# TARGET T0340 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1647.22 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.062 0.117 0.228 0.164 0.082 0.024 0.113 0.017 0.005 0.002 0.005 0.007 0.004 0.005 0.002 0.008 0.010 0.055 0.035 0.008 0.012 0.037 2 M 0.029 0.158 0.319 0.187 0.010 0.030 0.087 0.012 0.008 0.002 0.003 0.013 0.008 0.004 0.003 0.022 0.021 0.017 0.031 0.005 0.012 0.018 3 L 0.036 0.212 0.176 0.113 0.015 0.014 0.232 0.004 0.005 0.003 0.003 0.007 0.004 0.006 0.005 0.011 0.010 0.019 0.018 0.006 0.014 0.087 4 R 0.006 0.303 0.055 0.295 0.008 0.009 0.014 0.002 0.013 0.007 0.005 0.012 0.010 0.006 0.002 0.061 0.042 0.011 0.088 0.011 0.034 0.006 5 P 0.012 0.069 0.036 0.407 0.010 0.009 0.016 0.003 0.016 0.009 0.007 0.006 0.026 0.012 0.062 0.025 0.054 0.002 0.015 0.003 0.010 0.191 6 R 0.002 0.037 0.006 0.010 0.001 0.001 0.007 0.001 0.029 0.052 0.030 0.050 0.020 0.017 0.009 0.097 0.345 0.004 0.016 0.086 0.174 0.008 7 L 0.004 0.020 0.004 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.058 0.023 0.034 0.018 0.071 0.039 0.093 0.173 0.127 0.001 0.022 0.020 0.033 0.245 8 C 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.083 0.084 0.047 0.021 0.042 0.015 0.111 0.105 0.018 0.006 0.182 0.233 0.021 9 H 0.001 0.011 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.091 0.064 0.093 0.049 0.083 0.063 0.040 0.106 0.094 0.014 0.005 0.073 0.103 0.099 10 L 0.001 0.024 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.104 0.039 0.020 0.034 0.032 0.058 0.100 0.022 0.112 0.001 0.174 0.136 0.086 11 R 0.002 0.050 0.014 0.018 0.004 0.002 0.003 0.001 0.045 0.036 0.048 0.033 0.048 0.026 0.018 0.103 0.049 0.230 0.001 0.122 0.104 0.041 12 K 0.006 0.141 0.053 0.163 0.008 0.006 0.012 0.001 0.020 0.041 0.054 0.018 0.016 0.019 0.015 0.061 0.026 0.077 0.002 0.100 0.083 0.079 13 G 0.018 0.155 0.045 0.197 0.185 0.008 0.010 0.002 0.009 0.011 0.009 0.020 0.009 0.008 0.003 0.027 0.018 0.195 0.004 0.014 0.042 0.012 14 P 0.007 0.042 0.553 0.133 0.016 0.070 0.038 0.004 0.006 0.003 0.010 0.006 0.005 0.003 0.002 0.009 0.008 0.019 0.003 0.008 0.011 0.043 15 Q 0.036 0.142 0.152 0.111 0.014 0.008 0.317 0.009 0.012 0.005 0.005 0.010 0.005 0.007 0.002 0.045 0.038 0.023 0.006 0.011 0.029 0.014 16 G 0.197 0.111 0.041 0.115 0.053 0.022 0.129 0.005 0.013 0.004 0.007 0.005 0.009 0.006 0.016 0.047 0.062 0.004 0.059 0.006 0.025 0.064 17 Y 0.004 0.226 0.039 0.101 0.002 0.003 0.010 0.001 0.015 0.033 0.020 0.010 0.013 0.014 0.013 0.114 0.178 0.009 0.084 0.016 0.071 0.024 18 G 0.020 0.028 0.010 0.022 0.014 0.002 0.017 0.001 0.027 0.019 0.023 0.042 0.047 0.020 0.023 0.133 0.211 0.004 0.105 0.043 0.065 0.125 19 F 0.001 0.043 0.004 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.051 0.052 0.012 0.014 0.023 0.062 0.122 0.175 0.035 0.063 0.044 0.129 0.137 20 N 0.002 0.011 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.025 0.037 0.036 0.093 0.063 0.024 0.017 0.121 0.112 0.061 0.017 0.178 0.123 0.068 21 L 0.002 0.018 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.021 