# TARGET T0338 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0338.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 328 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.066 0.022 0.038 0.022 0.042 0.125 0.009 0.677 2 S 0.087 0.064 0.046 0.044 0.064 0.181 0.013 0.502 3 S 0.108 0.086 0.062 0.034 0.074 0.129 0.012 0.495 4 R 0.095 0.179 0.049 0.045 0.070 0.233 0.011 0.317 5 W 0.153 0.247 0.047 0.036 0.063 0.181 0.016 0.257 6 F 0.084 0.488 0.035 0.049 0.055 0.053 0.009 0.228 7 F 0.051 0.472 0.038 0.044 0.061 0.063 0.012 0.259 8 T 0.053 0.388 0.027 0.030 0.059 0.070 0.014 0.358 9 R 0.036 0.348 0.014 0.012 0.046 0.044 0.008 0.493 10 E 0.030 0.462 0.006 0.009 0.018 0.148 0.009 0.318 11 Q 0.043 0.827 0.003 0.004 0.005 0.040 0.006 0.072 12 L 0.027 0.934 0.002 0.002 0.003 0.004 0.005 0.024 13 E 0.046 0.876 0.005 0.006 0.006 0.005 0.013 0.043 14 N 0.155 0.551 0.020 0.010 0.010 0.009 0.096 0.150 15 T 0.299 0.279 0.031 0.026 0.025 0.032 0.032 0.276 16 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 17 S 0.009 0.018 0.013 0.022 0.055 0.264 0.006 0.613 18 R 0.394 0.032 0.020 0.007 0.009 0.092 0.021 0.424 19 R 0.286 0.125 0.024 0.014 0.018 0.202 0.010 0.321 20 C 0.301 0.126 0.050 0.038 0.034 0.107 0.023 0.322 21 G 0.214 0.069 0.034 0.028 0.036 0.049 0.018 0.552 22 V 0.131 0.029 0.052 0.044 0.084 0.098 0.011 0.551 23 E 0.026 0.022 0.012 0.032 0.057 0.128 0.005 0.717 24 A 0.019 0.020 0.008 0.012 0.036 0.035 0.002 0.868 25 D 0.014 0.044 0.006 0.013 0.028 0.139 0.003 0.753 26 K 0.065 0.096 0.006 0.009 0.015 0.163 0.008 0.638 27 E 0.070 0.613 0.006 0.010 0.016 0.119 0.005 0.161 28 L 0.043 0.826 0.004 0.007 0.011 0.017 0.005 0.086 29 S 0.030 0.836 0.004 0.008 0.008 0.019 0.005 0.089 30 C 0.044 0.847 0.005 0.007 0.009 0.011 0.008 0.070 31 R 0.027 0.894 0.004 0.005 0.009 0.011 0.004 0.046 32 Q 0.008 0.885 0.003 0.004 0.005 0.011 0.003 0.081 33 Q 0.007 0.938 0.001 0.002 0.002 0.008 0.002 0.039 34 A 0.008 0.955 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.026 35 A 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 36 N 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 37 L 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 38 I 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 39 Q 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 40 E 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 41 M 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 42 G 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 43 Q 0.007 0.966 0.003 0.002 0.003 0.002 0.006 0.011 44 R 0.024 0.923 0.005 0.004 0.004 0.003 0.010 0.027 45 L 0.076 0.820 0.016 0.016 0.010 0.004 0.023 0.035 46 N 0.213 0.277 0.034 0.034 0.019 0.033 0.089 0.299 47 V 0.145 0.152 0.196 0.038 0.044 0.040 0.021 0.363 48 S 0.018 0.054 0.019 0.014 0.024 0.112 0.007 0.752 49 Q 0.045 0.055 0.014 0.008 0.015 0.142 0.009 0.712 50 L 0.068 0.222 0.019 0.009 0.010 0.185 0.007 0.480 51 T 0.040 0.411 0.021 0.011 0.014 0.168 0.008 0.327 52 I 0.013 0.802 0.009 0.008 0.013 0.023 0.003 0.129 53 N 0.005 0.909 0.003 0.003 0.007 0.015 0.001 0.056 54 T 0.005 0.949 0.002 0.002 0.002 0.006 0.002 0.031 55 A 0.005 0.976 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.011 56 I 0.002 0.982 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.009 57 V 0.003 0.983 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 58 Y 0.004 0.983 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.006 59 M 0.004 0.972 0.002 0.004 0.004 0.001 0.003 0.010 60 H 0.006 0.957 0.003 0.006 0.005 0.003 0.004 0.017 61 R 0.024 0.905 0.005 0.009 0.011 0.008 0.007 0.031 62 F 0.019 0.922 0.004 0.015 0.012 0.004 0.007 0.016 63 Y 0.030 0.839 0.014 0.029 0.031 0.007 0.014 