# TARGET T0340 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1647.22 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.040 0.010 0.002 0.014 0.031 0.033 0.034 0.003 0.001 0.001 0.832 2 M 0.070 0.005 0.002 0.015 0.017 0.029 0.040 0.003 0.001 0.003 0.816 3 L 0.134 0.004 0.009 0.030 0.036 0.054 0.092 0.003 0.001 0.011 0.627 4 R 0.087 0.002 0.005 0.057 0.081 0.066 0.183 0.001 0.001 0.005 0.514 5 P 0.003 0.001 0.002 0.010 0.005 0.012 0.012 0.001 0.001 0.001 0.955 6 R 0.006 0.001 0.001 0.257 0.248 0.313 0.082 0.001 0.001 0.002 0.090 7 L 0.024 0.001 0.001 0.109 0.057 0.102 0.058 0.001 0.001 0.006 0.643 8 C 0.002 0.001 0.001 0.299 0.283 0.310 0.016 0.001 0.001 0.001 0.087 9 H 0.001 0.001 0.001 0.346 0.168 0.265 0.032 0.001 0.001 0.001 0.186 10 L 0.002 0.001 0.001 0.217 0.171 0.268 0.025 0.001 0.001 0.002 0.313 11 R 0.002 0.001 0.001 0.126 0.230 0.380 0.027 0.001 0.001 0.002 0.231 12 K 0.004 0.001 0.001 0.053 0.098 0.235 0.049 0.001 0.001 0.003 0.557 13 G 0.014 0.001 0.001 0.052 0.149 0.199 0.087 0.001 0.001 0.005 0.491 14 P 0.004 0.001 0.001 0.007 0.016 0.023 0.027 0.001 0.001 0.002 0.920 15 Q 0.021 0.001 0.001 0.011 0.029 0.043 0.156 0.001 0.001 0.008 0.730 16 G 0.394 0.002 0.002 0.008 0.014 0.019 0.071 0.001 0.001 0.030 0.460 17 Y 0.194 0.004 0.011 0.039 0.077 0.059 0.119 0.001 0.001 0.012 0.483 18 G 0.017 0.001 0.007 0.066 0.113 0.162 0.138 0.001 0.001 0.004 0.491 19 F 0.007 0.001 0.003 0.180 0.236 0.343 0.030 0.001 0.001 0.002 0.199 20 N 0.001 0.001 0.001 0.195 0.241 0.391 0.050 0.001 0.001 0.001 0.120 21 L 0.004 0.001 0.001 0.146 0.226 0.343 0.029 0.001 0.001 0.002 0.249 22 H 0.003 0.001 0.001 0.264 0.202 0.348 0.052 0.001 0.001 0.002 0.126 23 S 0.008 0.001 0.001 0.121 0.119 0.203 0.116 0.001 0.001 0.006 0.424 24 D 0.028 0.002 0.001 0.091 0.088 0.109 0.181 0.001 0.001 0.015 0.485 25 K 0.046 0.002 0.002 0.026 0.033 0.048 0.204 0.001 0.001 0.018 0.621 26 S 0.081 0.004 0.002 0.019 0.027 0.035 0.292 0.002 0.001 0.023 0.515 27 R 0.186 0.005 0.005 0.015 0.026 0.029 0.172 0.001 0.001 0.021 0.540 28 P 0.022 0.001 0.003 0.005 0.010 0.011 0.059 0.001 0.001 0.004 0.886 29 G 0.032 0.001 0.003 0.024 0.040 0.076 0.141 0.001 0.001 0.010 0.673 30 Q 0.100 0.001 0.005 0.071 0.111 0.174 0.112 0.001 0.001 0.013 0.413 31 Y 0.013 0.001 0.002 0.192 0.278 0.293 0.057 0.001 0.001 0.002 0.162 32 I 0.002 0.001 0.001 0.280 0.194 0.324 0.035 0.001 0.001 0.001 0.162 33 R 0.002 0.001 0.001 0.477 0.177 0.259 0.022 0.001 0.001 0.001 0.060 34 S 0.005 0.002 0.001 0.246 0.145 0.235 0.050 0.001 0.001 0.002 0.313 35 V 0.009 0.002 0.001 0.408 0.126 0.198 0.070 0.001 0.001 0.004 0.180 36 D 0.014 0.002 0.001 0.131 0.078 0.122 0.281 0.001 0.001 0.006 0.365 37 P 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.975 38 G 0.013 0.001 0.001 0.022 0.015 0.046 0.300 0.001 0.001 0.014 0.589 39 S 0.530 0.005 0.002 0.005 0.002 0.006 0.093 0.001 0.001 0.027 0.330 40 P 0.007 0.014 0.001 0.002 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.963 41 A 0.076 0.082 0.001 0.025 0.029 0.085 0.355 0.001 0.001 0.012 0.335 42 A 0.066 0.467 0.001 0.035 0.038 0.090 0.069 0.003 0.001 0.003 0.228 43 R 0.122 0.714 0.001 0.004 0.012 0.019 0.016 0.006 0.001 0.002 0.105 44 S 0.275 0.534 0.006 0.001 0.012 0.023 0.041 0.012 0.001 0.004 0.091 