# TARGET T0340 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1995 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.056 0.126 0.220 0.172 0.073 0.024 0.113 0.018 0.005 0.002 0.005 0.007 0.004 0.005 0.002 0.008 0.011 0.060 0.033 0.008 0.012 0.036 2 M 0.030 0.145 0.341 0.181 0.011 0.033 0.084 0.013 0.007 0.002 0.003 0.012 0.008 0.004 0.003 0.021 0.020 0.017 0.029 0.005 0.012 0.018 3 L 0.037 0.202 0.175 0.109 0.014 0.014 0.251 0.005 0.004 0.003 0.003 0.006 0.004 0.006 0.005 0.011 0.011 0.018 0.018 0.006 0.014 0.084 4 R 0.007 0.301 0.057 0.284 0.009 0.010 0.016 0.002 0.012 0.006 0.005 0.012 0.010 0.006 0.002 0.059 0.044 0.012 0.093 0.012 0.036 0.006 5 P 0.013 0.071 0.040 0.400 0.010 0.010 0.017 0.003 0.015 0.009 0.007 0.006 0.024 0.012 0.058 0.026 0.056 0.002 0.017 0.004 0.010 0.192 6 R 0.002 0.040 0.007 0.011 0.001 0.001 0.008 0.001 0.028 0.046 0.028 0.049 0.019 0.016 0.009 0.093 0.355 0.004 0.017 0.087 0.167 0.009 7 L 0.005 0.022 0.004 0.013 0.001 0.001 0.004 0.001 0.053 0.021 0.032 0.017 0.065 0.035 0.089 0.167 0.132 0.002 0.025 0.021 0.034 0.257 8 C 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.076 0.078 0.046 0.020 0.040 0.015 0.108 0.110 0.021 0.007 0.188 0.233 0.025 9 H 0.001 0.013 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.085 0.058 0.086 0.049 0.076 0.059 0.038 0.106 0.099 0.016 0.006 0.083 0.107 0.105 10 L 0.001 0.027 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.091 0.035 0.019 0.032 0.030 0.060 0.100 0.023 0.120 0.002 0.172 0.132 0.099 11 R 0.003 0.055 0.016 0.020 0.004 0.002 0.003 0.001 0.041 0.033 0.044 0.033 0.045 0.024 0.017 0.100 0.050 0.230 0.002 0.130 0.106 0.042 12 K 0.006 0.141 0.056 0.174 0.008 0.006 0.013 0.001 0.019 0.036 0.050 0.017 0.015 0.017 0.014 0.057 0.026 0.077 0.002 0.104 0.082 0.080 13 G 0.020 0.152 0.047 0.196 0.189 0.008 0.011 0.002 0.009 0.010 0.008 0.020 0.008 0.008 0.003 0.026 0.018 0.188 0.004 0.015 0.043 0.012 14 P 0.007 0.046 0.533 0.138 0.016 0.070 0.040 0.004 0.006 0.003 0.010 0.006 0.005 0.003 0.002 0.010 0.009 0.020 0.003 0.009 0.012 0.046 15 Q 0.035 0.146 0.153 0.117 0.014 0.008 0.293 0.008 0.013 0.005 0.005 0.010 0.006 0.007 0.002 0.047 0.043 0.024 0.006 0.011 0.031 0.015 16 G 0.176 0.116 0.042 0.121 0.048 0.021 0.125 0.005 0.014 0.004 0.008 0.005 0.010 0.006 0.017 0.050 0.067 0.004 0.060 0.006 0.026 0.069 17 Y 0.004 0.221 0.037 0.099 0.001 0.003 0.010 0.001 0.015 0.034 0.020 0.010 0.014 0.015 0.013 0.114 0.186 0.010 0.079 0.016 0.073 0.025 18 G 0.019 0.026 0.009 0.020 0.014 0.002 0.016 0.001 0.026 0.019 0.023 0.043 0.047 0.020 0.023 0.134 0.229 0.003 0.098 0.045 0.065 0.116 19 F 0.001 0.043 0.003 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.054 0.051 0.012 0.014 0.023 0.068 0.122 0.168 0.037 0.059 0.044 0.129 0.139 20 N 0.002 0.010 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.025 0.038 0.037 0.093 0.063 0.023 0.016 0.120 0.112 0.064 0.014 0.182 0.125 0.064 21 L 0.001 0.017 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.022 0.034 0.020 