# TARGET T0338 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0338.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 986 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.025 0.006 0.022 0.274 0.158 0.515 2 S 0.026 0.013 0.026 0.229 0.200 0.506 3 S 0.014 0.005 0.050 0.225 0.271 0.436 4 R 0.014 0.003 0.134 0.291 0.308 0.250 5 W 0.028 0.006 0.148 0.313 0.300 0.205 6 F 0.058 0.015 0.079 0.338 0.233 0.277 7 F 0.092 0.018 0.037 0.391 0.181 0.281 8 T 0.089 0.030 0.039 0.426 0.153 0.264 9 R 0.018 0.003 0.130 0.691 0.086 0.071 10 E 0.018 0.003 0.146 0.705 0.076 0.051 11 Q 0.024 0.006 0.156 0.653 0.104 0.056 12 L 0.027 0.009 0.074 0.590 0.147 0.152 13 E 0.019 0.015 0.028 0.507 0.158 0.273 14 N 0.013 0.012 0.016 0.193 0.216 0.550 15 T 0.008 0.008 0.010 0.035 0.303 0.635 16 P 0.006 0.008 0.079 0.063 0.427 0.417 17 S 0.011 0.009 0.160 0.067 0.495 0.258 18 R 0.018 0.009 0.287 0.114 0.402 0.170 19 R 0.033 0.015 0.184 0.153 0.373 0.244 20 C 0.042 0.013 0.100 0.240 0.308 0.297 21 G 0.044 0.012 0.029 0.104 0.277 0.533 22 V 0.074 0.025 0.014 0.109 0.201 0.578 23 E 0.105 0.034 0.023 0.133 0.264 0.442 24 A 0.056 0.009 0.056 0.332 0.301 0.247 25 D 0.046 0.008 0.082 0.410 0.254 0.200 26 K 0.066 0.013 0.056 0.433 0.217 0.214 27 E 0.054 0.009 0.023 0.403 0.136 0.375 28 L 0.015 0.003 0.022 0.747 0.084 0.129 29 S 0.014 0.006 0.020 0.762 0.069 0.130 30 C 0.003 0.001 0.013 0.934 0.021 0.028 31 R 0.001 0.001 0.004 0.977 0.008 0.010 32 Q 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.003 33 Q 0.001 0.001 0.004 0.989 0.004 0.002 34 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 35 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.003 0.001 36 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 37 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 38 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 39 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 40 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 41 M 0.001 0.001 0.002 0.987 0.005 0.005 42 G 0.001 0.001 0.008 0.972 0.013 0.006 43 Q 0.001 0.001 0.012 0.970 0.013 0.004 44 R 0.001 0.001 0.005 0.972 0.015 0.007 45 L 0.001 0.001 0.002 0.959 0.007 0.032 46 N 0.001 0.001 0.001 0.015 0.021 0.963 47 V 0.003 0.005 0.003 0.079 0.062 0.848 48 S 0.015 0.006 0.008 0.179 0.105 0.688 49 Q 0.002 0.001 0.018 0.916 0.029 0.034 50 L 0.002 0.001 0.024 0.948 0.015 0.010 51 T 0.001 0.001 0.018 0.969 0.007 0.004 52 I 0.001 0.001 0.006 0.989 0.003 0.001 53 N 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 54 T 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 55 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 56 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 57 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 58 Y 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.001 59 M 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.002 60 H 0.002 0.001 0.006 0.979 0.010 0.003 61 