0.035 0.021 0.015 0.015 0.091 0.086 0.030 0.084 0.004 0.192 0.096 0.268 22 H 0.003 0.031 0.014 0.012 0.003 0.002 0.002 0.001 0.018 0.029 0.044 0.069 0.043 0.018 0.008 0.073 0.038 0.331 0.003 0.151 0.079 0.025 23 S 0.036 0.073 0.066 0.092 0.034 0.012 0.032 0.003 0.012 0.012 0.035 0.023 0.015 0.018 0.023 0.064 0.027 0.072 0.007 0.139 0.082 0.123 24 D 0.064 0.103 0.097 0.044 0.101 0.030 0.054 0.008 0.009 0.007 0.012 0.023 0.011 0.012 0.004 0.035 0.027 0.178 0.019 0.059 0.061 0.040 25 K 0.017 0.075 0.408 0.109 0.010 0.040 0.036 0.012 0.004 0.002 0.007 0.006 0.004 0.003 0.001 0.018 0.019 0.078 0.033 0.035 0.025 0.056 26 S 0.106 0.121 0.141 0.068 0.025 0.011 0.245 0.009 0.002 0.001 0.002 0.006 0.002 0.003 0.001 0.022 0.018 0.039 0.016 0.027 0.032 0.102 27 R 0.025 0.327 0.110 0.138 0.021 0.027 0.050 0.003 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.019 0.010 0.024 0.162 0.014 0.037 0.020 28 P 0.005 0.086 0.096 0.628 0.012 0.006 0.021 0.002 0.005 0.003 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.016 0.025 0.007 0.042 0.008 0.013 0.013 29 G 0.101 0.064 0.023 0.102 0.045 0.006 0.153 0.004 0.025 0.004 0.005 0.013 0.019 0.010 0.018 0.071 0.106 0.002 0.057 0.026 0.037 0.109 30 Q 0.002 0.154 0.007 0.048 0.001 0.002 0.005 0.001 0.019 0.036 0.021 0.008 0.024 0.019 0.070 0.110 0.152 0.007 0.149 0.024 0.084 0.057 31 Y 0.001 0.017 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.037 0.035 0.079 0.051 0.043 0.008 0.123 0.123 0.002 0.028 0.208 0.146 0.063 32 I 0.001 0.025 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.104 0.104 0.021 0.036 0.038 0.107 0.124 0.107 0.006 0.015 0.050 0.148 0.072 33 R 0.001 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.078 0.047 0.084 0.107 0.062 0.026 0.129 0.040 0.025 0.004 0.124 0.142 0.034 34 S 0.002 0.014 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.043 0.053 0.106 0.037 0.041 0.042 0.048 0.075 0.015 0.049 0.001 0.315 0.110 0.037 35 V 0.002 0.081 0.021 0.021 0.001 0.003 0.002 0.001 0.069 0.104 0.069 0.053 0.074 0.092 0.034 0.110 0.041 0.005 0.003 0.077 0.084 0.054 36 D 0.002 0.311 0.024 0.247 0.021 0.004 0.002 0.002 0.021 0.038 0.040 0.028 0.032 0.022 0.014 0.037 0.008 0.055 0.003 0.027 0.053 0.009 37 P 0.011 0.053 0.302 0.397 0.025 0.051 0.017 0.006 0.010 0.011 0.020 0.008 0.017 0.014 0.014 0.012 0.004 0.005 0.001 0.004 0.008 0.011 38 G 0.047 0.123 0.145 0.048 0.016 0.008 0.493 0.005 0.004 0.010 0.006 0.017 0.003 0.012 0.003 0.012 0.001 0.001 0.004 0.008 0.032 0.004 39 S 0.006 0.543 0.018 0.305 0.022 0.043 0.005 0.008 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.008 0.002 0.003 0.015 0.003 0.006 0.002 40 P 0.004 0.035 0.395 0.136 0.015 0.359 0.003 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 41 A 0.002 0.020 0.071 0.013 0.001 0.023 0.261 0.588 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.003 42 A 0.003 0.028 0.060 0.017 0.001 0.019 0.158 0.682 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.002 0.002 0.002 0.003 0.005 43 R 0.006 0.044 0.294 0.021 0.002 0.012 