# TARGET T0340 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1995 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.003 0.003 0.041 0.044 0.106 0.011 0.076 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.017 0.116 0.085 0.170 0.285 0.001 2 M 0.003 0.003 0.048 0.050 0.106 0.005 0.072 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.015 0.205 0.079 0.213 0.172 0.001 3 L 0.003 0.005 0.064 0.055 0.092 0.008 0.167 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 0.020 0.084 0.069 0.124 0.268 0.001 4 R 0.004 0.007 0.102 0.114 0.062 0.002 0.035 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.049 0.023 0.055 0.039 0.177 0.317 0.003 5 P 0.007 0.020 0.013 0.024 0.608 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.003 0.020 0.108 0.015 0.020 0.054 0.070 0.003 6 R 0.042 0.064 0.344 0.228 0.026 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.023 0.013 0.180 0.007 0.005 0.004 0.011 0.019 0.011 7 L 0.068 0.100 0.007 0.019 0.413 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.024 0.048 0.031 0.023 0.129 0.002 0.002 0.013 0.004 0.065 8 C 0.132 0.152 0.082 0.049 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.038 0.143 0.080 0.218 0.009 0.001 0.001 0.003 0.002 0.024 9 H 0.164 0.236 0.023 0.080 0.120 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.041 0.092 0.048 0.020 0.037 0.001 0.002 0.004 0.002 0.049 10 L 0.189 0.209 0.049 0.050 0.136 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.031 0.097 0.048 0.092 0.026 0.002 0.002 0.005 0.003 0.028 11 R 0.213 0.184 0.093 0.149 0.104 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.018 0.019 0.048 0.032 0.074 0.018 0.005 0.003 0.010 0.011 0.015 12 K 0.129 0.080 0.055 0.085 0.427 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.019 0.012 0.046 0.033 0.019 0.013 0.025 0.033 0.005 13 G 0.027 0.030 0.153 0.185 0.090 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.006 0.006 0.099 0.016 0.027 0.034 0.110 0.190 0.003 14 P 0.009 0.007 0.046 0.038 0.194 0.002 0.016 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.028 0.355 0.031 0.085 0.150 0.001 15 Q 0.003 0.006 0.024 0.036 0.032 0.016 0.468 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.046 0.017 0.173 0.036 0.026 0.101 0.001 16 G 0.008 0.016 0.038 0.035 0.091 0.005 0.311 0.002 0.001 0.002 0.006 0.005 0.006 0.007 0.028 0.041 0.061 0.122 0.089 0.119 0.005 17 Y 0.026 0.050 0.088 0.044 0.181 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.021 0.013 0.029 0.028 0.121 0.104 0.035 0.026 0.063 0.129 0.016 18 G 0.057 0.113 0.092 0.070 0.082 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.058 0.031 0.068 0.068 0.168 0.030 0.009 0.012 0.021 0.015 0.098 19 F 0.084 0.109 0.018 0.017 0.147 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.053 0.103 0.107 0.068 0.119 0.001 0.002 0.013 0.005 0.073 20 N 0.080 0.085 0.093 0.068 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.043 0.150 0.171 0.156 0.015 0.001 0.001 0.006 0.004 0.039 21 L 0.057 0.068 0.009 0.025 0.185 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.032 0.078 0.189 0.044 0.227 0.003 0.003 0.007 0.004 0.023 22 H 0.061 0.055 0.082 0.094 0.027 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.023 0.035 0.089 0.209 0.242 0.032 0.005 0.004 0.016 0.010 0.009 23 S 0.034 0.031 0.035 0.075 0.271 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.021 0.066 0.060 0.167 0.047 0.027 0.045 0.083 0.003 24 D 0.013 0.013 0.093 0.067 0.134 0.006 0.070 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.011 0.135 0.040 0.063 0.075 0.065 0.197 0.002 25 K 0.006 0.004 0.067 0.033 0.081 0.006 0.056 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.063 0.033 0.300 0.060 0.110 0.164 0.001 26 S 0.006 0.008 0.054 0.042 0.135 0.007 0.167 0.004 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.003 0.056 0.023 0.130 0.102 0.090 0.164 0.001 27 R 0.006 0.007 0.117 0.075 0.060 0.002 0.022 0.002 0.002 0.003 0.002 0.003 0.002 0.002 0.025 0.018 0.057 0.038 0.191 0.365 0.001 28 P 0.005 0.008 0.026 0.044 0.189 0.002 0.029 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.033 