R 0.006 0.001 0.008 0.959 0.020 0.006 62 F 0.010 0.001 0.008 0.928 0.026 0.026 63 Y 0.015 0.004 0.019 0.849 0.057 0.057 64 M 0.035 0.005 0.030 0.770 0.095 0.066 65 H 0.037 0.003 0.027 0.660 0.127 0.146 66 H 0.040 0.007 0.027 0.360 0.199 0.367 67 S 0.055 0.012 0.026 0.181 0.220 0.506 68 F 0.112 0.035 0.042 0.121 0.246 0.444 69 T 0.093 0.018 0.040 0.137 0.383 0.329 70 K 0.047 0.011 0.084 0.281 0.362 0.215 71 F 0.032 0.012 0.080 0.369 0.303 0.203 72 N 0.020 0.013 0.070 0.320 0.333 0.244 73 K 0.005 0.002 0.060 0.692 0.146 0.095 74 N 0.004 0.004 0.042 0.826 0.057 0.067 75 I 0.003 0.002 0.012 0.971 0.006 0.006 76 I 0.002 0.001 0.006 0.986 0.004 0.002 77 S 0.003 0.001 0.006 0.987 0.003 0.001 78 S 0.002 0.001 0.003 0.991 0.003 0.001 79 T 0.001 0.001 0.003 0.990 0.005 0.001 80 A 0.001 0.001 0.004 0.991 0.004 0.001 81 L 0.002 0.001 0.005 0.987 0.006 0.001 82 F 0.002 0.001 0.005 0.986 0.006 0.001 83 L 0.003 0.001 0.007 0.980 0.006 0.003 84 A 0.004 0.001 0.011 0.961 0.009 0.014 85 A 0.009 0.001 0.019 0.899 0.025 0.047 86 K 0.021 0.002 0.015 0.883 0.032 0.046 87 V 0.065 0.003 0.021 0.787 0.054 0.071 88 E 0.028 0.002 0.022 0.853 0.039 0.057 89 E 0.039 0.004 0.044 0.789 0.074 0.051 90 Q 0.033 0.004 0.041 0.649 0.156 0.117 91 A 0.026 0.003 0.036 0.358 0.222 0.355 92 R 0.073 0.015 0.025 0.248 0.206 0.432 93 K 0.076 0.018 0.011 0.165 0.088 0.642 94 L 0.005 0.001 0.044 0.896 0.020 0.033 95 E 0.005 0.001 0.026 0.942 0.015 0.012 96 H 0.005 0.001 0.015 0.964 0.012 0.005 97 V 0.007 0.001 0.006 0.972 0.008 0.006 98 I 0.006 0.001 0.006 0.973 0.009 0.006 99 K 0.011 0.001 0.010 0.948 0.019 0.012 100 V 0.010 0.001 0.011 0.916 0.032 0.030 101 A 0.014 0.003 0.016 0.846 0.062 0.060 102 H 0.015 0.003 0.034 0.633 0.137 0.179 103 A 0.037 0.010 0.034 0.245 0.234 0.440 104 C 0.042 0.020 0.025 0.153 0.240 0.520 105 L 0.034 0.020 0.021 0.085 0.229 0.610 106 H 0.028 0.012 0.029 0.065 0.243 0.623 107 P 0.028 0.011 0.041 0.061 0.324 0.536 108 L 0.014 0.007 0.199 0.280 0.256 0.244 109 E 0.025 0.004 0.229 0.309 0.251 0.182 110 P 0.025 0.004 0.294 0.404 0.196 0.077 111 L 0.043 0.012 0.184 0.517 0.142 0.103 112 L 0.074 0.014 0.085 0.561 0.156 0.111 113 D 0.078 0.009 0.053 0.522 0.170 0.169 114 T 0.078 0.009 0.040 0.438 0.198 0.236 115 K 0.077 0.015 0.025 0.383 0.224 0.275 116 C 0.044 0.005 0.034 0.425 0.236 0.256 117 D 0.025 0.002 0.046 0.629 0.169 0.130 118 A 0.040 0.004 0.044 0.733 0.119 0.061 119 Y 0.062 0.008 0.039 0.763 0.080 0.048 120 L 0.039 0.005 0.029 0.808 0.067 0.051 121 Q 0.024 0.003 0.032 0.797 0.074 0.070 122 Q 0.008 0.002 0.017 0.846 0.044 0.083 123 T 0.002 0.001 0.007 0.929 0.020 0.041 124 R 0.001 0.001 0.004 0.984 0.006 0.006 125 E 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 126 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 127 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 128 I 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 129 