# TARGET T0338 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0338.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 986 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.015 0.003 0.011 0.037 0.028 0.032 0.874 2 S 0.036 0.016 0.031 0.108 0.031 0.092 0.685 3 S 0.045 0.015 0.064 0.187 0.119 0.123 0.447 4 R 0.040 0.005 0.122 0.204 0.161 0.213 0.255 5 W 0.071 0.011 0.116 0.303 0.123 0.155 0.221 6 F 0.113 0.028 0.062 0.360 0.084 0.084 0.269 7 F 0.118 0.019 0.037 0.317 0.081 0.052 0.376 8 T 0.127 0.020 0.028 0.317 0.069 0.064 0.374 9 R 0.052 0.007 0.070 0.611 0.044 0.078 0.139 10 E 0.041 0.005 0.090 0.606 0.053 0.078 0.127 11 Q 0.047 0.006 0.093 0.567 0.039 0.103 0.144 12 L 0.048 0.009 0.076 0.482 0.069 0.113 0.203 13 E 0.045 0.015 0.037 0.340 0.145 0.139 0.279 14 N 0.027 0.013 0.016 0.163 0.232 0.128 0.422 15 T 0.013 0.006 0.003 0.021 0.130 0.015 0.811 16 P 0.014 0.008 0.090 0.165 0.084 0.232 0.407 17 S 0.020 0.013 0.165 0.132 0.127 0.292 0.253 18 R 0.022 0.013 0.237 0.150 0.142 0.161 0.276 19 R 0.036 0.028 0.149 0.226 0.096 0.172 0.292 20 C 0.036 0.013 0.085 0.137 0.107 0.400 0.221 21 G 0.039 0.010 0.043 0.060 0.158 0.329 0.360 22 V 0.057 0.037 0.023 0.068 0.190 0.052 0.572 23 E 0.038 0.021 0.018 0.066 0.090 0.033 0.734 24 A 0.021 0.009 0.060 0.252 0.092 0.194 0.373 25 D 0.015 0.007 0.064 0.264 0.070 0.169 0.411 26 K 0.017 0.016 0.061 0.391 0.090 0.079 0.347 27 E 0.010 0.006 0.022 0.505 0.043 0.050 0.364 28 L 0.002 0.001 0.014 0.889 0.016 0.043 0.035 29 S 0.001 0.001 0.009 0.927 0.008 0.033 0.021 30 C 0.002 0.001 0.009 0.952 0.005 0.013 0.018 31 R 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.004 0.005 32 Q 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.004 0.001 33 Q 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.008 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 35 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 36 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 37 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 38 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 39 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 40 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 41 M 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 42 G 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.007 0.002 43 Q 0.001 0.001 0.004 0.972 0.003 0.017 0.003 44 R 0.001 0.001 0.008 0.927 0.006 0.055 0.004 45 L 0.001 0.001 0.007 0.588 0.018 0.373 0.012 46 N 0.002 0.002 0.006 0.133 0.053 0.681 0.124 47 V 0.008 0.010 0.005 0.055 0.088 0.022 0.812 48 S 0.013 0.005 0.012 0.118 0.052 0.017 0.783 49 Q 0.001 0.001 0.020 0.919 0.018 0.029 0.011 50 L 0.002 0.001 0.014 0.955 0.004 0.018 0.007 51 T 0.001 0.001 0.007 0.976 0.001 0.006 0.008 52 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.002 0.003 53 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 54 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 55 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 56 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 57 V 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 58 Y 0.001 0.001 0.001 0.964 0.001 0.034 0.001 59 M 0.001 0.001 0.001 0.972 0.002 0.019 0.005 60 H 0.002 0.001 0.005 0.970 0.004 0.012 0.007 61 R 0.003 0.001 0.011 0.956 0.003 0.023 