# TARGET T0338 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0338.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 328 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.071 0.329 0.019 0.020 0.030 0.083 0.058 0.390 2 S 0.080 0.421 0.018 0.023 0.040 0.057 0.090 0.271 3 S 0.093 0.356 0.015 0.016 0.036 0.072 0.064 0.348 4 R 0.034 0.072 0.038 0.043 0.062 0.072 0.416 0.263 5 W 0.029 0.177 0.035 0.046 0.053 0.124 0.208 0.328 6 F 0.037 0.333 0.035 0.024 0.048 0.101 0.037 0.385 7 F 0.020 0.392 0.028 0.026 0.028 0.064 0.037 0.406 8 T 0.045 0.856 0.006 0.004 0.005 0.009 0.035 0.040 9 R 0.103 0.779 0.007 0.004 0.004 0.013 0.034 0.056 10 E 0.116 0.236 0.038 0.025 0.026 0.051 0.240 0.267 11 Q 0.185 0.086 0.019 0.013 0.017 0.082 0.293 0.306 12 L 0.136 0.061 0.010 0.009 0.015 0.100 0.083 0.587 13 E 0.015 0.017 0.008 0.008 0.020 0.104 0.022 0.805 14 N 0.016 0.017 0.005 0.007 0.010 0.120 0.034 0.790 15 T 0.162 0.131 0.010 0.019 0.014 0.123 0.061 0.480 16 P 0.251 0.135 0.011 0.010 0.012 0.086 0.047 0.449 17 S 0.129 0.073 0.024 0.014 0.019 0.112 0.094 0.535 18 R 0.326 0.049 0.013 0.013 0.019 0.077 0.040 0.462 19 R 0.190 0.023 0.014 0.020 0.026 0.092 0.042 0.593 20 C 0.020 0.015 0.012 0.013 0.032 0.139 0.013 0.756 21 G 0.014 0.023 0.017 0.021 0.055 0.107 0.022 0.741 22 V 0.035 0.056 0.013 0.036 0.025 0.110 0.020 0.706 23 E 0.155 0.503 0.013 0.022 0.020 0.042 0.053 0.191 24 A 0.076 0.509 0.005 0.009 0.014 0.041 0.035 0.312 25 D 0.056 0.452 0.014 0.013 0.017 0.037 0.225 0.185 26 K 0.015 0.791 0.003 0.009 0.008 0.016 0.083 0.074 27 E 0.014 0.897 0.002 0.003 0.006 0.010 0.020 0.048 28 L 0.010 0.901 0.002 0.005 0.007 0.009 0.028 0.038 29 S 0.004 0.891 0.001 0.003 0.004 0.007 0.066 0.024 30 C 0.002 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.005 31 R 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.003 32 Q 0.002 0.786 0.001 0.001 0.001 0.002 0.199 0.008 33 Q 0.001 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.002 34 A 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 35 A 0.001 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.002 36 N 0.001 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 37 L 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 38 I 0.006 0.912 0.006 0.001 0.001 0.001 0.071 0.003 39 Q 0.010 0.886 0.004 0.001 0.001 0.005 0.075 0.019 40 E 0.024 0.803 0.016 0.002 0.002 0.010 0.075 0.067 41 M 0.093 0.635 0.022 0.005 0.006 0.029 0.109 0.100 42 G 0.155 0.099 0.038 0.012 0.012 0.054 0.304 0.327 43 Q 0.118 0.077 0.009 0.011 0.010 0.062 0.046 0.666 44 R 0.050 0.018 0.019 0.007 0.010 0.091 0.036 0.769 45 L 0.013 0.015 0.024 0.024 0.022 0.165 0.038 0.700 46 N 0.055 0.046 0.016 0.006 0.012 0.093 0.031 0.741 47 V 0.128 0.084 0.014 0.009 0.005 0.077 0.185 0.498 48 S 0.054 0.459 0.012 0.007 0.009 0.045 0.191 0.223 49 Q 0.027 0.365 0.013 0.004 0.011 0.056 