# TARGET T0340 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 411.107 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.270 0.123 0.211 0.274 0.069 0.010 0.015 0.013 0.008 0.007 0.001 2 M 0.203 0.061 0.138 0.129 0.067 0.035 0.230 0.056 0.045 0.037 0.001 3 L 0.240 0.144 0.474 0.064 0.035 0.020 0.006 0.003 0.006 0.007 0.003 4 R 0.107 0.306 0.396 0.006 0.027 0.027 0.015 0.001 0.111 0.003 0.001 5 P 0.145 0.010 0.756 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 6 R 0.323 0.292 0.217 0.048 0.048 0.025 0.016 0.004 0.027 0.001 0.001 7 L 0.150 0.320 0.419 0.028 0.021 0.047 0.002 0.001 0.011 0.001 0.002 8 C 0.067 0.683 0.101 0.043 0.063 0.018 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 9 H 0.037 0.624 0.142 0.022 0.060 0.043 0.012 0.001 0.059 0.001 0.001 10 L 0.048 0.336 0.501 0.017 0.023 0.052 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 11 R 0.093 0.397 0.305 0.050 0.058 0.055 0.008 0.002 0.029 0.002 0.001 12 K 0.046 0.389 0.328 0.094 0.075 0.025 0.010 0.002 0.028 0.003 0.001 13 G 0.008 0.013 0.138 0.001 0.181 0.001 0.004 0.021 0.006 0.628 0.001 14 P 0.614 0.006 0.141 0.090 0.005 0.013 0.001 0.002 0.001 0.005 0.123 15 Q 0.165 0.103 0.182 0.405 0.049 0.012 0.047 0.015 0.017 0.005 0.001 16 G 0.043 0.017 0.068 0.029 0.129 0.002 0.026 0.390 0.002 0.292 0.001 17 Y 0.123 0.280 0.233 0.195 0.091 0.019 0.024 0.008 0.019 0.005 0.002 18 G 0.032 0.145 0.145 0.053 0.358 0.015 0.043 0.089 0.010 0.107 0.002 19 F 0.030 0.637 0.154 0.027 0.123 0.014 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 20 N 0.022 0.509 0.187 0.021 0.121 0.066 0.013 0.001 0.058 0.002 0.001 21 L 0.083 0.535 0.232 0.042 0.043 0.041 0.001 0.001 0.020 0.001 0.002 22 H 0.082 0.413 0.203 0.117 0.075 0.050 0.011 0.003 0.043 0.003 0.001 23 S 0.081 0.221 0.160 0.086 0.281 0.014 0.051 0.029 0.025 0.052 0.001 24 D 0.151 0.147 0.216 0.157 0.107 0.067 0.067 0.027 0.046 0.011 0.002 25 K 0.348 0.173 0.192 0.218 0.021 0.018 0.013 0.005 0.007 0.003 0.001 26 S 0.217 0.110 0.278 0.247 0.042 0.032 0.030 0.014 0.016 0.011 0.002 27 R 0.014 0.288 0.282 0.001 0.024 0.012 0.012 0.001 0.364 0.001 0.001 28 P 0.103 0.002 0.750 0.009 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 29 G 0.049 0.038 0.148 0.049 0.131 0.011 0.057 0.438 0.004 0.075 0.001 30 Q 0.019 0.572 0.287 0.011 0.082 0.012 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 31 Y 0.006 0.598 0.337 0.004 0.006 0.038 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 32 I 0.008 0.551 0.344 0.002 0.009 0.069 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 33 R 0.461 0.116 0.030 0.355 0.021 0.011 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 34 S 0.002 0.552 0.031 0.004 0.398 0.004 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 35 V 0.021 0.654 0.246 0.014 0.024 0.017 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 36 D 0.002 0.454 0.322 0.001 0.033 0.009 0.001 0.001 0.178 0.001 0.001 37 P 0.038 0.001 0.947 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 38 G 0.013 0.001 0.015 0.049 0.003 0.001 0.008 0.897 0.001 0.013 0.001 39 S 0.002 0.026 0.941 0.001 0.006 0.013 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 40 P 0.871 0.003 0.089 0.022 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 41 A 0.960 0.005 0.019 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 A 0.960 0.006 0.007 0.022 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 R 0.877 0.013 