# TARGET T0340 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 411.107 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.034 0.102 0.200 0.103 0.016 0.046 0.162 0.143 0.008 0.003 0.006 0.009 0.006 0.009 0.003 0.014 0.014 0.029 0.020 0.013 0.021 0.040 2 M 0.043 0.115 0.270 0.070 0.007 0.076 0.109 0.112 0.009 0.003 0.004 0.013 0.010 0.007 0.003 0.034 0.020 0.011 0.026 0.009 0.024 0.024 3 L 0.023 0.120 0.260 0.067 0.004 0.041 0.211 0.052 0.006 0.004 0.005 0.007 0.005 0.008 0.005 0.019 0.015 0.009 0.020 0.012 0.023 0.083 4 R 0.022 0.143 0.126 0.122 0.013 0.055 0.041 0.062 0.015 0.006 0.008 0.020 0.011 0.011 0.001 0.070 0.065 0.013 0.086 0.030 0.066 0.012 5 P 0.024 0.045 0.104 0.225 0.008 0.049 0.058 0.090 0.012 0.004 0.005 0.006 0.016 0.011 0.021 0.031 0.049 0.002 0.026 0.008 0.015 0.189 6 R 0.007 0.034 0.031 0.013 0.001 0.008 0.033 0.045 0.018 0.015 0.015 0.032 0.013 0.017 0.003 0.068 0.354 0.005 0.021 0.107 0.143 0.018 7 L 0.012 0.035 0.030 0.028 0.001 0.007 0.021 0.040 0.027 0.007 0.014 0.013 0.028 0.020 0.022 0.128 0.200 0.003 0.044 0.048 0.049 0.224 8 C 0.003 0.027 0.015 0.007 0.001 0.004 0.008 0.011 0.014 0.023 0.028 0.023 0.016 0.025 0.012 0.101 0.198 0.060 0.017 0.150 0.172 0.086 9 H 0.007 0.028 0.021 0.017 0.004 0.006 0.009 0.017 0.030 0.020 0.031 0.036 0.029 0.031 0.012 0.076 0.121 0.064 0.023 0.147 0.147 0.124 10 L 0.004 0.054 0.027 0.030 0.001 0.004 0.008 0.013 0.018 0.021 0.015 0.012 0.015 0.017 0.027 0.069 0.040 0.183 0.007 0.127 0.081 0.227 11 R 0.007 0.103 0.072 0.036 0.004 0.005 0.011 0.006 0.012 0.012 0.013 0.018 0.015 0.010 0.010 0.048 0.036 0.377 0.004 0.086 0.070 0.045 12 K 0.025 0.155 0.123 0.249 0.012 0.011 0.047 0.003 0.006 0.012 0.024 0.009 0.006 0.008 0.009 0.025 0.015 0.109 0.005 0.047 0.049 0.050 13 G 0.128 0.086 0.071 0.096 0.369 0.014 0.042 0.003 0.004 0.004 0.005 0.014 0.004 0.006 0.002 0.015 0.009 0.068 0.013 0.011 0.026 0.010 14 P 0.016 0.072 0.433 0.141 0.019 0.078 0.062 0.010 0.005 0.002 0.010 0.006 0.004 0.003 0.003 0.009 0.010 0.027 0.028 0.006 0.009 0.045 15 Q 0.047 0.155 0.221 0.119 0.013 0.012 0.199 0.013 0.010 0.003 0.004 0.017 0.009 0.007 0.002 0.039 0.037 0.016 0.013 0.010 0.021 0.034 16 G 0.170 0.112 0.056 0.083 0.036 0.023 0.133 0.007 0.008 0.003 0.009 0.006 0.008 0.007 0.015 0.034 0.046 0.006 0.135 0.006 0.022 0.075 17 Y 0.007 0.153 0.060 0.079 0.003 0.005 0.016 0.003 0.011 0.015 0.014 0.018 0.013 0.013 0.006 0.093 0.139 0.008 0.219 0.026 0.067 0.029 18 G 0.041 0.038 0.018 0.030 0.019 0.005 0.036 0.004 0.016 0.011 0.017 0.032 0.029 0.015 0.029 0.093 0.148 0.006 0.129 0.061 0.053 0.168 19 F 0.003 0.049 0.010 0.012 0.001 0.004 0.006 0.002 0.014 0.022 0.029 0.018 0.014 0.022 0.029 0.124 0.168 0.019 0.093 0.097 0.139 0.124 20 N 0.006 0.022 0.007 0.011 0.005 0.002 0.005 0.002 0.016 0.019 0.023 0.058 0.034 0.017 0.015 0.104 0.119 0.047 0.032 0.235 0.130 0.091 21 L 0.003 0.032 0.009 0.008 0.001 0.003 0.004 0.002 0.011 0.013 0.019 0.019 0.012 0.014 0.039 0.096 0.042 0.053 0.012 