0.014 0.015 0.093 0.085 0.028 0.087 0.003 0.185 0.096 0.277 22 H 0.002 0.027 0.011 0.009 0.003 0.002 0.002 0.001 0.016 0.026 0.039 0.063 0.039 0.016 0.007 0.060 0.029 0.435 0.002 0.126 0.065 0.021 23 S 0.032 0.068 0.074 0.090 0.030 0.014 0.030 0.003 0.013 0.013 0.037 0.023 0.017 0.018 0.024 0.064 0.023 0.080 0.006 0.131 0.076 0.135 24 D 0.072 0.092 0.091 0.036 0.103 0.026 0.062 0.008 0.009 0.007 0.013 0.023 0.011 0.013 0.004 0.034 0.024 0.198 0.017 0.056 0.061 0.039 25 K 0.021 0.073 0.416 0.103 0.010 0.038 0.036 0.011 0.004 0.002 0.007 0.006 0.004 0.003 0.001 0.019 0.019 0.077 0.037 0.035 0.026 0.051 26 S 0.131 0.110 0.137 0.059 0.026 0.010 0.273 0.007 0.002 0.001 0.002 0.005 0.002 0.003 0.001 0.020 0.014 0.033 0.016 0.024 0.031 0.095 27 R 0.027 0.280 0.095 0.120 0.029 0.026 0.051 0.002 0.003 0.001 0.002 0.003 0.002 0.003 0.001 0.020 0.009 0.018 0.242 0.012 0.036 0.016 28 P 0.004 0.083 0.086 0.641 0.012 0.005 0.017 0.001 0.005 0.003 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.015 0.023 0.006 0.052 0.007 0.012 0.015 29 G 0.071 0.071 0.022 0.101 0.028 0.005 0.117 0.004 0.030 0.006 0.005 0.015 0.023 0.011 0.022 0.083 0.135 0.002 0.058 0.030 0.042 0.119 30 Q 0.002 0.136 0.006 0.036 0.001 0.001 0.004 0.001 0.020 0.040 0.023 0.008 0.025 0.021 0.071 0.120 0.168 0.006 0.141 0.025 0.089 0.056 31 Y 0.001 0.013 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.043 0.040 0.083 0.051 0.043 0.009 0.128 0.110 0.002 0.029 0.210 0.152 0.051 32 I 0.001 0.018 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.110 0.122 0.025 0.039 0.043 0.106 0.117 0.099 0.006 0.012 0.051 0.136 0.070 33 R 0.001 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.082 0.049 0.082 0.100 0.060 0.025 0.128 0.036 0.026 0.003 0.134 0.140 0.031 34 S 0.002 0.017 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.050 0.058 0.106 0.032 0.045 0.045 0.056 0.082 0.015 0.058 0.001 0.276 0.107 0.039 35 V 0.002 0.084 0.023 0.023 0.001 0.003 0.002 0.001 0.065 0.110 0.072 0.053 0.072 0.091 0.033 0.106 0.040 0.005 0.003 0.075 0.087 0.050 36 D 0.002 0.325 0.025 0.266 0.022 0.004 0.002 0.002 0.019 0.035 0.039 0.026 0.029 0.020 0.013 0.033 0.007 0.051 0.003 0.023 0.047 0.008 37 P 0.011 0.049 0.317 0.405 0.024 0.052 0.018 0.006 0.009 0.010 0.017 0.007 0.014 0.012 0.012 0.011 0.003 0.004 0.001 0.003 0.008 0.010 38 G 0.053 0.112 0.132 0.041 0.016 0.007 0.533 0.005 0.003 0.008 0.005 0.014 0.002 0.011 0.003 0.010 0.001 0.001 0.004 0.007 0.029 0.003 39 S 0.005 0.557 0.016 0.299 0.019 0.040 0.005 0.008 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.008 0.002 0.003 0.016 0.003 0.006 0.002 40 P 0.004 0.037 0.393 0.143 0.017 0.350 0.003 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 41 A 0.002 0.019 0.073 0.012 0.001 0.025 0.262 0.585 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.003 42 A 0.003 0.025 0.057 0.015 0.001 0.018 0.155 0.697 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.002 0.002 0.002 0.003 0.005 43 R 0.006 0.040 0.296 0.018 0.001 0.012 0.316 0.265 