# TARGET T0340 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1647.22 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.090 0.002 0.001 0.004 0.010 0.015 0.077 0.002 0.001 0.036 0.763 2 M 0.018 0.001 0.001 0.011 0.013 0.026 0.103 0.001 0.001 0.023 0.804 3 L 0.010 0.001 0.001 0.011 0.030 0.033 0.119 0.001 0.001 0.031 0.763 4 R 0.008 0.001 0.001 0.028 0.115 0.080 0.172 0.004 0.001 0.038 0.554 5 P 0.003 0.001 0.001 0.070 0.043 0.067 0.138 0.001 0.001 0.027 0.650 6 R 0.001 0.001 0.001 0.287 0.184 0.337 0.031 0.001 0.001 0.052 0.106 7 L 0.001 0.001 0.001 0.337 0.136 0.251 0.028 0.001 0.001 0.061 0.186 8 C 0.001 0.001 0.001 0.451 0.269 0.176 0.011 0.001 0.001 0.022 0.071 9 H 0.003 0.001 0.001 0.437 0.144 0.269 0.021 0.001 0.001 0.046 0.078 10 L 0.011 0.001 0.001 0.261 0.143 0.185 0.049 0.001 0.001 0.057 0.293 11 R 0.006 0.001 0.001 0.151 0.130 0.221 0.104 0.001 0.001 0.042 0.344 12 K 0.008 0.001 0.002 0.033 0.025 0.061 0.126 0.001 0.002 0.025 0.716 13 G 0.450 0.003 0.002 0.016 0.024 0.024 0.073 0.010 0.003 0.092 0.301 14 P 0.068 0.001 0.003 0.009 0.003 0.008 0.097 0.001 0.001 0.114 0.694 15 Q 0.006 0.001 0.001 0.013 0.016 0.055 0.134 0.001 0.001 0.052 0.722 16 G 0.009 0.001 0.001 0.025 0.092 0.144 0.118 0.001 0.001 0.089 0.522 17 Y 0.002 0.001 0.001 0.043 0.180 0.228 0.080 0.001 0.001 0.090 0.376 18 G 0.001 0.001 0.001 0.072 0.204 0.410 0.041 0.001 0.001 0.092 0.179 19 F 0.001 0.001 0.001 0.128 0.295 0.289 0.034 0.001 0.001 0.070 0.181 20 N 0.003 0.001 0.001 0.274 0.198 0.313 0.036 0.001 0.001 0.070 0.104 21 L 0.018 0.001 0.001 0.168 0.167 0.316 0.048 0.001 0.001 0.095 0.187 22 H 0.043 0.002 0.001 0.140 0.077 0.161 0.110 0.001 0.001 0.073 0.392 23 S 0.011 0.001 0.001 0.044 0.028 0.088 0.141 0.004 0.001 0.047 0.635 24 D 0.260 0.002 0.002 0.022 0.023 0.029 0.107 0.002 0.002 0.070 0.482 25 K 0.018 0.001 0.001 0.013 0.017 0.027 0.133 0.002 0.001 0.040 0.749 26 S 0.044 0.001 0.001 0.006 0.010 0.015 0.127 0.002 0.001 0.026 0.770 27 R 0.044 0.001 0.001 0.007 0.020 0.021 0.172 0.003 0.001 0.041 0.690 28 P 0.002 0.001 0.001 0.014 0.039 0.083 0.200 0.002 0.001 0.032 0.627 29 G 0.001 0.001 0.001 0.080 0.111 0.407 0.073 0.001 0.001 0.074 0.253 30 Q 0.001 0.001 0.001 0.237 0.200 0.305 0.028 0.001 0.001 0.058 0.171 31 Y 0.001 0.001 0.001 0.229 0.288 0.346 0.013 0.001 0.001 0.045 0.079 32 I 0.002 0.001 0.001 0.205 0.276 0.278 0.021 0.001 0.001 0.046 0.171 33 R 0.004 0.001 0.001 0.249 0.221 0.219 0.042 0.001 0.001 0.074 0.190 34 S 0.006 0.001 0.001 0.165 0.128 0.212 0.107 0.001 0.001 0.071 0.309 35 V 0.013 0.001 0.001 0.141 0.045 0.095 0.136 0.002 0.001 0.030 0.536 36 D 0.400 0.008 0.001 0.045 0.032 0.024 0.097 0.003 0.001 0.068 0.320 37 P 0.010 0.009 0.001 0.016 0.004 0.007 0.150 0.002 0.001 0.023 0.779 38 G 0.011 0.153 0.001 0.006 0.006 0.006 0.091 0.007 0.001 0.008 0.711 39 S 0.105 0.755 0.001 0.001 0.004 0.005 0.013 0.035 0.001 0.007 0.075 40 P 0.024 0.750 0.005 0.002 0.001 0.002 0.019 0.004 0.002 0.086 0.104 41 A 0.070 0.072 0.393 0.001 0.003 0.005 0.017 0.007 0.130 0.212 0.090 42 A 0.840 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.016 0.001 0.032 0.083 43 R 0.188 0.018 0.001 0.004 0.002 0.007 0.052 0.008 0.001 0.034 0.685 44 S 0.012 0.010 0.001 0.007 0.001 0.002 0.058 0.001 0.001 0.004 0.904 45 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 