# TARGET T0338 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0338.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 328 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.995 2 S 0.052 0.031 0.016 0.497 0.002 0.026 0.377 3 S 0.065 0.010 0.059 0.470 0.062 0.087 0.248 4 R 0.089 0.006 0.115 0.446 0.058 0.109 0.176 5 W 0.098 0.009 0.099 0.446 0.086 0.094 0.168 6 F 0.107 0.019 0.050 0.420 0.084 0.091 0.228 7 F 0.084 0.012 0.028 0.412 0.094 0.055 0.315 8 T 0.055 0.004 0.021 0.614 0.061 0.038 0.207 9 R 0.022 0.004 0.033 0.806 0.026 0.035 0.074 10 E 0.013 0.004 0.039 0.838 0.023 0.038 0.045 11 Q 0.009 0.002 0.035 0.845 0.022 0.056 0.031 12 L 0.009 0.003 0.024 0.802 0.029 0.099 0.036 13 E 0.009 0.003 0.017 0.614 0.073 0.201 0.082 14 N 0.009 0.009 0.009 0.247 0.242 0.132 0.353 15 T 0.006 0.010 0.007 0.065 0.190 0.034 0.688 16 P 0.004 0.009 0.066 0.167 0.120 0.122 0.512 17 S 0.003 0.004 0.198 0.204 0.094 0.214 0.283 18 R 0.003 0.004 0.325 0.206 0.073 0.216 0.173 19 R 0.004 0.007 0.263 0.194 0.114 0.236 0.182 20 C 0.006 0.010 0.128 0.134 0.159 0.322 0.240 21 G 0.007 0.011 0.055 0.076 0.221 0.271 0.358 22 V 0.007 0.025 0.023 0.073 0.221 0.059 0.592 23 E 0.005 0.012 0.008 0.110 0.101 0.019 0.745 24 A 0.001 0.001 0.029 0.833 0.026 0.053 0.057 25 D 0.001 0.001 0.025 0.875 0.015 0.057 0.025 26 K 0.001 0.001 0.022 0.901 0.013 0.034 0.028 27 E 0.001 0.001 0.005 0.958 0.007 0.014 0.015 28 L 0.001 0.001 0.003 0.965 0.006 0.018 0.007 29 S 0.001 0.001 0.002 0.967 0.004 0.019 0.006 30 C 0.001 0.001 0.002 0.977 0.004 0.008 0.008 31 R 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.004 0.002 32 Q 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 33 Q 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 35 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 36 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 37 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 38 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 39 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 40 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 41 M 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 42 G 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.009 0.002 43 Q 0.001 0.001 0.004 0.967 0.004 0.022 0.003 44 R 0.001 0.001 0.009 0.860 0.008 0.117 0.005 45 L 0.001 0.002 0.007 0.513 0.041 0.404 0.032 46 N 0.002 0.010 0.009 0.122 0.061 0.616 0.180 47 V 0.002 0.011 0.002 0.038 0.281 0.021 0.645 48 S 0.003 0.003 0.002 0.089 0.092 0.018 0.791 49 Q 0.001 0.001 0.009 0.970 0.005 0.012 0.003 50 L 0.001 0.001 0.005 0.986 0.001 0.006 0.002 51 T 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 52 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 53 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 54 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 55 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 56 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 57 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 58 Y 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 59 M 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.001 60 H 0.002 0.001 0.004 0.979 0.002 0.011 0.002 61 R 0.004 0.001 0.007 0.953 0.006 0.028 0.003 62 F 0.010 0.001 0.012 0.922 0.007 0.039 