# TARGET T0340 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0340/T0340.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1647.22 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.118 0.048 0.152 0.193 0.039 0.179 0.039 0.021 0.016 0.026 0.038 0.034 0.056 0.009 0.008 0.024 2 M 0.059 0.127 0.131 0.226 0.017 0.117 0.014 0.060 0.015 0.007 0.125 0.031 0.037 0.004 0.013 0.016 3 L 0.027 0.235 0.131 0.444 0.002 0.020 0.005 0.010 0.036 0.006 0.009 0.036 0.011 0.001 0.005 0.023 4 R 0.053 0.038 0.240 0.613 0.002 0.021 0.003 0.001 0.007 0.002 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.010 5 P 0.030 0.019 0.332 0.575 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 6 R 0.004 0.082 0.072 0.838 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.001 0.001 0.014 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 C 0.001 0.002 0.069 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 H 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 L 0.001 0.003 0.002 0.930 0.026 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 R 0.001 0.024 0.001 0.508 0.357 0.098 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 K 0.001 0.212 0.003 0.555 0.023 0.033 0.001 0.150 0.005 0.002 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 13 G 0.003 0.039 0.016 0.133 0.086 0.340 0.005 0.025 0.096 0.204 0.028 0.017 0.004 0.001 0.001 0.003 14 P 0.049 0.130 0.027 0.073 0.151 0.057 0.030 0.047 0.009 0.006 0.370 0.026 0.007 0.011 0.003 0.003 15 Q 0.013 0.130 0.063 0.143 0.016 0.041 0.004 0.251 0.036 0.013 0.034 0.162 0.009 0.003 0.076 0.007 16 G 0.050 0.051 0.129 0.128 0.052 0.031 0.052 0.010 0.202 0.063 0.016 0.017 0.017 0.026 0.007 0.148 17 Y 0.347 0.060 0.159 0.267 0.001 0.017 0.007 0.063 0.009 0.005 0.012 0.013 0.010 0.001 0.022 0.008 18 G 0.020 0.029 0.347 0.505 0.001 0.009 0.001 0.002 0.043 0.007 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.025 19 F 0.088 0.005 0.079 0.821 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 N 0.002 0.002 0.119 0.842 0.008 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.001 0.011 0.008 0.638 0.176 0.151 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 H 0.001 0.175 0.006 0.602 0.099 0.042 0.002 0.046 0.004 0.002 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 23 S 0.005 0.145 0.027 0.429 0.027 0.162 0.006 0.062 0.045 0.041 0.014 0.014 0.007 0.001 0.007 0.006 24 D 0.035 0.090 0.061 0.082 0.031 0.354 0.014 0.034 0.036 0.051 0.152 0.030 0.015 0.002 0.004 0.009 25 K 0.045 0.155 0.053 0.067 0.017 0.098 0.009 0.043 0.017 0.006 0.353 0.107 0.013 0.004 0.007 0.007 26 S 0.026 0.258 0.190 0.160 0.013 0.024 0.007 0.016 0.033 0.007 0.027 0.173 0.018 0.003 0.021 0.024 27 R 0.039 0.020 0.122 0.060 0.162 0.097 0.312 0.004 0.010 0.010 0.013 0.018 0.031 0.064 0.005 0.030 28 P 0.032 0.194 0.167 0.111 0.001 0.025 0.010 0.291 0.006 0.003 0.035 0.011 0.018 0.001 0.085 0.008 29 G 0.023 0.052 0.081 0.305 0.001 0.008 0.001 0.002 0.385 0.026 0.004 0.013 0.005 0.001 0.001 0.092 30 Q 0.245 0.012 0.238 0.498 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 31 Y 0.002 0.001 0.297 0.656 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 I 0.001 0.012 0.008 0.344 0.026 0.596 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 R 0.001 0.608 0.002 0.346 0.001 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 0.014 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 34 S 0.002 0.009 0.040 0.869 0.010 0.015 0.001 0.004 0.022 0.002 0.009 0.006 0.004 0.001 0.001 0.005 35 V 0.017 0.009 0.679 0.263 0.011 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 36 D 0.001 0.001 0.002 0.024 0.902 0.029 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 37 P 0.001 0.009 0.001 0.016 0.005 0.017 0.001 0.914 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 38 G 0.001 0.035 0.001 0.019 0.001 0.003 0.001 0.004 0.504 0.399 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.016 39 S 0.683 0.003 0.004 0.010 0.001 0.144 0.002 0.003 0.003 0.006 0.013 0.095 0.030 0.001 0.001 0.001 40 P 0.002 0.009 0.057 0.006 0.001 0.095 0.001 0.005 0.001 0.001 0.654 0.054 0.112 0.001 0.001 0.001 41 A 0.001 0.013 0.003 0.025 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.029 0.758 0.153 0.002 0.002 0.001 42 A 0.001 0.001 0.006 0.010 0.002 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.011 0.023 0.912 0.007 0.006 0.008 43 R 0.001 0.001 0.009 0.001 0.005 0.001 0.074 