# TARGET T0340 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1647.22 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.838 0.120 0.026 0.011 0.004 0.001 0.001 2 M 0.717 0.174 0.067 0.031 0.010 0.002 0.001 3 L 0.656 0.214 0.085 0.034 0.009 0.001 0.001 4 R 0.602 0.264 0.093 0.032 0.007 0.001 0.001 5 P 0.370 0.323 0.202 0.080 0.021 0.003 0.001 6 R 0.096 0.276 0.301 0.212 0.094 0.019 0.001 7 L 0.036 0.226 0.373 0.275 0.079 0.011 0.001 8 C 0.015 0.031 0.066 0.207 0.397 0.267 0.016 9 H 0.009 0.125 0.340 0.369 0.132 0.023 0.002 10 L 0.008 0.017 0.035 0.174 0.417 0.326 0.023 11 R 0.024 0.220 0.407 0.282 0.060 0.006 0.001 12 K 0.149 0.378 0.259 0.163 0.044 0.006 0.001 13 G 0.450 0.357 0.150 0.037 0.006 0.001 0.001 14 P 0.662 0.249 0.071 0.016 0.003 0.001 0.001 15 Q 0.418 0.369 0.156 0.047 0.009 0.001 0.001 16 G 0.114 0.431 0.290 0.131 0.030 0.003 0.001 17 Y 0.006 0.059 0.155 0.277 0.327 0.162 0.014 18 G 0.002 0.053 0.249 0.433 0.210 0.048 0.006 19 F 0.001 0.002 0.008 0.050 0.268 0.565 0.107 20 N 0.001 0.037 0.250 0.468 0.209 0.032 0.003 21 L 0.001 0.010 0.032 0.162 0.405 0.362 0.029 22 H 0.011 0.150 0.375 0.329 0.114 0.020 0.001 23 S 0.084 0.277 0.286 0.239 0.095 0.019 0.001 24 D 0.217 0.366 0.269 0.117 0.027 0.005 0.001 25 K 0.377 0.341 0.186 0.078 0.016 0.002 0.001 26 S 0.642 0.241 0.081 0.028 0.006 0.001 0.001 27 R 0.487 0.301 0.139 0.056 0.015 0.002 0.001 28 P 0.286 0.333 0.225 0.113 0.036 0.006 0.001 29 G 0.064 0.193 0.271 0.284 0.144 0.040 0.004 30 Q 0.009 0.060 0.157 0.253 0.317 0.182 0.022 31 Y 0.002 0.017 0.085 0.272 0.395 0.209 0.020 32 I 0.001 0.002 0.006 0.032 0.185 0.587 0.188 33 R 0.011 0.111 0.203 0.280 0.235 0.131 0.029 34 S 0.004 0.072 0.239 0.340 0.220 0.109 0.016 35 V 0.001 0.008 0.035 0.171 0.430 0.327 0.028 36 D 0.040 0.180 0.313 0.296 0.138 0.032 0.002 37 P 0.318 0.340 0.192 0.099 0.036 0.013 0.002 38 G 0.322 0.322 0.206 0.099 0.035 0.013 0.002 39 S 0.181 0.187 0.207 0.221 0.146 0.054 0.005 40 P 0.314 0.261 0.168 0.133 0.080 0.037 0.006 41 A 0.222 0.146 0.165 0.216 0.173 0.069 0.008 42 A 0.327 0.335 0.210 0.094 0.027 0.007 0.001 43 R 0.385 0.300 0.173 0.097 0.035 0.008 0.001 44 S 0.345 0.272 0.192 0.116 0.057 0.017 0.002 45 G 0.232 0.275 0.219 0.154 0.085 0.030 0.004 46 L 0.045 0.060 0.134 0.299 0.303 0.145 0.015 47 R 0.190 0.307 0.223 0.142 0.086 0.043 0.008 48 A 0.118 0.182 0.226 0.239 0.149 0.071 0.015 49 Q 0.130 0.204 0.192 0.196 0.150 0.104 0.024 50 D 0.012 0.034 0.086 0.202 0.344 0.274 0.048 51 R 0.013 0.031 0.095 0.226 0.291 0.278 0.066 52 L 0.012 0.018 0.023 0.046 0.133 0.490 0.278 53 I 0.030 0.054 0.070 0.133 0.231 0.324 0.159 54 E 0.020 0.091 0.192 0.267 0.226 0.164 0.039 55 V 0.014 0.024 0.048 0.141 0.323 0.359 0.091 56 N 0.057 0.150 0.225 0.257 0.196 0.105 0.011 57 G 0.187 0.257 0.225 0.179 0.111 0.037 0.004 58 Q 0.277 0.301 0.226 0.136 0.046 0.013 0.002 59 N 0.208 0.272 0.242 0.173 0.080 0.024 0.002 60 V 0.118 0.098 0.140 0.256 0.260 0.116 0.011 61 E 0.277 0.341 0.223 0.112 0.037 0.009 0.001 62 G 0.485 0.327 0.121 0.047 0.015 0.004 0.001 63 L 0.160 0.213 0.254 0.232 0.113 0.025 0.002 64 R 0.158 0.447 0.249 0.105 0.033 0.007 0.001 65 H 0.027 0.065 0.146 0.344 0.313 0.097 0.007 66 A 0.311 0.414 0.190 0.065 0.017 0.003 0.001 67 E 0.077 0.370 0.376 0.145 0.027 0.003 0.001 68 V 0.005 0.008 0.027 0.169 0.454 0.324 0.014 69 V 0.008 0.060 0.229 0.408 0.246 0.047 0.002 70 A 0.201 0.561 0.178 0.049 0.009 0.002 0.001 71 S 0.010 0.088 0.326 0.417 0.138 0.020 0.001 72 I 0.008 0.013 0.044 0.191 0.499 0.238 0.007 73 K 0.097 0.391 0.348 0.139 0.023 0.002 0.001 74 A 0.539 0.374 0.069 0.015 0.003 0.001 0.001 75 R 0.239 0.315 0.296 0.127 0.022 0.001 0.001 76 E 0.683 0.251 0.053 0.012 0.001 0.001 0.001 77 D 0.376 0.395 0.163 0.055 0.010 0.001 0.001 78 E 0.108 0.506 0.295 0.080 0.010 0.001 0.001 79 A 0.003 0.034 0.116 0.345 0.388 0.111 0.003 80 R 0.001 0.061 0.343 0.449 0.132 0.014 0.001 81 L 0.001 0.003 0.010 0.067 0.333 0.551 0.036 82 L 0.001 0.040 0.260 0.470 0.201 0.026 0.001 83 V 0.003 0.010 0.024 0.136 0.408 0.398 0.022 84 V 0.019 0.152 0.359 0.330 0.117 0.022 0.001 85 G 0.097 0.293 0.301 0.225 0.074 0.010 0.001 86 P 0.327 0.365 0.226 0.068 0.013 0.002 0.001 87 S 0.625 0.257 0.086 0.026 0.005 0.001 0.001 88 T 0.689 0.187 0.080 0.033 0.010 0.002 0.001 89 R 0.766 0.168 0.044 0.017 0.005 0.001 0.001 90 L 0.636 0.196 0.098 0.048 0.017 0.004 0.001