# TARGET T0337 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0337.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1092 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.015 0.665 0.001 0.014 0.042 0.001 0.001 0.005 0.204 0.016 0.028 0.010 2 D 0.001 0.027 0.830 0.001 0.020 0.044 0.001 0.001 0.003 0.027 0.028 0.001 0.020 3 C 0.001 0.020 0.285 0.001 0.145 0.180 0.001 0.001 0.004 0.087 0.264 0.007 0.005 4 M 0.002 0.013 0.194 0.001 0.231 0.167 0.001 0.001 0.005 0.122 0.247 0.003 0.014 5 R 0.001 0.008 0.205 0.002 0.265 0.184 0.001 0.001 0.005 0.194 0.124 0.004 0.006 6 K 0.001 0.026 0.323 0.002 0.094 0.170 0.001 0.001 0.009 0.159 0.190 0.007 0.020 7 L 0.001 0.067 0.565 0.001 0.026 0.112 0.001 0.001 0.008 0.146 0.064 0.004 0.007 8 D 0.001 0.006 0.809 0.001 0.002 0.072 0.001 0.001 0.002 0.100 0.006 0.001 0.003 9 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 10 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 11 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 12 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 15 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 18 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 19 S 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.001 0.001 20 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 0.885 0.001 0.001 0.001 0.011 0.091 0.001 0.001 21 N 0.001 0.003 0.099 0.001 0.025 0.518 0.001 0.001 0.001 0.074 0.281 0.001 0.001 22 S 0.001 0.004 0.200 0.001 0.021 0.110 0.001 0.001 0.001 0.256 0.404 0.001 0.002 23 R 0.001 0.011 0.474 0.001 0.015 0.040 0.001 0.001 0.002 0.241 0.210 0.002 0.003 24 L 0.001 0.019 0.614 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.004 0.335 0.007 0.006 0.005 25 T 0.001 0.016 0.949 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.010 26 Y 0.001 0.001 0.016 0.001 0.015 0.927 0.001 0.001 0.001 0.004 0.037 0.001 0.001 27 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.970 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 30 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 31 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.929 0.001 0.001 0.001 0.003 0.048 0.001 0.001 32 I 0.001 0.001 0.008 0.001 0.014 0.872 0.001 0.001 0.001 0.010 0.092 0.001 0.001 33 L 0.001 0.004 0.040 0.001 0.012 0.288 0.001 0.001 0.001 0.125 0.523 0.001 0.005 34 N 0.001 0.006 0.293 0.001 0.004 0.060 0.001 0.001 0.003 0.136 0.486 0.007 0.003 35 T 0.001 0.017 0.778 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.004 0.155 0.021 0.001 0.008 36 T 0.001 0.006 0.943 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.040 0.002 0.001 0.002 37 R 0.001 0.002 0.152 0.001 0.024 0.730 0.001 0.001 0.001 0.048 0.043 0.001 0.001 38 Q 0.001 0.001 0.009 0.001 0.011 0.948 0.001 0.001 0.001 0.012 0.020 0.001 0.001 39 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 40 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 48 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 49 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.948 0.001 0.001 0.001 0.002 0.041 0.001 0.001 50 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.234 0.001 0.001 0.001 0.006 0.746 0.001 0.001 51 G 0.001 0.001 0.015 0.001 0.007 0.021 0.001 0.001 0.001 0.014 0.941 0.001 0.001 52 I 0.001 0.022 0.687 0.001 0.026 0.021 0.001 0.001 0.016 0.117 0.068 0.013 0.027 53 I 0.003 0.080 0.298 0.004 0.023 0.013 0.003 0.007 0.183 0.103 0.028 0.050 0.206 54 R 0.005 0.011 0.159 0.329 0.018 0.007 0.003 0.014 0.041 0.209 0.049 0.113 0.043 55 K 0.023 0.008 0.246 0.068 0.033 0.008 0.012 0.009 0.112 0.113 0.109 0.068 0.192 56 F 0.131 0.006 0.184 0.023 0.013 0.006 0.044 0.041 0.157 0.064 0.023 0.094 0.214 57 T 0.160 0.010 0.130 0.017 0.004 0.005 0.069 0.071 0.252 0.032 0.009 0.132 0.109 58 I 0.278 0.004 0.047 0.004 0.001 0.002 0.153 0.090 0.231 0.009 0.002 0.068 0.110 59 I 0.461 0.007 