0.008 63 Y 0.032 0.003 0.022 0.838 0.017 0.070 0.018 64 M 0.068 0.004 0.033 0.641 0.043 0.157 0.054 65 H 0.100 0.007 0.045 0.399 0.092 0.239 0.120 66 H 0.123 0.015 0.034 0.188 0.213 0.141 0.286 67 S 0.108 0.015 0.035 0.096 0.151 0.117 0.477 68 F 0.103 0.015 0.076 0.126 0.161 0.116 0.403 69 T 0.119 0.009 0.100 0.132 0.143 0.191 0.306 70 K 0.100 0.015 0.102 0.111 0.156 0.262 0.254 71 F 0.087 0.019 0.026 0.096 0.356 0.088 0.329 72 N 0.067 0.010 0.004 0.053 0.161 0.019 0.688 73 K 0.003 0.001 0.033 0.898 0.016 0.023 0.026 74 N 0.003 0.001 0.011 0.960 0.005 0.011 0.010 75 I 0.001 0.001 0.006 0.979 0.004 0.004 0.005 76 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.002 77 S 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 78 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 79 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 82 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 83 L 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.013 0.001 84 A 0.001 0.001 0.006 0.949 0.002 0.041 0.002 85 A 0.001 0.001 0.012 0.901 0.004 0.076 0.005 86 K 0.002 0.001 0.023 0.848 0.016 0.088 0.021 87 V 0.006 0.005 0.044 0.801 0.031 0.070 0.043 88 E 0.013 0.005 0.070 0.654 0.053 0.156 0.049 89 E 0.016 0.004 0.062 0.505 0.094 0.235 0.084 90 Q 0.021 0.009 0.029 0.252 0.273 0.144 0.273 91 A 0.015 0.008 0.010 0.058 0.294 0.094 0.521 92 R 0.010 0.008 0.017 0.079 0.241 0.092 0.552 93 K 0.017 0.011 0.018 0.157 0.105 0.065 0.627 94 L 0.005 0.002 0.039 0.806 0.020 0.030 0.098 95 E 0.003 0.001 0.011 0.951 0.006 0.011 0.017 96 H 0.003 0.001 0.008 0.970 0.004 0.007 0.007 97 V 0.003 0.001 0.002 0.985 0.002 0.005 0.003 98 I 0.005 0.001 0.001 0.984 0.002 0.005 0.003 99 K 0.009 0.001 0.002 0.972 0.003 0.011 0.003 100 V 0.009 0.001 0.004 0.958 0.005 0.020 0.004 101 A 0.014 0.001 0.009 0.934 0.005 0.026 0.010 102 H 0.017 0.002 0.020 0.861 0.014 0.068 0.017 103 A 0.024 0.003 0.027 0.753 0.032 0.115 0.046 104 C 0.034 0.008 0.046 0.587 0.077 0.128 0.121 105 L 0.057 0.020 0.045 0.458 0.103 0.165 0.152 106 H 0.039 0.014 0.042 0.275 0.159 0.156 0.314 107 P 0.025 0.008 0.045 0.202 0.182 0.209 0.329 108 L 0.029 0.007 0.055 0.160 0.184 0.290 0.275 109 E 0.032 0.009 0.071 0.145 0.200 0.230 0.314 110 P 0.043 0.015 0.076 0.152 0.180 0.167 0.367 111 L 0.065 0.023 0.080 0.177 0.129 0.134 0.391 112 L 0.064 0.021 0.078 0.203 0.119 0.137 0.378 113 D 0.060 0.023 0.070 0.225 0.114 0.112 0.397 114 T 0.041 0.018 0.066 0.304 0.127 0.116 0.327 115 K 0.030 0.009 0.062 0.359 0.105 0.141 0.294 116 C 0.021 0.005 0.080 0.397 0.105 0.193 0.199 117 D 0.022 0.006 0.101 0.436 0.105 0.188 0.142 118 A 0.020 0.011 0.108 0.434 0.103 0.145 0.179 119 Y 0.025 0.008 0.070 0.474 0.092 0.119 0.212 120 L 0.021 0.007 0.058 0.563 0.058 0.134 0.158 121 Q 0.012 0.010 0.033 0.601 0.084 0.089 0.171 122 Q 0.009 0.005 0.013 0.707 0.054 0.036 0.176 123 T 0.001 0.001 0.007 0.962 0.007 0.013 0.010 124 R 0.001 0.001 0.005 0.977 0.003 0.009 0.004 125 E 0.001 0.001 0.004 0.983 0.002 0.006 0.003 126 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 127 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 128 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 129 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 130 