042 0.005 91 M 0.135 0.154 0.193 0.219 0.185 0.101 0.012 92 L 0.115 0.133 0.180 0.239 0.215 0.104 0.014 93 L 0.082 0.131 0.165 0.209 0.209 0.171 0.032 94 L 0.123 0.174 0.202 0.232 0.185 0.077 0.007 95 D 0.223 0.271 0.212 0.160 0.091 0.038 0.005 96 D 0.641 0.204 0.080 0.042 0.022 0.009 0.002 97 R 0.353 0.381 0.173 0.064 0.020 0.008 0.001 98 A 0.076 0.074 0.120 0.286 0.305 0.130 0.009 99 L 0.092 0.218 0.305 0.248 0.107 0.027 0.002 100 P 0.481 0.367 0.112 0.030 0.007 0.002 0.001 101 E 0.079 0.190 0.282 0.273 0.134 0.039 0.003 102 F 0.029 0.038 0.090 0.234 0.360 0.234 0.016 103 T 0.136 0.264 0.268 0.197 0.097 0.034 0.004 104 G 0.261 0.353 0.224 0.109 0.038 0.012 0.002 105 V 0.057 0.124 0.185 0.263 0.237 0.122 0.011 106 Q 0.099 0.160 0.209 0.240 0.183 0.099 0.011 107 T 0.305 0.273 0.189 0.134 0.074 0.024 0.003 108 Q 0.509 0.266 0.127 0.064 0.026 0.007 0.001 109 D 0.287 0.247 0.188 0.155 0.084 0.035 0.005 110 P 0.225 0.185 0.190 0.193 0.136 0.062 0.009 111 N 0.217 0.283 0.220 0.158 0.082 0.034 0.007 112 A 0.059 0.082 0.130 0.233 0.276 0.183 0.038 113 V 0.044 0.050 0.086 0.169 0.264 0.301 0.086 114 V 0.031 0.028 0.039 0.077 0.156 0.393 0.277 115 I 0.038 0.043 0.060 0.110 0.191 0.312 0.247 116 G 0.039 0.063 0.083 0.132 0.201 0.288 0.194 117 L 0.064 0.082 0.104 0.163 0.225 0.217 0.145 118 A 0.063 0.105 0.151 0.199 0.211 0.189 0.081 119 P 0.210 0.222 0.160 0.149 0.120 0.095 0.044 120 E 0.151 0.245 0.214 0.176 0.119 0.073 0.022 121 H 0.067 0.113 0.164 0.219 0.233 0.170 0.034 122 F 0.088 0.186 0.221 0.210 0.165 0.101 0.030 123 H 0.031 0.115 0.173 0.222 0.234 0.182 0.043 124 Y 0.010 0.047 0.121 0.315 0.340 0.153 0.014 125 Q 0.107 0.416 0.298 0.117 0.046 0.014 0.002 126 L 0.003 0.050 0.211 0.370 0.266 0.091 0.007 127 L 0.001 0.001 0.002 0.029 0.250 0.622 0.096 128 N 0.002 0.052 0.293 0.425 0.191 0.037 0.001 129 Q 0.008 0.185 0.421 0.287 0.088 0.012 0.001 130 A 0.001 0.001 0.008 0.048 0.261 0.624 0.058 131 F 0.001 0.002 0.012 0.119 0.487 0.358 0.022 132 R 0.011 0.323 0.413 0.185 0.052 0.014 0.001 133 L 0.001 0.039 0.257 0.504 0.180 0.019 0.001 134 L 0.001 0.001 0.009 0.085 0.427 0.459 0.019 135 L 0.008 0.104 0.337 0.421 0.125 0.005 0.001 136 D 0.246 0.586 0.142 0.023 0.003 0.001 0.001 137 G 0.075 0.482 0.347 0.087 0.007 0.001 0.001 138 A 0.001 0.007 0.056 0.320 0.489 0.125 0.002 139 P 0.002 0.025 0.140 0.364 0.368 0.095 0.006 140 L 0.001 0.001 0.004 0.017 0.109 0.635 0.233 141 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.382 0.584 142 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.033 0.220 0.740 143 I 0.001 0.001 0.002 0.011 0.065 0.317 0.605 144 H 0.001 0.003 0.015 0.074 0.230 0.462 0.216 145 K 0.010 0.079 0.174 0.250 0.241 0.187 0.059 146 A 0.037 0.110 0.173 0.246 0.245 0.159 0.031 147 R 