0.036 64 M 0.050 0.696 0.032 0.060 0.062 0.015 0.022 0.063 65 H 0.073 0.572 0.039 0.070 0.077 0.015 0.027 0.128 66 H 0.092 0.264 0.060 0.085 0.098 0.040 0.043 0.317 67 S 0.032 0.083 0.031 0.039 0.042 0.048 0.015 0.710 68 F 0.082 0.053 0.048 0.054 0.107 0.068 0.012 0.576 69 T 0.078 0.057 0.029 0.053 0.076 0.273 0.013 0.422 70 K 0.134 0.085 0.033 0.039 0.065 0.173 0.015 0.455 71 F 0.087 0.239 0.035 0.033 0.041 0.145 0.011 0.408 72 N 0.080 0.170 0.027 0.023 0.036 0.145 0.021 0.497 73 K 0.059 0.089 0.018 0.009 0.017 0.068 0.012 0.726 74 N 0.087 0.101 0.012 0.008 0.013 0.347 0.015 0.416 75 I 0.211 0.174 0.016 0.008 0.013 0.257 0.016 0.304 76 I 0.028 0.755 0.015 0.012 0.013 0.043 0.004 0.131 77 S 0.008 0.713 0.020 0.013 0.022 0.040 0.003 0.180 78 S 0.009 0.802 0.007 0.008 0.013 0.025 0.003 0.133 79 T 0.008 0.923 0.003 0.004 0.005 0.013 0.002 0.042 80 A 0.003 0.979 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.010 81 L 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 82 F 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 83 L 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 84 A 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 A 0.010 0.978 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 86 K 0.041 0.918 0.003 0.004 0.003 0.002 0.013 0.017 87 V 0.020 0.918 0.010 0.006 0.009 0.004 0.006 0.028 88 E 0.013 0.877 0.007 0.007 0.013 0.010 0.008 0.065 89 E 0.019 0.824 0.007 0.006 0.006 0.010 0.014 0.114 90 Q 0.061 0.737 0.012 0.009 0.008 0.016 0.022 0.135 91 A 0.039 0.559 0.016 0.012 0.010 0.020 0.017 0.327 92 R 0.047 0.390 0.031 0.041 0.036 0.046 0.018 0.391 93 K 0.025 0.159 0.012 0.017 0.018 0.062 0.008 0.699 94 L 0.071 0.315 0.016 0.021 0.037 0.073 0.010 0.458 95 E 0.048 0.433 0.017 0.020 0.024 0.106 0.009 0.344 96 H 0.048 0.458 0.010 0.020 0.018 0.106 0.012 0.328 97 V 0.048 0.736 0.012 0.018 0.020 0.032 0.007 0.127 98 I 0.013 0.874 0.012 0.022 0.024 0.011 0.003 0.042 99 K 0.009 0.847 0.014 0.030 0.038 0.010 0.003 0.048 100 V 0.007 0.874 0.009 0.025 0.030 0.005 0.004 0.046 101 A 0.014 0.854 0.016 0.025 0.046 0.007 0.006 0.031 102 H 0.014 0.848 0.010 0.027 0.028 0.009 0.008 0.057 103 A 0.045 0.759 0.012 0.022 0.029 0.015 0.019 0.100 104 C 0.202 0.538 0.020 0.034 0.036 0.022 0.048 0.100 105 L 0.248 0.381 0.025 0.037 0.037 0.023 0.081 0.168 106 H 0.181 0.181 0.072 0.103 0.091 0.058 0.033 0.281 107 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 108 L 0.024 0.018 0.017 0.021 0.059 0.092 0.014 0.755 109 E 0.360 0.013 0.019 0.014 0.012 0.099 0.019 0.465 110 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 111 L 0.092 0.016 0.050 0.039 0.097 0.199 0.005 0.502 112 L 0.144 0.030 0.044 0.024 0.026 0.087 0.007 0.638 113 D 0.086 0.070 0.034 0.035 0.074 0.083 0.008 0.610 114 T 0.132 0.055 0.034 0.021 0.038 0.121 0.008 0.591 115 K 0.085 0.051 0.014 0.010 0.019 0.489 0.011 0.321 116 C 0.154 0.125 0.016 0.012 0.022 0.176 0.021 0.474 117 D 0.074 0.242 0.014 0.010 0.012 0.123 0.015 0.510 118 A 0.118 0.174 0.021 0.011 0.020 0.148 0.016 0.490 119 Y 0.141 0.297 0.014 0.022 0.042 0.135 0.015 0.333 120 L 0.085 0.335 0.020 0.025 0.061 0.068 0.009 0.397 121 Q 0.056 0.412 0.012 0.027 0.043 0.095 0.010 0.345 122 Q 0.092 0.433 0.008 0.013 0.021 0.090 0.015 0.328 123 T 0.068 0.601 0.008 0.010 0.017 0.035 0.010 0.253 124 R 0.037 0.588 0.009 0.009 0.011 0.050 0.010 0.287 125 E 0.063 0.629 0.008 0.007 0.009 0.063 0.011 0.211 126 L 0.022 0.879 0.007 0.005 0.007 0.012 0.004 0.063 127 V 0.006 0.937 0.004 0.004 0.006 0.006 0.002 0.035 128 I 0.004 0.946 0.003 0.003 0.004 0.006 0.001 0.035 129 L 0.003 0.971 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.017 130 E 0.008 0.946 0.002 0.001 