# TARGET T0340 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0340/T0340.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1995 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.122 0.048 0.150 0.186 0.042 0.182 0.040 0.022 0.016 0.026 0.037 0.036 0.054 0.009 0.008 0.023 2 M 0.056 0.117 0.130 0.200 0.019 0.133 0.015 0.065 0.015 0.008 0.139 0.031 0.038 0.005 0.014 0.016 3 L 0.027 0.273 0.121 0.410 0.002 0.018 0.005 0.011 0.038 0.006 0.010 0.039 0.011 0.001 0.005 0.023 4 R 0.056 0.039 0.243 0.606 0.001 0.019 0.003 0.001 0.008 0.002 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.011 5 P 0.032 0.017 0.380 0.529 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 6 R 0.003 0.082 0.076 0.833 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.001 0.001 0.013 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 C 0.001 0.002 0.067 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 H 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 L 0.001 0.003 0.002 0.929 0.026 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 R 0.001 0.024 0.001 0.502 0.352 0.107 0.001 0.004 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 K 0.001 0.220 0.003 0.550 0.022 0.033 0.001 0.147 0.004 0.002 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 13 G 0.003 0.039 0.016 0.137 0.085 0.341 0.005 0.025 0.095 0.197 0.029 0.019 0.004 0.001 0.001 0.003 14 P 0.049 0.131 0.028 0.076 0.147 0.056 0.030 0.047 0.009 0.006 0.369 0.027 0.007 0.011 0.003 0.003 15 Q 0.014 0.130 0.064 0.150 0.016 0.042 0.005 0.242 0.036 0.013 0.034 0.162 0.010 0.003 0.073 0.007 16 G 0.051 0.051 0.131 0.133 0.058 0.031 0.055 0.010 0.190 0.061 0.016 0.017 0.018 0.028 0.007 0.143 17 Y 0.328 0.060 0.161 0.274 0.001 0.017 0.007 0.070 0.009 0.005 0.012 0.012 0.010 0.001 0.024 0.008 18 G 0.021 0.029 0.336 0.510 0.001 0.009 0.001 0.002 0.047 0.009 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.025 19 F 0.095 0.005 0.077 0.814 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 N 0.002 0.002 0.120 0.847 0.007 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.001 0.009 0.008 0.669 0.167 0.133 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 H 0.001 0.148 0.005 0.601 0.121 0.050 0.002 0.045 0.004 0.002 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 23 S 0.005 0.158 0.022 0.412 0.027 0.166 0.006 0.071 0.045 0.039 0.017 0.014 0.006 0.001 0.007 0.005 24 D 0.034 0.096 0.056 0.084 0.033 0.330 0.015 0.032 0.044 0.055 0.153 0.037 0.015 0.002 0.004 0.010 25 K 0.048 0.149 0.058 0.063 0.022 0.099 0.012 0.043 0.016 0.006 0.342 0.106 0.013 0.006 0.008 0.009 26 S 0.024 0.290 0.215 0.168 0.009 0.017 0.006 0.018 0.031 0.006 0.021 0.127 0.014 0.003 0.027 0.025 27 R 0.039 0.013 0.104 0.050 0.168 0.137 0.328 0.003 0.010 0.014 0.010 0.015 0.027 0.052 0.004 0.027 28 P 0.035 0.250 0.144 0.091 0.001 0.019 0.007 0.303 0.004 0.002 0.046 0.009 0.014 0.001 0.069 0.006 29 G 0.018 0.043 0.071 0.309 0.001 0.007 0.001 0.001 0.422 0.023 0.003 0.016 0.004 0.001 0.001 0.079 30 Q 0.234 0.010 0.285 0.465 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 31 Y 0.001 0.001 0.256 0.688 0.001 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 I 0.001 0.014 0.007 0.371 0.026 0.564 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 R 0.001 0.599 0.002 0.359 0.001 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 34 S 0.002 0.008 0.043 0.868 0.011 0.016 0.001 0.004 0.019 0.002 0.009 0.005 0.005 0.001 0.001 0.005 35 V 0.017 0.010 0.670 0.269 0.012 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 36 D 0.001 0.001 0.002 0.022 0.904 0.029 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 37 P 0.001 0.009 0.001 0.014 0.004 0.015 0.001 0.918 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 38 G 0.001 0.033 0.001 0.017 0.001 0.002 0.001 0.004 0.517 0.390 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.017 39 S 0.701 0.003 0.004 0.009 0.001 0.138 0.002 0.002 0.002 0.005 0.012 0.089 0.030 0.001 0.001 0.001 40 P 0.002 0.009 0.057 0.005 0.001 0.095 0.001 0.005 0.001 0.001 0.660 0.051 0.112 0.001 0.001 0.001 41 A 0.001 0.013 0.003 0.024 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.028 0.764 0.150 0.001 0.002 0.001 42 A 0.001 0.001 0.006 0.009 0.002 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.010 0.022 0.915 0.007 0.005 0.008 43 R 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 