0.062 0.008 0.001 0.006 0.093 0.030 0.115 0.009 0.003 0.054 0.153 60 P 0.344 0.035 0.168 0.004 0.001 0.006 0.035 0.020 0.054 0.020 0.003 0.199 0.109 61 D 0.019 0.015 0.526 0.005 0.002 0.011 0.002 0.001 0.027 0.050 0.003 0.013 0.326 62 I 0.001 0.001 0.028 0.002 0.224 0.351 0.001 0.001 0.001 0.048 0.339 0.002 0.004 63 D 0.001 0.001 0.016 0.001 0.228 0.294 0.001 0.001 0.001 0.032 0.426 0.001 0.001 64 K 0.001 0.002 0.031 0.001 0.402 0.352 0.001 0.001 0.001 0.028 0.172 0.002 0.009 65 L 0.002 0.011 0.082 0.013 0.102 0.244 0.001 0.001 0.003 0.102 0.419 0.005 0.016 66 G 0.004 0.006 0.110 0.069 0.040 0.057 0.001 0.001 0.002 0.103 0.554 0.021 0.033 67 Y 0.038 0.013 0.442 0.011 0.007 0.021 0.003 0.001 0.006 0.211 0.060 0.053 0.135 68 M 0.042 0.009 0.330 0.054 0.002 0.003 0.006 0.001 0.029 0.117 0.019 0.175 0.213 69 Y 0.187 0.013 0.099 0.007 0.001 0.001 0.062 0.008 0.092 0.020 0.002 0.217 0.294 70 A 0.503 0.001 0.035 0.042 0.001 0.001 0.069 0.008 0.040 0.004 0.001 0.098 0.198 71 I 0.634 0.001 0.011 0.008 0.001 0.001 0.108 0.011 0.037 0.002 0.001 0.107 0.080 72 V 0.695 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.145 0.015 0.023 0.001 0.001 0.018 0.094 73 L 0.514 0.001 0.013 0.033 0.001 0.001 0.258 0.024 0.033 0.001 0.001 0.076 0.046 74 I 0.540 0.001 0.016 0.007 0.001 0.001 0.206 0.011 0.041 0.002 0.001 0.062 0.113 75 K 0.539 0.002 0.023 0.008 0.001 0.001 0.158 0.008 0.031 0.005 0.002 0.056 0.167 76 S 0.245 0.005 0.151 0.010 0.002 0.003 0.068 0.004 0.064 0.027 0.009 0.240 0.173 77 K 0.023 0.017 0.483 0.001 0.003 0.003 0.006 0.001 0.039 0.141 0.013 0.073 0.197 78 V 0.001 0.008 0.709 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.005 0.204 0.024 0.003 0.031 79 P 0.001 0.006 0.139 0.001 0.125 0.196 0.001 0.001 0.001 0.203 0.323 0.002 0.004 80 S 0.001 0.003 0.087 0.001 0.124 0.312 0.001 0.001 0.001 0.119 0.353 0.001 0.001 81 D 0.001 0.004 0.215 0.001 0.109 0.452 0.001 0.001 0.001 0.081 0.135 0.001 0.004 82 A 0.001 0.001 0.038 0.001 0.014 0.910 0.001 0.001 0.001 0.016 0.021 0.001 0.001 83 D 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.969 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.001 0.001 84 K 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 85 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 86 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 87 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 88 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 89 I 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.951 0.001 0.001 0.001 0.004 0.033 0.001 0.001 90 S 0.001 0.001 0.017 0.001 0.014 0.719 0.001 0.001 0.001 0.010 0.238 0.001 0.001 91 D 0.001 0.002 0.033 0.001 0.010 0.641 0.001 0.001 0.001 0.034 0.280 0.001 0.001 92 I 0.001 0.002 0.398 0.001 0.010 0.243 0.001 0.001 0.001 0.280 0.065 0.001 0.001 93 E 0.001 0.002 0.111 0.001 0.069 0.274 0.001 0.001 0.001 0.064 0.476 0.001 0.003 94 Y 0.002 0.005 0.094 0.001 0.077 0.295 0.001 0.001 0.002 0.094 0.418 0.006 0.005 95 V 0.015 0.016 0.175 0.001 0.072 0.406 0.004 0.002 0.028 0.078 0.065 0.018 0.119 96 K 0.074 0.014 0.152 0.198 0.013 0.257 0.017 0.007 0.069 0.055 0.023 0.057 0.063 97 S 0.214 0.005 0.084 0.019 0.014 0.223 0.026 0.015 0.049 0.024 0.016 0.138 0.175 98 V 0.241 0.005 0.051 0.027 0.024 0.269 0.035 0.021 0.029 0.019 0.013 0.036 0.230 99 E 0.301 0.007 0.043 0.017 0.015 0.209 0.043 0.020 0.020 0.013 0.015 0.198 0.100 100 K 0.192 0.007 0.049 0.022 0.022 0.227 0.030 0.009 0.012 0.030 0.062 0.061 0.277 101 G 0.129 0.007 0.137 0.036 0.022 0.156 0.008 0.001 0.007 0.078 0.149 0.141 0.129 102 V 0.041 0.011 0.211 0.009 0.018 0.047 0.002 0.001 0.003 0.184 0.265 0.052 0.156 103 G 0.004 0.006 0.243 0.007 0.013 0.013 0.001 0.001 0.001 0.353 0.305 0.021 0.034 104 R 0.004 0.010 0.283 0.022 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 0.380 0.190 0.024 0.056 