# TARGET T0340 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 411.107 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.024 0.013 0.015 0.032 0.062 0.110 0.033 0.710 2 M 0.013 0.011 0.018 0.048 0.119 0.154 0.035 0.602 3 L 0.022 0.015 0.018 0.040 0.048 0.120 0.034 0.702 4 R 0.189 0.107 0.022 0.083 0.084 0.100 0.077 0.338 5 P 0.069 0.075 0.025 0.030 0.072 0.079 0.054 0.595 6 R 0.026 0.083 0.089 0.142 0.277 0.075 0.058 0.250 7 L 0.016 0.028 0.085 0.124 0.323 0.052 0.064 0.308 8 C 0.015 0.010 0.067 0.348 0.335 0.036 0.050 0.138 9 H 0.026 0.007 0.066 0.229 0.354 0.047 0.046 0.225 10 L 0.047 0.004 0.032 0.181 0.227 0.078 0.043 0.386 11 R 0.013 0.003 0.024 0.099 0.151 0.108 0.034 0.568 12 K 0.022 0.002 0.014 0.027 0.044 0.103 0.022 0.767 13 G 0.360 0.011 0.010 0.029 0.030 0.102 0.054 0.404 14 P 0.091 0.012 0.015 0.016 0.021 0.120 0.042 0.683 15 Q 0.047 0.012 0.038 0.020 0.076 0.166 0.029 0.612 16 G 0.021 0.009 0.061 0.050 0.110 0.110 0.102 0.537 17 Y 0.010 0.009 0.173 0.163 0.222 0.104 0.053 0.265 18 G 0.012 0.006 0.215 0.119 0.278 0.059 0.075 0.235 19 F 0.008 0.004 0.187 0.236 0.259 0.054 0.059 0.192 20 N 0.009 0.004 0.305 0.153 0.304 0.040 0.072 0.112 21 L 0.037 0.006 0.093 0.172 0.269 0.087 0.063 0.273 22 H 0.035 0.005 0.119 0.146 0.217 0.082 0.088 0.307 23 S 0.044 0.004 0.032 0.062 0.108 0.112 0.049 0.590 24 D 0.134 0.005 0.020 0.050 0.082 0.129 0.073 0.506 25 K 0.013 0.001 0.014 0.026 0.046 0.140 0.039 0.719 26 S 0.063 0.002 0.014 0.011 0.027 0.106 0.041 0.736 27 R 0.331 0.005 0.014 0.027 0.024 0.101 0.088 0.409 28 P 0.012 0.003 0.028 0.020 0.053 0.135 0.017 0.732 29 G 0.003 0.001 0.118 0.049 0.361 0.077 0.037 0.353 30 Q 0.001 0.001 0.112 0.267 0.422 0.025 0.061 0.111 31 Y 0.002 0.001 0.195 0.385 0.301 0.014 0.024 0.078 32 I 0.003 0.001 0.162 0.308 0.345 0.019 0.014 0.149 33 R 0.010 0.002 0.203 0.202 0.264 0.051 0.031 0.238 34 S 0.007 0.001 0.218 0.164 0.222 0.067 0.034 0.287 35 V 0.028 0.002 0.034 0.058 0.064 0.065 0.012 0.737 36 D 0.802 0.008 0.015 0.018 0.013 0.031 0.038 0.077 37 P 0.022 0.019 0.004 0.008 0.015 0.147 0.005 0.780 38 G 0.003 0.012 0.002 0.001 0.002 0.025 0.002 0.954 39 S 0.204 0.658 0.004 0.009 0.003 0.022 0.032 0.068 40 P 0.320 0.354 0.020 0.008 0.006 0.044 0.153 0.094 41 A 0.396 0.158 0.034 0.013 0.014 0.034 0.136 0.215 42 A 0.781 0.033 0.005 0.002 0.004 0.022 0.015 0.137 43 R 0.069 0.013 0.003 0.003 0.006 0.054 0.028 0.824 44 S 0.009 0.018 0.009 0.006 0.020 0.092 0.014 0.832 