# TARGET T0340 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1995 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.107 0.230 0.114 0.024 0.231 0.019 0.044 0.068 0.060 0.060 0.043 2 M 0.094 0.194 0.081 0.020 0.175 0.019 0.048 0.116 0.116 0.100 0.036 3 L 0.133 0.146 0.096 0.025 0.171 0.035 0.068 0.064 0.072 0.119 0.073 4 R 0.067 0.297 0.286 0.039 0.222 0.013 0.015 0.015 0.010 0.017 0.019 5 P 0.348 0.139 0.031 0.003 0.374 0.003 0.004 0.006 0.009 0.020 0.064 6 R 0.071 0.381 0.057 0.007 0.452 0.006 0.007 0.005 0.002 0.003 0.007 7 L 0.431 0.032 0.002 0.001 0.505 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 8 C 0.142 0.105 0.006 0.002 0.735 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 9 H 0.243 0.069 0.004 0.001 0.656 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 10 L 0.386 0.087 0.011 0.002 0.422 0.002 0.002 0.002 0.001 0.008 0.078 11 R 0.139 0.252 0.108 0.016 0.404 0.008 0.010 0.007 0.004 0.021 0.031 12 K 0.110 0.088 0.048 0.157 0.106 0.123 0.143 0.061 0.032 0.068 0.064 13 G 0.022 0.093 0.359 0.372 0.047 0.037 0.012 0.012 0.012 0.018 0.016 14 P 0.085 0.112 0.059 0.068 0.103 0.084 0.089 0.155 0.133 0.078 0.034 15 Q 0.033 0.131 0.159 0.107 0.072 0.061 0.102 0.062 0.073 0.167 0.033 16 G 0.051 0.058 0.099 0.293 0.041 0.116 0.043 0.036 0.036 0.175 0.052 17 Y 0.107 0.151 0.099 0.085 0.143 0.058 0.039 0.028 0.041 0.164 0.085 18 G 0.154 0.099 0.126 0.151 0.172 0.056 0.016 0.010 0.014 0.100 0.102 19 F 0.272 0.151 0.021 0.001 0.514 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.030 20 N 0.164 0.189 0.026 0.001 0.597 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.014 21 L 0.566 0.030 0.006 0.001 0.262 0.001 0.002 0.003 0.002 0.012 0.114 22 H 0.102 0.087 0.073 0.162 0.159 0.175 0.085 0.028 0.025 0.052 0.054 23 S 0.089 0.138 0.133 0.185 0.156 0.041 0.030 0.029 0.033 0.102 0.064 24 D 0.048 0.102 0.140 0.200 0.078 0.043 0.020 0.048 0.096 0.177 0.048 25 K 0.056 0.159 0.082 0.072 0.130 0.078 0.113 0.120 0.109 0.055 0.026 26 S 0.082 0.076 0.057 0.046 0.104 0.041 0.096 0.072 0.085 0.260 0.081 27 R 0.062 0.225 0.348 0.063 0.130 0.027 0.045 0.047 0.018 0.018 0.016 28 P 0.031 0.231 0.193 0.077 0.073 0.053 0.088 0.088 0.061 0.076 0.029 29 G 0.054 0.111 0.165 0.290 0.078 0.067 0.015 0.022 0.034 0.096 0.068 30 Q 0.148 0.245 0.040 0.001 0.539 0.001 0.001 0.004 0.004 0.005 0.014 31 Y 0.067 0.463 0.037 0.001 0.423 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 32 I 0.627 0.018 0.004 0.001 0.255 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.088 33 R 0.006 0.018 0.006 0.065 0.025 0.396 0.337 0.084 0.050 0.010 0.004 34 S 0.307 0.106 0.027 0.001 0.422 0.001 0.001 0.004 0.007 0.044 0.082 35 V 0.271 0.183 0.026 0.021 0.346 0.008 0.007 0.011 0.015 0.030 0.082 36 D 0.028 0.196 0.468 0.117 0.146 0.012 0.005 0.006 0.007 0.006 0.009 37 P 0.012 0.035 0.015 0.041 0.018 0.165 0.390 0.219 0.081 0.016 0.008 38 G 0.024 0.019 0.024 0.059 0.022 0.020 0.018 0.026 0.037 0.659 0.094 39 S 0.044 0.462 0.255 0.020 0.161 0.005 0.005 0.025 0.005 0.009 0.009 40 P 0.029 0.219 0.097 0.008 0.115 0.005 0.009 0.375 0.106 0.022 0.015 41 A 0.021 0.031 0.009 0.004 0.042 0.007 0.025 0.646 0.180 0.028 0.008 42 A 0.006 0.018 0.022 0.004 0.006 0.006 0.027 0.660 0.202 0.039 0.010 43 R 0.007 0.009 0.007 0.003 0.011 0.010 0.079 0.657 0.167 0.044 0.005 44 S 0.002 0.571 0.374 0.011 0.033 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 45 G 0.040 0.012 0.013 0.021 