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.004 0.001 0.008 0.006 0.005 44 S 0.017 0.032 0.113 0.033 0.002 0.006 0.744 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.005 0.004 0.003 0.006 0.003 45 G 0.543 0.041 0.028 0.019 0.117 0.008 0.162 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.003 0.004 0.032 0.003 0.009 0.005 46 L 0.003 0.272 0.044 0.266 0.001 0.007 0.007 0.003 0.003 0.004 0.002 0.002 0.002 0.004 0.005 0.007 0.005 0.008 0.318 0.005 0.011 0.020 47 R 0.004 0.353 0.059 0.396 0.015 0.013 0.007 0.004 0.009 0.004 0.004 0.020 0.018 0.007 0.002 0.013 0.009 0.022 0.007 0.004 0.013 0.020 48 A 0.007 0.116 0.195 0.476 0.007 0.054 0.017 0.005 0.009 0.005 0.006 0.007 0.009 0.007 0.018 0.011 0.005 0.008 0.012 0.001 0.007 0.017 49 Q 0.025 0.079 0.091 0.070 0.026 0.025 0.275 0.028 0.028 0.012 0.015 0.092 0.054 0.025 0.005 0.036 0.029 0.008 0.011 0.014 0.035 0.015 50 D 0.006 0.174 0.047 0.123 0.002 0.019 0.047 0.019 0.051 0.027 0.033 0.024 0.051 0.029 0.036 0.092 0.102 0.003 0.020 0.032 0.036 0.027 51 R 0.007 0.035 0.027 0.025 0.003 0.006 0.018 0.014 0.046 0.043 0.036 0.033 0.076 0.049 0.028 0.096 0.354 0.002 0.006 0.012 0.044 0.041 52 L 0.003 0.029 0.010 0.005 0.001 0.004 0.009 0.010 0.044 0.035 0.052 0.036 0.049 0.032 0.036 0.161 0.169 0.042 0.030 0.042 0.114 0.086 53 I 0.002 0.011 0.006 0.003 0.001 0.004 0.003 0.008 0.022 0.045 0.055 0.036 0.048 0.048 0.017 0.098 0.057 0.222 0.014 0.047 0.090 0.164 54 E 0.001 0.013 0.005 0.002 0.001 0.002 0.003 0.009 0.028 0.029 0.033 0.067 0.025 0.040 0.010 0.096 0.063 0.091 0.008 0.168 0.142 0.164 55 V 0.002 0.078 0.021 0.018 0.001 0.003 0.002 0.006 0.020 0.051 0.031 0.012 0.026 0.012 0.054 0.034 0.026 0.509 0.002 0.017 0.040 0.037 56 N 0.047 0.034 0.166 0.123 0.017 0.013 0.075 0.006 0.022 0.037 0.055 0.040 0.050 0.019 0.017 0.051 0.029 0.075 0.002 0.055 0.047 0.019 57 G 0.559 0.008 0.004 0.002 0.178 0.003 0.198 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.004 0.002 0.009 0.004 0.003 0.007 0.003 58 Q 0.006 0.092 0.036 0.058 0.004 0.012 0.008 0.004 0.002 0.005 0.006 0.004 0.004 0.005 0.002 0.008 0.007 0.011 0.700 0.005 0.009 0.013 59 N 0.010 0.345 0.065 0.238 0.008 0.010 0.011 0.017 0.003 0.003 0.005 0.013 0.014 0.005 0.005 0.010 0.011 0.022 0.019 0.005 0.012 0.170 60 V 0.019 0.108 0.512 0.065 0.006 0.058 0.020 0.018 0.003 0.001 0.007 0.005 0.004 0.005 0.008 0.009 0.013 0.008 0.090 0.003 0.008 0.032 61 E 0.033 0.086 0.183 0.124 0.009 0.008 0.368 0.034 0.002 0.001 0.004 0.011 0.004 0.004 0.002 0.008 0.003 0.003 0.099 0.004 0.007 0.005 62 G 0.305 0.061 0.029 0.041 0.081 0.037 0.338 0.015 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.005 0.007 0.003 0.001 0.002 0.038 0.011 0.005 0.009 63 L 0.012 0.261 0.174 0.221 0.006 0.078 0.032 0.029 0.002 0.001 0.002 0.006 0.002 0.008 0.001 0.010 0.002 0.001 0.116 0.017 0.013 0.007 64 R 0.005 0.366 0.029 0.496 0.010 0.022 0.010 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.005 0.006 0.004 65 H 0.003 0.008 0.066 0.018 0.004 0.855 