0.002 0.006 0.003 0.031 131 T 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 132 I 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 133 M 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 134 L 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 135 Q 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 136 T 0.017 0.959 0.003 0.002 0.001 0.001 0.011 0.006 137 L 0.049 0.854 0.015 0.016 0.009 0.002 0.033 0.021 138 G 0.194 0.316 0.081 0.040 0.037 0.030 0.096 0.206 139 F 0.097 0.162 0.252 0.078 0.056 0.045 0.052 0.258 140 E 0.084 0.073 0.261 0.132 0.118 0.071 0.020 0.240 141 I 0.023 0.024 0.154 0.079 0.102 0.054 0.007 0.558 142 T 0.020 0.018 0.299 0.185 0.194 0.066 0.009 0.209 143 I 0.026 0.017 0.241 0.189 0.161 0.039 0.008 0.318 144 E 0.015 0.016 0.092 0.064 0.157 0.074 0.010 0.572 145 H 0.038 0.007 0.058 0.049 0.082 0.145 0.006 0.616 146 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 147 H 0.015 0.009 0.020 0.023 0.066 0.213 0.005 0.650 148 T 0.086 0.019 0.008 0.007 0.010 0.103 0.004 0.762 149 D 0.031 0.081 0.005 0.009 0.011 0.088 0.003 0.772 150 V 0.090 0.361 0.014 0.016 0.033 0.115 0.006 0.365 151 V 0.023 0.752 0.009 0.008 0.015 0.037 0.002 0.153 152 K 0.006 0.901 0.002 0.004 0.006 0.013 0.002 0.066 153 C 0.007 0.960 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.022 154 T 0.003 0.983 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 155 Q 0.003 0.982 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.008 156 L 0.007 0.975 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.010 157 V 0.015 0.963 0.002 0.002 0.002 0.001 0.005 0.008 158 R 0.035 0.890 0.007 0.006 0.005 0.006 0.015 0.038 159 A 0.101 0.698 0.023 0.007 0.009 0.021 0.024 0.118 160 S 0.108 0.629 0.015 0.006 0.010 0.037 0.024 0.171 161 K 0.090 0.374 0.016 0.004 0.007 0.046 0.022 0.441 162 D 0.047 0.293 0.008 0.003 0.003 0.195 0.015 0.437 163 L 0.120 0.472 0.009 0.003 0.005 0.088 0.013 0.291 164 A 0.024 0.797 0.005 0.002 0.003 0.038 0.004 0.127 165 Q 0.014 0.837 0.005 0.003 0.004 0.041 0.003 0.094 166 T 0.007 0.954 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.029 167 S 0.004 0.969 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.018 168 Y 0.001 0.983 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 169 F 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 170 M 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 171 A 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 172 T 0.009 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 173 N 0.187 0.687 0.004 0.003 0.002 0.002 0.081 0.035 174 S 0.378 0.456 0.038 0.007 0.006 0.011 0.059 0.045 175 L 0.073 0.467 0.072 0.029 0.029 0.046 0.039 0.245 176 H 0.077 0.235 0.094 0.045 0.056 0.107 0.035 0.350 177 L 0.062 0.229 0.118 0.046 0.053 0.116 0.019 0.356 178 T 0.050 0.259 0.105 0.060 0.068 0.091 0.019 0.347 179 T 0.041 0.140 0.086 0.061 0.071 0.093 0.020 0.489 180 F 0.107 0.142 0.072 0.093 0.131 0.156 0.019 0.279 181 C 0.121 0.127 0.061 0.112 0.151 0.134 0.016 0.278 182 L 0.115 0.187 0.073 0.205 0.211 0.057 0.016 0.136 183 Q 0.089 0.139 0.068 0.122 0.172 0.060 0.021 0.329 184 Y 0.066 0.093 0.063 0.087 0.136 0.055 0.025 0.475 185 K 0.026 0.055 0.017 0.048 0.054 0.068 0.004 0.729 186 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 187 T 0.007 0.033 0.004 0.009 0.022 0.183 0.002 0.738 188 V 0.141 0.179 0.004 0.003 0.003 0.081 0.006 0.582 189 I 0.009 0.904 0.002 0.002 0.002 0.015 0.001 0.066 190 A 0.003 0.967 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.023 191 C 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 192 V 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 193 C 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 