# TARGET T0340 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1980 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.008 0.001 0.001 0.001 0.031 0.958 2 M 0.056 0.025 0.002 0.004 0.062 0.851 3 L 0.066 0.014 0.002 0.004 0.083 0.830 4 R 0.112 0.009 0.004 0.005 0.064 0.808 5 P 0.385 0.011 0.009 0.011 0.075 0.511 6 R 0.739 0.005 0.007 0.007 0.044 0.197 7 L 0.922 0.007 0.003 0.004 0.015 0.050 8 C 0.926 0.003 0.002 0.004 0.016 0.050 9 H 0.934 0.002 0.002 0.004 0.015 0.042 10 L 0.860 0.006 0.004 0.007 0.043 0.080 11 R 0.703 0.013 0.005 0.009 0.120 0.149 12 K 0.317 0.014 0.011 0.007 0.402 0.249 13 G 0.090 0.008 0.015 0.003 0.662 0.221 14 P 0.061 0.009 0.029 0.003 0.679 0.219 15 Q 0.135 0.013 0.037 0.005 0.534 0.275 16 G 0.354 0.008 0.022 0.004 0.353 0.259 17 Y 0.562 0.016 0.012 0.004 0.185 0.221 18 G 0.811 0.013 0.006 0.003 0.070 0.096 19 F 0.897 0.005 0.003 0.002 0.031 0.061 20 N 0.905 0.004 0.003 0.002 0.030 0.055 21 L 0.884 0.007 0.005 0.003 0.035 0.066 22 H 0.792 0.008 0.008 0.006 0.081 0.104 23 S 0.584 0.016 0.018 0.011 0.177 0.193 24 D 0.331 0.025 0.022 0.012 0.405 0.205 25 K 0.174 0.019 0.058 0.016 0.576 0.157 26 S 0.111 0.013 0.049 0.014 0.626 0.187 27 R 0.133 0.030 0.036 0.005 0.650 0.145 28 P 0.204 0.016 0.015 0.004 0.466 0.295 29 G 0.439 0.009 0.006 0.001 0.233 0.312 30 Q 0.887 0.004 0.001 0.001 0.039 0.068 31 Y 0.977 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 32 I 0.984 0.002 0.001 0.001 0.003 0.010 33 R 0.964 0.001 0.001 0.001 0.008 0.026 34 S 0.925 0.002 0.001 0.001 0.016 0.055 35 V 0.702 0.028 0.001 0.002 0.065 0.202 36 D 0.225 0.038 0.004 0.005 0.640 0.088 37 P 0.016 0.006 0.009 0.008 0.898 0.063 38 G 0.005 0.003 0.004 0.008 0.862 0.117 39 S 0.025 0.039 0.011 0.067 0.744 0.114 40 P 0.008 0.014 0.026 0.808 0.103 0.040 41 A 0.004 0.002 0.099 0.812 0.073 0.009 42 A 0.003 0.001 0.225 0.685 0.081 0.005 43 R 0.003 0.001 0.145 0.775 0.069 0.007 44 S 0.003 0.001 0.060 0.647 0.182 0.107 45 G 0.010 0.003 0.009 0.021 0.243 0.713 46 L 0.051 0.024 0.006 0.004 0.259 0.657 47 R 0.083 0.054 0.018 0.009 0.572 0.264 48 A 0.031 0.005 0.338 0.021 0.540 0.065 49 Q 0.098 0.004 0.192 0.011 0.606 0.088 50 D 0.487 0.005 0.126 0.010 0.309 0.065 51 R 0.909 0.005 0.004 0.002 0.023 0.056 52 L 0.980 0.003 0.001 0.001 0.005 0.010 53 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 54 E 0.984 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 55 V 0.943 0.003 0.001 0.001 0.034 0.019 56 N 0.289 0.001 0.013 0.005 0.625 0.066 57 G 0.056 0.003 0.055 0.020 0.799 0.067 58 Q 0.303 0.084 0.025 0.020 0.453 0.115 59 N 0.298 0.051 0.017 0.028 0.349 0.258 60 V 0.212 0.047 0.037 0.018 0.521 0.166 61 E 0.193 0.014 0.049 0.013 0.649 0.082 62 G 0.074 0.003 0.063 0.014 0.734 0.112 63 L 0.151 0.043 0.012 0.014 0.547 0.234 64 R 0.042 0.026 0.003 0.017 0.111 0.802 65 H 0.003 0.001 0.015 0.931 0.025 0.026 66 A 0.001 0.001 0.005 0.981 0.010 0.004 67 E 0.001 0.001 0.006 0.990 0.004 0.001 68 V 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 69 V 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 70 A 0.001 0.001 0.004 0.989 0.006 0.001 71 S 0.001 0.001 0.007 0.979 0.008 0.005 72 I 0.002 0.003 0.009 0.965 0.013 0.009 73 K 0.006 0.004 0.022 0.905 0.034 0.029 74 A 0.026 0.006 0.027 0.421 0.240 0.280 75 R 0.039 0.010 0.041 0.067 0.558 0.284 76 E 0.031 0.006 0.023 0.014 0.681 0.246 77 D 0.041 0.007 0.030 0.007 0.697 0.218 78 E 0.301 0.010 0.009 0.003 0.329 0.348 79 A 0.821 0.007 0.001 0.001 0.049 0.121 80 R 0.964 0.002 0.001 0.001 0.007 0.027 81 L 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 82 L 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 83 V 0.969 0.001 0.001 0.001 0.006 0.023 84 V 0.836 0.008 0.001 0.001 0.033 0.121 85 G 0.327 0.020 0.005 0.002 0.216 0.431 86 P 0.067 0.007 0.020 0.003 0.464 0.438 87 S 0.019 0.008 0.063 0.008 0.530 0.373 88 T 0.017 0.014 0.051 0.013 0.464 0.440 89 R 0.014 0.013 0.025 0.018 0.272 0.659 90 L 0.001 0.002 0.001 0.002 0.030 0.964