# TARGET T0340 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1995 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.156 0.264 0.249 0.099 0.108 0.028 0.035 0.019 0.029 0.013 0.001 2 M 0.185 0.246 0.350 0.068 0.050 0.035 0.024 0.005 0.027 0.010 0.002 3 L 0.194 0.162 0.365 0.150 0.029 0.047 0.016 0.006 0.021 0.003 0.006 4 R 0.019 0.388 0.333 0.004 0.055 0.029 0.032 0.001 0.136 0.002 0.001 5 P 0.029 0.021 0.870 0.005 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 6 R 0.019 0.650 0.200 0.013 0.054 0.028 0.004 0.001 0.032 0.001 0.001 7 L 0.006 0.452 0.471 0.002 0.006 0.047 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 8 C 0.002 0.818 0.084 0.003 0.045 0.016 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 9 H 0.002 0.739 0.174 0.002 0.012 0.037 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 10 L 0.013 0.518 0.365 0.005 0.019 0.058 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 11 R 0.027 0.494 0.321 0.012 0.026 0.077 0.004 0.001 0.037 0.001 0.001 12 K 0.043 0.340 0.396 0.067 0.051 0.046 0.013 0.002 0.039 0.002 0.001 13 G 0.007 0.023 0.260 0.001 0.211 0.002 0.003 0.011 0.007 0.474 0.001 14 P 0.640 0.004 0.111 0.120 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.111 15 Q 0.178 0.127 0.133 0.317 0.107 0.010 0.053 0.044 0.014 0.018 0.001 16 G 0.062 0.048 0.110 0.028 0.224 0.005 0.030 0.165 0.007 0.319 0.002 17 Y 0.067 0.321 0.203 0.243 0.095 0.025 0.020 0.004 0.015 0.002 0.004 18 G 0.012 0.218 0.130 0.025 0.430 0.014 0.049 0.053 0.015 0.054 0.001 19 F 0.004 0.792 0.093 0.003 0.091 0.006 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 20 N 0.005 0.734 0.150 0.003 0.035 0.036 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 21 L 0.019 0.629 0.258 0.008 0.024 0.043 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 22 H 0.033 0.660 0.108 0.038 0.083 0.034 0.004 0.001 0.039 0.001 0.001 23 S 0.067 0.273 0.189 0.081 0.270 0.018 0.030 0.009 0.027 0.035 0.001 24 D 0.100 0.128 0.268 0.116 0.155 0.059 0.067 0.044 0.036 0.023 0.004 25 K 0.308 0.223 0.210 0.179 0.027 0.018 0.013 0.005 0.012 0.004 0.001 26 S 0.261 0.078 0.192 0.252 0.054 0.036 0.056 0.026 0.024 0.020 0.002 27 R 0.033 0.263 0.358 0.003 0.046 0.016 0.044 0.001 0.234 0.002 0.002 28 P 0.153 0.003 0.583 0.040 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.198 29 G 0.052 0.083 0.228 0.033 0.208 0.012 0.057 0.243 0.008 0.077 0.001 30 Q 0.048 0.582 0.240 0.023 0.069 0.017 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 31 Y 0.009 0.560 0.343 0.006 0.010 0.053 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 32 I 0.008 0.456 0.391 0.003 0.008 0.115 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 33 R 0.687 0.051 0.011 0.238 0.008 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 34 S 0.003 0.601 0.027 0.005 0.346 0.003 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 35 V 0.011 0.699 0.223 0.006 0.021 0.016 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 36 D 0.002 0.419 0.354 0.001 0.027 0.018 0.001 0.001 0.177 0.001 0.001 37 P 0.043 0.001 0.937 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 38 G 0.015 0.001 0.007 0.055 0.002 0.001 0.005 0.905 0.001 0.008 0.001 39 S 0.001 0.019 0.958 0.001 0.009 0.004 0.002 0.001 0.006 0.002 0.001 40 P 0.502 0.008 0.403 0.030 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 41 A 0.681 0.087 0.158 0.035 0.012 0.012 0.002 0.002 0.008 0.003 0.001 42 A 0.745 0.073 0.083 