# TARGET T0340 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 411.107 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.226 0.127 0.004 0.009 0.025 0.028 0.177 0.007 0.001 0.010 0.388 2 M 0.259 0.069 0.006 0.015 0.013 0.018 0.078 0.024 0.001 0.012 0.506 3 L 0.445 0.041 0.056 0.021 0.017 0.024 0.119 0.014 0.001 0.029 0.234 4 R 0.123 0.012 0.062 0.043 0.066 0.050 0.271 0.003 0.001 0.009 0.360 5 P 0.001 0.001 0.004 0.004 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.983 6 R 0.003 0.001 0.001 0.178 0.188 0.328 0.128 0.001 0.001 0.002 0.173 7 L 0.126 0.002 0.001 0.083 0.053 0.108 0.064 0.001 0.001 0.012 0.550 8 C 0.013 0.011 0.001 0.379 0.216 0.274 0.018 0.001 0.001 0.001 0.087 9 H 0.007 0.006 0.001 0.365 0.129 0.217 0.038 0.001 0.001 0.001 0.236 10 L 0.017 0.008 0.001 0.284 0.136 0.212 0.034 0.001 0.001 0.003 0.305 11 R 0.017 0.007 0.003 0.137 0.154 0.319 0.052 0.002 0.001 0.003 0.306 12 K 0.014 0.004 0.003 0.051 0.065 0.141 0.066 0.002 0.001 0.004 0.650 13 G 0.035 0.003 0.002 0.038 0.070 0.101 0.107 0.001 0.001 0.006 0.637 14 P 0.009 0.001 0.001 0.006 0.009 0.011 0.023 0.001 0.001 0.001 0.938 15 Q 0.028 0.002 0.001 0.019 0.028 0.045 0.143 0.001 0.001 0.006 0.728 16 G 0.293 0.003 0.002 0.017 0.026 0.035 0.084 0.001 0.001 0.019 0.519 17 Y 0.149 0.010 0.008 0.091 0.108 0.116 0.115 0.001 0.001 0.009 0.395 18 G 0.016 0.002 0.004 0.087 0.108 0.173 0.099 0.001 0.001 0.003 0.507 19 F 0.011 0.002 0.002 0.235 0.213 0.306 0.037 0.001 0.001 0.002 0.190 20 N 0.005 0.002 0.001 0.180 0.183 0.313 0.073 0.001 0.001 0.002 0.243 21 L 0.010 0.002 0.001 0.160 0.211 0.290 0.039 0.001 0.001 0.003 0.283 22 H 0.008 0.003 0.001 0.163 0.178 0.307 0.086 0.001 0.001 0.004 0.250 23 S 0.019 0.002 0.001 0.106 0.125 0.189 0.110 0.001 0.001 0.008 0.439 24 D 0.032 0.003 0.001 0.062 0.081 0.108 0.199 0.001 0.001 0.011 0.501 25 K 0.047 0.003 0.002 0.023 0.031 0.045 0.150 0.001 0.001 0.015 0.683 26 S 0.094 0.005 0.002 0.020 0.026 0.036 0.295 0.002 0.001 0.025 0.495 27 R 0.227 0.005 0.005 0.014 0.025 0.026 0.177 0.001 0.001 0.023 0.495 28 P 0.021 0.001 0.003 0.006 0.009 0.010 0.049 0.001 0.001 0.004 0.895 29 G 0.034 0.001 0.003 0.038 0.065 0.118 0.171 0.001 0.001 0.012 0.559 30 Q 0.096 0.001 0.005 0.097 0.140 0.214 0.092 0.001 0.001 0.011 0.342 31 Y 0.006 0.001 0.001 0.199 0.311 0.339 0.036 0.001 0.001 0.001 0.106 32 I 0.001 0.001 0.001 0.287 0.224 0.349 0.023 0.001 0.001 0.001 0.115 33 R 0.001 0.001 0.001 0.461 0.184 0.273 0.018 0.001 0.001 0.001 0.062 34 S 0.003 0.001 0.001 0.227 0.182 0.289 0.038 0.001 0.001 0.002 0.258 35 V 0.005 0.001 0.001 0.341 0.127 0.214 0.066 0.001 0.001 0.004 0.241 36 D 0.011 0.001 0.001 0.107 0.076 0.128 0.272 0.001 0.001 0.006 0.398 37 P 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.976 38 G 0.014 0.001 0.001 0.017 0.013 0.033 0.299 0.001 0.001 0.014 0.609 39 S 0.528 0.004 0.002 0.004 0.001 0.004 0.105 0.001 0.001 0.027 0.326 40 P 0.008 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.956 41 A 0.061 0.086 0.001 0.018 0.021 0.071 0.432 0.001 0.001 0.013 0.297 42 A 0.053 0.516 0.001 0.023 0.028 0.077 0.072 0.002 0.001 0.003 0.226 43 R 0.092 0.765 0.001 0.002 0.009 0.012 0.011 0.004 0.001 0.001 0.103 44 S 0.176 0.691 0.004 0.001 0.010 0.020 0.019 0.009 0.001 0.002 0.068 45 