105 Y 0.027 0.012 0.303 0.018 0.020 0.012 0.003 0.001 0.007 0.288 0.095 0.132 0.082 106 N 0.129 0.006 0.253 0.038 0.010 0.005 0.011 0.001 0.015 0.188 0.059 0.097 0.190 107 I 0.482 0.005 0.070 0.007 0.001 0.001 0.055 0.006 0.051 0.013 0.002 0.104 0.202 108 I 0.544 0.001 0.020 0.021 0.001 0.002 0.150 0.041 0.038 0.003 0.001 0.036 0.144 109 V 0.601 0.001 0.011 0.014 0.001 0.002 0.177 0.050 0.032 0.001 0.001 0.071 0.040 110 R 0.674 0.001 0.006 0.002 0.001 0.002 0.149 0.039 0.021 0.001 0.001 0.033 0.072 111 L 0.597 0.002 0.014 0.007 0.001 0.004 0.192 0.022 0.023 0.002 0.001 0.026 0.110 112 L 0.325 0.004 0.101 0.018 0.002 0.005 0.089 0.007 0.074 0.029 0.008 0.185 0.153 113 L 0.021 0.007 0.400 0.003 0.003 0.002 0.006 0.001 0.040 0.255 0.017 0.073 0.173 114 P 0.001 0.010 0.631 0.002 0.008 0.004 0.001 0.001 0.007 0.247 0.047 0.003 0.041 115 K 0.001 0.012 0.194 0.001 0.030 0.077 0.001 0.001 0.002 0.474 0.197 0.010 0.003 116 D 0.001 0.012 0.743 0.001 0.013 0.084 0.001 0.001 0.001 0.088 0.055 0.001 0.004 117 I 0.001 0.001 0.150 0.001 0.029 0.746 0.001 0.001 0.001 0.046 0.027 0.001 0.001 118 K 0.001 0.001 0.009 0.001 0.012 0.954 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 0.001 0.001 119 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.966 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 120 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 121 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 122 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 123 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 124 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 125 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 126 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 127 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.035 0.001 0.001 128 L 0.001 0.001 0.015 0.001 0.009 0.861 0.001 0.001 0.001 0.014 0.099 0.001 0.001 129 Q 0.001 0.002 0.063 0.001 0.025 0.552 0.001 0.001 0.001 0.033 0.322 0.001 0.001 130 R 0.001 0.008 0.148 0.001 0.046 0.344 0.001 0.001 0.001 0.133 0.313 0.001 0.005 131 I 0.001 0.006 0.485 0.001 0.042 0.103 0.001 0.001 0.001 0.302 0.053 0.004 0.004 132 K 0.001 0.001 0.059 0.001 0.087 0.072 0.001 0.001 0.001 0.102 0.676 0.001 0.002 133 N 0.001 0.002 0.052 0.001 0.068 0.027 0.001 0.001 0.001 0.081 0.765 0.001 0.001 134 A 0.002 0.016 0.566 0.001 0.073 0.037 0.001 0.001 0.014 0.159 0.051 0.008 0.072 135 E 0.019 0.037 0.328 0.038 0.046 0.044 0.004 0.004 0.054 0.154 0.093 0.128 0.053 136 N 0.048 0.013 0.224 0.029 0.040 0.044 0.005 0.003 0.064 0.143 0.125 0.044 0.216 137 V 0.072 0.017 0.302 0.044 0.017 0.050 0.014 0.011 0.076 0.063 0.032 0.148 0.154 138 E 0.190 0.010 0.127 0.051 0.004 0.026 0.034 0.007 0.062 0.028 0.012 0.165 0.285 139 V 0.297 0.004 0.066 0.025 0.004 0.022 0.054 0.006 0.044 0.015 0.004 0.224 0.234 140 I 0.529 0.002 0.024 0.023 0.003 0.019 0.142 0.011 0.035 0.004 0.002 0.047 0.158 141 L 0.572 0.001 0.010 0.009 0.002 0.017 0.193 0.007 0.023 0.002 0.002 0.097 0.065 142 I 0.610 0.001 0.010 0.004 0.001 0.019 0.151 0.011 0.025 0.002 0.002 0.056 0.109 143 S 0.480 0.003 0.029 0.044 0.006 0.041 0.110 0.007 0.024 0.006 0.010 0.055 0.185 144 E 0.325 0.002 0.056 0.073 0.008 0.066 0.046 0.002 0.013 0.025 0.008 0.273 0.102 145 V 0.154 0.009 0.055 0.011 0.012 0.091 0.021 0.001 0.013 0.021 0.012 0.060 0.541 146 R 0.100 0.013 0.148 0.045 0.045 0.162 0.026 0.001 0.011 0.041 0.042 0.130 0.235 147 K 0.069 0.017 0.175 0.056 0.064 0.152 0.013 0.001 0.007 0.115 0.097 0.082 0.154 148 F 0.012 0.008 0.223 0.022 0.050 0.156 0.002 0.001 0.004 0.252 0.110 0.070 0.089 149 E 0.004 0.017 0.444 0.001 0.023 0.102 0.001 0.001 0.004 0.197 0.109 0.029 0.068 150 I 0.001 0.016 0.769 0.001 0.008 0.042 0.001 0.001 0.005 0.063 0.058 0.013 0.024 151 I 0.001 0.002 0.976 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.004