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 130 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 131 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 132 I 0.001 0.001 0.002 0.993 0.004 0.001 133 M 0.001 0.001 0.002 0.990 0.006 0.001 134 L 0.001 0.001 0.005 0.985 0.008 0.001 135 Q 0.003 0.001 0.010 0.971 0.014 0.002 136 T 0.004 0.001 0.006 0.949 0.022 0.019 137 L 0.014 0.003 0.009 0.749 0.045 0.179 138 G 0.017 0.001 0.001 0.009 0.051 0.921 139 F 0.176 0.003 0.003 0.008 0.079 0.732 140 E 0.755 0.005 0.002 0.005 0.049 0.184 141 I 0.836 0.008 0.002 0.007 0.030 0.118 142 T 0.756 0.006 0.002 0.006 0.059 0.171 143 I 0.609 0.007 0.003 0.005 0.106 0.270 144 E 0.329 0.021 0.006 0.011 0.167 0.467 145 H 0.117 0.025 0.007 0.014 0.325 0.513 146 P 0.024 0.009 0.036 0.101 0.384 0.446 147 H 0.013 0.005 0.060 0.266 0.327 0.328 148 T 0.005 0.003 0.059 0.701 0.157 0.075 149 D 0.002 0.001 0.025 0.914 0.040 0.018 150 V 0.002 0.001 0.008 0.972 0.013 0.005 151 V 0.003 0.001 0.007 0.979 0.009 0.003 152 K 0.005 0.001 0.007 0.972 0.012 0.004 153 C 0.003 0.001 0.007 0.976 0.008 0.005 154 T 0.003 0.001 0.011 0.971 0.010 0.005 155 Q 0.004 0.001 0.017 0.954 0.017 0.009 156 L 0.006 0.001 0.018 0.915 0.030 0.030 157 V 0.005 0.002 0.012 0.848 0.046 0.087 158 R 0.007 0.005 0.019 0.553 0.125 0.291 159 A 0.006 0.003 0.025 0.499 0.172 0.295 160 S 0.007 0.003 0.022 0.464 0.179 0.326 161 K 0.002 0.002 0.028 0.790 0.097 0.080 162 D 0.003 0.003 0.035 0.823 0.069 0.066 163 L 0.001 0.001 0.023 0.942 0.019 0.015 164 A 0.001 0.001 0.011 0.968 0.011 0.010 165 Q 0.001 0.001 0.007 0.979 0.007 0.006 166 T 0.001 0.001 0.006 0.985 0.005 0.004 167 S 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.002 168 Y 0.001 0.001 0.003 0.992 0.004 0.001 169 F 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.001 170 M 0.001 0.001 0.004 0.983 0.008 0.004 171 A 0.001 0.001 0.010 0.974 0.012 0.003 172 T 0.003 0.001 0.015 0.951 0.024 0.006 173 N 0.004 0.001 0.022 0.902 0.048 0.023 174 S 0.011 0.004 0.032 0.797 0.093 0.063 175 L 0.025 0.005 0.045 0.661 0.142 0.122 176 H 0.047 0.010 0.054 0.409 0.233 0.246 177 L 0.057 0.020 0.026 0.424 0.193 0.280 178 T 0.053 0.013 0.031 0.331 0.203 0.369 179 T 0.039 0.005 0.108 0.554 0.176 0.118 180 F 0.076 0.006 0.152 0.520 0.155 0.090 181 C 0.101 0.023 0.158 0.559 0.106 0.053 182 L 0.123 0.009 0.090 0.618 0.100 0.061 183 Q 0.096 0.011 0.049 0.477 0.161 0.206 184 Y 0.075 0.020 0.018 0.400 0.157 0.330 185 K 0.024 0.013 0.003 0.140 0.110 0.710 186 P 0.001 0.001 0.005 0.951 0.018 0.024 187 T 0.001 0.001 0.008 0.970 0.011 0.010 188 V 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.001 189 I 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 190 A 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 191 C 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 192 V 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 193 C 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 