0.001 0.070 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.068 0.825 0.004 0.011 44 S 0.001 0.002 0.016 0.002 0.001 0.001 0.014 0.017 0.001 0.001 0.001 0.003 0.044 0.002 0.890 0.005 45 G 0.002 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.944 46 L 0.904 0.007 0.049 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.006 47 R 0.002 0.001 0.028 0.001 0.572 0.120 0.194 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.073 0.001 0.001 48 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.883 0.001 0.001 0.068 0.001 0.001 0.001 0.038 0.001 49 Q 0.001 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.882 0.048 0.003 0.026 0.001 0.001 0.001 0.024 50 D 0.951 0.002 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.001 0.003 0.002 51 R 0.013 0.032 0.850 0.009 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.018 0.001 0.001 0.023 52 L 0.023 0.015 0.142 0.281 0.006 0.142 0.003 0.004 0.001 0.001 0.306 0.010 0.062 0.004 0.001 0.002 53 I 0.001 0.187 0.248 0.419 0.007 0.006 0.004 0.005 0.002 0.001 0.005 0.039 0.072 0.001 0.002 0.004 54 E 0.005 0.006 0.042 0.663 0.060 0.026 0.017 0.002 0.005 0.003 0.002 0.004 0.117 0.016 0.001 0.029 55 V 0.002 0.003 0.045 0.026 0.539 0.030 0.263 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.070 0.002 0.001 56 N 0.001 0.062 0.006 0.045 0.002 0.021 0.001 0.766 0.003 0.004 0.009 0.003 0.005 0.001 0.069 0.003 57 G 0.007 0.020 0.005 0.035 0.002 0.003 0.002 0.001 0.742 0.067 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.105 58 Q 0.799 0.020 0.081 0.062 0.001 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.009 0.005 0.001 0.003 0.002 59 N 0.005 0.026 0.307 0.036 0.010 0.553 0.004 0.003 0.003 0.006 0.010 0.015 0.015 0.001 0.001 0.006 60 V 0.003 0.015 0.004 0.016 0.545 0.034 0.078 0.001 0.001 0.001 0.212 0.009 0.004 0.079 0.001 0.001 61 E 0.001 0.056 0.007 0.013 0.001 0.003 0.001 0.592 0.002 0.001 0.005 0.085 0.002 0.001 0.231 0.001 62 G 0.001 0.004 0.009 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.364 0.070 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.526 63 L 0.856 0.010 0.089 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.006 0.001 0.001 0.003 64 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 65 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 66 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.989 0.006 0.001 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.991 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 69 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 71 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.010 0.001 0.015 72 I 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.024 0.014 0.007 73 K 0.001 0.003 0.018 0.002 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.843 0.027 0.023 0.066 74 A 0.013 0.007 0.032 0.008 0.004 0.005 0.091 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.367 0.204 0.038 0.221 75 R 0.027 0.016 0.144 0.005 0.005 0.027 0.065 0.032 0.001 0.002 0.036 0.005 0.307 0.022 0.259 0.046 76 E 0.047 0.134 0.079 0.019 0.002 0.066 0.024 0.023 0.039 0.016 0.094 0.027 0.113 0.027 0.044 0.247 77 D 0.325 0.328 0.075 0.074 0.001 0.011 0.006 0.003 0.026 0.002 0.013 0.041 0.024 0.001 0.018 0.052 78 E 0.069 0.042 0.734 0.097 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.042 79 A 0.020 0.006 0.642 0.328 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 R 0.001 0.002 0.113 0.883 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 L 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 V 0.001 0.001 0.001 0.778 0.125 0.094 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 V 0.001 0.132 0.002 0.822 0.008 0.012 0.001 0.022 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 G 0.001 0.030 0.002 0.447 0.043 0.401 0.001 0.004 0.022 0.041 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 86 P 0.019 0.347 0.050 0.331 0.014 0.059 0.002 0.039 0.003 0.003 0.125 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 87 S 0.006 0.102 0.036 0.287 0.035 0.276 0.005 0.015 0.033 0.021 0.037 0.137 0.004 0.002 0.001 0.003 88 T 0.025 0.163 0.109 0.357 0.020 0.052 0.006 0.038 0.011 0.005 0.137 0.041 0.022 0.002 0.007 0.005 89 R 0.014 0.051 0.063 0.209 0.098 0.194 0.035 0.013 0.032 0.023 0.046 0.147 0.043 0.013 0.003 0.015 90 L 0.035 0.098 0.110 0.186 0.046 0.052 0.034 0.099 0.008 0.006 0.139 0.056 0.075 0.012 0.033 0.010