0.265 0.113 0.231 22 H 0.005 0.062 0.025 0.031 0.006 0.004 0.007 0.004 0.014 0.017 0.024 0.046 0.030 0.016 0.008 0.064 0.040 0.284 0.007 0.178 0.085 0.040 23 S 0.021 0.092 0.103 0.104 0.019 0.021 0.030 0.007 0.009 0.007 0.019 0.019 0.011 0.013 0.014 0.053 0.032 0.045 0.010 0.178 0.083 0.113 24 D 0.033 0.129 0.138 0.083 0.048 0.025 0.061 0.016 0.008 0.006 0.008 0.019 0.009 0.009 0.003 0.029 0.025 0.185 0.013 0.062 0.052 0.039 25 K 0.027 0.067 0.427 0.104 0.011 0.045 0.056 0.016 0.004 0.001 0.006 0.006 0.003 0.003 0.002 0.017 0.019 0.067 0.018 0.032 0.022 0.048 26 S 0.086 0.136 0.173 0.066 0.018 0.011 0.287 0.009 0.002 0.001 0.002 0.006 0.002 0.003 0.001 0.017 0.014 0.032 0.014 0.022 0.028 0.069 27 R 0.020 0.354 0.107 0.190 0.024 0.028 0.040 0.003 0.003 0.002 0.003 0.005 0.002 0.002 0.001 0.019 0.009 0.028 0.101 0.013 0.031 0.015 28 P 0.006 0.068 0.145 0.623 0.013 0.009 0.021 0.002 0.005 0.003 0.002 0.003 0.003 0.003 0.002 0.014 0.019 0.006 0.021 0.005 0.010 0.017 29 G 0.088 0.074 0.025 0.084 0.026 0.005 0.193 0.005 0.032 0.006 0.006 0.015 0.021 0.012 0.018 0.081 0.123 0.002 0.048 0.021 0.041 0.077 30 Q 0.003 0.155 0.007 0.043 0.001 0.002 0.005 0.001 0.021 0.038 0.022 0.007 0.024 0.021 0.075 0.121 0.170 0.005 0.123 0.020 0.078 0.060 31 Y 0.001 0.014 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.044 0.044 0.086 0.053 0.045 0.008 0.139 0.113 0.002 0.027 0.184 0.155 0.047 32 I 0.001 0.018 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.094 0.119 0.022 0.034 0.046 0.101 0.118 0.127 0.005 0.017 0.042 0.129 0.080 33 R 0.001 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.075 0.042 0.076 0.085 0.053 0.020 0.139 0.040 0.022 0.004 0.154 0.158 0.033 34 S 0.002 0.020 0.003 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.048 0.059 0.101 0.025 0.041 0.043 0.066 0.083 0.014 0.079 0.001 0.257 0.106 0.044 35 V 0.002 0.071 0.023 0.024 0.001 0.003 0.002 0.001 0.061 0.098 0.071 0.065 0.068 0.089 0.025 0.107 0.037 0.004 0.002 0.102 0.098 0.046 36 D 0.001 0.357 0.022 0.287 0.020 0.004 0.002 0.002 0.016 0.032 0.034 0.018 0.022 0.016 0.015 0.027 0.005 0.052 0.002 0.019 0.041 0.007 37 P 0.011 0.037 0.394 0.335 0.027 0.066 0.017 0.006 0.008 0.008 0.015 0.008 0.013 0.012 0.009 0.011 0.003 0.003 0.001 0.003 0.007 0.007 38 G 0.049 0.083 0.117 0.028 0.012 0.005 0.627 0.005 0.002 0.005 0.004 0.010 0.002 0.008 0.003 0.008 0.001 0.001 0.003 0.005 0.021 0.003 39 S 0.006 0.573 0.017 0.275 0.018 0.046 0.005 0.009 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.009 0.002 0.002 0.018 0.003 0.006 0.001 40 P 0.004 0.043 0.370 0.156 0.022 0.351 0.002 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 41 A 0.002 0.016 0.091 0.010 0.001 0.031 0.245 0.588 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.002 42 A 0.002 0.015 0.044 0.009 0.001 0.015 0.149 0.752 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 43 R 0.004 0.026 0.272 0.011 0.001 0.013 0.355 0.288 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.007 