# TARGET T0340 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1647.22 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.141 0.208 0.321 0.089 0.098 0.025 0.042 0.032 0.020 0.022 0.001 2 M 0.180 0.248 0.352 0.077 0.051 0.031 0.022 0.006 0.021 0.011 0.001 3 L 0.175 0.174 0.343 0.160 0.039 0.042 0.027 0.009 0.021 0.006 0.004 4 R 0.013 0.430 0.336 0.003 0.043 0.021 0.013 0.001 0.139 0.001 0.001 5 P 0.020 0.014 0.895 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 6 R 0.025 0.584 0.229 0.022 0.059 0.032 0.005 0.001 0.043 0.001 0.001 7 L 0.007 0.483 0.449 0.003 0.015 0.031 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 8 C 0.003 0.816 0.087 0.005 0.039 0.019 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 9 H 0.002 0.644 0.237 0.002 0.014 0.054 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 10 L 0.009 0.501 0.378 0.006 0.015 0.065 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 11 R 0.012 0.560 0.273 0.010 0.051 0.052 0.003 0.001 0.037 0.001 0.001 12 K 0.026 0.324 0.462 0.058 0.060 0.035 0.007 0.002 0.023 0.002 0.002 13 G 0.004 0.026 0.231 0.001 0.286 0.002 0.003 0.013 0.009 0.424 0.001 14 P 0.658 0.005 0.101 0.109 0.003 0.012 0.001 0.002 0.001 0.003 0.105 15 Q 0.133 0.109 0.123 0.396 0.091 0.008 0.070 0.037 0.023 0.011 0.001 16 G 0.038 0.027 0.111 0.025 0.184 0.003 0.023 0.294 0.003 0.289 0.003 17 Y 0.071 0.337 0.218 0.187 0.103 0.023 0.026 0.005 0.023 0.003 0.004 18 G 0.011 0.188 0.130 0.037 0.481 0.013 0.030 0.037 0.009 0.062 0.002 19 F 0.003 0.802 0.096 0.003 0.082 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 20 N 0.004 0.730 0.153 0.002 0.029 0.043 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 21 L 0.016 0.604 0.269 0.006 0.017 0.062 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 22 H 0.045 0.573 0.141 0.063 0.058 0.050 0.006 0.001 0.061 0.001 0.001 23 S 0.034 0.146 0.130 0.053 0.407 0.011 0.080 0.037 0.018 0.082 0.001 24 D 0.098 0.155 0.233 0.126 0.167 0.052 0.067 0.044 0.034 0.019 0.004 25 K 0.299 0.227 0.213 0.200 0.022 0.015 0.009 0.004 0.007 0.004 0.001 26 S 0.187 0.107 0.264 0.225 0.058 0.036 0.053 0.024 0.023 0.021 0.002 27 R 0.018 0.292 0.313 0.002 0.027 0.015 0.013 0.001 0.320 0.001 0.001 28 P 0.112 0.003 0.721 0.014 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 29 G 0.045 0.060 0.188 0.052 0.168 0.017 0.067 0.337 0.005 0.061 0.001 30 Q 0.015 0.667 0.202 0.009 0.079 0.009 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 31 Y 0.006 0.535 0.390 0.004 0.005 0.048 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 32 I 0.009 0.514 0.367 0.002 0.008 0.081 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 33 R 0.490 0.093 0.022 0.365 0.018 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 34 S 0.002 0.550 0.027 0.005 0.402 0.003 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 35 V 0.015 0.698 0.211 0.010 0.025 0.014 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 36 D 0.002 0.435 0.324 0.001 0.026 0.011 0.002 0.001 0.200 0.001 0.001 37 P 0.029 0.001 0.956 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 38 G 0.016 0.001 0.022 0.044 0.006 0.001 0.008 0.883 0.001 0.020 0.001 39 S 0.002 0.032 0.930 0.001 0.008 0.013 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 40 P 0.874 0.003 0.088 0.021 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 41 A 0.958 0.006 0.020 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 42 A 0.957 0.007 0.008 0.022 