# TARGET T0340 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 411.107 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.115 0.038 0.008 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.019 0.116 0.604 2 M 0.148 0.039 0.009 0.002 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.148 0.013 0.092 0.533 3 L 0.052 0.028 0.010 0.003 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.161 0.010 0.263 0.461 4 R 0.111 0.017 0.003 0.002 0.010 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.201 0.006 0.131 0.507 5 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 6 R 0.020 0.005 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.703 0.005 0.068 0.184 7 L 0.080 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.588 0.005 0.060 0.248 8 C 0.014 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.007 0.866 0.002 0.006 0.076 9 H 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.004 0.848 0.002 0.016 0.089 10 L 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.009 0.014 0.052 0.025 0.013 0.625 0.003 0.021 0.216 11 R 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.302 0.229 0.026 0.006 0.286 0.003 0.020 0.101 12 K 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.029 0.037 0.005 0.004 0.002 0.001 0.002 0.299 0.005 0.060 0.542 13 G 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.252 0.180 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.135 0.005 0.055 0.340 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 15 Q 0.024 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.005 0.192 0.705 16 G 0.529 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.035 0.042 0.329 17 Y 0.055 0.011 0.015 0.023 0.019 0.006 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.423 0.006 0.118 0.308 18 G 0.009 0.002 0.002 0.002 0.265 0.041 0.004 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.324 0.002 0.061 0.272 19 F 0.006 0.002 0.001 0.001 0.003 0.129 0.015 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.667 0.001 0.026 0.132 20 N 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.039 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.007 0.025 0.693 0.001 0.036 0.165 21 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.024 0.125 0.057 0.622 0.002 0.020 0.122 22 H 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.019 0.025 0.111 0.058 0.039 0.468 0.004 0.066 0.198 23 S 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.030 0.013 0.024 0.025 0.017 0.043 0.016 0.304 0.009 0.072 0.433 24 D 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.007 0.008 0.088 0.018 0.031 0.003 0.001 0.136 0.010 0.102 0.528 25 K 0.073 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.016 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.085 0.007 0.135 0.663 26 S 0.099 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.013 0.213 0.570 27 R 0.214 0.018 0.004 0.002 0.005 0.005 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.021 0.150 0.526 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 29 G 0.017 0.001 0.001 0.001 0.030 0.044 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.190 0.008 0.103 0.584 30 Q 0.089 0.004 0.007 0.003 0.008 0.031 0.026 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.328 0.007 0.085 0.393 31 Y 0.005 0.002 0.001 0.001 0.017 0.006 0.023 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.698 0.001 0.037 0.194 32 I 0.007 0.003 0.001 0.001 0.003 0.008 0.007 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.596 0.002 0.044 0.284 33 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.909 0.001 0.012 0.067 34 S 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.386 0.005 0.056 0.535 35 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.714 0.003 0.037 0.224 36 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.007 0.001 0.003 0.001 0.002 0.247 0.003 0.283 0.444 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 38 G 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.268 0.002 0.283 0.433 39 S 0.423 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.010 0.071 0.481 40 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 41 A 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.004 0.224 0.710 42 A 0.134 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.348 0.495 43 R 0.112 0.758 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.120 44 S 0.099 0.657 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.031 0.016 0.175 45 G 0.528 0.062 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.228 0.006 0.167 46 L 0.091 0.018 0.692 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.007 0.036 0.120 47 R 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.001 0.641 0.209 48 A 0.040 0.018 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.003 0.117 0.674 49 Q 0.020 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.768 0.003 0.029 0.170 50 D 0.768 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.013 0.011 0.149 51 R 0.112 0.036 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.501 0.015 0.098 0.224 52 L 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.918 0.001 0.018 0.043 53 I 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.331 0.107 0.004 0.001 0.469 0.001 0.019 0.050 54 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.886 0.001 0.011 0.052 55 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.908 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.001 0.004 0.022 56 N 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.007 0.464 0.022 0.086 0.395 57 G 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.052 0.025 0.116 0.776 58 Q 0.422 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.005 0.001 0.001 0.022 0.010 0.249 0.270 59 N 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.002 0.066 0.906 60 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.876 0.018 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.006 0.059 61 E 0.018 0.010 0.003 0.001 0.010 0.112 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.003 0.221 0.552 62 G 0.066 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.018 0.083 0.763 63 L 0.624 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.010 0.050 0.238 64 R 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.379 0.593 65 H 0.013 0.008 0.005 0.001 0.033 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.004 0.050 0.804 66 A 0.004 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.008 0.077 0.878 67 E 0.015 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.442 0.513 68 V 0.005 0.880 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.108 69 V 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 70 A 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 71 S 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.016 72 I 0.012 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.015 73 K 0.035 0.888 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.001 0.031 74 A 0.131 0.659 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.002 0.072 75 R 0.231 0.375 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.104 0.007 0.246 76 E 0.093 0.096 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.041 0.729 77 D 0.060 0.028 0.057 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.016 0.122 0.685 78 E 0.249 0.013 0.022 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.018 0.150 0.413 79 A 0.018 0.007 0.007 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.500 0.004 0.122 0.324 80 R 0.003 0.001 0.001 0.001 0.084 0.073 0.013 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.609 0.002 0.059 0.146 81 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.011 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.780 0.001 0.032 0.153 82 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.001 0.007 0.029 83 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.007 0.781 0.002 0.020 0.179 84 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.004 0.915 0.001 0.010 0.057 85 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.003 0.002 0.003 0.005 0.007 0.440 0.004 0.118 0.404 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.994 87 S 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.003 0.149 0.693 88 T 0.188 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.012 0.058 0.689 89 R 0.198 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.011 0.191 0.550 90 L 0.160 0.047 0.006 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.013 0.174 0.510