0.305 0.267 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.004 0.002 0.008 0.006 0.006 44 S 0.018 0.035 0.122 0.037 0.002 0.006 0.717 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.005 0.005 0.004 0.008 0.004 45 G 0.525 0.044 0.031 0.020 0.112 0.009 0.169 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.003 0.005 0.033 0.004 0.010 0.006 46 L 0.003 0.271 0.048 0.258 0.002 0.008 0.008 0.003 0.003 0.004 0.002 0.002 0.002 0.005 0.005 0.009 0.006 0.009 0.311 0.006 0.013 0.023 47 R 0.004 0.354 0.061 0.383 0.014 0.013 0.007 0.005 0.009 0.005 0.004 0.020 0.019 0.007 0.002 0.015 0.009 0.023 0.008 0.005 0.014 0.022 48 A 0.008 0.119 0.193 0.467 0.007 0.053 0.018 0.005 0.009 0.005 0.007 0.008 0.009 0.007 0.018 0.012 0.005 0.009 0.012 0.002 0.008 0.018 49 Q 0.026 0.081 0.094 0.072 0.026 0.025 0.265 0.028 0.029 0.012 0.015 0.088 0.053 0.025 0.005 0.038 0.030 0.008 0.011 0.015 0.037 0.016 50 D 0.006 0.171 0.047 0.124 0.002 0.019 0.046 0.019 0.052 0.026 0.032 0.023 0.051 0.028 0.035 0.095 0.104 0.003 0.020 0.032 0.038 0.027 51 R 0.007 0.034 0.027 0.024 0.003 0.006 0.017 0.014 0.046 0.043 0.036 0.033 0.075 0.050 0.027 0.098 0.352 0.002 0.006 0.013 0.047 0.040 52 L 0.003 0.028 0.010 0.005 0.001 0.003 0.009 0.010 0.045 0.036 0.053 0.036 0.049 0.032 0.036 0.165 0.172 0.038 0.029 0.043 0.115 0.084 53 I 0.002 0.011 0.006 0.003 0.001 0.003 0.003 0.007 0.023 0.048 0.057 0.037 0.050 0.051 0.018 0.103 0.061 0.202 0.014 0.048 0.093 0.161 54 E 0.001 0.012 0.005 0.002 0.001 0.002 0.003 0.008 0.029 0.032 0.036 0.070 0.027 0.041 0.010 0.097 0.062 0.088 0.009 0.167 0.146 0.152 55 V 0.002 0.076 0.021 0.018 0.001 0.003 0.002 0.006 0.023 0.056 0.036 0.013 0.029 0.014 0.059 0.038 0.030 0.473 0.002 0.017 0.041 0.040 56 N 0.044 0.035 0.159 0.117 0.016 0.013 0.072 0.007 0.023 0.039 0.057 0.043 0.053 0.020 0.018 0.054 0.027 0.076 0.002 0.055 0.049 0.019 57 G 0.557 0.009 0.004 0.003 0.174 0.004 0.194 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.004 0.002 0.004 0.002 0.012 0.004 0.004 0.008 0.004 58 Q 0.006 0.098 0.041 0.060 0.004 0.013 0.010 0.004 0.002 0.005 0.006 0.005 0.004 0.005 0.002 0.009 0.007 0.011 0.675 0.006 0.011 0.015 59 N 0.010 0.371 0.061 0.243 0.008 0.010 0.010 0.018 0.003 0.003 0.005 0.011 0.012 0.005 0.004 0.010 0.010 0.026 0.018 0.005 0.012 0.146 60 V 0.018 0.086 0.565 0.058 0.006 0.067 0.018 0.019 0.003 0.001 0.006 0.005 0.003 0.004 0.006 0.008 0.011 0.007 0.074 0.003 0.007 0.028 61 E 0.032 0.076 0.177 0.107 0.008 0.008 0.424 0.039 0.002 0.001 0.003 0.009 0.003 0.003 0.002 0.007 0.002 0.003 0.081 0.003 0.006 0.004 62 G 0.311 0.059 0.028 0.040 0.077 0.039 0.340 0.017 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.005 0.005 0.003 0.001 0.002 0.039 0.011 0.005 0.008 63 L 0.013 0.257 0.178 0.218 0.006 0.079 0.033 0.032 0.002 0.001 0.002 0.005 0.002 0.007 0.001 0.009 0.002 0.001 0.118 0.015 0.012 0.006 64 R 0.005 0.359 0.034 0.484 0.010 0.024 0.012 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.005 0.007 0.005 65 H 0.003 0.010 0.068 0.022 