0.242 0.282 50 L 0.004 0.220 0.027 0.023 0.023 0.037 0.581 0.086 51 T 0.006 0.875 0.005 0.006 0.010 0.008 0.068 0.022 52 I 0.004 0.938 0.003 0.004 0.007 0.006 0.016 0.022 53 N 0.003 0.840 0.012 0.018 0.035 0.007 0.064 0.020 54 T 0.004 0.829 0.009 0.009 0.017 0.007 0.112 0.012 55 A 0.002 0.915 0.009 0.007 0.010 0.004 0.045 0.009 56 I 0.004 0.839 0.024 0.027 0.030 0.005 0.060 0.010 57 V 0.007 0.833 0.022 0.024 0.028 0.010 0.056 0.020 58 Y 0.011 0.826 0.038 0.020 0.036 0.008 0.041 0.020 59 M 0.028 0.692 0.037 0.036 0.045 0.017 0.082 0.063 60 H 0.047 0.598 0.021 0.037 0.036 0.029 0.098 0.133 61 R 0.043 0.434 0.035 0.047 0.063 0.046 0.106 0.226 62 F 0.127 0.200 0.037 0.063 0.090 0.070 0.091 0.323 63 Y 0.122 0.045 0.032 0.097 0.090 0.085 0.139 0.390 64 M 0.032 0.034 0.016 0.033 0.058 0.100 0.060 0.667 65 H 0.033 0.024 0.015 0.037 0.068 0.103 0.083 0.636 66 H 0.042 0.030 0.017 0.059 0.058 0.116 0.090 0.587 67 S 0.149 0.074 0.021 0.031 0.056 0.096 0.082 0.491 68 F 0.099 0.030 0.028 0.049 0.055 0.086 0.151 0.502 69 T 0.066 0.050 0.025 0.036 0.045 0.091 0.085 0.601 70 K 0.027 0.037 0.018 0.019 0.026 0.098 0.043 0.732 71 F 0.030 0.151 0.019 0.016 0.017 0.096 0.031 0.640 72 N 0.080 0.734 0.004 0.005 0.007 0.019 0.024 0.127 73 K 0.020 0.531 0.014 0.007 0.013 0.041 0.179 0.195 74 N 0.005 0.279 0.015 0.010 0.019 0.016 0.612 0.044 75 I 0.001 0.035 0.002 0.002 0.002 0.003 0.949 0.006 76 I 0.001 0.895 0.005 0.005 0.006 0.004 0.073 0.012 77 S 0.003 0.957 0.002 0.002 0.008 0.003 0.013 0.010 78 S 0.003 0.907 0.004 0.007 0.007 0.004 0.057 0.012 79 T 0.003 0.956 0.002 0.001 0.003 0.002 0.027 0.004 80 A 0.003 0.972 0.002 0.001 0.001 0.002 0.014 0.005 81 L 0.008 0.912 0.014 0.006 0.006 0.006 0.038 0.010 82 F 0.013 0.876 0.017 0.005 0.006 0.007 0.053 0.022 83 L 0.009 0.931 0.009 0.003 0.004 0.005 0.020 0.020 84 A 0.010 0.868 0.019 0.006 0.007 0.010 0.037 0.044 85 A 0.012 0.798 0.019 0.014 0.011 0.016 0.054 0.075 86 K 0.053 0.678 0.029 0.017 0.017 0.020 0.109 0.078 87 V 0.244 0.395 0.033 0.014 0.013 0.027 0.155 0.119 88 E 0.130 0.220 0.017 0.021 0.021 0.048 0.104 0.438 89 E 0.040 0.053 0.008 0.006 0.007 0.053 0.029 0.804 90 Q 0.054 0.136 0.009 0.017 0.015 0.086 0.062 0.620 91 A 0.049 0.124 0.009 0.008 0.009 0.086 0.038 0.677 92 R 0.074 0.161 0.013 0.014 0.016 0.102 0.099 0.522 93 K 0.068 0.426 0.009 0.010 0.009 0.060 0.093 0.326 94 L 0.034 0.779 0.003 0.003 0.005 0.018 0.049 0.108 95 E 0.011 0.783 0.010 0.008 0.016 0.024 0.047 0.101 96 H 0.006 0.794 0.010 0.021 0.032 0.013 0.070 0.054 97 V 0.006 0.895 0.008 0.010 0.017 0.007 0.037 0.021 98 I 0.007 0.787 0.021 0.029 0.036 0.009 0.082 0.028 99 K 0.012 0.722 0.038 0.057 0.052 0.012 0.068 0.039 100 V 0.042 0.631 0.062 0.043 0.052 0.021 0.081 0.067 101 A 0.115 0.381 0.103 0.065 0.074 0.033 0.110 0.119 102 H 0.208 0.157 0.046 0.061 0.064 0.047 0.086 0.330 103 A 0.105 0.044 