45 G 0.429 0.104 0.012 0.008 0.012 0.009 0.033 0.149 0.001 0.011 0.233 46 L 0.053 0.011 0.856 0.003 0.002 0.002 0.013 0.002 0.001 0.003 0.054 47 R 0.014 0.010 0.017 0.082 0.095 0.069 0.211 0.009 0.001 0.003 0.491 48 A 0.009 0.002 0.002 0.016 0.007 0.008 0.018 0.001 0.001 0.001 0.937 49 Q 0.027 0.014 0.001 0.181 0.062 0.155 0.199 0.002 0.001 0.013 0.346 50 D 0.184 0.010 0.004 0.076 0.064 0.077 0.150 0.002 0.001 0.050 0.381 51 R 0.072 0.013 0.005 0.445 0.113 0.123 0.082 0.001 0.001 0.011 0.135 52 L 0.026 0.009 0.007 0.307 0.177 0.260 0.059 0.001 0.001 0.006 0.148 53 I 0.002 0.002 0.001 0.534 0.225 0.216 0.009 0.001 0.001 0.001 0.010 54 E 0.001 0.006 0.001 0.338 0.175 0.271 0.028 0.001 0.001 0.001 0.180 55 V 0.004 0.004 0.001 0.316 0.252 0.389 0.012 0.001 0.001 0.001 0.021 56 N 0.004 0.006 0.001 0.083 0.108 0.289 0.167 0.001 0.001 0.004 0.338 57 G 0.032 0.001 0.002 0.069 0.067 0.098 0.103 0.003 0.001 0.028 0.595 58 Q 0.113 0.002 0.097 0.076 0.050 0.069 0.246 0.001 0.001 0.046 0.298 59 N 0.013 0.002 0.002 0.064 0.066 0.048 0.264 0.001 0.001 0.005 0.536 60 V 0.013 0.002 0.003 0.058 0.043 0.063 0.063 0.001 0.001 0.005 0.750 61 E 0.017 0.011 0.001 0.087 0.087 0.152 0.329 0.001 0.001 0.008 0.308 62 G 0.132 0.010 0.001 0.016 0.007 0.016 0.197 0.002 0.001 0.021 0.598 63 L 0.466 0.047 0.026 0.098 0.020 0.038 0.081 0.002 0.001 0.017 0.204 64 R 0.040 0.021 0.006 0.047 0.026 0.031 0.259 0.001 0.001 0.003 0.565 65 H 0.015 0.018 0.003 0.034 0.006 0.022 0.064 0.001 0.001 0.002 0.835 66 A 0.005 0.039 0.001 0.015 0.005 0.008 0.051 0.001 0.001 0.001 0.877 67 E 0.018 0.089 0.001 0.002 0.002 0.004 0.428 0.001 0.001 0.004 0.452 68 V 0.042 0.686 0.001 0.004 0.003 0.009 0.067 0.002 0.001 0.001 0.185 69 V 0.008 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.027 70 A 0.007 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 71 S 0.010 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 72 I 0.022 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 73 K 0.038 0.938 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.012 74 A 0.072 0.795 0.008 0.001 0.001 0.002 0.002 0.051 0.001 0.001 0.068 75 R 0.273 0.468 0.007 0.002 0.003 0.001 0.002 0.074 0.001 0.001 0.169 76 E 0.146 0.143 0.048 0.008 0.007 0.007 0.030 0.043 0.001 0.005 0.563 77 D 0.074 0.019 0.088 0.020 0.013 0.012 0.091 0.011 0.001 0.004 0.667 78 E 0.183 0.008 0.032 0.072 0.016 0.029 0.111 0.003 0.001 0.011 0.535 79 A 0.075 0.004 0.024 0.290 0.161 0.148 0.103 0.001 0.001 0.008 0.187 80 R 0.005 0.001 0.004 0.417 0.180 0.243 0.046 0.001 0.001 0.001 0.103 81 L 0.001 0.001 0.001 0.440 0.245 0.266 0.008 0.001 0.001 0.001 0.039 82 L 0.001 0.001 0.001 0.385 0.218 0.342 0.010 0.001 0.001 0.001 0.044 83 V 0.001 0.001 0.001 0.230 0.228 0.410 0.013 0.001 0.001 0.001 0.117 84 V 0.001 0.001 0.001 0.286 0.201 0.380 0.020 0.001 0.001 0.002 0.108 85 G 0.003 0.001 0.001 0.072 0.144 0.288 0.048 0.001 0.001 0.002 0.442 86 P 0.001 0.001 0.001 0.025 0.030 0.053 0.015 0.001 0.001 0.001 0.875 87 S 0.009 0.001 0.001 0.022 0.047 0.117 0.112 0.001 0.001 0.005 0.687 88 T 0.057 0.001 0.001 0.010 0.014 0.022 0.040 0.001 0.001 0.006 0.850 89 R 0.061 0.004 0.001 0.016 0.031 0.036 0.106 0.001 0.001 0.005 0.740 90 L 0.117 0.006 0.003 0.017 0.024 0.039 0.104 0.001 0.001 0.008 0.682