# TARGET T0338 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0338.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 986 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.808 0.132 0.038 0.015 0.005 0.001 0.001 2 S 0.632 0.197 0.099 0.047 0.018 0.006 0.001 3 S 0.469 0.225 0.147 0.102 0.044 0.012 0.001 4 R 0.417 0.287 0.149 0.087 0.042 0.016 0.003 5 W 0.152 0.170 0.206 0.220 0.156 0.085 0.010 6 F 0.060 0.084 0.129 0.212 0.257 0.225 0.032 7 F 0.089 0.137 0.219 0.269 0.194 0.084 0.009 8 T 0.309 0.377 0.199 0.085 0.024 0.005 0.001 9 R 0.166 0.281 0.262 0.197 0.077 0.017 0.001 10 E 0.292 0.255 0.173 0.150 0.090 0.036 0.004 11 Q 0.361 0.325 0.182 0.097 0.029 0.005 0.001 12 L 0.232 0.243 0.242 0.194 0.072 0.016 0.001 13 E 0.488 0.284 0.133 0.065 0.023 0.006 0.001 14 N 0.350 0.265 0.211 0.125 0.040 0.008 0.001 15 T 0.359 0.256 0.179 0.129 0.060 0.016 0.001 16 P 0.407 0.226 0.161 0.122 0.063 0.019 0.002 17 S 0.560 0.260 0.107 0.049 0.018 0.005 0.001 18 R 0.289 0.251 0.219 0.162 0.065 0.014 0.001 19 R 0.326 0.230 0.187 0.154 0.078 0.022 0.002 20 C 0.352 0.252 0.198 0.131 0.053 0.014 0.001 21 G 0.370 0.274 0.180 0.110 0.047 0.017 0.002 22 V 0.194 0.171 0.200 0.222 0.148 0.060 0.006 23 E 0.374 0.285 0.162 0.101 0.051 0.023 0.003 24 A 0.405 0.279 0.158 0.096 0.043 0.016 0.003 25 D 0.536 0.244 0.104 0.065 0.034 0.014 0.002 26 K 0.243 0.309 0.245 0.144 0.048 0.010 0.001 27 E 0.172 0.234 0.249 0.210 0.099 0.033 0.004 28 L 0.131 0.243 0.282 0.223 0.097 0.022 0.002 29 S 0.182 0.367 0.247 0.130 0.054 0.018 0.002 30 C 0.012 0.041 0.088 0.221 0.358 0.256 0.024 31 R 0.003 0.013 0.043 0.166 0.350 0.370 0.055 32 Q 0.023 0.166 0.343 0.301 0.132 0.032 0.002 33 Q 0.014 0.061 0.208 0.392 0.252 0.069 0.005 34 A 0.002 0.004 0.003 0.012 0.103 0.611 0.265 35 A 0.002 0.007 0.041 0.202 0.413 0.316 0.020 36 N 0.007 0.130 0.369 0.333 0.125 0.034 0.002 37 L 0.002 0.006 0.035 0.180 0.391 0.349 0.036 38 I 0.001 0.001 0.002 0.011 0.093 0.588 0.304 39 Q 0.022 0.108 0.303 0.347 0.171 0.045 0.003 40 E 0.033 0.222 0.367 0.272 0.089 0.016 0.001 41 M 0.013 0.029 0.048 0.198 0.371 0.313 0.029 42 G 0.013 0.049 0.131 0.308 0.331 0.158 0.010 43 Q 0.224 0.380 0.220 0.121 0.042 0.011 0.001 44 R 0.103 0.281 0.314 0.206 0.075 0.019 0.002 45 L 0.027 0.067 0.152 0.295 0.281 0.163 0.015 46 N 0.126 0.312 0.269 0.164 0.088 0.037 0.005 47 V 0.036 0.061 0.113 0.251 0.315 0.199 0.026 48 S 0.220 0.276 0.206 0.154 0.087 0.046 0.011 49 Q 0.230 0.292 0.223 0.150 0.074 0.027 0.004 