0.073 0.151 0.214 0.237 0.197 0.111 0.017 148 Y 0.112 0.190 0.218 0.201 0.162 0.099 0.018 149 Y 0.053 0.096 0.162 0.266 0.263 0.145 0.015 150 K 0.155 0.262 0.258 0.188 0.097 0.037 0.004 151 R 0.270 0.277 0.208 0.153 0.068 0.022 0.002 152 K 0.473 0.282 0.139 0.071 0.027 0.007 0.001 153 D 0.306 0.306 0.206 0.118 0.047 0.016 0.002 154 G 0.068 0.078 0.128 0.253 0.280 0.173 0.020 155 L 0.206 0.332 0.237 0.137 0.059 0.024 0.005 156 A 0.250 0.260 0.201 0.157 0.089 0.038 0.006 157 L 0.101 0.119 0.169 0.222 0.214 0.142 0.033 158 G 0.180 0.166 0.165 0.173 0.144 0.130 0.041 159 P 0.125 0.125 0.137 0.173 0.193 0.184 0.064 160 G 0.197 0.168 0.139 0.157 0.157 0.128 0.055 161 P 0.099 0.110 0.122 0.164 0.173 0.197 0.135 162 F 0.022 0.034 0.048 0.107 0.194 0.336 0.259 163 V 0.045 0.120 0.191 0.219 0.192 0.150 0.083 164 T 0.046 0.147 0.211 0.232 0.194 0.123 0.045 165 A 0.012 0.029 0.086 0.177 0.292 0.295 0.108 166 L 0.009 0.015 0.026 0.076 0.204 0.465 0.206 167 E 0.034 0.145 0.224 0.278 0.200 0.097 0.022 168 Y 0.019 0.046 0.103 0.221 0.291 0.264 0.057 169 A 0.017 0.032 0.045 0.096 0.214 0.425 0.169 170 T 0.029 0.054 0.087 0.193 0.289 0.283 0.066 171 D 0.139 0.246 0.248 0.208 0.106 0.040 0.012 172 T 0.148 0.205 0.212 0.226 0.146 0.054 0.009 173 K 0.531 0.296 0.110 0.044 0.014 0.005 0.001 174 A 0.339 0.283 0.188 0.116 0.054 0.017 0.003 175 M 0.129 0.133 0.178 0.229 0.203 0.112 0.016 176 V 0.155 0.234 0.228 0.189 0.116 0.062 0.017 177 V 0.123 0.177 0.200 0.203 0.163 0.104 0.029 178 G 0.092 0.187 0.194 0.209 0.166 0.125 0.028 179 K 0.017 0.049 0.106 0.202 0.301 0.269 0.057 180 P 0.010 0.032 0.089 0.219 0.326 0.278 0.047 181 E 0.086 0.245 0.251 0.192 0.134 0.072 0.020 182 K 0.046 0.160 0.241 0.273 0.185 0.083 0.012 183 T 0.088 0.276 0.313 0.196 0.095 0.028 0.004 184 F 0.003 0.014 0.047 0.140 0.333 0.409 0.053 185 F 0.001 0.005 0.010 0.059 0.269 0.523 0.133 186 L 0.010 0.118 0.304 0.341 0.163 0.059 0.005 187 E 0.008 0.112 0.329 0.382 0.146 0.022 0.001 188 A 0.001 0.003 0.010 0.079 0.360 0.517 0.030 189 L 0.002 0.015 0.083 0.319 0.469 0.109 0.003 190 R 0.128 0.544 0.251 0.064 0.011 0.002 0.001 191 D 0.087 0.326 0.369 0.182 0.033 0.004 0.001 192 A 0.007 0.037 0.149 0.348 0.343 0.111 0.004 193 D 0.324 0.462 0.151 0.046 0.013 0.003 0.001 194 C 0.025 0.068 0.184 0.362 0.300 0.060 0.002 195 A 0.182 0.431 0.238 0.104 0.036 0.008 0.001 196 P 0.028 0.128 0.244 0.366 0.193 0.039 0.002 197 E 0.036 0.198 0.261 0.259 0.176 0.063 0.007 198 E 0.002 0.019 0.099 0.332 0.389 0.145 0.014 199 A 0.001 0.001 0.005 0.030 0.158 0.606 0.201 200 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.036 0.406 0.553 201 M 0.001 0.001 0.001 0.005 0.036 0.256 0.702 202 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.242 0.735 203 G 0.001 