194 I 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 195 H 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 196 L 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 197 A 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 198 C 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 199 K 0.013 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 200 W 0.027 0.942 0.007 0.002 0.001 0.001 0.012 0.008 201 S 0.091 0.756 0.018 0.011 0.008 0.006 0.056 0.055 202 N 0.220 0.206 0.046 0.016 0.013 0.021 0.111 0.367 203 W 0.209 0.087 0.140 0.027 0.030 0.060 0.054 0.395 204 E 0.037 0.029 0.035 0.017 0.022 0.141 0.026 0.693 205 I 0.070 0.014 0.072 0.051 0.055 0.068 0.008 0.661 206 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 207 V 0.009 0.002 0.033 0.047 0.092 0.066 0.002 0.749 208 S 0.068 0.010 0.033 0.048 0.071 0.097 0.005 0.668 209 T 0.101 0.014 0.021 0.035 0.072 0.105 0.006 0.646 210 D 0.075 0.011 0.015 0.016 0.027 0.178 0.006 0.673 211 G 0.111 0.017 0.015 0.013 0.017 0.229 0.019 0.579 212 K 0.199 0.025 0.020 0.015 0.021 0.293 0.018 0.410 213 H 0.077 0.052 0.025 0.036 0.053 0.183 0.012 0.563 214 W 0.063 0.053 0.028 0.051 0.146 0.154 0.008 0.498 215 W 0.074 0.080 0.034 0.107 0.183 0.136 0.011 0.376 216 E 0.144 0.105 0.033 0.114 0.176 0.129 0.017 0.282 217 Y 0.169 0.122 0.044 0.135 0.211 0.055 0.017 0.247 218 V 0.084 0.110 0.063 0.109 0.206 0.065 0.022 0.341 219 D 0.031 0.055 0.041 0.106 0.133 0.040 0.007 0.587 220 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.993 221 T 0.057 0.012 0.016 0.024 0.052 0.287 0.012 0.540 222 V 0.444 0.024 0.032 0.014 0.016 0.123 0.009 0.338 223 T 0.045 0.119 0.025 0.026 0.035 0.292 0.005 0.451 224 L 0.034 0.062 0.014 0.006 0.036 0.029 0.003 0.817 225 E 0.022 0.065 0.006 0.003 0.008 0.358 0.003 0.536 226 L 0.053 0.086 0.001 0.001 0.002 0.722 0.005 0.132 227 L 0.025 0.929 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.041 228 D 0.003 0.915 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.071 229 E 0.013 0.889 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.085 230 L 0.033 0.919 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.038 231 T 0.009 0.955 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.029 232 H 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 233 E 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 234 F 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 235 L 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 236 Q 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 237 I 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 238 L 0.009 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 239 E 0.032 0.936 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.013 240 K 0.081 0.781 0.016 0.003 0.002 0.004 0.062 0.052 241 T 0.135 0.621 0.024 0.009 0.009 0.013 0.024 0.165 242 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 243 N 0.007 0.029 0.006 0.007 0.014 0.322 0.005 0.609 244 R 0.592 0.034 0.004 0.001 0.001 0.102 0.017 0.249 245 L 0.236 0.417 0.017 0.006 0.006 0.081 0.005 0.231 246 K 0.075 0.506 0.036 0.017 0.019 0.098 0.007 0.242 247 K 0.047 0.592 0.019 0.011 0.015 0.047 0.006 0.262 248 I 0.074 0.707 0.014 0.013 0.030 0.031 0.010 0.121 249 R 0.044 0.737 0.018 0.015 0.021 0.023 0.011 0.131 250 N 0.057 0.587 0.014 0.012 0.017 0.038 0.022 0.252 251 W 0.119 0.425 0.025 0.011 0.019 0.046 0.021 0.335 252 R 0.060 0.551 0.013 0.017 0.020 0.068 0.013 0.257 253 A 0.053 0.431 0.030 0.018 0.029 0.070 0.015 0.355 254 N 0.076 0.521 0.014 0.017 0.022 0.063 0.020 0.267 255 Q 0.260 0.286 0.024 0.012 0.020 0.055 0.030 0.313 256 A 0.066 0.204 0.015 0.010 0.013 0.081 0.018 0.594