50 L 0.159 0.139 0.165 0.208 0.189 0.117 0.022 51 T 0.090 0.079 0.081 0.135 0.217 0.297 0.102 52 I 0.023 0.035 0.067 0.139 0.239 0.348 0.149 53 N 0.037 0.071 0.110 0.183 0.249 0.246 0.105 54 T 0.024 0.020 0.037 0.102 0.222 0.367 0.229 55 A 0.010 0.009 0.010 0.021 0.071 0.361 0.517 56 I 0.015 0.022 0.059 0.151 0.264 0.324 0.165 57 V 0.016 0.031 0.069 0.174 0.281 0.306 0.124 58 Y 0.021 0.019 0.032 0.077 0.161 0.381 0.309 59 M 0.007 0.007 0.013 0.044 0.136 0.477 0.316 60 H 0.024 0.068 0.140 0.257 0.259 0.189 0.063 61 R 0.037 0.069 0.116 0.208 0.264 0.237 0.069 62 F 0.022 0.032 0.053 0.130 0.233 0.392 0.139 63 Y 0.043 0.082 0.133 0.208 0.244 0.236 0.054 64 M 0.097 0.124 0.150 0.231 0.239 0.137 0.023 65 H 0.164 0.274 0.253 0.201 0.083 0.021 0.002 66 H 0.150 0.242 0.273 0.211 0.093 0.029 0.003 67 S 0.235 0.321 0.226 0.139 0.057 0.019 0.002 68 F 0.048 0.064 0.115 0.266 0.322 0.170 0.015 69 T 0.311 0.343 0.201 0.101 0.034 0.009 0.001 70 K 0.394 0.321 0.160 0.084 0.031 0.009 0.001 71 F 0.216 0.250 0.221 0.187 0.095 0.029 0.003 72 N 0.175 0.322 0.257 0.154 0.068 0.021 0.002 73 K 0.062 0.137 0.189 0.245 0.236 0.119 0.013 74 N 0.020 0.061 0.114 0.234 0.335 0.202 0.034 75 I 0.004 0.009 0.023 0.074 0.232 0.435 0.222 76 I 0.003 0.011 0.022 0.045 0.115 0.342 0.461 77 S 0.003 0.006 0.017 0.043 0.083 0.204 0.643 78 S 0.002 0.006 0.012 0.020 0.044 0.171 0.745 79 T 0.001 0.001 0.003 0.012 0.045 0.157 0.781 80 A 0.001 0.002 0.007 0.018 0.044 0.189 0.740 81 L 0.001 0.002 0.004 0.011 0.028 0.172 0.783 82 F 0.001 0.002 0.005 0.013 0.045 0.219 0.716 83 L 0.001 0.003 0.007 0.023 0.085 0.351 0.530 84 A 0.004 0.008 0.024 0.076 0.162 0.388 0.338 85 A 0.004 0.009 0.018 0.043 0.121 0.471 0.334 86 K 0.011 0.027 0.056 0.154 0.287 0.348 0.116 87 V 0.025 0.083 0.155 0.239 0.285 0.185 0.028 88 E 0.062 0.141 0.212 0.269 0.195 0.098 0.022 89 E 0.197 0.274 0.188 0.156 0.107 0.060 0.018 90 Q 0.232 0.219 0.208 0.188 0.104 0.042 0.007 91 A 0.187 0.223 0.210 0.204 0.121 0.050 0.005 92 R 0.176 0.265 0.260 0.181 0.086 0.029 0.004 93 K 0.165 0.300 0.252 0.170 0.082 0.028 0.003 94 L 0.036 0.050 0.102 0.241 0.340 0.207 0.024 95 E 0.187 0.336 0.271 0.141 0.049 0.015 0.002 96 H 0.119 0.259 0.306 0.212 0.082 0.020 0.002 97 V 0.074 0.064 0.075 0.168 0.290 0.277 0.052 98 I 0.048 0.075 0.112 0.198 0.267 0.252 0.048 99 K 0.145 0.232 0.228 0.181 0.108 0.079 0.027 100 V 0.075 0.095 0.127 0.200 0.230 0.206 0.067 101 A 0.034 0.056 0.085 0.153 0.230 0.315 0.127 102 H 0.040 0.102 0.153 