0.004 0.838 0.003 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 66 A 0.001 0.002 0.018 0.004 0.001 0.157 0.014 0.804 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 V 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.002 0.014 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 S 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 0.004 0.016 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 I 0.002 0.005 0.149 0.006 0.001 0.005 0.036 0.792 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 K 0.021 0.019 0.273 0.010 0.001 0.013 0.221 0.408 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.004 0.001 0.003 0.004 74 A 0.013 0.035 0.459 0.020 0.003 0.011 0.340 0.073 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.008 0.006 0.003 0.003 0.016 75 R 0.021 0.291 0.293 0.240 0.005 0.014 0.043 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.047 0.006 0.001 0.004 0.003 76 E 0.106 0.054 0.432 0.187 0.031 0.054 0.080 0.007 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.005 0.004 0.004 0.007 0.001 0.003 0.009 77 D 0.064 0.120 0.108 0.103 0.022 0.013 0.350 0.011 0.010 0.006 0.008 0.010 0.009 0.011 0.005 0.026 0.034 0.015 0.045 0.003 0.016 0.011 78 E 0.013 0.133 0.034 0.098 0.003 0.008 0.034 0.006 0.043 0.014 0.018 0.038 0.097 0.026 0.027 0.096 0.135 0.002 0.075 0.006 0.019 0.074 79 A 0.002 0.114 0.008 0.022 0.001 0.001 0.003 0.001 0.030 0.144 0.070 0.024 0.040 0.038 0.068 0.079 0.206 0.008 0.014 0.008 0.074 0.047 80 R 0.001 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.045 0.046 0.084 0.152 0.055 0.022 0.221 0.099 0.001 0.043 0.021 0.062 0.041 81 L 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.136 0.150 0.021 0.046 0.065 0.142 0.074 0.137 0.012 0.009 0.023 0.064 0.068 82 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.065 0.044 0.133 0.077 0.049 0.007 0.108 0.069 0.007 0.002 0.225 0.114 0.020 83 V 0.001 0.032 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.149 0.064 0.007 0.038 0.030 0.203 0.063 0.016 0.159 0.001 0.037 0.055 0.098 84 V 0.001 0.017 0.008 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.043 0.075 0.051 0.096 0.065 0.046 0.005 0.088 0.044 0.023 0.001 0.231 0.171 0.018 85 G 0.004 0.208 0.015 0.286 0.021 0.003 0.006 0.001 0.016 0.048 0.056 0.012 0.017 0.014 0.044 0.026 0.016 0.087 0.001 0.038 0.048 0.033 86 P 0.013 0.090 0.222 0.313 0.026 0.032 0.014 0.003 0.024 0.030 0.017 0.024 0.025 0.016 0.008 0.035 0.023 0.013 0.002 0.021 0.032 0.014 87 S 0.052 0.205 0.086 0.153 0.046 0.012 0.286 0.009 0.006 0.006 0.016 0.008 0.006 0.009 0.012 0.014 0.010 0.010 0.004 0.007 0.021 0.021 88 T 0.017 0.343 0.103 0.274 0.012 0.035 0.038 0.007 0.008 0.006 0.007 0.007 0.006 0.009 0.005 0.026 0.013 0.006 0.028 0.010 0.025 0.014 89 R 0.015 0.297 0.091 0.384 0.023 0.017 0.037 0.013 0.004 0.004 0.004 0.005 0.005 0.005 0.006 0.014 0.008 0.007 0.016 0.004 0.015 0.025 90 L 0.008 0.295 0.121 0.294 0.009 0.044 0.039 0.016 0.007 0.004 0.006 0.008 0.006 0.008 0.008 0.019 0.011 0.007 0.028 0.013 0.029 0.021