0.008 0.013 0.010 0.027 0.031 0.519 0.306 46 L 0.156 0.378 0.053 0.004 0.252 0.003 0.006 0.015 0.017 0.045 0.070 47 R 0.008 0.299 0.480 0.055 0.079 0.007 0.002 0.020 0.028 0.020 0.002 48 A 0.033 0.026 0.028 0.017 0.026 0.072 0.254 0.367 0.153 0.011 0.014 49 Q 0.047 0.029 0.032 0.052 0.031 0.023 0.042 0.037 0.068 0.452 0.187 50 D 0.205 0.309 0.043 0.001 0.371 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 0.036 51 R 0.033 0.563 0.065 0.001 0.330 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 52 L 0.763 0.005 0.001 0.001 0.151 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 53 I 0.051 0.159 0.012 0.073 0.306 0.320 0.040 0.011 0.008 0.006 0.014 54 E 0.390 0.074 0.012 0.001 0.488 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.027 55 V 0.169 0.007 0.004 0.296 0.033 0.340 0.026 0.015 0.009 0.022 0.079 56 N 0.001 0.014 0.034 0.837 0.005 0.063 0.031 0.010 0.004 0.001 0.001 57 G 0.015 0.007 0.033 0.108 0.007 0.016 0.006 0.015 0.040 0.651 0.104 58 Q 0.005 0.611 0.248 0.013 0.101 0.002 0.004 0.009 0.005 0.002 0.001 59 N 0.390 0.100 0.013 0.001 0.371 0.001 0.003 0.006 0.002 0.006 0.106 60 V 0.215 0.052 0.027 0.036 0.152 0.044 0.032 0.041 0.132 0.114 0.156 61 E 0.001 0.004 0.004 0.049 0.002 0.174 0.421 0.248 0.079 0.016 0.002 62 G 0.050 0.023 0.031 0.011 0.024 0.003 0.003 0.013 0.027 0.666 0.149 63 L 0.048 0.514 0.094 0.003 0.317 0.001 0.001 0.005 0.003 0.007 0.006 64 R 0.009 0.703 0.221 0.001 0.051 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 0.002 65 H 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.813 0.177 0.003 0.001 66 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.035 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.027 0.004 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.023 0.001 0.001 69 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.040 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.975 0.022 0.001 0.001 71 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.946 0.044 0.006 0.001 72 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.824 0.146 0.020 0.001 73 K 0.002 0.013 0.002 0.001 0.005 0.004 0.049 0.763 0.140 0.019 0.001 74 A 0.014 0.013 0.008 0.003 0.013 0.010 0.093 0.377 0.175 0.272 0.021 75 R 0.117 0.242 0.136 0.028 0.212 0.019 0.052 0.075 0.036 0.037 0.047 76 E 0.022 0.051 0.032 0.094 0.028 0.074 0.112 0.212 0.180 0.158 0.036 77 D 0.023 0.103 0.095 0.050 0.057 0.026 0.031 0.138 0.170 0.275 0.032 78 E 0.224 0.113 0.015 0.003 0.432 0.003 0.009 0.025 0.038 0.077 0.059 79 A 0.177 0.172 0.013 0.001 0.619 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 80 R 0.173 0.071 0.005 0.001 0.734 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 81 L 0.343 0.057 0.005 0.001 0.574 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 82 L 0.146 0.132 0.008 0.001 0.695 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 83 V 0.411 0.057 0.022 0.004 0.401 0.003 0.004 0.002 0.001 0.009 0.087 84 V 0.085 0.196 0.176 0.103 0.151 0.028 0.064 0.036 0.020 0.076 0.065 85 G 0.012 0.158 0.440 0.270 0.042 0.040 0.011 0.006 0.004 0.010 0.006 86 P 0.029 0.204 0.178 0.110 0.089 0.064 0.080 0.110 0.082 0.038 0.017 87 S 0.120 0.199 0.104 0.018 0.274 0.018 0.044 0.051 0.048 0.059 0.065 88 T 0.100 0.172 0.055 0.015 0.206 0.013 0.031 0.104 0.124 0.130 0.050 89 R 0.113 0.168 0.069 0.014 0.216 0.018 0.042 0.132 0.092 0.097 0.040 90 L 0.101 0.202 0.074 0.020 0.192 0.025 0.043 0.158 0.083 0.061 0.040