# TARGET T0340 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1647.22 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.088 0.239 0.117 0.021 0.235 0.017 0.030 0.085 0.069 0.062 0.037 2 M 0.113 0.166 0.077 0.013 0.202 0.013 0.041 0.135 0.121 0.081 0.038 3 L 0.110 0.167 0.123 0.026 0.173 0.031 0.064 0.091 0.074 0.087 0.055 4 R 0.070 0.375 0.238 0.017 0.229 0.006 0.014 0.016 0.008 0.012 0.015 5 P 0.277 0.201 0.045 0.002 0.363 0.003 0.006 0.006 0.008 0.024 0.065 6 R 0.079 0.326 0.064 0.007 0.478 0.010 0.014 0.005 0.003 0.005 0.007 7 L 0.407 0.039 0.004 0.001 0.519 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.024 8 C 0.114 0.144 0.008 0.002 0.718 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 9 H 0.321 0.044 0.003 0.001 0.586 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.041 10 L 0.323 0.117 0.012 0.003 0.462 0.003 0.002 0.002 0.001 0.010 0.065 11 R 0.110 0.289 0.116 0.013 0.432 0.006 0.006 0.003 0.002 0.007 0.016 12 K 0.095 0.076 0.040 0.152 0.095 0.100 0.155 0.088 0.050 0.076 0.073 13 G 0.011 0.075 0.358 0.419 0.027 0.048 0.006 0.009 0.013 0.023 0.010 14 P 0.056 0.094 0.072 0.120 0.088 0.120 0.088 0.158 0.117 0.063 0.024 15 Q 0.017 0.130 0.166 0.156 0.037 0.062 0.183 0.081 0.056 0.092 0.021 16 G 0.053 0.048 0.091 0.239 0.037 0.094 0.016 0.017 0.028 0.280 0.094 17 Y 0.118 0.207 0.075 0.051 0.249 0.034 0.046 0.029 0.039 0.096 0.056 18 G 0.272 0.071 0.072 0.050 0.217 0.028 0.009 0.005 0.011 0.090 0.174 19 F 0.213 0.203 0.022 0.002 0.527 0.002 0.002 0.001 0.002 0.005 0.021 20 N 0.223 0.134 0.021 0.001 0.597 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 21 L 0.487 0.051 0.009 0.002 0.308 0.004 0.004 0.003 0.004 0.014 0.114 22 H 0.125 0.096 0.080 0.127 0.214 0.157 0.089 0.022 0.017 0.031 0.042 23 S 0.082 0.119 0.104 0.175 0.135 0.041 0.036 0.051 0.053 0.132 0.071 24 D 0.050 0.111 0.125 0.130 0.106 0.040 0.019 0.062 0.124 0.193 0.041 25 K 0.056 0.203 0.084 0.038 0.155 0.041 0.065 0.150 0.122 0.063 0.022 26 S 0.127 0.083 0.072 0.040 0.147 0.031 0.053 0.066 0.058 0.204 0.120 27 R 0.067 0.222 0.418 0.054 0.132 0.021 0.023 0.030 0.010 0.010 0.012 28 P 0.024 0.209 0.200 0.125 0.061 0.082 0.114 0.091 0.039 0.034 0.022 29 G 0.067 0.080 0.077 0.230 0.058 0.066 0.016 0.014 0.027 0.245 0.121 30 Q 0.123 0.294 0.041 0.001 0.513 0.001 0.002 0.002 0.004 0.007 0.013 31 Y 0.054 0.369 0.020 0.001 0.548 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 32 I 0.680 0.007 0.001 0.001 0.193 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.113 33 R 0.010 0.019 0.009 0.056 0.041 0.394 0.365 0.057 0.031 0.011 0.007 34 S 0.297 0.123 0.024 0.001 0.432 0.001 0.001 0.003 0.005 0.031 0.084 35 V 0.250 0.189 0.034 0.017 0.332 0.007 0.005 0.011 0.012 0.039 0.105 36 D 0.016 0.149 0.465 0.222 0.088 0.028 0.004 0.008 0.006 0.008 0.007 37 P 0.010 0.038 0.020 0.029 0.019 0.098 0.385 0.302 0.080 0.011 0.009 38 G 0.014 0.021 0.018 0.037 0.017 0.010 0.008 0.024 0.042 0.714 0.095 39 S 0.087 0.385 0.167 0.008 0.272 0.004 0.007 0.028 0.010 0.013 0.017 40 P 0.047 0.212 0.095 0.007 0.116 0.005 0.008 0.303 0.120 0.055 0.033 41 A 0.023 0.044 0.014 0.008 0.050 0.010 0.028 0.542 0.202 0.065 0.015 42 A 0.014 0.022 0.014 0.004 0.012 0.006 0.051 0.575 0.234 0.054 0.014 43 R 0.008 0.022 0.011 0.005 0.018 0.008 0.081 0.609 0.184 0.049 0.005 44 S 0.005 0.606 0.283 0.010 0.061 0.004 0.006 0.008 0.005 0.007 0.003 45 G 0.053 0.025 0.038 0.040 0.016 