0.030 0.357 0.028 0.039 0.198 0.002 29 G 0.017 0.049 0.037 0.042 0.203 0.005 0.285 0.003 0.001 0.001 0.010 0.008 0.018 0.017 0.060 0.070 0.028 0.061 0.030 0.044 0.011 30 Q 0.111 0.180 0.115 0.101 0.102 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.031 0.023 0.072 0.051 0.075 0.047 0.006 0.010 0.026 0.018 0.021 31 Y 0.158 0.152 0.060 0.050 0.188 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.040 0.099 0.061 0.043 0.038 0.004 0.003 0.015 0.005 0.039 32 I 0.175 0.161 0.059 0.063 0.088 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.047 0.054 0.093 0.065 0.114 0.020 0.004 0.002 0.007 0.003 0.042 33 R 0.150 0.179 0.041 0.067 0.123 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.025 0.028 0.125 0.095 0.101 0.026 0.003 0.003 0.004 0.007 0.017 34 S 0.111 0.123 0.102 0.164 0.096 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.047 0.036 0.061 0.070 0.068 0.037 0.008 0.009 0.021 0.017 0.024 35 V 0.070 0.095 0.031 0.046 0.454 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.023 0.013 0.062 0.070 0.026 0.029 0.021 0.034 0.003 36 D 0.018 0.012 0.130 0.145 0.029 0.001 0.008 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.004 0.005 0.149 0.013 0.015 0.012 0.137 0.309 0.002 37 P 0.001 0.001 0.003 0.005 0.089 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 0.774 0.008 0.022 0.068 0.001 38 G 0.001 0.001 0.005 0.004 0.011 0.009 0.764 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 0.044 0.077 0.015 0.040 0.001 39 S 0.003 0.003 0.077 0.027 0.021 0.002 0.017 0.024 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.012 0.098 0.086 0.238 0.369 0.001 40 P 0.002 0.005 0.019 0.012 0.205 0.002 0.016 0.106 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.018 0.403 0.058 0.054 0.082 0.001 41 A 0.003 0.006 0.037 0.015 0.026 0.015 0.145 0.524 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.031 0.009 0.126 0.019 0.019 0.018 0.001 42 A 0.005 0.006 0.027 0.024 0.043 0.019 0.123 0.577 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 0.007 0.084 0.017 0.023 0.018 0.001 43 R 0.008 0.006 0.016 0.037 0.022 0.010 0.193 0.049 0.139 0.112 0.001 0.003 0.007 0.010 0.017 0.015 0.258 0.041 0.034 0.024 0.001 44 S 0.002 0.001 0.006 0.012 0.017 0.019 0.665 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.010 0.111 0.008 0.025 0.095 0.001 45 G 0.001 0.001 0.006 0.003 0.021 0.003 0.224 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.028 0.655 0.036 0.010 0.001 46 L 0.001 0.001 0.040 0.028 0.014 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.022 0.017 0.025 0.310 0.514 0.001 47 R 0.001 0.001 0.013 0.007 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.012 0.011 0.165 0.723 0.001 48 A 0.001 0.001 0.028 0.004 0.013 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.027 0.763 0.035 0.019 0.085 0.001 49 Q 0.001 0.003 0.016 0.014 0.024 0.016 0.756 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.029 0.010 0.032 0.016 0.016 0.040 0.001 50 D 0.020 0.035 0.085 0.046 0.160 0.005 0.184 0.052 0.001 0.001 0.011 0.009 0.014 0.017 0.031 0.132 0.026 0.053 0.082 0.033 0.005 51 R 0.091 0.085 0.214 0.117 0.094 0.002 0.007 0.054 0.001 0.001 0.007 0.010 0.061 0.033 0.091 0.038 0.028 0.019 0.023 0.014 0.011 52 L 0.174 0.164 0.021 0.033 0.378 0.001 0.010 0.021 0.001 0.001 0.011 0.028 0.033 0.030 0.016 0.035 0.009 0.004 0.010 0.004 0.017 53 I 0.192 0.141 0.172 0.110 0.021 0.001 0.007 0.024 0.001 0.001 0.014 0.017 0.078 0.098 0.093 0.004 0.006 0.002 0.004 0.003 0.013 54 E 0.165 0.237 0.022 0.075 0.178 0.002 0.009 0.020 0.002 0.001 0.029 0.027 0.065 0.086 0.017 0.016 0.008 0.004 0.007 0.003 0.026 55 V 0.171 0.127 0.121 0.092 0.054 0.001 0.011 0.009 0.020 0.008 0.019 0.032 0.060 0.052 0.136 0.013 0.025 0.005 0.012 0.012 0.021 56 N 0.063 0.044 0.028 0.048 0.393 0.001 0.044 0.005 0.003 0.001 0.006 0.005 0.012 0.010 0.066 0.035 0.094 0.006 0.023 0.106 0.006 57 G 0.025 0.027 0.049 0.027 0.276 0.003 0.143 0.006 0.001 0.001 0.006 0.005 0.010 0.010 0.043 0.032 0.024 0.241 0.025 0.035 0.011 58 Q 0.025 0.028 0.287 0.098 0.050 