# TARGET T0340 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1647.22 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.016 0.004 0.009 0.018 0.021 0.045 0.003 0.884 2 M 0.010 0.003 0.006 0.012 0.025 0.036 0.003 0.906 3 L 0.065 0.010 0.022 0.053 0.086 0.089 0.022 0.653 4 R 0.103 0.004 0.028 0.070 0.056 0.093 0.013 0.633 5 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 6 R 0.027 0.001 0.092 0.256 0.440 0.088 0.004 0.092 7 L 0.084 0.001 0.063 0.149 0.252 0.056 0.002 0.393 8 C 0.004 0.001 0.097 0.450 0.425 0.005 0.001 0.018 9 H 0.005 0.001 0.079 0.318 0.398 0.014 0.001 0.186 10 L 0.001 0.001 0.129 0.342 0.447 0.007 0.001 0.073 11 R 0.003 0.001 0.086 0.295 0.470 0.032 0.001 0.113 12 K 0.005 0.001 0.063 0.192 0.415 0.036 0.003 0.285 13 G 0.008 0.001 0.032 0.060 0.187 0.094 0.003 0.615 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.993 15 Q 0.014 0.001 0.009 0.023 0.030 0.132 0.010 0.782 16 G 0.245 0.002 0.022 0.024 0.025 0.090 0.032 0.562 17 Y 0.151 0.004 0.105 0.071 0.081 0.126 0.008 0.454 18 G 0.062 0.002 0.106 0.164 0.287 0.113 0.005 0.261 19 F 0.038 0.003 0.106 0.206 0.346 0.049 0.002 0.249 20 N 0.006 0.001 0.143 0.357 0.373 0.023 0.002 0.094 21 L 0.008 0.001 0.053 0.204 0.368 0.035 0.001 0.330 22 H 0.006 0.002 0.087 0.254 0.491 0.059 0.002 0.099 23 S 0.014 0.003 0.030 0.129 0.210 0.103 0.004 0.507 24 D 0.044 0.005 0.025 0.052 0.107 0.125 0.008 0.634 25 K 0.078 0.004 0.021 0.034 0.054 0.213 0.011 0.585 26 S 0.049 0.007 0.015 0.030 0.048 0.228 0.031 0.593 27 R 0.124 0.008 0.022 0.038 0.055 0.144 0.016 0.593 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 29 G 0.020 0.001 0.031 0.056 0.095 0.112 0.008 0.677 30 Q 0.196 0.002 0.157 0.134 0.145 0.061 0.007 0.298 31 Y 0.016 0.001 0.162 0.197 0.281 0.041 0.002 0.299 32 I 0.009 0.001 0.138 0.213 0.463 0.033 0.001 0.143 33 R 0.003 0.002 0.217 0.342 0.348 0.019 0.001 0.068 34 S 0.006 0.002 0.125 0.223 0.331 0.032 0.003 0.276 35 V 0.020 0.002 0.200 0.093 0.227 0.034 0.006 0.418 36 D 0.012 0.003 0.059 0.096 0.178 0.260 0.003 0.390 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 38 G 0.019 0.005 0.015 0.015 0.036 0.377 0.020 0.513 39 S 0.865 0.001 0.003 0.002 0.002 0.029 0.008 0.091 40 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 41 A 0.008 0.010 0.018 0.059 0.323 0.166 0.002 0.415 42 A 0.281 0.042 0.022 0.019 0.083 0.152 0.009 0.392 43 R 0.273 0.287 0.012 0.034 0.064 0.087 0.011 0.233 44 S 0.362 0.368 0.035 0.049 0.031 0.025 0.025 0.104 45 G 0.645 0.036 0.011 0.018 0.012 0.011 0.083 0.184 46 L 0.218 0.038 0.325 0.081 0.092 0.037 0.029 0.179 47 R 0.023 0.033 0.057 0.098 0.221 0.213 0.010 0.345 48 A 0.010 0.020 0.034 0.042 0.063 0.044 0.004 0.783 49 Q 0.018 0.036 0.116 0.098 0.114 0.199 0.025 0.394 50 D 0.415 0.009 0.072 0.036 0.031 0.176 0.038 0.223 51 R 0.059 0.016 0.527 0.172 0.113 0.062 0.007 0.044 52 L 0.021 0.007 0.076 0.241 0.557 0.046 0.002 0.050 53 I 0.005 0.004 0.272 0.332 0.357 0.008 0.002 0.019 54 E 0.003 0.005 0.161 0.359 0.389 0.014 0.002 0.066 55 V 0.003 0.006 0.223 0.254 0.377 0.019 0.003 0.116 56 N 0.003 0.005 0.094 0.128 0.250 0.081 0.005 0.434 57 G 0.024 0.007 0.092 0.111 0.183 0.085 0.024 0.474 58 Q 0.243 0.003 0.061 0.041 0.085 0.258 0.010 0.299 59 N 0.014 0.004 0.025 0.036 0.047 0.108 0.005 0.760 60 V 0.049 0.023 0.072 0.106 0.184 0.078 0.006 0.482 61 E 0.039 0.014 0.061 0.064 0.093 0.386 0.012 0.332 62 G 0.216 0.014 0.014 0.028 0.052 0.127 0.019 0.530 63 L 0.248 0.036 0.076 0.049 0.076 0.178 0.007 0.330 64 R 0.011 0.029 0.014 0.028 0.035 0.316 0.004 0.563 65 H 0.032 0.043 0.016 0.012 0.074 0.061 0.005 0.757 66 A 0.013 0.062 0.004 0.004 0.017 0.155 0.002 0.743 67 E 0.027 0.115 0.002 0.002 0.004 0.307 0.004 0.540 68 V 0.017 0.829 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.135 69 V 0.001 0.970 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.023 70 A 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 71 S 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 72 I 0.008 0.980 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.005 73 K 0.016 0.960 0.002 0.002 0.002 0.001 0.005 0.010 74 A 0.067 0.843 0.004 0.005 0.004 0.004 0.034 0.039 75 R 0.286 0.451 0.017 0.009 0.008 0.011 0.109 0.108 76 E 0.110 0.135 0.032 0.019 0.013 0.047 0.116 0.529 77 D 0.054 0.028 0.068 0.052 0.026 0.075 0.073 0.624 78 E 0.131 0.005 0.086 0.052 0.059 0.159 0.027 0.481 79 A 0.069 0.003 0.194 0.193 0.234 0.128 0.006 0.174 80 R 0.009 0.001 0.217 0.347 0.385 0.020 0.001 0.020 81 L 0.002 0.001 0.150 0.417 0.370 0.006 0.001 0.055 82 L 0.001 0.001 0.276 0.341 0.361 0.002 0.001 0.020 83 V 0.001 0.001 0.164 0.334 0.403 0.009 0.001 0.090 84 V 0.001 0.001 0.204 0.171 0.536 0.010 0.001 0.076 85 G 0.002 0.001 0.069 0.123 0.315 0.061 0.001 0.428 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 87 S 0.010 0.001 0.008 0.013 0.033 0.182 0.003 0.751 88 T 0.169 0.001 0.007 0.007 0.008 0.065 0.008 0.734 89 R 0.064 0.006 0.021 0.019 0.027 0.147 0.004 0.711 90 L 0.058 0.012 0.025 0.021 0.045 0.128 0.004 0.707