0.001 0.008 0.045 0.174 0.446 0.326 204 D 0.001 0.007 0.033 0.112 0.268 0.436 0.144 205 D 0.002 0.016 0.050 0.128 0.275 0.400 0.129 206 C 0.004 0.013 0.034 0.100 0.260 0.452 0.137 207 R 0.029 0.095 0.176 0.240 0.225 0.180 0.055 208 D 0.021 0.076 0.140 0.225 0.253 0.221 0.065 209 D 0.012 0.028 0.040 0.075 0.176 0.393 0.276 210 V 0.013 0.024 0.054 0.142 0.263 0.370 0.134 211 D 0.041 0.132 0.229 0.280 0.193 0.095 0.030 212 G 0.015 0.021 0.050 0.131 0.246 0.381 0.156 213 A 0.006 0.006 0.007 0.024 0.119 0.430 0.409 214 Q 0.026 0.126 0.214 0.262 0.194 0.132 0.046 215 N 0.031 0.113 0.148 0.231 0.255 0.165 0.056 216 I 0.004 0.028 0.067 0.143 0.254 0.306 0.198 217 G 0.005 0.056 0.144 0.243 0.203 0.225 0.124 218 M 0.001 0.002 0.008 0.039 0.175 0.444 0.332 219 L 0.001 0.002 0.016 0.094 0.290 0.394 0.203 220 G 0.001 0.001 0.003 0.012 0.056 0.371 0.557 221 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.219 0.758 222 L 0.001 0.001 0.002 0.015 0.088 0.352 0.542 223 V 0.001 0.001 0.001 0.010 0.095 0.475 0.419 224 K 0.001 0.013 0.063 0.238 0.381 0.271 0.033 225 T 0.008 0.066 0.171 0.298 0.304 0.143 0.010 226 G 0.067 0.166 0.276 0.288 0.157 0.044 0.003 227 K 0.251 0.328 0.225 0.128 0.053 0.013 0.001 228 Y 0.102 0.156 0.257 0.277 0.164 0.042 0.002 229 K 0.467 0.309 0.134 0.058 0.023 0.007 0.001 230 A 0.442 0.281 0.160 0.084 0.027 0.006 0.001 231 A 0.606 0.226 0.090 0.052 0.021 0.005 0.001 232 D 0.466 0.308 0.153 0.057 0.014 0.002 0.001 233 E 0.284 0.312 0.249 0.123 0.028 0.003 0.001 234 E 0.622 0.279 0.074 0.021 0.004 0.001 0.001 235 K 0.537 0.271 0.127 0.051 0.012 0.001 0.001 236 I 0.230 0.219 0.257 0.222 0.066 0.006 0.001 237 N 0.576 0.281 0.098 0.035 0.008 0.001 0.001 238 P 0.413 0.267 0.175 0.105 0.034 0.006 0.001 239 P 0.218 0.316 0.247 0.146 0.058 0.015 0.001 240 P 0.056 0.111 0.190 0.300 0.248 0.087 0.007 241 Y 0.065 0.201 0.278 0.243 0.142 0.062 0.010 242 L 0.015 0.047 0.100 0.207 0.322 0.267 0.042 243 T 0.012 0.073 0.156 0.260 0.283 0.188 0.029 244 C 0.006 0.020 0.062 0.211 0.363 0.299 0.039 245 E 0.073 0.310 0.303 0.193 0.084 0.030 0.005 246 S 0.017 0.127 0.253 0.311 0.199 0.084 0.009 247 F 0.002 0.011 0.040 0.161 0.383 0.361 0.042 248 P 0.123 0.329 0.292 0.171 0.066 0.017 0.002 249 H 0.089 0.331 0.344 0.177 0.048 0.010 0.001 250 A 0.021 0.031 0.062 0.210 0.401 0.262 0.013 251 V 0.044 0.116 0.246 0.341 0.200 0.051 0.003 252 D 0.347 0.469 0.138 0.037 0.007 0.002 0.001 253 H 0.080 0.166 0.294 0.300 0.132 0.027 0.001 254 I 0.093 0.051 0.076 0.214 0.348 0.205 0.013 255 L 0.224 0.323 0.263 0.142 0.038 0.009 0.001 256 Q 0.639 0.268 0.068 0.019 0.005 0.001 0.001 257 H 0.326 0.277 0.218 0.125 0.045 0.009 0.001 258 L 0.474 0.235 0.157 0.091 0.034 0.008 0.001 259 L 0.635 0.158 0.099 0.062 0.034 0.010 0.001