# TARGET T0340 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 411.107 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.066 0.016 0.028 0.036 0.052 0.134 0.011 0.656 2 M 0.130 0.019 0.033 0.035 0.063 0.136 0.019 0.565 3 L 0.152 0.032 0.036 0.052 0.091 0.203 0.031 0.403 4 R 0.207 0.017 0.063 0.152 0.144 0.160 0.017 0.239 5 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 6 R 0.009 0.005 0.063 0.225 0.463 0.108 0.003 0.123 7 L 0.124 0.018 0.062 0.170 0.270 0.074 0.005 0.275 8 C 0.017 0.012 0.067 0.375 0.470 0.014 0.003 0.042 9 H 0.034 0.011 0.074 0.332 0.410 0.030 0.002 0.108 10 L 0.013 0.012 0.082 0.325 0.409 0.019 0.004 0.136 11 R 0.018 0.011 0.067 0.301 0.403 0.042 0.007 0.151 12 K 0.020 0.012 0.051 0.163 0.262 0.045 0.013 0.435 13 G 0.020 0.006 0.029 0.059 0.134 0.065 0.008 0.679 14 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.988 15 Q 0.022 0.002 0.015 0.024 0.033 0.119 0.012 0.773 16 G 0.207 0.005 0.039 0.032 0.035 0.091 0.024 0.568 17 Y 0.153 0.008 0.161 0.088 0.110 0.112 0.010 0.359 18 G 0.048 0.005 0.105 0.112 0.183 0.097 0.005 0.446 19 F 0.044 0.006 0.158 0.175 0.303 0.060 0.004 0.251 20 N 0.016 0.005 0.105 0.250 0.306 0.064 0.004 0.250 21 L 0.021 0.004 0.076 0.161 0.342 0.054 0.003 0.338 22 H 0.016 0.008 0.071 0.227 0.372 0.111 0.004 0.193 23 S 0.033 0.009 0.034 0.109 0.183 0.096 0.006 0.530 24 D 0.045 0.013 0.027 0.069 0.123 0.119 0.009 0.595 25 K 0.087 0.009 0.018 0.032 0.058 0.179 0.015 0.602 26 S 0.101 0.015 0.018 0.031 0.048 0.263 0.047 0.477 27 R 0.200 0.014 0.026 0.041 0.050 0.148 0.026 0.495 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 29 G 0.028 0.002 0.053 0.085 0.146 0.135 0.010 0.541 30 Q 0.190 0.002 0.166 0.146 0.178 0.059 0.006 0.254 31 Y 0.011 0.001 0.176 0.227 0.293 0.031 0.002 0.260 32 I 0.008 0.001 0.146 0.230 0.457 0.029 0.001 0.129 33 R 0.003 0.002 0.227 0.346 0.346 0.015 0.001 0.061 34 S 0.005 0.002 0.129 0.221 0.346 0.029 0.003 0.266 35 V 0.015 0.002 0.187 0.093 0.237 0.034 0.005 0.427 36 D 0.012 0.002 0.052 0.075 0.154 0.287 0.003 0.415 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 38 G 0.019 0.005 0.012 0.010 0.023 0.446 0.017 0.468 39 S 0.854 0.001 0.002 0.001 0.001 0.034 0.007 0.099 40 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 41 A 0.006 0.018 0.010 0.037 0.232 0.227 0.001 0.469 42 A 0.248 0.083 0.012 0.009 0.047 0.201 0.010 0.389 43 R 0.205 0.617 0.004 0.012 0.021 0.040 0.006 0.096 44 S 0.254 0.644 0.014 0.022 0.012 0.007 0.016 0.031 45 G 0.746 0.050 0.007 0.012 0.007 0.005 0.084 0.089 46 L 0.203 0.071 0.400 0.083 0.088 0.018 0.030 0.107 47 R 0.026 0.066 0.054 0.109 0.265 0.162 0.013 0.305 48 A 0.010 0.026 0.039 0.039 0.058 0.038 0.006 0.783 49 Q 0.022 0.044 0.123 0.092 0.094 0.195 0.035 0.394 50 D 0.520 0.007 0.071 0.025 0.020 0.143 0.039 0.175 51 R 0.050 0.012 0.586 0.153 0.096 0.057 0.006 0.040 52 L 0.015 0.006 0.080 0.248 0.565 0.039 0.002 0.045 53 I 0.005 0.003 0.297 0.311 0.354 0.008 0.002 0.020 54 E 0.003 0.005 0.160 0.363 0.383 0.015 0.002 0.069 55 V 0.003 0.006 0.243 0.235 0.370 0.022 0.003 0.118 56 N 0.003 0.005 0.084 0.118 0.225 0.092 0.005 0.467 57 G 0.029 0.007 0.088 0.097 0.160 0.087 0.031 0.500 58 Q 0.308 0.002 0.053 0.034 0.067 0.280 0.010 0.246 59 N 0.010 0.002 0.018 0.025 0.030 0.078 0.003 0.833 60 V 0.046 0.019 0.075 0.117 0.218 0.085 0.006 0.434 61 E 0.038 0.011 0.074 0.075 0.102 0.314 0.010 0.374 62 G 0.155 0.012 0.015 0.031 0.062 0.113 0.015 0.596 63 L 0.243 0.028 0.082 0.051 0.089 0.164 0.006 0.337 64 R 0.011 0.023 0.012 0.027 0.033 0.324 0.004 0.566 65 H 0.034 0.038 0.015 0.011 0.072 0.068 0.005 0.757 66 A 0.013 0.066 0.005 0.004 0.016 0.158 0.002 0.735 67 E 0.027 0.127 0.002 0.002 0.004 0.294 0.004 0.540 68 V 0.019 0.821 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.141 69 V 0.001 0.970 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.022 70 A 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 71 S 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 72 I 0.009 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 73 K 0.020 0.952 0.002 0.003 0.002 0.002 0.007 0.011 74 A 0.079 0.812 0.006 0.007 0.006 0.006 0.035 0.050 75 R 0.232 0.483 0.017 0.011 0.011 0.015 0.081 0.149 76 E 0.076 0.133 0.020 0.013 0.012 0.049 0.071 0.626 77 D 0.068 0.044 0.041 0.040 0.022 0.094 0.088 0.604 78 E 0.286 0.012 0.065 0.049 0.049 0.165 0.046 0.328 79 A 0.087 0.007 0.152 0.157 0.190 0.152 0.009 0.247 80 R 0.014 0.001 0.133 0.372 0.419 0.033 0.002 0.026 81 L 0.005 0.001 0.108 0.374 0.435 0.013 0.001 0.064 82 L 0.001 0.001 0.117 0.423 0.446 0.002 0.001 0.010 83 V 0.001 0.001 0.092 0.405 0.434 0.005 0.001 0.063 84 V 0.001 0.001 0.130 0.237 0.561 0.006 0.001 0.065 85 G 0.001 0.001 0.056 0.208 0.471 0.038 0.001 0.225 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 87 S 0.004 0.001 0.005 0.011 0.036 0.163 0.002 0.780 88 T 0.479 0.001 0.004 0.005 0.005 0.064 0.018 0.425 89 R 0.303 0.008 0.026 0.014 0.018 0.217 0.008 0.406 90 L 0.082 0.027 0.034 0.034 0.067 0.176 0.006 0.574