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 131 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 132 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 133 M 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 134 L 0.001 0.001 0.002 0.987 0.002 0.007 0.002 135 Q 0.001 0.001 0.006 0.966 0.003 0.022 0.002 136 T 0.002 0.001 0.006 0.889 0.004 0.096 0.003 137 L 0.007 0.004 0.007 0.631 0.032 0.290 0.030 138 G 0.038 0.007 0.007 0.127 0.156 0.347 0.318 139 F 0.157 0.016 0.010 0.056 0.156 0.035 0.571 140 E 0.427 0.020 0.013 0.059 0.111 0.019 0.352 141 I 0.579 0.025 0.017 0.068 0.035 0.030 0.246 142 T 0.583 0.020 0.018 0.076 0.066 0.054 0.183 143 I 0.400 0.017 0.019 0.073 0.128 0.079 0.285 144 E 0.126 0.009 0.019 0.061 0.279 0.081 0.425 145 H 0.041 0.015 0.015 0.066 0.241 0.051 0.570 146 P 0.013 0.005 0.075 0.317 0.109 0.229 0.252 147 H 0.010 0.005 0.061 0.526 0.099 0.143 0.155 148 T 0.005 0.003 0.032 0.842 0.045 0.034 0.039 149 D 0.002 0.002 0.010 0.940 0.009 0.015 0.023 150 V 0.001 0.001 0.003 0.976 0.004 0.007 0.008 151 V 0.001 0.001 0.001 0.987 0.003 0.004 0.003 152 K 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 0.002 153 C 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 154 T 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.009 0.003 155 Q 0.001 0.001 0.005 0.945 0.002 0.043 0.003 156 L 0.001 0.001 0.011 0.811 0.008 0.160 0.008 157 V 0.001 0.004 0.024 0.598 0.034 0.301 0.039 158 R 0.002 0.006 0.041 0.293 0.095 0.429 0.134 159 A 0.003 0.006 0.060 0.220 0.176 0.126 0.409 160 S 0.003 0.004 0.050 0.300 0.143 0.095 0.406 161 K 0.002 0.002 0.055 0.668 0.072 0.118 0.084 162 D 0.002 0.002 0.031 0.781 0.034 0.093 0.057 163 L 0.001 0.001 0.012 0.917 0.014 0.028 0.027 164 A 0.001 0.001 0.002 0.973 0.006 0.007 0.011 165 Q 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.004 0.004 166 T 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 167 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 168 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 169 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 170 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 171 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 172 T 0.001 0.001 0.003 0.967 0.001 0.027 0.001 173 N 0.001 0.001 0.008 0.891 0.006 0.089 0.005 174 S 0.001 0.002 0.024 0.668 0.012 0.275 0.018 175 L 0.006 0.008 0.033 0.365 0.074 0.424 0.089 176 H 0.027 0.014 0.059 0.201 0.149 0.228 0.322 177 L 0.045 0.017 0.063 0.152 0.226 0.152 0.345 178 T 0.078 0.020 0.071 0.120 0.192 0.159 0.361 179 T 0.093 0.012 0.138 0.156 0.162 0.179 0.261 180 F 0.193 0.014 0.110 0.208 0.129 0.148 0.198 181 C 0.327 0.020 0.091 0.143 0.094 0.136 0.189 182 L 0.419 0.018 0.051 0.098 0.097 0.114 0.204 183 Q 0.278 0.019 0.033 0.052 0.160 0.143 0.315 184 Y 0.115 0.032 0.004 0.020 0.430 0.019 0.381 185 K 0.032 0.005 0.001 0.007 0.084 0.006 0.865 186 P 0.002 0.001 0.063 0.759 0.039 0.104 0.033 187 T 0.001 0.001 0.025 0.884 0.026 0.050 0.013 188 V 0.001 0.001 0.012 0.965 0.006 0.007 0.008 189 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.003 190 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.002 0.003 191 C 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 192 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 