0.027 0.068 0.005 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 44 S 0.191 0.021 0.072 0.694 0.012 0.002 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 45 G 0.037 0.002 0.013 0.020 0.012 0.002 0.379 0.427 0.002 0.106 0.001 46 L 0.061 0.201 0.576 0.024 0.051 0.069 0.003 0.001 0.011 0.003 0.001 47 R 0.041 0.311 0.526 0.023 0.034 0.027 0.005 0.001 0.030 0.001 0.001 48 A 0.340 0.010 0.627 0.012 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 49 Q 0.140 0.003 0.015 0.158 0.005 0.003 0.044 0.608 0.004 0.020 0.001 50 D 0.012 0.088 0.729 0.040 0.011 0.055 0.043 0.002 0.019 0.001 0.001 51 R 0.009 0.677 0.273 0.004 0.013 0.014 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 52 L 0.009 0.468 0.478 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 53 I 0.173 0.676 0.055 0.040 0.017 0.019 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 54 E 0.012 0.718 0.156 0.002 0.094 0.014 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 55 V 0.135 0.677 0.041 0.025 0.008 0.035 0.001 0.001 0.078 0.001 0.001 56 N 0.025 0.092 0.074 0.277 0.034 0.035 0.305 0.002 0.149 0.005 0.001 57 G 0.004 0.001 0.009 0.006 0.016 0.001 0.111 0.794 0.001 0.059 0.001 58 Q 0.062 0.529 0.328 0.031 0.033 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 59 N 0.039 0.097 0.731 0.006 0.008 0.094 0.007 0.001 0.014 0.003 0.002 60 V 0.290 0.256 0.205 0.132 0.021 0.064 0.007 0.001 0.024 0.001 0.001 61 E 0.186 0.147 0.480 0.132 0.021 0.012 0.012 0.001 0.008 0.001 0.001 62 G 0.018 0.005 0.012 0.108 0.026 0.003 0.122 0.663 0.003 0.040 0.001 63 L 0.002 0.181 0.767 0.002 0.011 0.025 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 64 R 0.002 0.079 0.876 0.001 0.004 0.031 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 65 H 0.993 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 S 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 I 0.893 0.001 0.002 0.104 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 K 0.872 0.008 0.044 0.065 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 74 A 0.388 0.027 0.102 0.426 0.009 0.014 0.011 0.011 0.011 0.002 0.001 75 R 0.095 0.135 0.528 0.045 0.030 0.044 0.027 0.003 0.082 0.010 0.001 76 E 0.337 0.044 0.226 0.128 0.050 0.021 0.090 0.027 0.008 0.066 0.003 77 D 0.098 0.049 0.097 0.342 0.057 0.035 0.230 0.072 0.013 0.004 0.002 78 E 0.039 0.480 0.287 0.095 0.049 0.030 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 79 A 0.005 0.711 0.230 0.004 0.030 0.012 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 80 R 0.003 0.899 0.041 0.004 0.031 0.007 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 81 L 0.001 0.572 0.395 0.001 0.013 0.012 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 82 L 0.001 0.841 0.107 0.001 0.016 0.015 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 83 V 0.001 0.639 0.322 0.001 0.007 0.023 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 84 V 0.013 0.715 0.183 0.022 0.019 0.026 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 85 G 0.004 0.296 0.380 0.001 0.230 0.009 0.005 0.001 0.056 0.020 0.001 86 P 0.399 0.016 0.396 0.054 0.002 0.040 0.002 0.001 0.004 0.001 0.086 87 S 0.294 0.079 0.233 0.250 0.053 0.024 0.025 0.020 0.012 0.009 0.001 88 T 0.279 0.096 0.230 0.163 0.092 0.020 0.038 0.041 0.015 0.024 0.001 89 R 0.409 0.127 0.170 0.190 0.016 0.028 0.018 0.003 0.035 0.002 0.001 90 L 0.262 0.101 0.338 0.157 0.014 0.075 0.024 0.004 0.022 0.003 0.001