0.020 0.019 0.020 0.072 0.044 0.677 104 C 0.030 0.020 0.031 0.033 0.037 0.105 0.059 0.686 105 L 0.060 0.011 0.014 0.014 0.017 0.101 0.025 0.757 106 H 0.273 0.015 0.011 0.011 0.011 0.093 0.033 0.553 107 P 0.034 0.014 0.008 0.008 0.010 0.094 0.019 0.815 108 L 0.059 0.024 0.008 0.005 0.010 0.097 0.023 0.774 109 E 0.141 0.047 0.016 0.015 0.015 0.119 0.063 0.585 110 P 0.071 0.041 0.021 0.014 0.015 0.115 0.067 0.657 111 L 0.105 0.075 0.026 0.013 0.021 0.107 0.082 0.570 112 L 0.080 0.075 0.022 0.013 0.018 0.121 0.055 0.615 113 D 0.086 0.109 0.022 0.013 0.017 0.106 0.048 0.598 114 T 0.095 0.224 0.013 0.009 0.012 0.090 0.038 0.520 115 K 0.084 0.427 0.012 0.008 0.012 0.065 0.046 0.346 116 C 0.081 0.559 0.009 0.007 0.011 0.044 0.050 0.238 117 D 0.048 0.551 0.014 0.017 0.020 0.043 0.081 0.226 118 A 0.063 0.407 0.017 0.017 0.025 0.063 0.095 0.314 119 Y 0.054 0.154 0.018 0.018 0.021 0.046 0.500 0.189 120 L 0.039 0.274 0.016 0.017 0.022 0.080 0.175 0.378 121 Q 0.042 0.375 0.010 0.011 0.015 0.069 0.055 0.423 122 Q 0.030 0.734 0.003 0.006 0.007 0.023 0.024 0.175 123 T 0.025 0.851 0.002 0.002 0.004 0.014 0.045 0.058 124 R 0.004 0.902 0.002 0.003 0.003 0.009 0.040 0.038 125 E 0.001 0.965 0.001 0.002 0.002 0.003 0.016 0.009 126 L 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 127 V 0.001 0.781 0.003 0.002 0.002 0.002 0.205 0.004 128 I 0.001 0.884 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.002 129 L 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 130 E 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 131 T 0.003 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.002 132 I 0.009 0.390 0.007 0.005 0.002 0.004 0.572 0.011 133 M 0.012 0.432 0.007 0.004 0.005 0.011 0.505 0.025 134 L 0.079 0.226 0.065 0.011 0.009 0.045 0.343 0.222 135 Q 0.356 0.108 0.017 0.018 0.019 0.058 0.062 0.363 136 T 0.098 0.014 0.020 0.003 0.005 0.056 0.048 0.756 137 L 0.027 0.008 0.038 0.013 0.032 0.288 0.044 0.550 138 G 0.013 0.002 0.044 0.013 0.034 0.106 0.092 0.697 139 F 0.011 0.004 0.062 0.076 0.060 0.124 0.095 0.568 140 E 0.006 0.002 0.383 0.077 0.142 0.049 0.080 0.260 141 I 0.009 0.001 0.273 0.154 0.187 0.047 0.057 0.271 142 T 0.007 0.001 0.414 0.125 0.119 0.031 0.043 0.259 143 I 0.012 0.002 0.158 0.144 0.181 0.068 0.037 0.398 144 E 0.021 0.002 0.069 0.035 0.060 0.091 0.051 0.671 145 H 0.083 0.014 0.049 0.084 0.053 0.148 0.122 0.447 146 P 0.030 0.088 0.011 0.008 0.013 0.081 0.025 0.743 147 H 0.055 0.528 0.008 0.006 0.010 0.047 0.016 0.330 148 T 0.017 0.821 0.010 0.014 0.013 0.018 0.030 0.076 149 D 0.013 0.920 0.002 0.004 0.006 0.006 0.023 0.025 150 V 0.008 0.166 0.008 0.004 0.006 0.006 0.790 0.013 151 V 0.003 0.541 0.007 0.016 0.014 0.006 0.397 0.015 152 K 0.007 0.924 0.005 0.004 0.013 0.005 0.016 0.027 153 C 0.012 0.892 0.009 0.011 0.015 0.008 0.023 0.028 154 T 0.030 0.693 0.035 0.026 0.031 0.014 0.111 