194 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 195 H 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 196 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 197 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 198 C 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 199 K 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.003 200 W 0.001 0.001 0.005 0.965 0.021 0.007 201 S 0.001 0.001 0.008 0.864 0.071 0.056 202 N 0.001 0.001 0.007 0.068 0.299 0.624 203 W 0.008 0.008 0.007 0.012 0.354 0.611 204 E 0.045 0.011 0.007 0.009 0.232 0.697 205 I 0.103 0.026 0.016 0.011 0.229 0.614 206 P 0.147 0.021 0.022 0.011 0.235 0.563 207 V 0.173 0.032 0.032 0.015 0.252 0.495 208 S 0.141 0.026 0.029 0.022 0.358 0.424 209 T 0.103 0.019 0.041 0.024 0.477 0.336 210 D 0.073 0.012 0.040 0.033 0.524 0.318 211 G 0.079 0.015 0.055 0.040 0.458 0.353 212 K 0.211 0.018 0.068 0.051 0.346 0.305 213 H 0.364 0.024 0.070 0.092 0.169 0.281 214 W 0.502 0.021 0.080 0.122 0.113 0.162 215 W 0.604 0.018 0.053 0.125 0.086 0.114 216 E 0.652 0.013 0.037 0.093 0.093 0.112 217 Y 0.670 0.017 0.029 0.053 0.099 0.132 218 V 0.424 0.065 0.016 0.051 0.145 0.299 219 D 0.063 0.017 0.011 0.008 0.879 0.023 220 P 0.005 0.001 0.016 0.005 0.956 0.017 221 T 0.001 0.001 0.013 0.002 0.960 0.023 222 V 0.051 0.136 0.004 0.004 0.746 0.060 223 T 0.017 0.020 0.001 0.007 0.024 0.931 224 L 0.001 0.001 0.042 0.948 0.005 0.004 225 E 0.001 0.001 0.057 0.933 0.007 0.002 226 L 0.001 0.001 0.049 0.942 0.007 0.001 227 L 0.002 0.001 0.004 0.985 0.004 0.004 228 D 0.001 0.001 0.002 0.991 0.002 0.004 229 E 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.003 230 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 231 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 232 H 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 233 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 234 F 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 235 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 236 Q 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.001 237 I 0.001 0.001 0.006 0.979 0.006 0.009 238 L 0.001 0.001 0.010 0.963 0.013 0.012 239 E 0.001 0.002 0.006 0.942 0.028 0.022 240 K 0.001 0.002 0.008 0.723 0.077 0.189 241 T 0.001 0.001 0.004 0.035 0.319 0.640 242 P 0.001 0.001 0.155 0.137 0.507 0.199 243 N 0.002 0.001 0.226 0.142 0.533 0.095 244 R 0.005 0.002 0.256 0.321 0.367 0.048 245 L 0.020 0.004 0.095 0.582 0.169 0.129 246 K 0.058 0.007 0.075 0.665 0.096 0.099 247 K 0.078 0.006 0.056 0.654 0.086 0.121 248 I 0.101 0.009 0.032 0.620 0.068 0.169 249 R 0.117 0.011 0.024 0.598 0.067 0.183 250 N 0.081 0.009 0.028 0.542 0.098 0.241 251 W 0.065 0.008 0.033 0.596 0.099 0.198 252 R 0.061 0.009 0.049 0.563 0.126 0.192 253 A 0.032 0.006 0.056 0.573 0.131 0.201 254 N 0.018 0.004 0.034 0.441 0.148 0.354 255 Q 0.012 0.005 0.018 0.214 0.135 0.616 256 A 0.003 0.001 0.002 0.019 0.067 0.908