0.004 62 F 0.008 0.001 0.009 0.927 0.003 0.046 0.005 63 Y 0.025 0.004 0.019 0.835 0.008 0.093 0.015 64 M 0.046 0.003 0.022 0.614 0.032 0.230 0.053 65 H 0.036 0.003 0.030 0.459 0.081 0.292 0.099 66 H 0.066 0.008 0.017 0.197 0.302 0.179 0.231 67 S 0.142 0.023 0.017 0.073 0.151 0.116 0.478 68 F 0.188 0.026 0.015 0.051 0.100 0.027 0.591 69 T 0.193 0.019 0.042 0.078 0.063 0.048 0.557 70 K 0.106 0.012 0.146 0.242 0.122 0.166 0.206 71 F 0.060 0.008 0.102 0.231 0.095 0.257 0.246 72 N 0.044 0.006 0.046 0.180 0.100 0.103 0.521 73 K 0.015 0.002 0.046 0.747 0.024 0.084 0.081 74 N 0.024 0.002 0.017 0.859 0.023 0.042 0.033 75 I 0.021 0.002 0.004 0.941 0.006 0.013 0.013 76 I 0.013 0.001 0.001 0.978 0.001 0.003 0.004 77 S 0.003 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 78 S 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 79 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 82 F 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.011 0.001 83 L 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.015 0.001 84 A 0.001 0.001 0.001 0.976 0.001 0.020 0.001 85 A 0.001 0.001 0.002 0.959 0.002 0.033 0.003 86 K 0.002 0.001 0.006 0.932 0.005 0.044 0.011 87 V 0.005 0.002 0.012 0.902 0.009 0.053 0.018 88 E 0.012 0.002 0.020 0.811 0.021 0.104 0.031 89 E 0.033 0.005 0.034 0.615 0.093 0.104 0.115 90 Q 0.067 0.007 0.035 0.427 0.145 0.129 0.189 91 A 0.075 0.013 0.057 0.338 0.124 0.136 0.257 92 R 0.099 0.021 0.029 0.290 0.274 0.060 0.227 93 K 0.107 0.022 0.023 0.193 0.099 0.054 0.502 94 L 0.009 0.002 0.064 0.837 0.008 0.048 0.031 95 E 0.007 0.001 0.085 0.830 0.013 0.047 0.016 96 H 0.017 0.002 0.093 0.821 0.013 0.035 0.020 97 V 0.029 0.003 0.033 0.888 0.006 0.025 0.016 98 I 0.067 0.005 0.026 0.831 0.012 0.036 0.023 99 K 0.093 0.003 0.033 0.757 0.016 0.067 0.030 100 V 0.095 0.003 0.045 0.707 0.028 0.081 0.040 101 A 0.131 0.006 0.046 0.578 0.036 0.156 0.048 102 H 0.164 0.009 0.062 0.344 0.068 0.262 0.090 103 A 0.268 0.015 0.042 0.175 0.103 0.138 0.258 104 C 0.294 0.037 0.027 0.102 0.109 0.131 0.301 105 L 0.191 0.035 0.016 0.050 0.121 0.061 0.526 106 H 0.114 0.023 0.015 0.027 0.180 0.042 0.600 107 P 0.090 0.035 0.034 0.050 0.175 0.103 0.513 108 L 0.051 0.016 0.154 0.237 0.078 0.118 0.345 109 E 0.032 0.004 0.283 0.241 0.136 0.063 0.241 110 P 0.038 0.005 0.324 0.312 0.063 0.110 0.148 111 L 0.069 0.013 0.340 0.328 0.047 0.118 0.086 112 L 0.136 0.023 0.151 0.312 0.080 0.148 0.150 113 D 0.145 0.010 0.076 0.309 0.092 0.194 0.173 114 T 0.160 0.020 0.034 0.290 0.131 0.080 0.285 115 K 0.121 0.024 0.023 0.253 0.095 0.098 0.386 116 C 0.039 0.009 0.036 0.383 0.114 0.157 0.262 117 D 0.022 0.005 0.064 0.432 0.129 0.195 0.153 118 A 0.024 0.007 0.093 0.536 0.100 0.139 0.102 119 Y 0.043 0.010 0.065 0.569 0.070 0.121 0.122 120 L 0.038 0.014 0.050 0.513 0.072 0.154 0.159 121 Q 0.027 0.009 0.032 0.507 0.110 0.140 0.175 122 Q 0.017 0.007 0.013 0.454 0.110 0.065 0.334 123 T 0.001 0.001 0.005 0.947 0.005 0.014 0.028 124 R 0.001 0.001 0.003 0.982 0.004 0.007 0.005 125 E 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.003 0.003 126 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 127 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 128 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 129 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 