0.059 155 Q 0.090 0.606 0.011 0.015 0.012 0.030 0.053 0.182 156 L 0.085 0.168 0.048 0.017 0.017 0.062 0.381 0.223 157 V 0.097 0.229 0.024 0.014 0.014 0.085 0.248 0.290 158 R 0.064 0.157 0.017 0.007 0.009 0.070 0.058 0.620 159 A 0.027 0.322 0.008 0.003 0.002 0.047 0.023 0.569 160 S 0.049 0.832 0.002 0.001 0.001 0.013 0.022 0.080 161 K 0.053 0.718 0.004 0.001 0.002 0.030 0.047 0.146 162 D 0.009 0.124 0.003 0.001 0.002 0.015 0.793 0.052 163 L 0.004 0.351 0.002 0.001 0.001 0.009 0.617 0.016 164 A 0.001 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.011 165 Q 0.002 0.963 0.003 0.002 0.003 0.003 0.011 0.013 166 T 0.003 0.948 0.003 0.002 0.003 0.003 0.033 0.006 167 S 0.008 0.941 0.003 0.001 0.001 0.002 0.038 0.005 168 Y 0.008 0.241 0.010 0.005 0.005 0.007 0.709 0.016 169 F 0.006 0.408 0.023 0.006 0.008 0.027 0.473 0.048 170 M 0.046 0.428 0.081 0.011 0.019 0.046 0.284 0.085 171 A 0.047 0.404 0.072 0.022 0.022 0.050 0.230 0.153 172 T 0.065 0.287 0.027 0.008 0.017 0.073 0.081 0.442 173 N 0.102 0.241 0.026 0.015 0.024 0.106 0.083 0.404 174 S 0.052 0.080 0.044 0.016 0.027 0.118 0.329 0.333 175 L 0.026 0.062 0.052 0.026 0.037 0.133 0.321 0.342 176 H 0.027 0.086 0.065 0.032 0.065 0.132 0.116 0.476 177 L 0.046 0.109 0.093 0.047 0.057 0.108 0.082 0.459 178 T 0.105 0.219 0.064 0.045 0.077 0.084 0.078 0.327 179 T 0.085 0.080 0.076 0.057 0.117 0.080 0.095 0.411 180 F 0.044 0.026 0.093 0.165 0.219 0.077 0.079 0.299 181 C 0.053 0.012 0.061 0.125 0.217 0.066 0.071 0.395 182 L 0.031 0.008 0.038 0.146 0.161 0.088 0.037 0.491 183 Q 0.004 0.006 0.034 0.072 0.159 0.093 0.046 0.585 184 Y 0.022 0.041 0.017 0.033 0.046 0.101 0.041 0.699 185 K 0.106 0.492 0.008 0.024 0.019 0.038 0.145 0.168 186 P 0.011 0.827 0.002 0.003 0.005 0.012 0.051 0.088 187 T 0.001 0.955 0.001 0.001 0.002 0.002 0.031 0.007 188 V 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 189 I 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 190 A 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 191 C 0.001 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.001 192 V 0.001 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 193 C 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 194 I 0.001 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 195 H 0.004 0.957 0.003 0.001 0.001 0.001 0.029 0.005 196 L 0.034 0.899 0.006 0.001 0.001 0.005 0.032 0.024 197 A 0.064 0.198 0.029 0.005 0.003 0.038 0.556 0.107 198 C 0.036 0.065 0.039 0.010 0.006 0.052 0.527 0.265 199 K 0.209 0.049 0.017 0.006 0.009 0.072 0.072 0.566 200 W 0.160 0.007 0.018 0.007 0.008 0.089 0.043 0.669 201 S 0.048 0.002 0.008 0.005 0.009 0.102 0.015 0.811 202 N 0.030 0.001 0.006 0.003 0.009 0.084 0.013 0.854 203 W 0.012 0.002 0.018 0.020 0.028 0.170 0.020 0.730 204 E 0.024 0.002 0.033 0.028 0.043 0.121 0.040 0.709 205 I 0.023 0.002 0.033 0.058 0.049 0.100 0.082 