# TARGET T0340 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1995 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.019 0.004 0.010 0.019 0.023 0.052 0.003 0.869 2 M 0.011 0.003 0.006 0.011 0.023 0.035 0.003 0.907 3 L 0.061 0.010 0.021 0.053 0.086 0.096 0.022 0.651 4 R 0.106 0.004 0.027 0.068 0.056 0.097 0.014 0.628 5 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 6 R 0.029 0.001 0.090 0.261 0.436 0.089 0.004 0.091 7 L 0.079 0.001 0.062 0.155 0.256 0.055 0.002 0.390 8 C 0.004 0.001 0.093 0.440 0.437 0.005 0.001 0.020 9 H 0.005 0.001 0.079 0.337 0.418 0.013 0.001 0.147 10 L 0.001 0.001 0.117 0.338 0.449 0.008 0.001 0.086 11 R 0.003 0.001 0.086 0.296 0.473 0.031 0.001 0.110 12 K 0.005 0.001 0.057 0.182 0.388 0.039 0.003 0.325 13 G 0.009 0.001 0.030 0.057 0.178 0.090 0.003 0.633 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.993 15 Q 0.016 0.001 0.009 0.024 0.030 0.128 0.010 0.782 16 G 0.230 0.002 0.022 0.023 0.024 0.087 0.029 0.583 17 Y 0.145 0.004 0.104 0.075 0.086 0.122 0.008 0.456 18 G 0.064 0.002 0.104 0.166 0.292 0.111 0.005 0.256 19 F 0.037 0.002 0.103 0.212 0.354 0.048 0.002 0.241 20 N 0.006 0.001 0.135 0.365 0.377 0.023 0.002 0.093 21 L 0.007 0.001 0.050 0.206 0.368 0.035 0.001 0.331 22 H 0.005 0.002 0.082 0.267 0.494 0.055 0.002 0.093 23 S 0.013 0.003 0.030 0.134 0.214 0.094 0.004 0.508 24 D 0.040 0.004 0.027 0.059 0.116 0.129 0.008 0.617 25 K 0.075 0.003 0.019 0.032 0.053 0.225 0.011 0.583 26 S 0.048 0.006 0.017 0.034 0.051 0.253 0.033 0.559 27 R 0.118 0.006 0.021 0.038 0.049 0.149 0.018 0.599 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.992 29 G 0.023 0.001 0.044 0.082 0.149 0.128 0.008 0.565 30 Q 0.113 0.002 0.161 0.181 0.207 0.055 0.005 0.278 31 Y 0.009 0.001 0.142 0.234 0.323 0.030 0.001 0.258 32 I 0.008 0.001 0.127 0.222 0.501 0.029 0.001 0.112 33 R 0.003 0.002 0.190 0.357 0.372 0.017 0.001 0.058 34 S 0.005 0.002 0.109 0.238 0.353 0.030 0.003 0.260 35 V 0.018 0.002 0.180 0.095 0.240 0.034 0.006 0.426 36 D 0.012 0.002 0.051 0.087 0.168 0.276 0.003 0.400 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 38 G 0.021 0.005 0.014 0.015 0.033 0.373 0.020 0.518 39 S 0.862 0.001 0.003 0.002 0.002 0.030 0.008 0.094 40 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 41 A 0.008 0.011 0.017 0.057 0.320 0.171 0.001 0.415 42 A 0.285 0.047 0.020 0.017 0.077 0.162 0.009 0.383 43 R 0.275 0.337 0.010 0.029 0.054 0.076 0.010 0.209 44 S 0.358 0.408 0.031 0.043 0.027 0.020 0.025 0.088 45 G 0.674 0.035 0.010 0.016 0.010 0.009 0.083 0.163 46 L 0.212 0.040 0.347 0.081 0.088 0.032 0.029 0.170 47 R 0.023 0.035 0.059 0.099 0.224 0.209 0.011 0.341 48 A 0.009 0.017 0.032 0.037 0.055 0.040 0.004 0.807 49 Q 0.017 0.035 0.125 0.101 0.114 0.198 0.025 0.385 50 D 0.415 0.008 0.075 0.035 0.030 0.178 0.037 0.222 51 R 0.054 0.015 0.538 0.171 0.111 0.060 0.006 0.045 52 L 0.020 0.007 0.074 0.245 0.563 0.044 0.002 0.046 53 I 0.005 0.003 0.266 0.334 0.363 0.008 0.002 0.018 54 E 0.003 0.005 0.151 0.366 0.395 0.014 0.002 0.064 55 V 0.003 0.006 0.217 0.255 0.384 0.019 0.003 0.113 56 N 0.003 0.005 0.086 0.129 0.249 0.082 0.005 0.441 57 G 0.024 0.007 0.088 0.110 0.185 0.085 0.025 0.476 58 Q 0.257 0.003 0.057 0.040 0.083 0.263 0.010 0.287 59 N 0.013 0.003 0.024 0.035 0.044 0.100 0.004 0.777 60 V 0.048 0.022 0.072 0.112 0.192 0.079 0.006 0.469 61 E 0.040 0.014 0.069 0.071 0.100 0.350 0.012 0.345 62 G 0.201 0.013 0.015 0.030 0.058 0.120 0.018 0.545 63 L 0.245 0.031 0.083 0.052 0.083 0.175 0.006 0.324 64 R 0.010 0.024 0.013 0.028 0.034 0.316 0.004 0.571 65 H 0.032 0.038 0.016 0.011 0.076 0.061 0.005 0.760 66 A 0.012 0.052 0.004 0.004 0.016 0.155 0.002 0.755 67 E 0.026 0.101 0.001 0.002 0.004 0.311 0.004 0.552 68 V 0.020 0.807 0.001 0.001 0.002 0.015 0.002 0.153 69 V 0.001 0.967 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.025 70 A 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 71 S 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 72 I 0.010 0.977 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.006 73 K 0.022 0.949 0.002 0.003 0.003 0.002 0.007 0.013 74 A 0.081 0.805 0.005 0.006 0.005 0.006 0.041 0.051 75 R 0.295 0.399 0.019 0.011 0.010 0.013 0.116 0.137 76 E 0.095 0.100 0.030 0.018 0.013 0.048 0.111 0.585 77 D 0.051 0.021 0.070 0.055 0.027 0.076 0.068 0.633 78 E 0.109 0.003 0.094 0.059 0.067 0.153 0.022 0.492 79 A 0.061 0.002 0.179 0.206 0.264 0.120 0.005 0.164 80 R 0.008 0.001 0.200 0.348 0.408 0.018 0.001 0.017 81 L 0.002 0.001 0.129 0.433 0.384 0.005 0.001 0.047 82 L 0.001 0.001 0.242 0.360 0.377 0.002 0.001 0.018 83 V 0.001 0.001 0.153 0.343 0.406 0.008 0.001 0.090 84 V 0.001 0.001 0.190 0.184 0.537 0.009 0.001 0.078 85 G 0.001 0.001 0.062 0.115 0.339 0.061 0.001 0.421 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 87 S 0.005 0.001 0.005 0.009 0.021 0.127 0.002 0.831 88 T 0.209 0.001 0.007 0.007 0.008 0.061 0.010 0.698 89 R 0.125 0.006 0.039 0.028 0.037 0.159 0.005 0.601 90 L 0.051 0.013 0.038 0.037 0.072 0.136 0.004 0.650