0.016 0.012 0.031 0.026 0.441 0.302 46 L 0.151 0.381 0.047 0.007 0.231 0.004 0.007 0.036 0.023 0.052 0.061 47 R 0.017 0.374 0.380 0.038 0.114 0.008 0.004 0.030 0.020 0.011 0.004 48 A 0.021 0.026 0.031 0.011 0.022 0.032 0.125 0.489 0.224 0.011 0.007 49 Q 0.044 0.083 0.059 0.078 0.050 0.033 0.077 0.174 0.105 0.219 0.079 50 D 0.167 0.217 0.026 0.003 0.256 0.002 0.004 0.014 0.026 0.210 0.075 51 R 0.061 0.365 0.067 0.002 0.439 0.004 0.007 0.022 0.014 0.013 0.005 52 L 0.621 0.012 0.001 0.001 0.308 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.050 53 I 0.112 0.168 0.016 0.016 0.569 0.064 0.021 0.012 0.004 0.005 0.013 54 E 0.390 0.065 0.010 0.001 0.500 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 55 V 0.151 0.022 0.012 0.196 0.067 0.356 0.046 0.041 0.014 0.034 0.062 56 N 0.003 0.073 0.086 0.684 0.018 0.064 0.045 0.016 0.004 0.005 0.002 57 G 0.016 0.011 0.030 0.063 0.011 0.015 0.003 0.012 0.030 0.700 0.107 58 Q 0.004 0.661 0.208 0.004 0.107 0.001 0.003 0.007 0.004 0.001 0.001 59 N 0.350 0.111 0.034 0.001 0.385 0.001 0.005 0.012 0.004 0.006 0.090 60 V 0.184 0.063 0.038 0.050 0.136 0.064 0.050 0.083 0.122 0.097 0.115 61 E 0.001 0.022 0.032 0.166 0.006 0.238 0.297 0.168 0.051 0.016 0.003 62 G 0.030 0.012 0.026 0.014 0.010 0.005 0.001 0.008 0.016 0.725 0.152 63 L 0.033 0.555 0.112 0.003 0.277 0.001 0.001 0.004 0.002 0.007 0.006 64 R 0.009 0.707 0.228 0.001 0.045 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 65 H 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.854 0.131 0.004 0.001 66 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.028 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.018 0.003 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.027 0.003 0.001 69 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.029 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.013 0.001 0.001 71 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.953 0.041 0.004 0.001 72 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.807 0.166 0.022 0.001 73 K 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.022 0.778 0.173 0.015 0.001 74 A 0.006 0.008 0.007 0.002 0.005 0.006 0.096 0.441 0.158 0.261 0.010 75 R 0.056 0.257 0.155 0.034 0.152 0.027 0.096 0.120 0.044 0.030 0.029 76 E 0.034 0.112 0.062 0.102 0.042 0.055 0.087 0.133 0.142 0.175 0.053 77 D 0.036 0.182 0.145 0.046 0.087 0.025 0.029 0.063 0.082 0.264 0.041 78 E 0.288 0.100 0.015 0.004 0.406 0.007 0.022 0.014 0.018 0.051 0.074 79 A 0.161 0.163 0.008 0.001 0.652 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 80 R 0.201 0.060 0.003 0.001 0.721 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 81 L 0.374 0.036 0.002 0.001 0.571 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 82 L 0.135 0.126 0.006 0.001 0.714 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 83 V 0.427 0.054 0.014 0.001 0.441 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.057 84 V 0.103 0.130 0.093 0.135 0.180 0.069 0.088 0.031 0.020 0.076 0.074 85 G 0.032 0.225 0.416 0.162 0.090 0.026 0.007 0.012 0.009 0.011 0.011 86 P 0.024 0.119 0.092 0.094 0.065 0.066 0.070 0.168 0.178 0.099 0.024 87 S 0.064 0.211 0.198 0.063 0.171 0.034 0.048 0.063 0.055 0.058 0.033 88 T 0.108 0.211 0.067 0.014 0.217 0.014 0.038 0.096 0.088 0.088 0.058 89 R 0.115 0.213 0.081 0.013 0.234 0.016 0.044 0.085 0.064 0.091 0.043 90 L 0.131 0.184 0.054 0.014 0.207 0.020 0.037 0.129 0.101 0.070 0.053