130 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 131 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 132 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 133 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 134 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 135 Q 0.001 0.001 0.001 0.980 0.001 0.016 0.001 136 T 0.001 0.001 0.003 0.923 0.007 0.064 0.003 137 L 0.005 0.002 0.005 0.498 0.022 0.447 0.021 138 G 0.018 0.002 0.004 0.053 0.077 0.650 0.195 139 F 0.261 0.008 0.004 0.013 0.067 0.018 0.629 140 E 0.660 0.013 0.003 0.014 0.023 0.010 0.275 141 I 0.774 0.007 0.002 0.006 0.016 0.005 0.191 142 T 0.806 0.009 0.001 0.006 0.022 0.004 0.152 143 I 0.696 0.011 0.001 0.005 0.040 0.008 0.239 144 E 0.214 0.012 0.002 0.007 0.247 0.030 0.487 145 H 0.057 0.013 0.001 0.005 0.355 0.014 0.554 146 P 0.019 0.005 0.019 0.078 0.176 0.360 0.343 147 H 0.015 0.009 0.036 0.271 0.162 0.284 0.224 148 T 0.016 0.006 0.035 0.639 0.157 0.060 0.088 149 D 0.019 0.006 0.013 0.864 0.022 0.027 0.050 150 V 0.010 0.002 0.004 0.966 0.003 0.005 0.010 151 V 0.006 0.001 0.004 0.980 0.002 0.004 0.004 152 K 0.004 0.001 0.003 0.984 0.001 0.006 0.002 153 C 0.005 0.001 0.005 0.973 0.001 0.012 0.003 154 T 0.009 0.001 0.012 0.953 0.003 0.017 0.005 155 Q 0.010 0.001 0.019 0.902 0.007 0.054 0.008 156 L 0.007 0.001 0.028 0.844 0.008 0.096 0.016 157 V 0.016 0.007 0.024 0.676 0.048 0.164 0.065 158 R 0.013 0.006 0.022 0.485 0.043 0.247 0.184 159 A 0.016 0.008 0.018 0.326 0.129 0.128 0.376 160 S 0.008 0.003 0.010 0.375 0.090 0.053 0.462 161 K 0.001 0.001 0.009 0.850 0.043 0.065 0.031 162 D 0.002 0.001 0.011 0.874 0.020 0.054 0.038 163 L 0.001 0.001 0.006 0.956 0.004 0.012 0.021 164 A 0.001 0.001 0.002 0.979 0.003 0.005 0.009 165 Q 0.001 0.001 0.002 0.987 0.002 0.006 0.002 166 T 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.006 0.002 167 S 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.002 168 Y 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 169 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 170 M 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.001 171 A 0.001 0.001 0.003 0.981 0.001 0.012 0.002 172 T 0.002 0.001 0.010 0.924 0.005 0.053 0.005 173 N 0.003 0.001 0.021 0.824 0.009 0.129 0.012 174 S 0.008 0.003 0.040 0.728 0.023 0.159 0.039 175 L 0.016 0.004 0.059 0.562 0.051 0.248 0.060 176 H 0.042 0.005 0.065 0.387 0.081 0.277 0.142 177 L 0.117 0.016 0.037 0.237 0.126 0.116 0.350 178 T 0.154 0.011 0.025 0.108 0.144 0.088 0.470 179 T 0.214 0.008 0.083 0.135 0.214 0.181 0.165 180 F 0.307 0.012 0.092 0.183 0.105 0.134 0.166 181 C 0.427 0.019 0.112 0.149 0.067 0.092 0.135 182 L 0.461 0.014 0.060 0.115 0.073 0.134 0.143 183 Q 0.343 0.017 0.031 0.110 0.121 0.203 0.175 184 Y 0.214 0.026 0.005 0.067 0.172 0.030 0.485 185 K 0.058 0.009 0.003 0.081 0.046 0.023 0.779 186 P 0.006 0.001 0.026 0.872 0.011 0.034 0.050 187 T 0.002 0.001 0.011 0.949 0.008 0.023 0.007 188 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 189 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 190 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 191 C 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 192 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 193 C 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 