# TARGET T0340 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 411.107 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.080 0.006 0.001 0.010 0.011 0.022 0.112 0.003 0.001 0.041 0.714 2 M 0.020 0.002 0.002 0.024 0.026 0.051 0.130 0.002 0.001 0.033 0.710 3 L 0.014 0.003 0.001 0.017 0.023 0.030 0.115 0.002 0.001 0.021 0.774 4 R 0.078 0.009 0.001 0.044 0.088 0.072 0.139 0.012 0.001 0.061 0.496 5 P 0.032 0.016 0.001 0.063 0.031 0.046 0.141 0.004 0.001 0.041 0.623 6 R 0.009 0.008 0.001 0.120 0.128 0.267 0.087 0.005 0.001 0.044 0.331 7 L 0.008 0.010 0.001 0.213 0.116 0.214 0.066 0.001 0.001 0.050 0.321 8 C 0.005 0.003 0.001 0.241 0.236 0.273 0.038 0.001 0.001 0.052 0.149 9 H 0.013 0.005 0.001 0.243 0.145 0.284 0.055 0.001 0.001 0.055 0.198 10 L 0.024 0.002 0.001 0.168 0.141 0.200 0.071 0.001 0.001 0.056 0.336 11 R 0.016 0.002 0.001 0.085 0.123 0.194 0.114 0.001 0.001 0.056 0.406 12 K 0.008 0.001 0.002 0.025 0.022 0.049 0.121 0.002 0.002 0.024 0.744 13 G 0.338 0.005 0.002 0.015 0.027 0.030 0.096 0.014 0.002 0.107 0.365 14 P 0.066 0.002 0.002 0.016 0.005 0.012 0.126 0.002 0.001 0.113 0.655 15 Q 0.011 0.002 0.001 0.025 0.022 0.071 0.146 0.001 0.001 0.063 0.657 16 G 0.011 0.002 0.001 0.040 0.086 0.142 0.132 0.001 0.001 0.099 0.486 17 Y 0.003 0.002 0.001 0.065 0.152 0.214 0.107 0.001 0.001 0.097 0.358 18 G 0.004 0.002 0.001 0.093 0.171 0.323 0.065 0.001 0.001 0.096 0.246 19 F 0.003 0.001 0.001 0.104 0.249 0.290 0.054 0.001 0.001 0.074 0.224 20 N 0.006 0.002 0.001 0.160 0.178 0.336 0.063 0.001 0.001 0.079 0.174 21 L 0.017 0.002 0.001 0.124 0.155 0.284 0.075 0.002 0.001 0.085 0.255 22 H 0.064 0.004 0.002 0.092 0.094 0.179 0.117 0.002 0.002 0.089 0.354 23 S 0.024 0.002 0.001 0.036 0.033 0.083 0.137 0.005 0.001 0.063 0.614 24 D 0.231 0.004 0.002 0.019 0.023 0.035 0.111 0.002 0.002 0.073 0.498 25 K 0.025 0.001 0.002 0.014 0.016 0.028 0.135 0.002 0.001 0.050 0.726 26 S 0.046 0.001 0.001 0.007 0.013 0.021 0.141 0.003 0.001 0.033 0.734 27 R 0.055 0.001 0.001 0.009 0.021 0.026 0.165 0.003 0.001 0.053 0.667 28 P 0.002 0.001 0.001 0.021 0.048 0.099 0.188 0.002 0.001 0.036 0.603 29 G 0.001 0.001 0.001 0.073 0.105 0.397 0.075 0.001 0.001 0.076 0.271 30 Q 0.001 0.001 0.001 0.224 0.213 0.290 0.029 0.001 0.001 0.064 0.179 31 Y 0.001 0.001 0.001 0.224 0.287 0.357 0.012 0.001 0.001 0.051 0.068 32 I 0.001 0.001 0.001 0.216 0.281 0.286 0.018 0.001 0.001 0.043 0.155 33 R 0.003 0.001 0.001 0.284 0.236 0.226 0.034 0.001 0.001 0.062 0.155 34 S 0.005 0.001 0.001 0.178 0.155 0.244 0.089 0.001 0.001 0.075 0.252 35 V 0.012 0.001 0.001 0.154 0.046 0.102 0.132 0.002 0.001 0.031 0.519 36 D 0.390 0.008 0.001 0.050 0.030 0.024 0.103 0.002 0.001 0.067 0.324 37 P 0.008 0.008 0.001 0.017 0.004 0.007 0.155 0.001 0.001 0.022 0.776 38 G 0.011 0.157 0.001 0.007 0.006 0.006 0.091 0.007 0.001 0.007 0.707 39 S 0.104 0.761 0.001 0.001 0.003 0.004 0.012 0.037 0.001 0.007 0.070 40 P 0.030 0.727 0.005 0.002 0.001 0.002 0.018 0.005 0.002 0.107 0.101 41 A 0.081 0.084 0.328 0.001 0.003 0.005 0.020 0.007 0.113 0.260 0.097 42 A 0.817 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.017 0.001 0.035 0.093 43 R 0.205 0.027 0.001 0.004 0.003 0.008 0.056 0.009 0.002 0.038 0.649 44 S 0.014 0.014 0.001 0.008 0.001 0.004 0.070 0.001 0.001 0.006 0.882 45 G 0.002 0.001 