0.004 0.003 44 S 0.011 0.020 0.092 0.021 0.001 0.005 0.808 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.002 45 G 0.534 0.045 0.032 0.018 0.104 0.010 0.175 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.003 0.004 0.032 0.003 0.008 0.005 46 L 0.002 0.262 0.051 0.301 0.001 0.008 0.007 0.004 0.003 0.003 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.007 0.006 0.009 0.291 0.004 0.009 0.019 47 R 0.004 0.338 0.069 0.404 0.016 0.013 0.009 0.005 0.008 0.004 0.003 0.020 0.017 0.006 0.001 0.012 0.009 0.021 0.007 0.004 0.011 0.017 48 A 0.008 0.126 0.182 0.484 0.006 0.052 0.020 0.005 0.009 0.005 0.005 0.006 0.009 0.006 0.019 0.010 0.005 0.009 0.011 0.001 0.007 0.015 49 Q 0.025 0.073 0.088 0.067 0.024 0.023 0.267 0.024 0.029 0.013 0.016 0.096 0.065 0.029 0.005 0.039 0.034 0.007 0.010 0.014 0.038 0.016 50 D 0.005 0.169 0.035 0.109 0.002 0.011 0.037 0.013 0.055 0.037 0.039 0.027 0.055 0.031 0.046 0.092 0.118 0.003 0.020 0.031 0.041 0.024 51 R 0.005 0.025 0.018 0.017 0.002 0.004 0.010 0.007 0.052 0.050 0.038 0.033 0.088 0.049 0.031 0.090 0.399 0.001 0.004 0.009 0.034 0.036 52 L 0.002 0.022 0.006 0.004 0.001 0.002 0.006 0.006 0.049 0.041 0.065 0.040 0.063 0.039 0.046 0.162 0.162 0.048 0.025 0.036 0.097 0.080 53 I 0.001 0.007 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.020 0.053 0.063 0.041 0.051 0.050 0.018 0.076 0.042 0.287 0.010 0.041 0.082 0.145 54 E 0.001 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.031 0.035 0.038 0.071 0.027 0.042 0.011 0.091 0.055 0.097 0.005 0.152 0.137 0.184 55 V 0.001 0.062 0.013 0.013 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.049 0.023 0.009 0.022 0.009 0.047 0.025 0.015 0.625 0.001 0.012 0.028 0.023 56 N 0.054 0.025 0.164 0.133 0.022 0.012 0.078 0.004 0.023 0.039 0.066 0.038 0.055 0.018 0.017 0.045 0.030 0.076 0.001 0.045 0.040 0.015 57 G 0.535 0.005 0.002 0.002 0.202 0.002 0.219 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.005 0.003 0.002 0.005 0.002 58 Q 0.004 0.075 0.023 0.050 0.003 0.009 0.005 0.002 0.001 0.004 0.005 0.003 0.003 0.003 0.001 0.005 0.005 0.010 0.770 0.003 0.007 0.008 59 N 0.011 0.289 0.070 0.213 0.007 0.010 0.010 0.015 0.003 0.003 0.005 0.013 0.016 0.006 0.005 0.010 0.012 0.014 0.017 0.004 0.010 0.256 60 V 0.016 0.192 0.359 0.082 0.004 0.038 0.019 0.014 0.003 0.002 0.008 0.005 0.004 0.005 0.012 0.011 0.013 0.012 0.151 0.003 0.010 0.034 61 E 0.035 0.091 0.184 0.156 0.013 0.010 0.260 0.027 0.003 0.001 0.004 0.014 0.006 0.005 0.002 0.009 0.003 0.004 0.155 0.004 0.008 0.006 62 G 0.265 0.066 0.030 0.041 0.083 0.039 0.350 0.017 0.001 0.001 0.003 0.008 0.003 0.007 0.010 0.004 0.001 0.002 0.039 0.014 0.006 0.011 63 L 0.012 0.244 0.171 0.209 0.006 0.099 0.032 0.033 0.003 0.002 0.002 0.007 0.003 0.009 0.002 0.012 0.003 0.001 0.107 0.021 0.014 0.008 64 R 0.006 0.339 0.039 0.463 0.013 0.030 0.015 0.047 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 0.009 0.010 0.006 65 H 0.003 0.010 0.063 0.021 0.004 0.839 0.004 