0.207 0.215 0.208 0.075 103 A 0.071 0.113 0.140 0.184 0.201 0.204 0.086 104 C 0.046 0.073 0.117 0.200 0.247 0.246 0.071 105 L 0.030 0.072 0.127 0.205 0.252 0.255 0.058 106 H 0.102 0.159 0.186 0.216 0.191 0.114 0.032 107 P 0.209 0.321 0.215 0.142 0.072 0.033 0.008 108 L 0.058 0.070 0.128 0.261 0.297 0.164 0.022 109 E 0.314 0.337 0.195 0.099 0.038 0.015 0.003 110 P 0.257 0.288 0.223 0.142 0.064 0.022 0.003 111 L 0.102 0.099 0.132 0.229 0.261 0.160 0.016 112 L 0.080 0.102 0.141 0.222 0.251 0.179 0.026 113 D 0.289 0.257 0.199 0.143 0.072 0.036 0.006 114 T 0.219 0.172 0.180 0.211 0.148 0.062 0.008 115 K 0.273 0.208 0.177 0.161 0.109 0.062 0.010 116 C 0.236 0.225 0.195 0.165 0.106 0.063 0.010 117 D 0.450 0.262 0.140 0.089 0.042 0.016 0.002 118 A 0.307 0.260 0.185 0.145 0.075 0.026 0.003 119 Y 0.131 0.150 0.213 0.260 0.167 0.073 0.006 120 L 0.299 0.330 0.204 0.106 0.043 0.016 0.002 121 Q 0.442 0.241 0.144 0.101 0.052 0.018 0.003 122 Q 0.258 0.275 0.199 0.159 0.077 0.029 0.002 123 T 0.112 0.174 0.208 0.263 0.165 0.069 0.008 124 R 0.297 0.348 0.211 0.105 0.031 0.007 0.001 125 E 0.172 0.337 0.254 0.155 0.062 0.018 0.002 126 L 0.018 0.024 0.055 0.171 0.344 0.340 0.048 127 V 0.027 0.082 0.185 0.291 0.263 0.139 0.013 128 I 0.046 0.216 0.323 0.245 0.118 0.046 0.006 129 L 0.002 0.005 0.015 0.078 0.302 0.514 0.084 130 E 0.001 0.003 0.006 0.021 0.123 0.586 0.260 131 T 0.029 0.116 0.305 0.348 0.151 0.047 0.002 132 I 0.014 0.069 0.227 0.393 0.235 0.060 0.002 133 M 0.007 0.007 0.009 0.043 0.231 0.613 0.091 134 L 0.003 0.010 0.045 0.194 0.451 0.288 0.009 135 Q 0.073 0.365 0.355 0.164 0.037 0.006 0.001 136 T 0.044 0.185 0.334 0.307 0.111 0.017 0.001 137 L 0.008 0.026 0.068 0.238 0.412 0.237 0.011 138 G 0.126 0.438 0.312 0.100 0.020 0.003 0.001 139 F 0.032 0.098 0.163 0.283 0.291 0.126 0.007 140 E 0.069 0.226 0.357 0.277 0.060 0.010 0.001 141 I 0.026 0.046 0.078 0.196 0.356 0.273 0.025 142 T 0.059 0.175 0.260 0.283 0.155 0.062 0.006 143 I 0.033 0.081 0.116 0.216 0.300 0.224 0.030 144 E 0.113 0.233 0.278 0.227 0.100 0.042 0.007 145 H 0.067 0.152 0.205 0.251 0.202 0.109 0.015 146 P 0.035 0.073 0.111 0.189 0.260 0.272 0.060 147 H 0.039 0.120 0.196 0.283 0.237 0.110 0.015 148 T 0.053 0.188 0.258 0.232 0.162 0.086 0.020 149 D 0.007 0.021 0.052 0.146 0.303 0.379 0.092 150 V 0.001 0.002 0.004 0.017 0.098 0.504 0.375 151 V 0.005 0.033 0.149 0.322 0.304 0.166 0.022 152 K 0.006 0.032 0.111 0.267 0.321 0.230 0.034 153 C 0.002 0.003 0.006 0.023 0.137 0.580 0.250 