0.003 0.011 0.006 0.001 0.001 0.011 0.009 0.025 0.031 0.102 0.058 0.042 0.026 0.066 0.107 0.013 59 N 0.015 0.017 0.031 0.027 0.543 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.004 0.005 0.015 0.021 0.045 0.062 0.042 0.020 0.081 0.050 0.005 60 V 0.009 0.008 0.116 0.075 0.047 0.002 0.024 0.005 0.006 0.004 0.009 0.008 0.008 0.019 0.299 0.043 0.097 0.038 0.087 0.091 0.003 61 E 0.004 0.003 0.021 0.035 0.075 0.016 0.093 0.012 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.008 0.053 0.039 0.396 0.019 0.046 0.169 0.001 62 G 0.001 0.002 0.003 0.005 0.039 0.009 0.476 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.027 0.061 0.048 0.251 0.031 0.027 0.001 63 L 0.003 0.002 0.083 0.070 0.006 0.001 0.023 0.009 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.046 0.013 0.063 0.048 0.177 0.446 0.001 64 R 0.001 0.001 0.003 0.004 0.071 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.018 0.015 0.175 0.667 0.001 65 H 0.001 0.001 0.017 0.002 0.002 0.001 0.002 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.870 0.022 0.016 0.015 0.001 66 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.897 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 69 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 71 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 72 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.912 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.047 0.006 0.002 0.002 0.001 73 K 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 0.159 0.562 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.206 0.007 0.004 0.006 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.011 0.509 0.060 0.111 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.191 0.048 0.014 0.010 0.001 75 R 0.001 0.001 0.004 0.004 0.005 0.001 0.224 0.008 0.023 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.184 0.075 0.284 0.166 0.001 76 E 0.001 0.001 0.008 0.003 0.015 0.001 0.139 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.094 0.380 0.175 0.160 0.001 77 D 0.001 0.003 0.055 0.023 0.048 0.003 0.108 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.080 0.067 0.193 0.145 0.249 0.002 78 E 0.013 0.042 0.115 0.070 0.217 0.002 0.037 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.015 0.014 0.135 0.077 0.045 0.044 0.059 0.090 0.012 79 A 0.054 0.171 0.057 0.052 0.149 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.044 0.030 0.067 0.093 0.133 0.073 0.003 0.004 0.013 0.008 0.043 80 R 0.149 0.220 0.045 0.047 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.052 0.139 0.101 0.081 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.043 81 L 0.212 0.184 0.018 0.015 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.068 0.135 0.062 0.034 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 82 L 0.221 0.228 0.047 0.044 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.040 0.127 0.043 0.103 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 83 V 0.230 0.287 0.017 0.045 0.090 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.033 0.108 0.036 0.018 0.028 0.001 0.001 0.003 0.001 0.043 84 V 0.195 0.266 0.090 0.150 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.026 0.065 0.025 0.061 0.015 0.002 0.003 0.007 0.012 0.009 85 G 0.041 0.062 0.065 0.108 0.224 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.008 0.008 0.057 0.064 0.013 0.011 0.072 0.248 0.004 86 P 0.011 0.008 0.056 0.046 0.121 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.156 0.019 0.286 0.036 0.051 0.183 0.001 87 S 0.004 0.004 0.046 0.038 0.051 0.014 0.260 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.034 0.022 0.118 0.070 0.106 0.215 0.001 88 T 0.006 0.007 0.050 0.044 0.075 0.010 0.095 0.010 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.028 0.027 0.138 0.130 0.156 0.213 0.001 89 R 0.011 0.016 0.064 0.061 0.140 0.007 0.068 0.022 0.002 0.001 0.004 0.004 0.007 0.003 0.034 0.031 0.133 0.078 0.145 0.169 0.002 90 L 0.018 0.023 0.070 0.093 0.183 0.005 0.058 0.033 0.002 0.001 0.005 0.005 0.008 0.004 0.053 0.033 0.103 0.056 0.108 0.137 0.003