0.043 0.019 0.023 0.004 0.001 0.007 0.002 0.001 43 R 0.589 0.101 0.098 0.147 0.018 0.026 0.007 0.001 0.011 0.001 0.001 44 S 0.172 0.077 0.182 0.486 0.038 0.008 0.016 0.009 0.009 0.003 0.001 45 G 0.034 0.006 0.028 0.030 0.035 0.005 0.351 0.343 0.005 0.161 0.001 46 L 0.050 0.249 0.578 0.020 0.054 0.032 0.002 0.001 0.010 0.003 0.001 47 R 0.033 0.334 0.494 0.013 0.044 0.032 0.004 0.001 0.041 0.002 0.001 48 A 0.332 0.015 0.614 0.019 0.001 0.009 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 49 Q 0.154 0.003 0.020 0.147 0.007 0.006 0.077 0.559 0.006 0.021 0.001 50 D 0.042 0.120 0.623 0.066 0.016 0.050 0.057 0.004 0.021 0.001 0.001 51 R 0.023 0.617 0.285 0.011 0.024 0.021 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 52 L 0.007 0.466 0.473 0.001 0.004 0.039 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 53 I 0.172 0.667 0.055 0.049 0.013 0.020 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 54 E 0.013 0.678 0.194 0.002 0.079 0.022 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 55 V 0.082 0.725 0.050 0.027 0.015 0.028 0.001 0.001 0.073 0.001 0.001 56 N 0.046 0.073 0.124 0.165 0.036 0.057 0.388 0.002 0.100 0.008 0.001 57 G 0.009 0.001 0.011 0.008 0.025 0.001 0.089 0.791 0.001 0.064 0.001 58 Q 0.141 0.452 0.308 0.034 0.032 0.014 0.002 0.001 0.013 0.003 0.001 59 N 0.081 0.114 0.651 0.009 0.006 0.106 0.009 0.001 0.018 0.004 0.002 60 V 0.413 0.173 0.083 0.265 0.017 0.028 0.006 0.002 0.012 0.001 0.001 61 E 0.173 0.109 0.519 0.142 0.016 0.015 0.012 0.001 0.011 0.001 0.001 62 G 0.010 0.001 0.003 0.125 0.006 0.002 0.185 0.651 0.004 0.012 0.001 63 L 0.001 0.176 0.793 0.001 0.004 0.018 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 64 R 0.001 0.052 0.915 0.001 0.002 0.027 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 65 H 0.993 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 S 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 I 0.954 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 K 0.891 0.004 0.019 0.079 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 A 0.492 0.014 0.047 0.390 0.005 0.010 0.014 0.018 0.008 0.002 0.001 75 R 0.167 0.080 0.481 0.099 0.016 0.060 0.041 0.005 0.045 0.006 0.001 76 E 0.366 0.032 0.108 0.284 0.039 0.019 0.064 0.040 0.013 0.034 0.001 77 D 0.097 0.120 0.278 0.195 0.112 0.030 0.132 0.017 0.013 0.004 0.002 78 E 0.026 0.583 0.255 0.050 0.046 0.023 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 79 A 0.001 0.785 0.154 0.001 0.030 0.012 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 80 R 0.002 0.836 0.102 0.003 0.012 0.026 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 81 L 0.001 0.803 0.165 0.001 0.014 0.009 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 82 L 0.001 0.854 0.086 0.001 0.007 0.018 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 83 V 0.001 0.367 0.572 0.001 0.002 0.050 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 84 V 0.037 0.670 0.146 0.040 0.033 0.039 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 85 G 0.007 0.236 0.470 0.001 0.159 0.015 0.011 0.001 0.054 0.045 0.001 86 P 0.264 0.013 0.540 0.070 0.001 0.031 0.001 0.001 0.003 0.001 0.076 87 S 0.171 0.176 0.294 0.125 0.110 0.040 0.034 0.019 0.022 0.008 0.001 88 T 0.191 0.281 0.290 0.104 0.070 0.024 0.008 0.006 0.019 0.006 0.001 89 R 0.135 0.291 0.332 0.097 0.037 0.055 0.010 0.003 0.036 0.003 0.001 90 L 0.178 0.236 0.373 0.066 0.035 0.046 0.017 0.007 0.031 0.010 0.001