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.075 0.811 0.005 0.011 44 S 0.001 0.002 0.017 0.002 0.001 0.001 0.015 0.019 0.001 0.001 0.001 0.003 0.048 0.003 0.880 0.005 45 G 0.002 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.015 0.003 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.938 46 L 0.896 0.008 0.050 0.017 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.007 47 R 0.002 0.001 0.031 0.002 0.539 0.123 0.206 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.086 0.001 0.001 48 A 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.869 0.001 0.001 0.072 0.001 0.001 0.001 0.046 0.001 49 Q 0.001 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.866 0.050 0.003 0.029 0.001 0.001 0.001 0.031 50 D 0.945 0.003 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 0.001 0.003 0.002 51 R 0.014 0.035 0.838 0.009 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.021 0.001 0.001 0.026 52 L 0.024 0.015 0.143 0.281 0.005 0.138 0.003 0.004 0.001 0.001 0.298 0.011 0.070 0.004 0.001 0.003 53 I 0.001 0.177 0.262 0.405 0.006 0.006 0.004 0.004 0.001 0.001 0.005 0.039 0.082 0.001 0.002 0.004 54 E 0.005 0.007 0.042 0.669 0.051 0.025 0.015 0.002 0.005 0.003 0.002 0.004 0.127 0.014 0.001 0.027 55 V 0.003 0.003 0.044 0.028 0.538 0.031 0.257 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.076 0.002 0.001 56 N 0.001 0.065 0.007 0.051 0.002 0.022 0.001 0.749 0.003 0.003 0.010 0.003 0.005 0.001 0.075 0.003 57 G 0.007 0.021 0.005 0.039 0.002 0.003 0.002 0.001 0.717 0.075 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.114 58 Q 0.789 0.023 0.080 0.068 0.001 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.009 0.005 0.001 0.003 0.002 59 N 0.004 0.025 0.258 0.033 0.010 0.603 0.004 0.003 0.003 0.007 0.010 0.017 0.016 0.001 0.001 0.005 60 V 0.003 0.015 0.004 0.016 0.497 0.032 0.078 0.001 0.001 0.001 0.256 0.009 0.005 0.083 0.001 0.001 61 E 0.001 0.056 0.007 0.013 0.001 0.003 0.001 0.551 0.002 0.001 0.005 0.102 0.003 0.001 0.253 0.001 62 G 0.001 0.004 0.009 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.330 0.063 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.567 63 L 0.856 0.010 0.088 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.007 0.001 0.001 0.003 64 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 65 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 66 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.988 0.007 0.001 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.990 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 69 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 71 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.008 0.001 0.012 72 I 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.018 0.012 0.005 73 K 0.001 0.003 0.014 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.865 0.023 0.018 0.058 74 A 0.013 0.008 0.032 0.009 0.004 0.004 0.081 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.386 0.195 0.038 0.221 75 R 0.024 0.015 0.147 0.005 0.006 0.028 0.079 0.027 0.001 0.002 0.031 0.005 0.329 0.026 0.229 0.046 76 E 0.043 0.128 0.079 0.019 0.002 0.071 0.025 0.030 0.031 0.014 0.105 0.025 0.129 0.028 0.052 0.219 77 D 0.278 0.356 0.068 0.078 0.001 0.011 0.006 0.003 0.033 0.002 0.013 0.046 0.026 0.001 0.019 0.060 78 E 0.084 0.045 0.707 0.101 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.047 79 A 0.018 0.005 0.682 0.290 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 R 0.001 0.003 0.122 0.874 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 L 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 V 0.001 0.001 0.001 0.771 0.144 0.082 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 V 0.001 0.118 0.002 0.844 0.004 0.008 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 G 0.001 0.013 0.001 0.239 0.037 0.639 0.001 0.002 0.017 0.046 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 86 P 0.016 0.360 0.024 0.185 0.014 0.042 0.001 0.040 0.002 0.001 0.306 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 87 S 0.004 0.136 0.032 0.262 0.027 0.157 0.005 0.017 0.046 0.015 0.023 0.269 0.003 0.002 0.001 0.003 88 T 0.027 0.116 0.183 0.365 0.024 0.047 0.010 0.033 0.014 0.007 0.089 0.031 0.032 0.002 0.011 0.009 89 R 0.020 0.050 0.064 0.175 0.103 0.247 0.040 0.015 0.027 0.026 0.047 0.107 0.044 0.013 0.003 0.018 90 L 0.037 0.093 0.084 0.166 0.045 0.053 0.027 0.112 0.010 0.007 0.198 0.056 0.061 0.013 0.030 0.009