# TARGET T0340 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1995 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.017 0.054 0.862 2 M 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.037 0.013 0.076 0.854 3 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.013 0.089 0.860 4 R 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.029 0.007 0.024 0.016 0.012 0.017 0.359 0.053 0.061 0.398 5 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.013 0.079 0.847 6 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.051 0.027 0.741 0.041 0.013 0.098 7 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.280 0.062 0.055 0.590 8 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.918 0.035 0.005 0.035 9 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.569 0.085 0.027 0.274 10 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.069 0.060 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.513 0.081 0.028 0.180 11 R 0.006 0.001 0.001 0.010 0.110 0.077 0.063 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.226 0.048 0.066 0.374 12 K 0.045 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.036 0.096 0.742 13 G 0.209 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.068 0.095 0.596 14 P 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.035 0.127 0.758 15 Q 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.044 0.141 0.729 16 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.059 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.069 0.129 0.535 17 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.020 0.024 0.008 0.044 0.004 0.007 0.001 0.328 0.122 0.080 0.352 18 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 0.029 0.245 0.217 0.023 0.016 0.298 0.097 0.008 0.042 19 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.089 0.031 0.009 0.625 0.080 0.022 0.119 20 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.040 0.011 0.781 0.085 0.008 0.034 21 L 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.026 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.473 0.089 0.059 0.309 22 H 0.026 0.002 0.001 0.003 0.013 0.027 0.096 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.386 0.137 0.056 0.195 23 S 0.023 0.003 0.001 0.003 0.002 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.057 0.102 0.746 24 D 0.113 0.002 0.001 0.001 0.012 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.091 0.078 0.662 25 K 0.023 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.025 0.091 0.816 26 S 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.022 0.081 0.828 27 R 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.008 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.036 0.045 0.151 0.684 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.003 0.004 0.001 0.004 0.001 0.002 0.098 0.037 0.127 0.705 29 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.002 0.040 0.021 0.017 0.010 0.013 0.002 0.213 0.057 0.088 0.496 30 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.014 0.005 0.064 0.011 0.083 0.035 0.031 0.508 0.055 0.033 0.150 31 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.090 0.012 0.156 0.023 0.419 0.115 0.027 0.154 32 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.007 0.011 0.604 0.054 0.044 0.256 33 R 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.686 0.048 0.046 0.199 34 S 0.002 0.003 0.002 0.001 0.010 0.009 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.194 0.125 0.154 0.489 35 V 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.336 0.041 0.105 0.512 36 D 0.722 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.066 0.032 0.130 37 P 0.009 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.009 0.113 0.828 38 G 0.006 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.009 0.084 0.859 39 S 0.092 0.646 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.186 0.014 0.047 40 P 0.077 0.618 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.186 0.021 0.089 41 A 0.044 0.068 0.175 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.479 0.022 0.200 42 A 0.703 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 0.058 0.037 0.188 43 R 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.027 0.110 0.837 44 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.012 0.141 0.825 45 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.012 0.183 0.760 46 L 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.017 0.189 0.690 47 R 0.612 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.127 0.033 0.132 48 A 0.132 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.113 0.103 0.114 0.519 49 Q 0.016 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 0.032 0.139 0.654 50 D 0.002 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.641 0.060 0.050 0.207 51 R 0.005 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.566 0.128 0.038 0.217 52 L 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.851 0.049 0.008 0.075 53 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.513 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.360 0.043 0.007 0.064 54 E 0.011 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.839 0.007 0.013 0.115 55 V 0.610 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.025 0.032 0.204 56 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.014 0.115 0.813 57 G 0.004 0.007 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.026 0.066 0.806 58 Q 0.005 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.782 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.008 0.013 0.146 59 N 0.316 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.033 0.046 0.486 60 V 0.283 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.146 0.001 0.006 0.001 0.012 0.033 0.060 0.448 61 E 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.045 0.006 0.014 0.063 0.026 0.095 0.716 62 G 0.008 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.013 0.080 0.826 63 L 0.007 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.081 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.018 0.089 0.569 64 R 0.020 0.838 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.010 0.100 65 H 0.011 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.002 0.020 66 A 0.005 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.002 0.027 67 E 0.003 0.482 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.474 0.007 0.030 68 V 0.007 0.888 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.007 0.024 69 V 0.019 0.910 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.004 0.039 70 A 0.024 0.823 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.012 0.094 71 S 0.137 0.486 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.109 0.047 0.206 72 I 0.235 0.048 0.062 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.338 0.053 0.256 73 K 0.129 0.002 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.058 0.102 0.690 74 A 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.058 0.904 75 R 0.067 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.038 0.126 0.747 76 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.016 0.197 0.768 77 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.355 0.047 0.101 0.497 78 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.435 0.107 0.080 0.360 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.884 0.033 0.014 0.066 80 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.002 0.857 0.083 0.005 0.041 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.033 0.004 0.019 82 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.875 0.090 0.004 0.027 83 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.021 0.014 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.647 0.072 0.039 0.182 84 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.619 0.063 0.058 0.248 85 G 0.053 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.062 0.115 0.682 86 P 0.081 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.045 0.089 0.739 87 S 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.025 0.078 0.827 88 T 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.017 0.080 0.864 89 R 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.015 0.089 0.848 90 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.030 0.016 0.100 0.835