0.001 0.003 0.027 0.051 0.131 0.003 0.001 0.022 0.760 46 L 0.020 0.002 0.002 0.005 0.010 0.008 0.082 0.002 0.001 0.019 0.850 47 R 0.553 0.012 0.002 0.030 0.010 0.020 0.056 0.007 0.001 0.071 0.237 48 A 0.059 0.004 0.002 0.029 0.003 0.012 0.109 0.001 0.001 0.057 0.724 49 Q 0.004 0.003 0.001 0.125 0.032 0.115 0.142 0.002 0.001 0.038 0.538 50 D 0.002 0.002 0.001 0.142 0.183 0.251 0.075 0.001 0.001 0.081 0.264 51 R 0.001 0.001 0.001 0.190 0.184 0.448 0.023 0.001 0.001 0.058 0.095 52 L 0.001 0.001 0.001 0.132 0.272 0.436 0.013 0.001 0.001 0.043 0.104 53 I 0.001 0.001 0.001 0.100 0.421 0.384 0.011 0.001 0.001 0.031 0.052 54 E 0.010 0.001 0.001 0.122 0.237 0.409 0.020 0.001 0.001 0.102 0.096 55 V 0.374 0.001 0.001 0.061 0.080 0.084 0.052 0.006 0.001 0.116 0.225 56 N 0.038 0.001 0.001 0.037 0.021 0.039 0.104 0.003 0.001 0.039 0.717 57 G 0.009 0.001 0.001 0.021 0.015 0.036 0.122 0.002 0.001 0.017 0.777 58 Q 0.012 0.001 0.001 0.058 0.138 0.104 0.156 0.004 0.001 0.039 0.489 59 N 0.073 0.010 0.002 0.090 0.049 0.061 0.110 0.005 0.001 0.086 0.514 60 V 0.137 0.019 0.002 0.052 0.034 0.039 0.127 0.005 0.001 0.072 0.513 61 E 0.021 0.018 0.001 0.037 0.025 0.051 0.178 0.005 0.001 0.032 0.632 62 G 0.051 0.103 0.001 0.029 0.017 0.036 0.135 0.003 0.001 0.059 0.566 63 L 0.027 0.160 0.002 0.046 0.034 0.044 0.131 0.005 0.001 0.091 0.460 64 R 0.019 0.668 0.001 0.007 0.007 0.010 0.039 0.003 0.001 0.106 0.138 65 H 0.007 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 0.014 66 A 0.016 0.887 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.057 0.028 67 E 0.003 0.594 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.366 0.023 68 V 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.007 69 V 0.009 0.950 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.014 0.013 70 A 0.023 0.769 0.012 0.002 0.001 0.001 0.011 0.004 0.006 0.103 0.067 71 S 0.131 0.497 0.017 0.002 0.001 0.002 0.035 0.014 0.010 0.133 0.159 72 I 0.169 0.136 0.116 0.006 0.002 0.003 0.058 0.033 0.082 0.171 0.225 73 K 0.152 0.037 0.015 0.005 0.002 0.003 0.106 0.004 0.017 0.028 0.632 74 A 0.037 0.004 0.002 0.003 0.001 0.003 0.074 0.001 0.002 0.015 0.858 75 R 0.121 0.005 0.001 0.004 0.003 0.005 0.147 0.010 0.001 0.057 0.646 76 E 0.039 0.001 0.002 0.017 0.002 0.008 0.143 0.001 0.001 0.044 0.741 77 D 0.005 0.001 0.001 0.055 0.022 0.072 0.115 0.001 0.001 0.042 0.684 78 E 0.003 0.001 0.001 0.116 0.084 0.192 0.102 0.001 0.001 0.078 0.422 79 A 0.001 0.001 0.001 0.251 0.173 0.206 0.048 0.001 0.001 0.052 0.268 80 R 0.001 0.001 0.001 0.287 0.219 0.347 0.015 0.001 0.001 0.067 0.064 81 L 0.001 0.001 0.001 0.249 0.219 0.358 0.014 0.001 0.001 0.038 0.121 82 L 0.001 0.001 0.001 0.254 0.275 0.340 0.014 0.001 0.001 0.029 0.088 83 V 0.001 0.001 0.001 0.117 0.320 0.367 0.027 0.001 0.001 0.038 0.130 84 V 0.003 0.001 0.001 0.121 0.160 0.208 0.065 0.001 0.001 0.035 0.406 85 G 0.104 0.002 0.002 0.043 0.068 0.069 0.126 0.007 0.004 0.067 0.507 86 P 0.134 0.006 0.003 0.015 0.007 0.008 0.093 0.005 0.003 0.061 0.664 87 S 0.100 0.006 0.002 0.006 0.005 0.009 0.087 0.006 0.001 0.037 0.742 88 T 0.124 0.007 0.001 0.006 0.012 0.018 0.076 0.004 0.001 0.040 0.711 89 R 0.042 0.011 0.001 0.009 0.020 0.035 0.122 0.003 0.001 0.034 0.723 90 L 0.037 0.016 0.002 0.012 0.031 0.047 0.119 0.005 0.001 0.032 0.698