G 0.379 0.163 0.009 0.006 0.016 0.010 0.023 0.190 0.001 0.007 0.198 46 L 0.053 0.020 0.861 0.003 0.002 0.003 0.008 0.002 0.001 0.002 0.046 47 R 0.013 0.021 0.014 0.098 0.106 0.080 0.147 0.016 0.001 0.002 0.504 48 A 0.014 0.004 0.003 0.016 0.006 0.007 0.016 0.001 0.001 0.001 0.933 49 Q 0.051 0.022 0.003 0.202 0.052 0.131 0.188 0.004 0.001 0.016 0.332 50 D 0.228 0.010 0.010 0.097 0.058 0.061 0.135 0.003 0.001 0.046 0.351 51 R 0.056 0.008 0.008 0.492 0.105 0.106 0.070 0.001 0.001 0.009 0.145 52 L 0.013 0.004 0.005 0.322 0.193 0.286 0.052 0.001 0.001 0.004 0.120 53 I 0.001 0.002 0.001 0.559 0.211 0.209 0.008 0.001 0.001 0.001 0.010 54 E 0.001 0.004 0.001 0.380 0.167 0.249 0.026 0.001 0.001 0.001 0.173 55 V 0.003 0.003 0.001 0.343 0.241 0.375 0.013 0.001 0.001 0.001 0.020 56 N 0.004 0.004 0.001 0.089 0.103 0.281 0.172 0.001 0.001 0.004 0.342 57 G 0.031 0.001 0.002 0.070 0.062 0.093 0.110 0.003 0.001 0.031 0.598 58 Q 0.124 0.002 0.083 0.067 0.046 0.061 0.258 0.001 0.001 0.049 0.308 59 N 0.014 0.002 0.002 0.053 0.055 0.040 0.254 0.001 0.001 0.005 0.575 60 V 0.014 0.003 0.003 0.055 0.045 0.071 0.070 0.001 0.001 0.005 0.734 61 E 0.018 0.013 0.001 0.091 0.095 0.166 0.302 0.001 0.001 0.007 0.308 62 G 0.111 0.011 0.001 0.015 0.008 0.017 0.180 0.002 0.001 0.016 0.640 63 L 0.435 0.052 0.024 0.093 0.022 0.044 0.079 0.002 0.001 0.015 0.234 64 R 0.043 0.024 0.005 0.041 0.024 0.030 0.254 0.001 0.001 0.003 0.574 65 H 0.019 0.026 0.004 0.034 0.007 0.024 0.069 0.001 0.001 0.002 0.813 66 A 0.006 0.054 0.001 0.014 0.005 0.009 0.045 0.001 0.001 0.001 0.866 67 E 0.020 0.126 0.001 0.002 0.002 0.005 0.392 0.001 0.001 0.005 0.447 68 V 0.040 0.713 0.001 0.004 0.003 0.008 0.052 0.002 0.001 0.001 0.177 69 V 0.008 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.023 70 A 0.006 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 71 S 0.012 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 72 I 0.025 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.007 73 K 0.050 0.915 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.018 74 A 0.096 0.728 0.019 0.001 0.002 0.003 0.003 0.057 0.001 0.001 0.090 75 R 0.265 0.428 0.011 0.003 0.004 0.002 0.005 0.052 0.001 0.001 0.230 76 E 0.091 0.129 0.039 0.008 0.006 0.007 0.032 0.022 0.001 0.004 0.662 77 D 0.069 0.031 0.033 0.014 0.012 0.012 0.119 0.011 0.001 0.006 0.692 78 E 0.310 0.019 0.023 0.045 0.015 0.021 0.120 0.005 0.001 0.019 0.423 79 A 0.134 0.013 0.031 0.173 0.109 0.119 0.140 0.002 0.001 0.013 0.266 80 R 0.008 0.003 0.007 0.376 0.242 0.264 0.040 0.001 0.001 0.002 0.059 81 L 0.001 0.001 0.001 0.421 0.245 0.289 0.009 0.001 0.001 0.001 0.034 82 L 0.001 0.001 0.001 0.375 0.257 0.342 0.005 0.001 0.001 0.001 0.019 83 V 0.001 0.001 0.001 0.291 0.245 0.385 0.010 0.001 0.001 0.001 0.067 84 V 0.001 0.001 0.001 0.342 0.206 0.360 0.016 0.001 0.001 0.001 0.071 85 G 0.002 0.001 0.001 0.141 0.185 0.308 0.054 0.001 0.001 0.002 0.306 86 P 0.001 0.001 0.001 0.026 0.023 0.042 0.020 0.001 0.001 0.001 0.885 87 S 0.006 0.001 0.001 0.033 0.037 0.092 0.152 0.001 0.001 0.007 0.671 88 T 0.125 0.002 0.001 0.017 0.017 0.026 0.124 0.001 0.001 0.020 0.667 89 R 0.134 0.010 0.001 0.014 0.020 0.020 0.156 0.001 0.001 0.010 0.634 90 L 0.131 0.019 0.003 0.020 0.025 0.041 0.173 0.001 0.001 0.011 0.576