# TARGET T0340 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1995 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.845 0.117 0.027 0.008 0.002 0.001 0.001 2 M 0.704 0.181 0.074 0.031 0.008 0.002 0.001 3 L 0.587 0.238 0.109 0.049 0.015 0.003 0.001 4 R 0.599 0.281 0.086 0.028 0.006 0.001 0.001 5 P 0.236 0.376 0.251 0.103 0.028 0.005 0.001 6 R 0.088 0.235 0.291 0.233 0.119 0.032 0.001 7 L 0.019 0.157 0.368 0.309 0.121 0.024 0.001 8 C 0.007 0.020 0.043 0.125 0.349 0.412 0.044 9 H 0.009 0.108 0.341 0.374 0.138 0.029 0.002 10 L 0.010 0.031 0.058 0.191 0.397 0.292 0.021 11 R 0.042 0.286 0.392 0.237 0.039 0.004 0.001 12 K 0.124 0.289 0.259 0.234 0.081 0.012 0.001 13 G 0.365 0.391 0.176 0.057 0.010 0.001 0.001 14 P 0.539 0.302 0.109 0.042 0.007 0.001 0.001 15 Q 0.289 0.455 0.196 0.050 0.009 0.001 0.001 16 G 0.057 0.306 0.341 0.218 0.069 0.009 0.001 17 Y 0.004 0.029 0.100 0.231 0.380 0.241 0.014 18 G 0.002 0.040 0.186 0.297 0.287 0.169 0.019 19 F 0.001 0.005 0.012 0.043 0.206 0.530 0.203 20 N 0.002 0.040 0.207 0.403 0.257 0.083 0.008 21 L 0.001 0.007 0.020 0.104 0.352 0.446 0.069 22 H 0.012 0.128 0.321 0.339 0.150 0.048 0.003 23 S 0.050 0.199 0.281 0.294 0.138 0.035 0.002 24 D 0.265 0.388 0.223 0.095 0.024 0.004 0.001 25 K 0.401 0.297 0.177 0.097 0.025 0.004 0.001 26 S 0.579 0.277 0.095 0.037 0.010 0.002 0.001 27 R 0.466 0.310 0.139 0.064 0.018 0.003 0.001 28 P 0.169 0.320 0.285 0.163 0.052 0.010 0.001 29 G 0.028 0.136 0.246 0.288 0.215 0.083 0.005 30 Q 0.005 0.022 0.061 0.170 0.321 0.357 0.063 31 Y 0.002 0.015 0.079 0.239 0.348 0.283 0.035 32 I 0.001 0.005 0.012 0.041 0.171 0.545 0.226 33 R 0.021 0.116 0.189 0.259 0.221 0.158 0.035 34 S 0.011 0.105 0.245 0.301 0.216 0.107 0.015 35 V 0.006 0.015 0.043 0.186 0.415 0.301 0.034 36 D 0.099 0.269 0.298 0.220 0.087 0.025 0.002 37 P 0.305 0.344 0.200 0.100 0.037 0.012 0.002 38 G 0.349 0.307 0.184 0.104 0.042 0.013 0.001 39 S 0.183 0.192 0.210 0.209 0.139 0.061 0.005 40 P 0.244 0.246 0.189 0.154 0.104 0.054 0.008 41 A 0.170 0.122 0.145 0.217 0.213 0.120 0.014 42 A 0.328 0.295 0.207 0.117 0.040 0.012 0.002 43 R 0.252 0.282 0.201 0.145 0.079 0.035 0.005 44 S 0.223 0.201 0.191 0.187 0.122 0.062 0.013 45 G 0.253 0.329 0.215 0.129 0.053 0.019 0.003 46 L 0.051 0.060 0.105 0.232 0.319 0.207 0.027 47 R 0.214 0.323 0.219 0.139 0.069 0.030 0.006 48 A 0.108 0.205 0.238 0.230 0.138 0.067 0.015 49 Q 0.071 0.165 0.230 0.268 0.173 0.079 0.014 50 D 0.006 0.024 0.056 0.151 0.308 0.369 0.086 51 R 0.004 0.019 0.073 0.184 0.267 0.344 0.109 52 L 0.005 0.012 0.023 0.050 0.147 0.479 0.285 53 I 0.010 0.039 0.072 0.137 0.229 0.354 0.159 54 E 0.010 0.070 0.176 0.276 0.268 0.164 0.035 55 V 0.008 0.019 0.040 0.147 0.368 0.348 0.069 56 N 0.053 0.214 0.272 0.265 0.141 0.052 0.004 57 G 0.279 0.316 0.202 0.135 0.054 0.013 0.001 58 Q 0.199 0.363 0.285 0.125 0.025 0.003 0.001 59 N 0.181 0.388 0.277 0.123 0.027 0.004 0.001 60 V 0.070 0.092 0.143 0.272 0.307 0.112 0.005 61 E 0.268 0.348 0.227 0.114 0.035 0.007 0.001 62 G 0.332 0.351 0.191 0.093 0.027 0.006 0.001 63 L 0.083 0.167 0.241 0.288 0.174 0.045 0.002 64 R 0.124 0.483 0.273 0.096 0.020 0.003 0.001 65 H 0.012 0.057 0.209 0.398 0.264 0.059 0.002 66 A 0.212 0.449 0.236 0.078 0.021 0.004 0.001 67 E 0.035 0.288 0.409 0.216 0.046 0.005 0.001 68 V 0.001 0.004 0.014 0.108 0.458 0.401 0.014 69 V 0.003 0.062 0.251 0.406 0.237 0.041 0.001 70 A 0.128 0.580 0.229 0.052 0.009 0.002 0.001 71 S 0.003 0.046 0.287 0.465 0.176 0.022 0.001 72 I 0.002 0.008 0.034 0.198 0.487 0.263 0.008 73 K 0.057 0.441 0.355 0.126 0.020 0.002 0.001 74 A 0.520 0.378 0.078 0.021 0.003 0.001 0.001 75 R 0.198 0.392 0.277 0.116 0.015 0.001 0.001 76 E 0.667 0.262 0.059 0.012 0.001 0.001 0.001 77 D 0.241 0.475 0.212 0.063 0.008 0.001 0.001 78 E 0.067 0.434 0.370 0.111 0.017 0.001 0.001 79 A 0.002 0.024 0.100 0.291 0.452 0.129 0.001 80 R 0.002 0.058 0.354 0.432 0.140 0.015 0.001 81 L 0.003 0.011 0.019 0.077 0.314 0.542 0.034 82 L 0.007 0.096 0.330 0.414 0.131 0.022 0.001 83 V 0.009 0.027 0.072 0.253 0.442 0.193 0.004 84 V 0.042 0.211 0.398 0.254 0.079 0.016 0.001 85 G 0.150 0.275 0.278 0.215 0.070 0.011 0.001 86 P 0.434 0.345 0.161 0.048 0.011 0.002 0.001 87 S 0.834 0.121 0.031 0.011 0.002 0.001 0.001 88 T 0.806 0.135 0.042 0.014 0.003 0.001 0.001 89 R 0.799 0.150 0.038 0.011 0.002 0.001 0.001 90 L 0.838 0.122 0.030 0.008 0.002 0.001 0.001