0.048 0.130 0.004 0.001 0.017 0.765 46 L 0.017 0.002 0.001 0.004 0.010 0.006 0.079 0.002 0.001 0.016 0.862 47 R 0.507 0.028 0.002 0.040 0.012 0.021 0.059 0.009 0.001 0.075 0.245 48 A 0.100 0.008 0.003 0.027 0.003 0.011 0.101 0.001 0.001 0.061 0.684 49 Q 0.010 0.011 0.001 0.151 0.029 0.094 0.143 0.004 0.001 0.036 0.519 50 D 0.007 0.006 0.001 0.127 0.151 0.206 0.095 0.002 0.001 0.079 0.327 51 R 0.001 0.002 0.001 0.207 0.176 0.384 0.037 0.001 0.001 0.059 0.133 52 L 0.001 0.001 0.001 0.148 0.209 0.407 0.025 0.001 0.001 0.053 0.155 53 I 0.001 0.001 0.001 0.117 0.400 0.349 0.018 0.001 0.001 0.035 0.078 54 E 0.012 0.001 0.002 0.144 0.205 0.390 0.029 0.001 0.001 0.099 0.116 55 V 0.263 0.001 0.001 0.068 0.096 0.095 0.062 0.006 0.001 0.118 0.289 56 N 0.035 0.002 0.001 0.055 0.029 0.049 0.113 0.003 0.001 0.043 0.670 57 G 0.010 0.001 0.001 0.028 0.019 0.045 0.137 0.002 0.001 0.024 0.733 58 Q 0.014 0.001 0.001 0.089 0.114 0.091 0.163 0.004 0.001 0.042 0.481 59 N 0.091 0.011 0.002 0.126 0.045 0.059 0.113 0.005 0.001 0.093 0.454 60 V 0.167 0.020 0.002 0.065 0.025 0.034 0.130 0.005 0.001 0.079 0.473 61 E 0.021 0.014 0.001 0.050 0.021 0.049 0.190 0.005 0.001 0.030 0.619 62 G 0.046 0.065 0.001 0.033 0.016 0.034 0.157 0.002 0.001 0.057 0.589 63 L 0.026 0.099 0.002 0.046 0.034 0.045 0.157 0.004 0.001 0.088 0.497 64 R 0.023 0.583 0.001 0.008 0.007 0.010 0.054 0.004 0.001 0.116 0.194 65 H 0.009 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.015 66 A 0.016 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.047 0.027 67 E 0.003 0.585 0.001 0.002 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.375 0.022 68 V 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 69 V 0.007 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.008 0.008 70 A 0.015 0.789 0.009 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.004 0.121 0.047 71 S 0.096 0.495 0.028 0.002 0.001 0.002 0.031 0.011 0.016 0.190 0.127 72 I 0.127 0.051 0.240 0.003 0.001 0.001 0.039 0.037 0.191 0.163 0.147 73 K 0.297 0.009 0.007 0.003 0.001 0.002 0.078 0.004 0.012 0.027 0.560 74 A 0.027 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.067 0.001 0.001 0.012 0.887 75 R 0.016 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.197 0.004 0.001 0.031 0.741 76 E 0.017 0.001 0.002 0.018 0.003 0.009 0.167 0.001 0.001 0.050 0.733 77 D 0.003 0.001 0.001 0.121 0.062 0.143 0.115 0.001 0.001 0.057 0.499 78 E 0.001 0.001 0.001 0.154 0.046 0.212 0.073 0.001 0.001 0.088 0.426 79 A 0.001 0.001 0.001 0.390 0.211 0.194 0.022 0.001 0.001 0.055 0.128 80 R 0.001 0.001 0.001 0.393 0.202 0.310 0.007 0.001 0.001 0.052 0.036 81 L 0.001 0.001 0.001 0.358 0.233 0.279 0.008 0.001 0.001 0.033 0.089 82 L 0.001 0.001 0.001 0.347 0.253 0.319 0.009 0.001 0.001 0.028 0.045 83 V 0.002 0.001 0.001 0.136 0.253 0.394 0.030 0.001 0.001 0.051 0.134 84 V 0.008 0.001 0.001 0.133 0.136 0.187 0.071 0.001 0.001 0.040 0.422 85 G 0.105 0.001 0.002 0.048 0.033 0.039 0.133 0.006 0.002 0.075 0.555 86 P 0.060 0.001 0.001 0.014 0.008 0.009 0.099 0.003 0.001 0.047 0.757 87 S 0.059 0.001 0.001 0.007 0.006 0.009 0.091 0.003 0.001 0.027 0.797 88 T 0.036 0.001 0.001 0.006 0.014 0.017 0.093 0.003 0.001 0.030 0.799 89 R 0.029 0.003 0.001 0.007 0.014 0.021 0.130 0.003 0.001 0.023 0.771 90 L 0.030 0.003 0.001 0.009 0.034 0.045 0.141 0.009 0.001 0.026 0.702