154 T 0.002 0.004 0.019 0.105 0.323 0.477 0.070 155 Q 0.028 0.173 0.293 0.286 0.160 0.055 0.005 156 L 0.028 0.086 0.185 0.319 0.269 0.103 0.008 157 V 0.010 0.028 0.064 0.194 0.361 0.311 0.032 158 R 0.108 0.304 0.321 0.185 0.063 0.016 0.002 159 A 0.194 0.243 0.231 0.208 0.100 0.022 0.002 160 S 0.355 0.360 0.177 0.080 0.022 0.006 0.001 161 K 0.541 0.278 0.115 0.047 0.014 0.004 0.001 162 D 0.302 0.352 0.194 0.099 0.041 0.012 0.001 163 L 0.027 0.072 0.149 0.285 0.305 0.149 0.013 164 A 0.030 0.114 0.211 0.291 0.236 0.106 0.012 165 Q 0.040 0.214 0.288 0.239 0.150 0.060 0.008 166 T 0.005 0.020 0.075 0.234 0.371 0.253 0.043 167 S 0.001 0.002 0.004 0.016 0.114 0.540 0.324 168 Y 0.001 0.008 0.059 0.240 0.369 0.280 0.043 169 F 0.003 0.021 0.093 0.236 0.322 0.278 0.047 170 M 0.001 0.001 0.004 0.020 0.102 0.446 0.425 171 A 0.001 0.001 0.002 0.008 0.049 0.356 0.583 172 T 0.005 0.026 0.091 0.222 0.300 0.269 0.088 173 N 0.004 0.019 0.072 0.221 0.329 0.275 0.081 174 S 0.003 0.005 0.008 0.031 0.132 0.508 0.313 175 L 0.006 0.021 0.064 0.172 0.297 0.341 0.100 176 H 0.050 0.177 0.244 0.249 0.176 0.081 0.022 177 L 0.030 0.058 0.103 0.229 0.302 0.212 0.065 178 T 0.124 0.251 0.236 0.195 0.108 0.066 0.020 179 T 0.106 0.173 0.193 0.207 0.168 0.118 0.035 180 F 0.079 0.101 0.135 0.202 0.222 0.208 0.053 181 C 0.040 0.064 0.089 0.154 0.222 0.313 0.118 182 L 0.033 0.046 0.065 0.125 0.221 0.342 0.167 183 Q 0.083 0.167 0.193 0.220 0.182 0.120 0.036 184 Y 0.024 0.050 0.097 0.199 0.282 0.257 0.091 185 K 0.105 0.225 0.248 0.207 0.114 0.072 0.029 186 P 0.051 0.116 0.158 0.197 0.204 0.206 0.069 187 T 0.048 0.098 0.113 0.182 0.251 0.228 0.081 188 V 0.015 0.032 0.080 0.175 0.302 0.283 0.112 189 I 0.009 0.016 0.021 0.044 0.118 0.386 0.406 190 A 0.010 0.013 0.025 0.061 0.140 0.268 0.483 191 C 0.004 0.010 0.018 0.034 0.084 0.247 0.602 192 V 0.002 0.003 0.013 0.053 0.093 0.199 0.637 193 C 0.001 0.003 0.006 0.012 0.029 0.175 0.775 194 I 0.002 0.004 0.008 0.027 0.066 0.239 0.654 195 H 0.003 0.007 0.017 0.050 0.134 0.362 0.427 196 L 0.006 0.009 0.017 0.043 0.109 0.402 0.414 197 A 0.005 0.012 0.024 0.076 0.202 0.476 0.206 198 C 0.015 0.041 0.072 0.167 0.298 0.338 0.070 199 K 0.023 0.074 0.157 0.285 0.287 0.154 0.020 200 W 0.026 0.076 0.157 0.288 0.296 0.147 0.012 201 S 0.114 0.205 0.251 0.245 0.139 0.042 0.004 202 N 0.461 0.313 0.132 0.064 0.024 0.006 0.001 203 W 0.204 0.237 0.277 0.199 0.070 0.012 0.001 204 E 0.534 0.319 0.099 0.036 0.010 0.002 0.001 205 I 0.134 0.138 0.204 