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 R 0.865 0.016 0.031 0.072 0.005 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 44 S 0.185 0.019 0.077 0.699 0.010 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 45 G 0.030 0.002 0.012 0.016 0.011 0.001 0.342 0.474 0.002 0.109 0.001 46 L 0.048 0.189 0.622 0.022 0.040 0.063 0.003 0.001 0.010 0.002 0.001 47 R 0.031 0.293 0.553 0.018 0.036 0.031 0.005 0.001 0.032 0.002 0.001 48 A 0.403 0.013 0.554 0.016 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 49 Q 0.195 0.004 0.020 0.160 0.007 0.004 0.052 0.529 0.005 0.024 0.001 50 D 0.025 0.097 0.648 0.068 0.013 0.070 0.051 0.002 0.025 0.001 0.001 51 R 0.018 0.610 0.319 0.007 0.014 0.018 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 52 L 0.015 0.447 0.486 0.001 0.002 0.041 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 53 I 0.213 0.609 0.072 0.045 0.018 0.022 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 54 E 0.019 0.702 0.149 0.002 0.105 0.016 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 55 V 0.161 0.632 0.055 0.029 0.009 0.042 0.001 0.001 0.071 0.001 0.001 56 N 0.037 0.119 0.084 0.304 0.042 0.039 0.230 0.003 0.139 0.004 0.001 57 G 0.007 0.002 0.015 0.009 0.029 0.002 0.136 0.728 0.001 0.072 0.001 58 Q 0.078 0.525 0.289 0.046 0.042 0.010 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 59 N 0.052 0.117 0.655 0.009 0.021 0.107 0.011 0.002 0.020 0.006 0.002 60 V 0.416 0.163 0.139 0.194 0.016 0.043 0.008 0.001 0.019 0.001 0.001 61 E 0.192 0.081 0.572 0.119 0.010 0.009 0.011 0.001 0.005 0.001 0.001 62 G 0.011 0.001 0.004 0.095 0.007 0.001 0.133 0.728 0.002 0.017 0.001 63 L 0.001 0.147 0.811 0.001 0.005 0.023 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 64 R 0.001 0.039 0.930 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 65 H 0.992 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 S 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 I 0.918 0.001 0.001 0.080 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 K 0.931 0.004 0.031 0.029 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 A 0.325 0.008 0.030 0.605 0.004 0.006 0.007 0.010 0.005 0.001 0.001 75 R 0.083 0.106 0.605 0.049 0.020 0.049 0.023 0.003 0.058 0.005 0.001 76 E 0.235 0.055 0.135 0.232 0.056 0.021 0.147 0.060 0.015 0.043 0.002 77 D 0.063 0.121 0.284 0.212 0.100 0.046 0.127 0.021 0.017 0.005 0.002 78 E 0.019 0.612 0.247 0.041 0.051 0.018 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 79 A 0.001 0.815 0.123 0.001 0.033 0.011 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 80 R 0.002 0.810 0.130 0.002 0.012 0.027 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 81 L 0.001 0.794 0.167 0.001 0.022 0.009 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 82 L 0.001 0.906 0.059 0.001 0.008 0.010 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 83 V 0.001 0.454 0.489 0.001 0.003 0.044 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 84 V 0.029 0.706 0.119 0.038 0.033 0.036 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 85 G 0.011 0.195 0.375 0.002 0.293 0.013 0.011 0.003 0.047 0.050 0.001 86 P 0.373 0.025 0.374 0.095 0.005 0.027 0.002 0.001 0.005 0.001 0.091 87 S 0.210 0.202 0.267 0.146 0.072 0.033 0.026 0.009 0.027 0.005 0.002 88 T 0.150 0.236 0.324 0.163 0.052 0.029 0.010 0.006 0.021 0.006 0.002 89 R 0.103 0.265 0.324 0.105 0.064 0.043 0.024 0.015 0.046 0.011 0.001 90 L 0.139 0.238 0.359 0.080 0.060 0.039 0.026 0.013 0.027 0.017 0.001