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 66 A 0.001 0.002 0.018 0.004 0.001 0.132 0.016 0.827 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 V 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.002 0.007 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.002 0.022 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 S 0.001 0.001 0.072 0.002 0.001 0.005 0.026 0.892 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 I 0.005 0.012 0.219 0.011 0.001 0.008 0.057 0.682 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 73 K 0.027 0.033 0.299 0.018 0.002 0.018 0.236 0.327 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.005 0.001 0.002 0.005 74 A 0.015 0.064 0.412 0.041 0.004 0.018 0.324 0.069 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.004 0.003 0.006 0.009 0.004 0.004 0.017 75 R 0.011 0.379 0.198 0.275 0.006 0.014 0.022 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.059 0.004 0.001 0.003 0.003 76 E 0.040 0.032 0.606 0.156 0.014 0.076 0.041 0.009 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 77 D 0.083 0.066 0.089 0.043 0.022 0.017 0.588 0.018 0.004 0.002 0.003 0.005 0.003 0.005 0.002 0.008 0.010 0.007 0.012 0.001 0.005 0.006 78 E 0.020 0.188 0.069 0.168 0.005 0.028 0.057 0.016 0.026 0.008 0.011 0.022 0.039 0.015 0.014 0.057 0.089 0.003 0.107 0.004 0.015 0.038 79 A 0.008 0.137 0.034 0.052 0.001 0.004 0.012 0.005 0.029 0.046 0.051 0.031 0.044 0.030 0.036 0.071 0.235 0.008 0.020 0.008 0.047 0.091 80 R 0.004 0.022 0.010 0.007 0.001 0.001 0.004 0.002 0.060 0.029 0.039 0.059 0.075 0.040 0.025 0.182 0.193 0.002 0.098 0.021 0.065 0.061 81 L 0.002 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 0.046 0.075 0.020 0.038 0.034 0.062 0.090 0.365 0.007 0.029 0.020 0.053 0.106 82 L 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.033 0.043 0.094 0.044 0.034 0.014 0.122 0.138 0.010 0.010 0.236 0.123 0.050 83 V 0.002 0.031 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.053 0.035 0.012 0.026 0.021 0.107 0.078 0.024 0.231 0.003 0.083 0.073 0.189 84 V 0.001 0.034 0.008 0.012 0.002 0.002 0.001 0.001 0.014 0.035 0.024 0.035 0.019 0.019 0.006 0.096 0.031 0.052 0.002 0.363 0.206 0.038 85 G 0.004 0.217 0.013 0.281 0.026 0.004 0.003 0.001 0.008 0.022 0.018 0.010 0.009 0.008 0.018 0.031 0.011 0.150 0.002 0.070 0.061 0.034 86 P 0.014 0.066 0.351 0.235 0.042 0.071 0.010 0.007 0.008 0.009 0.010 0.019 0.013 0.007 0.007 0.020 0.013 0.030 0.002 0.028 0.023 0.016 87 S 0.043 0.079 0.211 0.059 0.015 0.038 0.434 0.027 0.003 0.002 0.008 0.007 0.003 0.004 0.004 0.009 0.005 0.007 0.002 0.011 0.014 0.015 88 T 0.119 0.184 0.105 0.098 0.032 0.067 0.213 0.038 0.003 0.002 0.004 0.006 0.003 0.006 0.002 0.018 0.008 0.007 0.034 0.015 0.026 0.011 89 R 0.043 0.229 0.150 0.227 0.018 0.060 0.063 0.046 0.003 0.001 0.003 0.003 0.002 0.004 0.004 0.012 0.007 0.004 0.072 0.006 0.014 0.029 90 L 0.013 0.278 0.154 0.197 0.008 0.054 0.059 0.056 0.004 0.002 0.003 0.006 0.004 0.005 0.002 0.015 0.011 0.005 0.063 0.013 0.023 0.026