45 G 0.019 0.026 0.023 0.018 0.036 0.143 0.067 0.668 46 L 0.055 0.024 0.047 0.048 0.022 0.153 0.062 0.589 47 R 0.441 0.069 0.044 0.011 0.016 0.063 0.106 0.251 48 A 0.122 0.080 0.023 0.007 0.013 0.095 0.047 0.612 49 Q 0.031 0.043 0.068 0.016 0.066 0.121 0.109 0.546 50 D 0.011 0.027 0.065 0.075 0.153 0.103 0.129 0.437 51 R 0.004 0.009 0.197 0.250 0.325 0.041 0.046 0.128 52 L 0.007 0.005 0.149 0.198 0.301 0.046 0.072 0.221 53 I 0.003 0.001 0.185 0.331 0.329 0.026 0.048 0.076 54 E 0.036 0.001 0.099 0.139 0.287 0.065 0.038 0.334 55 V 0.388 0.003 0.026 0.114 0.077 0.069 0.081 0.241 56 N 0.021 0.003 0.012 0.018 0.051 0.126 0.009 0.759 57 G 0.012 0.002 0.011 0.009 0.041 0.096 0.010 0.819 58 Q 0.015 0.005 0.050 0.170 0.112 0.146 0.054 0.448 59 N 0.092 0.017 0.032 0.050 0.058 0.108 0.044 0.599 60 V 0.419 0.025 0.028 0.048 0.035 0.054 0.066 0.323 61 E 0.035 0.034 0.028 0.022 0.039 0.085 0.030 0.728 62 G 0.028 0.086 0.015 0.011 0.031 0.064 0.031 0.733 63 L 0.021 0.220 0.028 0.084 0.049 0.114 0.048 0.436 64 R 0.019 0.857 0.004 0.006 0.007 0.014 0.022 0.072 65 H 0.007 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 66 A 0.003 0.965 0.002 0.002 0.002 0.002 0.014 0.011 67 E 0.005 0.624 0.005 0.007 0.006 0.005 0.334 0.014 68 V 0.006 0.918 0.002 0.001 0.001 0.002 0.067 0.003 69 V 0.013 0.951 0.002 0.001 0.001 0.001 0.023 0.007 70 A 0.014 0.854 0.008 0.009 0.008 0.008 0.031 0.068 71 S 0.067 0.490 0.022 0.011 0.013 0.035 0.176 0.186 72 I 0.284 0.182 0.034 0.030 0.012 0.040 0.254 0.164 73 K 0.100 0.026 0.019 0.020 0.020 0.079 0.107 0.629 74 A 0.049 0.004 0.004 0.002 0.002 0.055 0.031 0.853 75 R 0.272 0.010 0.007 0.006 0.006 0.068 0.052 0.578 76 E 0.066 0.004 0.008 0.004 0.009 0.095 0.015 0.801 77 D 0.014 0.004 0.025 0.013 0.065 0.128 0.026 0.725 78 E 0.005 0.003 0.120 0.097 0.249 0.100 0.046 0.381 79 A 0.003 0.001 0.114 0.248 0.361 0.029 0.036 0.208 80 R 0.002 0.001 0.095 0.373 0.419 0.012 0.022 0.078 81 L 0.001 0.001 0.079 0.340 0.512 0.007 0.009 0.053 82 L 0.001 0.001 0.066 0.417 0.482 0.005 0.004 0.025 83 V 0.001 0.001 0.042 0.377 0.520 0.008 0.005 0.046 84 V 0.002 0.001 0.047 0.313 0.402 0.031 0.016 0.189 85 G 0.059 0.003 0.028 0.303 0.231 0.063 0.054 0.259 86 P 0.166 0.008 0.010 0.033 0.037 0.088 0.035 0.622 87 S 0.156 0.011 0.007 0.012 0.018 0.081 0.031 0.683 88 T 0.131 0.018 0.009 0.014 0.021 0.111 0.049 0.646 89 R 0.055 0.015 0.008 0.019 0.033 0.135 0.041 0.693 90 L 0.047 0.018 0.012 0.030 0.049 0.104 0.051 0.690