0.654 206 P 0.027 0.005 0.061 0.046 0.051 0.109 0.076 0.625 207 V 0.057 0.007 0.035 0.041 0.056 0.110 0.044 0.650 208 S 0.090 0.008 0.018 0.018 0.023 0.090 0.024 0.728 209 T 0.214 0.025 0.013 0.019 0.025 0.102 0.046 0.555 210 D 0.065 0.031 0.010 0.012 0.026 0.139 0.021 0.696 211 G 0.057 0.045 0.012 0.019 0.040 0.111 0.027 0.689 212 K 0.070 0.065 0.020 0.049 0.055 0.110 0.052 0.579 213 H 0.088 0.094 0.021 0.073 0.105 0.087 0.094 0.437 214 W 0.094 0.049 0.030 0.080 0.147 0.081 0.092 0.426 215 W 0.047 0.027 0.034 0.128 0.226 0.071 0.055 0.413 216 E 0.038 0.016 0.024 0.096 0.208 0.088 0.036 0.495 217 Y 0.007 0.005 0.036 0.115 0.240 0.104 0.071 0.422 218 V 0.052 0.009 0.026 0.077 0.131 0.107 0.044 0.554 219 D 0.222 0.015 0.016 0.059 0.063 0.071 0.164 0.389 220 P 0.021 0.042 0.014 0.019 0.035 0.119 0.033 0.718 221 T 0.018 0.072 0.014 0.014 0.033 0.112 0.017 0.721 222 V 0.020 0.160 0.025 0.041 0.017 0.082 0.043 0.613 223 T 0.034 0.930 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.014 224 L 0.046 0.919 0.002 0.001 0.001 0.002 0.017 0.013 225 E 0.004 0.946 0.004 0.002 0.001 0.004 0.012 0.027 226 L 0.008 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.013 227 L 0.007 0.184 0.001 0.001 0.001 0.002 0.803 0.004 228 D 0.002 0.480 0.001 0.001 0.001 0.002 0.511 0.005 229 E 0.002 0.953 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.013 230 L 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 231 T 0.006 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.003 232 H 0.005 0.941 0.001 0.001 0.001 0.002 0.043 0.009 233 E 0.002 0.980 0.002 0.001 0.001 0.002 0.010 0.004 234 F 0.008 0.966 0.004 0.001 0.001 0.002 0.014 0.005 235 L 0.021 0.831 0.049 0.002 0.001 0.007 0.065 0.023 236 Q 0.084 0.638 0.071 0.003 0.003 0.017 0.070 0.115 237 I 0.174 0.125 0.071 0.005 0.006 0.048 0.378 0.194 238 L 0.137 0.105 0.034 0.010 0.008 0.093 0.165 0.449 239 E 0.015 0.015 0.007 0.003 0.005 0.058 0.021 0.876 240 K 0.012 0.022 0.006 0.003 0.003 0.092 0.017 0.845 241 T 0.334 0.244 0.007 0.006 0.005 0.070 0.063 0.271 242 P 0.172 0.200 0.004 0.002 0.003 0.076 0.020 0.523 243 N 0.062 0.437 0.007 0.003 0.004 0.053 0.027 0.406 244 R 0.046 0.727 0.006 0.003 0.004 0.025 0.034 0.154 245 L 0.077 0.747 0.008 0.004 0.005 0.020 0.042 0.097 246 K 0.043 0.395 0.046 0.021 0.019 0.042 0.199 0.236 247 K 0.069 0.493 0.018 0.010 0.012 0.055 0.068 0.276 248 I 0.128 0.513 0.022 0.011 0.015 0.038 0.059 0.213 249 R 0.068 0.375 0.010 0.009 0.013 0.056 0.028 0.441 250 N 0.056 0.202 0.021 0.015 0.018 0.054 0.227 0.407 251 W 0.093 0.210 0.017 0.024 0.014 0.096 0.099 0.446 252 R 0.338 0.130 0.016 0.017 0.019 0.062 0.074 0.345 253 A 0.062 0.018 0.007 0.006 0.008 0.076 0.035 0.787 254 N 0.117 0.028 0.008 0.010 0.015 0.075 0.090 0.657 255 Q 0.068 0.020 0.006 0.009 0.011 0.092 0.041 0.752 256 A 0.030 0.014 0.012 0.017 0.032 0.126 0.034 0.735