# TARGET T0340 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1647.22 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.016 0.053 0.862 2 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.036 0.012 0.074 0.859 3 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.013 0.091 0.859 4 R 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.028 0.007 0.026 0.017 0.013 0.020 0.348 0.056 0.060 0.394 5 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.014 0.076 0.848 6 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.027 0.047 0.027 0.755 0.040 0.011 0.088 7 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.214 0.051 0.062 0.661 8 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.928 0.032 0.004 0.029 9 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.482 0.096 0.036 0.347 10 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.061 0.058 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.528 0.081 0.028 0.177 11 R 0.006 0.001 0.001 0.009 0.111 0.088 0.068 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.213 0.046 0.066 0.373 12 K 0.045 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.038 0.095 0.738 13 G 0.226 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.066 0.092 0.583 14 P 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.036 0.126 0.756 15 Q 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.044 0.141 0.731 16 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.056 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.067 0.133 0.548 17 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.026 0.029 0.008 0.041 0.003 0.006 0.001 0.321 0.122 0.081 0.350 18 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 0.034 0.247 0.208 0.019 0.014 0.303 0.091 0.009 0.046 19 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.109 0.038 0.009 0.591 0.075 0.023 0.127 20 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.011 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.053 0.015 0.761 0.082 0.009 0.037 21 L 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.018 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.469 0.083 0.062 0.332 22 H 0.033 0.002 0.001 0.003 0.012 0.025 0.075 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.377 0.142 0.061 0.214 23 S 0.020 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.057 0.106 0.739 24 D 0.105 0.002 0.001 0.001 0.008 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.086 0.082 0.672 25 K 0.019 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.026 0.096 0.804 26 S 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.021 0.080 0.834 27 R 0.088 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.008 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.034 0.050 0.144 0.653 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.002 0.003 0.001 0.004 0.001 0.002 0.079 0.033 0.133 0.727 29 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.002 0.026 0.013 0.013 0.007 0.011 0.001 0.216 0.055 0.095 0.533 30 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.017 0.006 0.073 0.009 0.078 0.027 0.029 0.480 0.059 0.037 0.164 31 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.067 0.009 0.104 0.018 0.450 0.128 0.033 0.184 32 I 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.009 0.011 0.595 0.054 0.045 0.259 33 R 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.005 0.669 0.048 0.048 0.209 34 S 0.001 0.003 0.002 0.001 0.010 0.008 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.200 0.116 0.151 0.495 35 V 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.336 0.040 0.105 0.511 36 D 0.727 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.065 0.032 0.127 37 P 0.008 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.009 0.112 0.831 38 G 0.006 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.009 0.085 0.853 39 S 0.097 0.647 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.178 0.015 0.048 40 P 0.079 0.619 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.175 0.022 0.096 41 A 0.044 0.071 0.182 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.466 0.023 0.203 42 A 0.703 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 0.054 0.037 0.190 43 R 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.025 0.107 0.840 44 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.012 0.139 0.826 45 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.012 0.182 0.760 46 L 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.019 0.187 0.689 47 R 0.606 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.123 0.034 0.141 48 A 0.141 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.111 0.099 0.113 0.517 49 Q 0.016 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.144 0.032 0.141 0.656 50 D 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.637 0.059 0.051 0.211 51 R 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.563 0.128 0.039 0.222 52 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.859 0.047 0.007 0.071 53 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.475 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.390 0.046 0.008 0.068 54 E 0.010 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.851 0.007 0.012 0.105 55 V 0.583 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.027 0.034 0.212 56 N 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.015 0.117 0.807 57 G 0.005 0.007 0.001 0.001 0.003 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.028 0.068 0.789 58 Q 0.006 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.757 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.010 0.015 0.164 59 N 0.339 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.035 0.044 0.464 60 V 0.282 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.132 0.001 0.006 0.001 0.012 0.034 0.062 0.460 61 E 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.041 0.006 0.013 0.061 0.027 0.095 0.722 62 G 0.008 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.013 0.080 0.817 63 L 0.008 0.067 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.101 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.019 0.085 0.538 64 R 0.020 0.833 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.011 0.103 65 H 0.011 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.002 0.021 66 A 0.005 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.003 0.027 67 E 0.003 0.493 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.464 0.007 0.030 68 V 0.006 0.901 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.006 0.023 69 V 0.017 0.915 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.004 0.037 70 A 0.021 0.832 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.011 0.088 71 S 0.133 0.516 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.105 0.042 0.190 72 I 0.232 0.060 0.062 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.348 0.047 0.244 73 K 0.138 0.002 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.056 0.097 0.687 74 A 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.054 0.916 75 R 0.087 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.038 0.122 0.733 76 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.017 0.200 0.765 77 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.317 0.046 0.103 0.534 78 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.440 0.104 0.079 0.357 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.876 0.034 0.016 0.073 80 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.002 0.864 0.080 0.005 0.037 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.031 0.004 0.021 82 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.863 0.097 0.005 0.029 83 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.048 0.033 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.549 0.085 0.044 0.197 84 V 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.603 0.064 0.056 0.267 85 G 0.096 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.092 0.103 0.641 86 P 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.032 0.096 0.766 87 S 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.019 0.077 0.859 88 T 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.024 0.097 0.835 89 R 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.017 0.088 0.837 90 L 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.026 0.016 0.096 0.829