0.276 0.185 0.059 0.003 206 P 0.405 0.268 0.158 0.097 0.050 0.019 0.002 207 V 0.344 0.242 0.179 0.135 0.073 0.025 0.003 208 S 0.274 0.230 0.200 0.170 0.089 0.034 0.004 209 T 0.380 0.255 0.171 0.113 0.058 0.020 0.003 210 D 0.504 0.253 0.131 0.069 0.029 0.011 0.002 211 G 0.276 0.244 0.198 0.159 0.087 0.033 0.004 212 K 0.213 0.221 0.221 0.189 0.107 0.042 0.006 213 H 0.213 0.265 0.217 0.167 0.096 0.037 0.005 214 W 0.065 0.132 0.202 0.266 0.215 0.108 0.012 215 W 0.063 0.075 0.118 0.244 0.307 0.176 0.017 216 E 0.147 0.237 0.227 0.209 0.120 0.054 0.006 217 Y 0.167 0.163 0.206 0.231 0.155 0.071 0.007 218 V 0.185 0.210 0.197 0.214 0.140 0.050 0.003 219 D 0.232 0.300 0.255 0.149 0.049 0.014 0.001 220 P 0.647 0.197 0.079 0.046 0.023 0.008 0.001 221 T 0.624 0.259 0.075 0.030 0.010 0.003 0.001 222 V 0.090 0.123 0.268 0.339 0.149 0.030 0.001 223 T 0.314 0.433 0.184 0.056 0.012 0.001 0.001 224 L 0.169 0.342 0.292 0.152 0.039 0.006 0.001 225 E 0.657 0.255 0.058 0.021 0.008 0.002 0.001 226 L 0.038 0.216 0.353 0.291 0.089 0.013 0.001 227 L 0.004 0.013 0.064 0.281 0.454 0.180 0.004 228 D 0.055 0.388 0.392 0.143 0.020 0.002 0.001 229 E 0.083 0.451 0.331 0.108 0.022 0.004 0.001 230 L 0.002 0.010 0.032 0.169 0.459 0.319 0.008 231 T 0.001 0.009 0.060 0.261 0.432 0.227 0.009 232 H 0.059 0.410 0.381 0.123 0.023 0.004 0.001 233 E 0.016 0.075 0.278 0.447 0.162 0.021 0.001 234 F 0.003 0.005 0.007 0.035 0.254 0.627 0.069 235 L 0.012 0.050 0.185 0.398 0.282 0.072 0.002 236 Q 0.072 0.431 0.332 0.131 0.028 0.006 0.001 237 I 0.019 0.052 0.163 0.402 0.286 0.076 0.003 238 L 0.015 0.032 0.088 0.270 0.411 0.176 0.007 239 E 0.262 0.437 0.218 0.067 0.014 0.002 0.001 240 K 0.438 0.327 0.159 0.062 0.013 0.002 0.001 241 T 0.287 0.294 0.217 0.142 0.047 0.012 0.001 242 P 0.489 0.293 0.141 0.058 0.016 0.004 0.001 243 N 0.730 0.175 0.056 0.026 0.010 0.003 0.001 244 R 0.527 0.267 0.123 0.060 0.019 0.004 0.001 245 L 0.314 0.248 0.218 0.153 0.055 0.011 0.001 246 K 0.513 0.280 0.132 0.056 0.016 0.003 0.001 247 K 0.418 0.307 0.171 0.078 0.021 0.004 0.001 248 I 0.232 0.159 0.189 0.228 0.148 0.042 0.002 249 R 0.329 0.280 0.195 0.129 0.052 0.014 0.001 250 N 0.442 0.288 0.156 0.083 0.026 0.005 0.001 251 W 0.397 0.255 0.172 0.119 0.045 0.011 0.001 252 R 0.378 0.242 0.176 0.128 0.056 0.019 0.001 253 A 0.512 0.203 0.139 0.095 0.038 0.012 0.001 254 N 0.746 0.174 0.053 0.021 0.005 0.001 0.001 255 Q 0.757 0.167 0.051 0.019 0.005 0.001 0.001 256 A 0.768 0.142 0.053 0.025 0.009 0.003 0.001