193 C 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 194 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 195 H 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 196 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 197 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 198 C 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.015 0.001 199 K 0.001 0.001 0.002 0.941 0.002 0.052 0.002 200 W 0.001 0.001 0.006 0.852 0.011 0.116 0.014 201 S 0.001 0.003 0.012 0.494 0.050 0.389 0.049 202 N 0.004 0.004 0.018 0.115 0.134 0.456 0.268 203 W 0.015 0.015 0.016 0.045 0.246 0.062 0.600 204 E 0.044 0.038 0.025 0.045 0.182 0.071 0.595 205 I 0.059 0.029 0.035 0.055 0.205 0.076 0.540 206 P 0.057 0.027 0.036 0.048 0.129 0.083 0.620 207 V 0.049 0.019 0.073 0.087 0.169 0.149 0.454 208 S 0.028 0.012 0.096 0.126 0.194 0.220 0.325 209 T 0.019 0.012 0.105 0.114 0.184 0.212 0.354 210 D 0.024 0.008 0.096 0.125 0.194 0.286 0.267 211 G 0.037 0.011 0.082 0.135 0.200 0.248 0.288 212 K 0.070 0.025 0.061 0.142 0.206 0.113 0.384 213 H 0.117 0.028 0.069 0.207 0.133 0.092 0.354 214 W 0.159 0.018 0.138 0.308 0.066 0.088 0.223 215 W 0.238 0.014 0.176 0.279 0.051 0.074 0.168 216 E 0.320 0.016 0.124 0.273 0.051 0.064 0.153 217 Y 0.366 0.017 0.081 0.280 0.057 0.065 0.134 218 V 0.300 0.024 0.071 0.283 0.064 0.078 0.180 219 D 0.181 0.016 0.068 0.191 0.132 0.129 0.284 220 P 0.069 0.006 0.044 0.093 0.200 0.453 0.134 221 T 0.045 0.008 0.021 0.025 0.218 0.443 0.240 222 V 0.091 0.059 0.005 0.010 0.279 0.024 0.531 223 T 0.048 0.034 0.002 0.009 0.096 0.007 0.804 224 L 0.001 0.001 0.098 0.848 0.014 0.030 0.009 225 E 0.001 0.001 0.091 0.850 0.010 0.043 0.005 226 L 0.001 0.001 0.087 0.864 0.005 0.035 0.007 227 L 0.001 0.001 0.005 0.971 0.005 0.011 0.007 228 D 0.001 0.001 0.001 0.984 0.004 0.007 0.004 229 E 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.007 0.002 230 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 231 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 232 H 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 233 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 234 F 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 235 L 0.001 0.001 0.001 0.982 0.002 0.011 0.002 236 Q 0.001 0.001 0.004 0.954 0.002 0.037 0.003 237 I 0.001 0.001 0.006 0.934 0.006 0.043 0.010 238 L 0.001 0.002 0.013 0.901 0.012 0.054 0.016 239 E 0.002 0.001 0.028 0.701 0.028 0.207 0.032 240 K 0.002 0.004 0.029 0.580 0.084 0.210 0.091 241 T 0.003 0.006 0.019 0.323 0.185 0.087 0.376 242 P 0.002 0.003 0.067 0.400 0.120 0.223 0.184 243 N 0.003 0.003 0.128 0.386 0.098 0.241 0.141 244 R 0.004 0.004 0.174 0.361 0.085 0.184 0.186 245 L 0.011 0.005 0.130 0.329 0.084 0.181 0.258 246 K 0.021 0.007 0.119 0.340 0.096 0.168 0.249 247 K 0.025 0.015 0.084 0.370 0.133 0.098 0.275 248 I 0.031 0.012 0.050 0.336 0.069 0.076 0.428 249 R 0.031 0.008 0.056 0.316 0.049 0.127 0.412 250 N 0.034 0.007 0.060 0.223 0.041 0.097 0.537 251 W 0.031 0.013 0.039 0.196 0.090 0.033 0.598 252 R 0.061 0.010 0.038 0.266 0.063 0.056 0.505 253 A 0.048 0.007 0.052 0.218 0.114 0.143 0.417 254 N 0.034 0.010 0.040 0.154 0.131 0.184 0.447 255 Q 0.013 0.008 0.012 0.055 0.010 0.080 0.822 256 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999