194 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 195 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 196 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.007 0.001 197 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 198 C 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.001 199 K 0.001 0.001 0.002 0.965 0.002 0.028 0.003 200 W 0.001 0.001 0.007 0.867 0.008 0.102 0.014 201 S 0.001 0.002 0.008 0.346 0.029 0.584 0.030 202 N 0.003 0.002 0.016 0.051 0.095 0.685 0.147 203 W 0.019 0.007 0.012 0.011 0.257 0.086 0.608 204 E 0.053 0.024 0.018 0.006 0.160 0.073 0.665 205 I 0.060 0.024 0.005 0.003 0.178 0.006 0.724 206 P 0.055 0.025 0.007 0.003 0.026 0.013 0.871 207 V 0.084 0.047 0.039 0.017 0.076 0.087 0.650 208 S 0.085 0.021 0.057 0.029 0.114 0.122 0.573 209 T 0.056 0.014 0.100 0.048 0.219 0.161 0.402 210 D 0.047 0.010 0.076 0.060 0.216 0.336 0.256 211 G 0.090 0.011 0.070 0.060 0.224 0.258 0.286 212 K 0.193 0.020 0.057 0.091 0.146 0.080 0.412 213 H 0.386 0.024 0.053 0.104 0.087 0.056 0.290 214 W 0.474 0.022 0.070 0.184 0.046 0.055 0.149 215 W 0.533 0.012 0.080 0.165 0.029 0.052 0.129 216 E 0.611 0.011 0.073 0.124 0.039 0.052 0.090 217 Y 0.605 0.011 0.051 0.093 0.063 0.068 0.110 218 V 0.384 0.048 0.027 0.060 0.174 0.064 0.243 219 D 0.094 0.009 0.020 0.012 0.186 0.026 0.653 220 P 0.018 0.002 0.047 0.011 0.159 0.667 0.097 221 T 0.016 0.007 0.026 0.005 0.114 0.721 0.111 222 V 0.066 0.074 0.003 0.004 0.163 0.009 0.680 223 T 0.025 0.022 0.001 0.003 0.010 0.002 0.936 224 L 0.001 0.001 0.105 0.861 0.002 0.025 0.005 225 E 0.001 0.001 0.096 0.878 0.002 0.021 0.002 226 L 0.001 0.001 0.122 0.858 0.001 0.016 0.003 227 L 0.001 0.001 0.008 0.979 0.001 0.008 0.003 228 D 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.007 0.001 229 E 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.013 0.001 230 L 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.009 0.003 231 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 232 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 233 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.006 0.001 234 F 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 235 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 236 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 237 I 0.001 0.001 0.004 0.983 0.001 0.011 0.001 238 L 0.001 0.001 0.015 0.925 0.005 0.051 0.004 239 E 0.002 0.002 0.019 0.680 0.012 0.274 0.011 240 K 0.003 0.003 0.015 0.485 0.085 0.336 0.074 241 T 0.004 0.003 0.003 0.042 0.211 0.018 0.717 242 P 0.002 0.002 0.115 0.445 0.031 0.327 0.079 243 N 0.004 0.003 0.134 0.386 0.054 0.375 0.045 244 R 0.015 0.009 0.184 0.484 0.046 0.154 0.107 245 L 0.028 0.007 0.068 0.682 0.024 0.060 0.132 246 K 0.051 0.005 0.065 0.710 0.024 0.058 0.087 247 K 0.048 0.006 0.061 0.741 0.020 0.061 0.064 248 I 0.040 0.005 0.029 0.737 0.018 0.050 0.121 249 R 0.062 0.009 0.016 0.668 0.025 0.070 0.150 250 N 0.059 0.005 0.025 0.574 0.040 0.094 0.203 251 W 0.051 0.005 0.033 0.547 0.049 0.113 0.202 252 R 0.044 0.007 0.034 0.512 0.062 0.105 0.235 253 A 0.041 0.014 0.060 0.325 0.125 0.127 0.307 254 N 0.032 0.009 0.044 0.181 0.142 0.243 0.350 255 Q 0.017 0.009 0.012 0.048 0.030 0.076 0.806 256 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995