0.003 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 66 A 0.001 0.002 0.017 0.003 0.001 0.125 0.016 0.836 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 V 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.002 0.017 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 S 0.001 0.001 0.057 0.001 0.001 0.004 0.020 0.914 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 I 0.003 0.008 0.180 0.008 0.001 0.006 0.041 0.748 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 73 K 0.026 0.025 0.290 0.013 0.002 0.015 0.240 0.354 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 0.005 0.002 0.003 0.005 74 A 0.015 0.046 0.454 0.026 0.004 0.013 0.327 0.062 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 0.007 0.004 0.004 0.016 75 R 0.022 0.262 0.307 0.254 0.006 0.015 0.044 0.012 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.045 0.006 0.001 0.004 0.004 76 E 0.119 0.063 0.385 0.182 0.037 0.050 0.102 0.007 0.004 0.001 0.002 0.004 0.004 0.003 0.002 0.006 0.005 0.004 0.007 0.001 0.003 0.011 77 D 0.053 0.148 0.109 0.134 0.019 0.013 0.270 0.009 0.012 0.008 0.009 0.011 0.011 0.012 0.006 0.029 0.041 0.017 0.055 0.003 0.019 0.012 78 E 0.013 0.117 0.031 0.090 0.003 0.007 0.029 0.005 0.044 0.014 0.018 0.039 0.106 0.025 0.028 0.098 0.159 0.001 0.065 0.006 0.019 0.085 79 A 0.001 0.098 0.006 0.017 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 0.133 0.065 0.021 0.036 0.033 0.074 0.080 0.258 0.007 0.015 0.008 0.073 0.046 80 R 0.001 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.044 0.045 0.093 0.153 0.049 0.019 0.217 0.116 0.001 0.037 0.024 0.065 0.039 81 L 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.142 0.153 0.021 0.041 0.061 0.149 0.072 0.125 0.015 0.008 0.028 0.067 0.070 82 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.062 0.041 0.123 0.081 0.049 0.007 0.111 0.075 0.007 0.002 0.231 0.110 0.022 83 V 0.001 0.034 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.147 0.051 0.005 0.030 0.023 0.216 0.052 0.014 0.208 0.001 0.037 0.056 0.090 84 V 0.001 0.015 0.008 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.039 0.076 0.051 0.107 0.067 0.041 0.005 0.085 0.043 0.035 0.001 0.229 0.163 0.017 85 G 0.005 0.227 0.018 0.255 0.019 0.003 0.009 0.001 0.015 0.046 0.056 0.013 0.017 0.013 0.050 0.028 0.014 0.088 0.001 0.035 0.046 0.042 86 P 0.014 0.104 0.199 0.322 0.031 0.039 0.013 0.002 0.021 0.029 0.018 0.025 0.023 0.014 0.007 0.033 0.025 0.015 0.003 0.019 0.033 0.011 87 S 0.060 0.155 0.098 0.190 0.073 0.017 0.254 0.012 0.006 0.005 0.015 0.008 0.006 0.009 0.010 0.012 0.011 0.008 0.005 0.007 0.017 0.023 88 T 0.026 0.316 0.114 0.207 0.011 0.046 0.066 0.013 0.009 0.007 0.008 0.008 0.008 0.010 0.007 0.029 0.019 0.006 0.033 0.011 0.025 0.022 89 R 0.018 0.332 0.100 0.258 0.013 0.020 0.051 0.019 0.005 0.005 0.005 0.006 0.006 0.007 0.007 0.021 0.014 0.008 0.032 0.008 0.024 0.041 90 L 0.008 0.308 0.091 0.268 0.008 0.032 0.032 0.018 0.007 0.004 0.007 0.009 0.006 0.008 0.007 0.027 0.016 0.010 0.045 0.019 0.038 0.031